genome.fa.s8527.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008527.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9057482

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8532191--8532314	19	6.8	19	80	9	123	46	23	20	9	1.79
8532310--8532368	19	3.4	18	71	22	54	8	18	27	45	1.78
8532310--8532400	33	2.7	33	87	1	119	10	18	25	45	1.82
8532448--8532720	93	3.1	87	90	6	324	44	19	13	23	1.85
8532498--8532720	93	2.4	93	98	0	428	44	18	13	22	1.85
8534399--8534494	20	5.2	19	70	21	78	45	16	25	12	1.82
8534445--8534501	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
8534459--8534523	19	3.7	19	74	19	77	44	21	23	10	1.83
8534438--8534518	33	2.5	33	97	2	155	46	19	23	9	1.80
8534535--8534591	14	3.7	14	72	20	51	8	24	22	43	1.81
8534519--8534599	33	2.5	33	91	0	126	8	20	22	48	1.77
8534582--8534652	21	3.4	21	75	7	81	15	18	19	46	1.84
8534732--8534802	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
8535181--8535354	20	8.6	20	83	7	219	19	19	27	33	1.96
8535304--8535374	20	3.5	20	78	5	63	16	19	22	40	1.91
8539493--8539542	2	25.5	2	95	4	93	50	0	0	50	1.00
8542907--8542960	21	2.8	20	81	10	60	44	5	0	50	1.25
8552194--8552235	21	2.1	20	86	8	59	52	0	2	45	1.13
8553851--8553882	3	10.3	3	93	6	55	31	0	0	68	0.90
8553851--8553890	12	3.2	13	89	6	57	30	0	2	67	1.04
8553853--8553894	19	2.2	19	87	8	59	33	0	2	64	1.07
8553929--8553988	11	5.2	11	76	20	52	38	41	20	0	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8553947--8554004	26	2.2	26	96	0	107	36	43	20	0	1.52
8554039--8554132	25	3.8	25	95	0	161	35	20	17	27	1.94
8556038--8556167	63	2.1	63	82	2	154	29	9	8	53	1.62
8557570--8557631	32	2.0	32	93	3	108	14	14	11	59	1.61
8559747--8559824	26	3.2	25	67	22	76	24	23	10	42	1.85
8559762--8559836	20	3.5	20	70	20	62	26	25	10	37	1.89
8560420--8560501	41	2.0	41	85	7	112	71	10	14	2	1.23
8561678--8561711	4	9.0	4	87	12	54	50	26	0	23	1.50
8561674--8561719	22	2.1	21	92	4	74	50	23	2	23	1.61
8562186--8562520	102	3.3	102	90	3	469	30	19	12	37	1.89
8562472--8562591	36	3.4	36	79	6	113	30	20	12	35	1.90
8562839--8562936	29	3.5	29	84	5	130	29	10	16	43	1.80
8562947--8563050	52	2.0	53	94	1	183	32	12	17	37	1.87
8563120--8563250	66	2.0	67	80	1	147	29	13	11	45	1.79
8563707--8563750	15	2.9	15	93	0	70	31	20	4	43	1.72
8564336--8564705	40	8.8	40	72	14	210	24	32	18	24	1.97
8564284--8564536	129	2.0	129	95	0	461	24	31	19	24	1.98
8564336--8564693	169	2.1	169	97	0	671	24	32	18	24	1.97
8564905--8564936	3	10.3	3	93	6	55	31	0	0	68	0.90
8564905--8564944	12	3.2	13	89	6	57	30	0	2	67	1.04
8564907--8564948	19	2.2	19	87	8	59	33	0	2	64	1.07
8564983--8565042	11	5.2	11	76	20	52	38	41	20	0	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8565001--8565058	26	2.2	26	96	0	107	36	43	20	0	1.52
8565093--8565186	25	3.8	25	95	0	161	35	20	17	27	1.94
8567107--8567224	63	1.9	62	85	1	164	29	10	8	51	1.65
8569806--8570009	112	1.8	111	84	7	279	43	6	9	40	1.65
8574602--8575044	233	1.9	234	88	3	678	27	17	18	36	1.93
8576236--8576592	178	2.0	178	100	0	714	26	17	26	28	1.98
8577350--8577393	16	2.9	16	84	15	51	54	29	11	4	1.56
8581063--8581122	27	2.2	27	90	0	93	56	10	5	28	1.53
8581449--8581515	24	2.6	26	74	13	66	41	13	16	28	1.86
8581875--8581941	33	2.0	33	94	0	116	14	8	32	43	1.77
8581982--8582177	89	2.1	91	91	5	315	27	10	20	41	1.84
8581665--8582403	247	3.0	241	79	11	841	25	11	25	37	1.89
8595736--8595811	18	4.2	18	76	8	73	30	1	2	65	1.14
8595734--8595821	43	2.1	42	83	6	108	27	1	2	69	1.08
8595756--8595818	22	3.0	21	90	2	90	28	0	1	69	0.97
8595734--8595812	19	4.3	18	71	10	61	29	1	2	67	1.12
