genome.fa.s8959.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112293_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4521124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2278860--2278929	1	70.0	1	73	0	59	0	10	2	87	0.65
2278872--2278930	8	7.0	8	80	17	66	0	10	3	86	0.68
2278853--2278929	19	4.0	20	81	13	90	0	11	2	85	0.69
2283278--2283313	14	2.6	15	83	16	51	77	2	0	19	0.88
2283280--2283313	17	2.0	17	88	11	52	76	2	0	20	0.92
2283827--2284035	115	1.8	115	89	3	332	41	11	10	37	1.74
2285527--2285597	3	23.7	3	81	16	76	60	0	0	39	0.97
2286574--2286676	11	8.7	11	68	26	52	25	24	26	24	2.00
2286575--2286655	24	3.4	24	98	0	153	24	24	27	23	2.00
2286586--2286654	13	5.6	13	70	25	60	24	26	27	21	1.99
2287765--2287797	17	1.9	17	88	11	50	12	12	18	57	1.64
2291788--2291861	21	3.5	21	84	0	76	47	22	4	25	1.69
2291934--2292058	61	2.0	63	96	3	236	48	3	3	45	1.34
2292010--2292039	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
2291994--2292117	37	3.2	37	69	22	119	44	2	3	50	1.31
2292024--2292104	33	2.5	31	76	9	81	48	2	2	46	1.28
2292089--2292118	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
2292210--2292241	15	2.1	15	94	0	55	18	15	12	53	1.73
2292278--2292315	10	3.8	10	100	0	76	50	10	0	39	1.37
2293437--2293484	25	1.9	25	95	0	87	16	8	20	54	1.68
2296152--2296209	13	4.5	13	77	12	57	51	0	1	46	1.11
2296142--2296212	21	3.6	21	72	25	64	54	0	1	43	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296142--2296225	30	2.9	30	80	18	81	52	1	1	45	1.16
2296210--2296352	36	4.2	36	73	15	149	35	8	2	53	1.46
2296208--2296400	43	4.5	43	77	16	161	35	8	2	53	1.44
2296204--2296400	65	3.0	65	78	12	201	36	8	2	53	1.43
2296208--2296392	14	12.9	14	70	20	93	36	8	2	53	1.43
2296239--2296400	44	3.7	43	78	11	152	35	9	1	53	1.44
2296229--2296400	22	7.9	21	78	12	138	34	8	2	54	1.44
2296460--2296509	16	3.0	17	68	26	52	44	16	0	40	1.47
2298402--2298481	29	2.8	28	88	5	124	22	7	27	42	1.80
2298934--2298973	21	1.9	21	89	0	62	27	5	20	47	1.70
2298941--2299012	21	3.4	21	75	3	56	25	1	25	48	1.59
2299087--2299140	15	3.4	15	87	12	81	40	1	7	50	1.41
2299087--2299140	17	3.2	17	89	7	76	40	1	7	50	1.41
2299111--2299156	20	2.3	20	85	3	58	39	8	6	45	1.61
2299656--2299767	2	57.0	2	82	10	133	45	2	3	48	1.34
2299950--2299991	2	21.0	2	95	0	75	47	2	0	50	1.14
2300086--2300276	95	2.0	96	98	1	375	46	12	16	24	1.82
2300288--2300356	19	3.5	20	80	5	88	23	28	0	47	1.52
2300324--2300383	27	2.2	27	82	5	68	28	21	0	50	1.49
2300465--2300671	2	107.0	2	67	23	79	44	3	3	48	1.36
2300530--2300575	13	3.5	14	85	8	53	34	6	8	50	1.59
2303331--2303409	30	2.6	31	86	6	99	35	18	13	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303342--2303409	31	2.2	30	89	2	109	33	20	11	33	1.89
2303805--2303863	15	3.8	16	70	18	52	30	10	30	28	1.90
2307796--2307835	11	3.8	11	78	21	50	57	0	0	42	0.98
2307800--2307836	9	3.5	11	82	17	51	64	0	0	35	0.94
2317203--2317300	49	2.0	49	97	0	187	48	9	12	29	1.71
2319008--2319061	24	2.2	25	83	9	67	59	5	1	33	1.31
2319774--2319827	23	2.4	22	79	11	65	50	0	0	50	1.00
2321265--2321305	22	1.9	21	85	5	55	56	0	0	43	0.99
2324944--2325032	30	3.0	30	73	16	78	43	5	15	34	1.70
2329805--2329902	40	2.5	39	86	3	142	22	16	29	31	1.96
2345751--2345815	33	2.0	33	93	6	114	43	9	15	32	1.78
2349785--2349823	18	2.2	18	95	0	69	12	5	20	61	1.50
