genome.fa.s8959.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112293_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4521124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103420--2103639	35	6.1	35	75	15	166	44	5	6	44	1.51
2103439--2103639	36	5.7	34	76	16	121	44	4	6	44	1.50
2103613--2103669	30	1.9	30	88	0	87	43	3	7	45	1.48
2103611--2103683	30	2.4	29	80	6	83	43	2	5	47	1.40
2103687--2103714	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2106668--2106712	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
2110114--2111878	164	10.8	164	95	0	2991	30	25	20	23	1.99
2110114--2111900	491	3.6	491	95	0	3073	30	25	20	23	1.99
2110114--2111900	327	5.5	327	93	0	3071	30	25	20	23	1.99
2112363--2112577	38	6.1	36	76	17	179	44	5	6	44	1.52
2112363--2112601	38	6.9	33	75	18	165	44	4	6	43	1.51
2112391--2112609	72	3.2	68	76	16	211	44	4	6	45	1.48
2112363--2112552	104	1.8	106	85	10	273	44	4	6	44	1.50
2112549--2112623	31	2.4	30	80	6	87	44	2	5	48	1.39
2112631--2112658	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
2113883--2113908	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2114977--2115021	20	2.2	20	100	0	90	28	4	13	53	1.59
2122172--2122264	20	4.4	20	76	12	80	26	21	17	34	1.95
2124516--2124545	15	2.0	15	100	0	60	33	6	33	26	1.83
2124518--2124551	15	2.3	15	89	0	50	38	2	32	26	1.71
2124550--2124578	14	2.1	14	93	6	51	34	6	13	44	1.71
2125019--2125093	24	3.3	24	70	21	79	34	16	16	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125017--2125110	44	2.1	44	92	0	152	34	18	17	30	1.93
2125559--2125591	16	2.1	16	100	0	66	30	6	27	36	1.81
2126266--2126423	20	7.9	20	89	1	237	26	26	21	25	1.99
2126266--2126416	79	1.9	80	90	1	241	27	27	21	24	1.99
2127053--2127091	20	2.0	20	89	0	60	10	12	23	53	1.69
2127055--2127098	20	2.2	20	83	0	52	11	13	22	52	1.72
2128996--2129083	20	4.4	20	97	0	158	36	26	20	17	1.94
2128996--2129102	40	2.8	38	86	8	123	39	24	20	15	1.92
2129126--2129212	20	4.4	20	88	2	115	18	19	25	36	1.94
2129487--2129543	28	2.0	29	81	18	68	24	12	8	54	1.65
2129909--2129943	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
2130910--2130969	20	3.0	20	90	0	93	26	20	25	28	1.99
2132091--2132169	25	3.1	25	71	14	63	35	5	0	59	1.19
2132090--2132169	27	3.0	27	68	17	69	35	5	0	60	1.19
2132088--2132166	16	4.6	17	72	10	63	35	5	0	59	1.19
2132283--2132328	21	2.2	21	84	0	56	47	10	4	36	1.58
2132296--2132342	21	2.2	21	85	7	60	44	14	0	40	1.46
2132830--2132860	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2132884--2133118	36	6.4	36	84	4	303	45	3	6	43	1.48
2132845--2133118	70	3.7	71	87	6	345	45	3	6	44	1.46
2132884--2133100	107	2.0	109	87	5	316	44	3	7	44	1.48
2133066--2133169	52	2.1	49	87	5	145	45	3	5	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133121--2133200	36	2.2	36	84	4	99	43	3	6	46	1.46
2133162--2133230	29	2.3	29	85	9	95	46	4	2	46	1.37
2133328--2133379	17	3.1	17	76	15	54	19	3	0	76	0.93
2134558--2134586	13	2.3	13	94	5	51	37	6	0	55	1.27
2138024--2138267	95	2.7	94	84	10	296	29	19	19	31	1.96
2139400--2140422	84	12.4	83	80	5	1095	30	24	19	25	1.98
2139400--2140422	249	4.1	249	89	1	1489	30	24	19	25	1.98
2141031--2141366	36	9.2	36	85	7	394	44	3	6	45	1.46
2141029--2141366	109	3.1	109	83	9	402	44	3	6	45	1.46
2141033--2141368	145	2.3	144	83	9	423	44	3	6	45	1.46
2141033--2141443	36	11.6	34	80	12	361	44	3	6	46	1.45
2141303--2141429	65	2.0	62	82	11	150	44	4	4	45	1.45
2141330--2141397	29	2.4	28	82	7	82	45	4	4	45	1.43
2141498--2141549	17	3.1	17	76	15	54	19	3	0	76	0.93