8595768--8595804	15	2.4	16	90	9	67	29	0	0	70	0.88
8598410--8598451	21	2.0	22	85	4	59	66	2	2	28	1.16
8599135--8599166	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8601376--8601417	22	1.9	22	95	0	75	40	9	21	28	1.84
8604088--8604155	21	3.2	21	72	4	66	36	14	11	36	1.83
8604122--8604175	21	2.6	21	85	5	65	31	14	11	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8614292--8614338	23	2.1	23	84	7	62	8	10	14	65	1.45
8617501--8617540	18	2.3	18	91	4	64	35	0	7	57	1.27
8619196--8619225	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
8623414--8623470	27	2.1	27	100	0	114	29	35	10	24	1.89
8626236--8626327	48	1.9	48	84	0	121	48	19	14	17	1.80
8626236--8626303	24	2.8	24	79	0	82	52	20	13	13	1.73
8626265--8626330	24	2.8	23	79	6	69	43	19	15	21	1.87
8626267--8626342	24	3.2	25	74	10	61	44	19	15	19	1.86
8632454--8632480	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8634992--8635069	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
8635921--8635990	22	3.2	21	82	11	86	30	24	24	21	1.99
8637033--8637083	19	2.7	19	100	0	102	23	25	21	29	1.99
8636968--8637148	83	2.2	83	82	8	217	25	20	20	33	1.97
8637052--8637212	64	2.5	64	85	6	202	28	21	18	32	1.96
8641670--8641733	23	2.8	23	90	0	101	26	26	28	18	1.98
8641744--8641966	103	2.2	103	95	0	419	36	24	13	25	1.92
8642716--8642940	64	3.5	64	82	6	233	28	19	19	32	1.96
8662444--8662482	20	2.1	19	90	9	62	5	12	53	28	1.60
8662451--8662489	20	2.0	20	85	5	53	7	15	58	17	1.59
8670005--8670039	8	4.4	8	92	0	52	51	11	0	37	1.38
8670001--8670035	12	2.9	12	91	0	52	51	14	0	34	1.42
8672955--8673077	33	3.7	33	95	0	210	36	25	17	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8673413--8673871	60	7.6	60	75	5	361	29	28	18	22	1.98
8673841--8673980	36	3.9	36	93	0	235	32	27	20	19	1.97
8674259--8674364	33	3.2	32	77	5	86	28	28	18	24	1.98
8676095--8676143	2	25.5	2	87	8	57	40	0	4	55	1.19
8676088--8676139	26	2.0	26	100	0	104	34	0	7	57	1.27
8678783--8678843	31	2.0	31	90	0	95	36	14	24	24	1.93
8706714--8706812	21	4.8	20	73	13	74	38	22	18	21	1.93
8706778--8706828	20	2.5	20	87	6	68	47	25	15	11	1.80
8706779--8707005	40	5.7	39	82	7	196	37	24	18	20	1.94
8706799--8707000	60	3.4	58	78	10	187	35	24	18	21	1.95
8706833--8707005	20	8.8	20	80	12	155	35	24	18	21	1.96
8709227--8709454	118	1.9	118	99	0	447	33	16	26	23	1.96
8709478--8709513	18	2.0	18	94	0	63	13	22	47	16	1.82
8709467--8709511	23	2.0	23	90	0	72	13	22	46	17	1.83
8722076--8722184	31	3.5	31	81	3	112	30	22	17	29	1.97
8722140--8722215	32	2.4	32	95	0	134	28	19	18	32	1.96
8723951--8724000	23	2.2	23	89	7	75	38	12	4	46	1.60
8730237--8730315	23	3.6	21	68	23	56	31	2	13	51	1.55
8730224--8730315	42	2.2	42	94	2	157	33	2	13	51	1.53
8730224--8730288	19	3.2	19	69	23	60	35	1	12	50	1.49
8742409--8742478	36	1.9	36	94	0	122	27	20	24	28	1.99
8743062--8743094	13	2.6	13	90	4	50	54	9	0	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8743530--8743571	22	2.0	21	81	13	50	54	30	0	14	1.40
8750028--8750072	12	3.8	12	87	0	63	37	0	0	62	0.96
8750021--8750070	16	3.1	16	94	0	82	34	2	0	64	1.05
8750307--8750332	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8751497--8751558	28	2.1	30	94	5	110	30	0	12	56	1.37
8751994--8752054	17	3.4	17	72	16	59	40	0	11	47	1.40
8752015--8752058	23	2.0	23	81	4	54	40	0	9	50	1.34
8752050--8752537	243	2.0	243	99	0	958	42	9	9	39	1.69
8755514--8755786	49	5.6	49	88	6	358	42	0	10	46	1.44
8755997--8756053	19	3.2	18	72	23	57	36	0	10	52	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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