genome.fa.s8959.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112293_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4521124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399269--2399345	40	1.9	40	81	5	93	24	18	27	29	1.98
2399437--2399591	41	3.8	41	81	5	170	36	15	18	29	1.91
2399436--2399594	83	1.9	83	83	5	205	36	15	18	30	1.91
2399436--2399609	41	4.2	40	77	6	125	36	14	17	31	1.90
2399428--2399613	83	2.2	82	77	10	198	35	15	16	32	1.90
2400843--2400940	43	2.3	43	80	7	110	26	18	23	31	1.97
2401018--2401406	41	9.4	41	79	5	340	29	19	15	34	1.93
2401018--2401406	166	2.3	166	85	3	507	29	19	15	34	1.93
2404981--2405030	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2410448--2410516	21	3.3	21	85	0	93	49	21	27	1	1.58
2410432--2410516	42	2.0	42	84	4	109	51	21	25	1	1.55
2410931--2411037	43	2.5	42	82	8	110	42	22	14	20	1.87
2410964--2411120	42	3.7	42	79	2	161	34	21	19	24	1.97
2411102--2411267	43	3.9	43	83	1	190	33	25	13	28	1.93
2411103--2411262	86	1.9	86	88	2	241	33	25	13	27	1.93
2412422--2412501	18	4.3	18	74	14	65	41	22	17	18	1.90
2418153--2418301	43	3.5	43	83	3	183	30	12	21	34	1.91
2418153--2418356	86	2.4	86	79	1	212	29	14	21	34	1.93
2418322--2418448	43	3.0	42	73	14	125	19	18	25	36	1.94
2418850--2418933	21	4.0	21	79	0	78	0	33	21	45	1.52
2427135--2427240	41	2.6	40	89	3	158	26	24	19	29	1.99
2428549--2428668	40	3.0	40	81	8	131	33	16	13	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428709--2428832	41	3.0	40	79	17	146	25	17	18	38	1.92
2428677--2428832	82	1.9	83	86	4	226	25	17	18	38	1.93
2428715--2428976	136	1.9	136	90	3	420	29	17	17	35	1.93
2432658--2432688	7	4.4	7	95	0	53	25	25	29	19	1.99
2439713--2439754	22	1.9	22	95	0	75	9	21	42	26	1.83
2442335--2442391	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
2446018--2446198	64	2.8	65	82	2	159	27	16	25	29	1.97
2446146--2446196	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2446039--2446198	65	2.5	65	84	3	198	28	15	25	30	1.96
2446415--2446454	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
2453003--2453035	14	2.3	15	89	5	50	36	0	3	60	1.12
2461860--2461897	20	1.9	20	88	0	58	31	23	13	31	1.93
2466823--2466855	14	2.3	15	89	5	50	21	24	6	48	1.72
2474423--2474485	24	2.6	25	73	9	69	19	20	22	38	1.94
2475286--2475321	18	2.0	18	100	0	72	61	11	5	22	1.50
2475791--2475900	20	5.3	21	70	9	73	33	12	18	35	1.88
2486914--2486956	23	1.9	23	90	4	70	30	13	16	39	1.87
2486942--2487001	22	2.7	23	74	7	61	26	21	20	31	1.98
2487014--2487068	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2496628--2496852	98	2.3	98	84	1	290	31	24	15	29	1.95
2496723--2497342	218	2.8	219	83	2	787	34	23	13	28	1.93
2500008--2500034	7	3.9	7	100	0	54	44	0	44	11	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503396--2503791	219	1.8	219	82	4	521	33	26	14	26	1.94
2503657--2503868	98	2.2	98	86	1	282	30	25	16	27	1.96
2503661--2503900	98	2.4	98	83	1	248	31	25	17	26	1.97
2508559--2508681	32	3.8	33	73	11	92	29	18	4	47	1.67
2508784--2508825	14	2.9	15	86	13	61	26	16	7	50	1.71
2508783--2508831	15	3.3	15	73	23	50	26	18	6	48	1.71
2509088--2509119	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2519404--2519468	30	2.2	30	78	15	73	46	3	9	41	1.51
2520510--2520696	64	2.9	64	83	5	200	30	18	21	29	1.97
2523263--2523307	20	2.1	22	88	8	67	37	24	17	20	1.93
2523276--2523358	22	3.8	22	77	7	89	30	21	24	24	1.99
2525684--2525743	22	2.7	22	94	0	102	23	26	25	25	2.00
2530355--2530394	21	1.9	21	89	0	62	30	10	7	52	1.62
2532442--2532486	19	2.4	19	96	0	81	15	31	20	33	1.93
2533382--2533442	32	1.9	32	90	6	97	68	0	6	24	1.13
2536533--2536568	13	2.8	13	91	4	56	72	0	13	13	1.13