2142423--2142455	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2154107--2154176	27	2.5	29	83	4	90	47	27	8	17	1.76
2155222--2155351	32	4.1	32	85	5	156	18	28	24	28	1.98
2155326--2155484	80	2.0	80	91	0	255	23	25	23	28	2.00
2158791--2158820	15	2.0	15	93	0	51	56	3	0	40	1.16
2158871--2158915	23	1.9	24	82	13	58	44	0	4	51	1.21
2159931--2159966	16	2.2	16	100	0	72	16	22	19	41	1.90
2176422--2176481	20	3.0	20	85	4	68	23	33	1	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176445--2176492	20	2.4	20	92	0	78	27	35	6	31	1.82
2176531--2176602	30	2.4	30	85	2	99	31	25	13	29	1.94
2183678--2183708	14	2.2	14	94	0	53	67	9	0	22	1.19
2186356--2186398	21	2.0	21	100	0	86	18	13	30	37	1.90
2188658--2188715	14	4.1	14	86	2	80	39	5	18	36	1.74
2188668--2188729	29	2.2	29	88	8	92	43	4	17	33	1.71
2188740--2188766	14	1.9	14	100	0	54	29	14	18	37	1.91
2188930--2188982	21	2.5	21	76	11	63	39	0	0	60	0.97
2188960--2189037	27	2.8	28	81	16	74	43	0	2	53	1.14
2188969--2189037	30	2.3	29	83	11	86	46	0	2	50	1.16
2189131--2189189	30	1.9	32	86	6	86	49	0	3	47	1.18
2193060--2193093	15	2.3	15	89	0	50	8	8	38	44	1.67
2194327--2194360	14	2.5	14	85	4	52	32	0	8	58	1.29
2196779--2196846	22	3.1	21	77	14	66	60	0	1	38	1.06
2196785--2196840	24	2.2	27	84	12	75	64	0	1	33	1.04
2201303--2201363	32	1.9	32	82	0	77	36	11	19	32	1.88
2201979--2202112	65	2.1	64	91	4	216	28	20	20	30	1.98
2206874--2207032	30	5.3	30	96	0	275	22	22	25	30	1.99
2207246--2207321	2	38.0	2	94	0	134	48	0	2	48	1.15
2210582--2210645	23	2.9	22	73	15	69	26	21	21	29	1.99
2213287--2213435	78	1.9	79	84	4	203	32	23	16	28	1.96
2224325--2224381	21	2.7	20	75	20	62	26	5	0	68	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224361--2224405	13	3.2	14	84	15	58	37	4	0	57	1.19
2224451--2224510	17	3.2	17	70	20	57	30	5	1	63	1.25
2224450--2224533	39	2.2	38	89	6	127	26	4	2	66	1.23
2224468--2224553	21	3.9	22	68	17	63	26	4	2	66	1.23
2226574--2226966	195	2.0	197	96	3	731	20	18	29	32	1.96
2236247--2236480	110	2.2	106	83	6	292	34	24	17	23	1.96
2237828--2237877	25	1.9	27	88	8	77	24	6	0	70	1.10
2237858--2237908	16	3.2	15	76	18	50	37	3	0	58	1.16
2237856--2237910	20	2.8	20	83	8	69	36	3	0	60	1.15
2238079--2238162	36	2.3	35	78	11	89	21	3	4	70	1.22
2238102--2238173	36	2.0	36	86	5	101	26	1	5	66	1.21
2238278--2238314	19	2.1	17	90	10	56	16	2	2	78	0.98
2238296--2238321	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2238305--2238365	25	2.6	23	75	12	61	14	3	6	75	1.13
2238302--2238362	26	2.3	28	78	13	76	14	3	6	75	1.13
2245676--2245712	18	2.1	18	89	0	56	62	0	0	37	0.96
2245686--2245731	23	2.0	22	83	4	56	58	0	0	41	0.98
2247087--2247127	21	2.0	21	95	0	73	34	26	9	29	1.88
2253460--2253494	16	2.2	16	90	5	54	17	11	17	54	1.71
2268711--2268831	65	1.9	64	93	5	208	43	13	14	28	1.82
2269700--2269909	115	1.8	114	88	3	323	42	11	9	36	1.74
2271410--2271478	3	22.7	3	80	14	79	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271714--2272026	123	2.6	121	89	3	472	25	17	14	41	1.88
2271947--2272957	103	9.8	103	95	0	1812	26	21	12	39	1.88
2272916--2273081	73	2.3	73	97	0	314	33	15	15	36	1.89
2272989--2273265	113	2.4	112	89	3	412	27	17	15	38	1.91
2273673--2273727	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
2274093--2274250	54	2.9	54	97	0	289	22	25	15	36	1.94
2275121--2275293	75	2.3	74	83	3	211	31	23	13	31	1.93
2276396--2276733	114	3.0	114	94	0	586	31	19	15	33	1.93
2278853--2278913	10	6.2	10	82	16	74	0	14	0	85	0.60
2278854--2278908	13	4.2	13	79	11	58	0	16	0	83	0.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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