2542426--2542467	19	2.2	19	86	0	57	16	26	19	38	1.92
2544790--2544822	5	6.6	5	92	0	57	39	21	18	21	1.93
2553741--2553788	24	2.0	24	91	0	78	14	33	33	18	1.91
2557551--2557598	20	2.5	19	80	6	60	20	6	16	56	1.62
2559893--2559947	29	2.0	29	80	19	66	41	5	3	49	1.43
2563096--2563168	2	36.5	2	97	0	137	1	49	0	49	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567374--2567412	20	2.0	20	84	0	51	20	10	23	46	1.81
2567568--2567607	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2578655--2578991	32	12.0	32	71	26	273	52	13	0	33	1.45
2578729--2578771	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2578697--2578857	54	3.0	54	96	0	295	52	13	0	34	1.45
2578731--2578779	22	2.2	22	88	3	71	53	14	2	30	1.52
2578783--2578825	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2578785--2578833	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2578655--2578937	86	3.4	85	82	8	314	53	13	0	33	1.43
2578788--2578937	80	1.9	80	95	0	273	54	14	0	31	1.41
2578665--2578991	134	2.4	137	91	4	527	52	13	0	33	1.46
2578868--2579002	54	2.5	54	95	0	234	51	12	0	34	1.45
2578917--2578959	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2578919--2578967	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2578990--2579049	15	4.0	15	91	0	93	48	0	0	51	1.00
2578990--2579049	30	2.0	30	96	0	111	48	0	0	51	1.00
2586088--2586146	24	2.5	23	80	2	73	20	20	23	35	1.96
2586695--2586728	17	2.1	17	88	5	52	44	8	17	29	1.79
2589844--2589927	42	2.0	42	83	4	107	50	14	16	19	1.79
2590787--2590830	19	2.3	19	84	0	61	56	22	4	15	1.57
2593048--2593126	7	11.4	7	80	11	76	79	0	18	1	0.80
2593042--2593126	6	14.0	6	72	18	61	80	0	18	1	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593036--2593126	20	4.6	19	80	14	96	79	0	18	2	0.84
2593035--2593126	25	3.5	25	78	15	96	79	0	18	2	0.84
2593035--2593119	33	2.6	32	78	17	93	78	0	18	2	0.85
2594628--2594816	52	3.7	51	88	5	256	36	16	24	22	1.94
2596428--2596842	177	2.4	177	92	0	688	32	18	20	29	1.96
2596868--2597570	123	5.7	124	87	2	828	38	15	19	25	1.92
2596882--2597556	369	1.8	370	84	2	919	38	16	20	25	1.92
2597690--2597722	17	1.9	17	93	0	57	27	0	3	69	1.03
2602574--2602825	74	3.4	74	81	1	263	32	19	25	22	1.97
2602851--2603702	201	4.2	199	78	2	783	35	20	16	27	1.94
2602851--2603709	402	2.1	401	78	3	893	35	20	16	27	1.94
2604839--2604863	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2604982--2605028	23	2.0	23	84	8	60	23	4	6	65	1.33
2606245--2606277	16	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
2609175--2609206	16	2.0	16	100	0	64	25	12	6	56	1.59
2611157--2611214	26	2.2	25	82	11	64	36	1	5	56	1.32
2611739--2611808	23	3.0	23	89	0	104	22	21	22	32	1.98
2611796--2611836	21	1.9	22	85	5	57	31	17	19	31	1.95
2612959--2613445	131	3.7	130	89	0	650	39	16	11	33	1.84
2612959--2613445	261	1.9	261	85	0	677	39	16	11	33	1.84
2615710--2616283	134	4.3	135	79	5	581	31	16	22	30	1.95
2615723--2616283	267	2.1	269	85	4	747	30	16	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617550--2617605	21	2.5	21	85	8	67	7	16	0	76	0.99
2617550--2617592	10	4.2	10	80	14	52	6	16	0	76	0.99
2628123--2628623	131	3.8	131	83	2	612	38	16	12	32	1.86
2629227--2629297	29	2.5	28	80	8	81	61	7	9	21	1.50
2630662--2630709	3	16.0	3	91	0	69	68	0	0	31	0.90
2636695--2636732	20	1.9	20	94	0	67	31	5	31	31	1.80
2645738--2645780	23	1.9	22	90	4	68	67	0	0	32	0.91
2647496--2647542	18	2.6	18	96	0	85	21	8	23	46	1.78
2655461--2655505	22	2.0	22	82	0	54	33	6	13	46	1.69
2655664--2655827	59	2.8	59	86	3	224	31	14	24	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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