2350212--2350271	27	2.3	26	78	16	70	46	3	0	50	1.18
2350441--2350487	18	2.6	18	83	6	60	55	2	0	42	1.12
2351498--2351552	26	2.1	26	82	3	65	49	3	3	43	1.37
2351522--2351567	14	3.4	14	70	11	51	45	2	0	52	1.13
2351512--2351582	26	2.7	26	93	4	115	45	4	2	47	1.36
2351796--2351846	14	3.6	14	82	10	59	41	15	0	43	1.47
2351796--2351837	15	2.9	15	80	16	52	40	16	0	42	1.48
2352233--2352281	18	2.6	19	87	6	64	24	0	2	73	0.94
2354392--2354675	141	2.0	139	89	6	432	27	12	17	42	1.85
2355190--2355241	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355297--2355490	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2355293--2355490	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
2355297--2355489	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2355869--2355939	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2356060--2356114	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2356060--2356130	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2356126--2356223	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2356148--2356237	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2356131--2356245	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2357942--2358413	185	2.6	185	98	0	917	22	12	18	46	1.82
2357942--2358413	93	5.1	93	97	1	903	22	12	18	46	1.82
2358456--2358584	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2358492--2358584	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2358456--2358584	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2358580--2358714	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2358602--2358658	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2358585--2358677	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2360620--2360655	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2360762--2360863	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
2360892--2361146	19	14.4	19	80	16	316	14	20	18	47	1.83
2360870--2361079	52	3.9	52	83	9	246	15	20	17	46	1.84
2360870--2361146	90	3.2	90	88	7	389	14	20	18	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360854--2361146	142	2.1	139	91	5	466	15	20	18	46	1.84
2360892--2361118	52	4.2	55	91	6	305	14	21	17	47	1.83
2360911--2361146	33	6.8	33	80	12	201	13	20	18	47	1.83
2363430--2363454	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2363629--2363675	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2364358--2364726	20	18.5	20	86	5	451	20	18	26	34	1.96
2367255--2367295	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
2368163--2368201	19	2.0	20	85	14	55	0	15	7	76	0.99
2368710--2368813	3	34.7	3	96	0	190	65	0	0	32	1.06
2369067--2369837	113	6.8	112	94	3	1224	31	19	11	37	1.87
2369067--2369832	230	3.4	225	92	4	1243	31	19	11	37	1.87
2370571--2371194	81	7.6	82	94	2	981	36	21	13	28	1.92
2370571--2371185	165	3.7	163	92	3	986	36	21	13	28	1.92
2371754--2371795	19	2.2	20	91	4	68	52	11	4	30	1.59
2372123--2372195	10	7.1	10	86	6	101	0	15	0	84	0.61
2379512--2379542	15	2.1	15	93	0	53	41	9	19	29	1.83
2383560--2383600	20	2.0	21	85	4	57	58	2	2	36	1.24
2384470--2384508	19	2.0	20	85	14	55	0	15	7	76	0.99
2385016--2385120	3	34.7	3	94	1	183	65	0	0	32	1.05
2386888--2386921	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
2387035--2387217	44	4.2	42	72	14	104	24	19	18	38	1.93
2389829--2390079	42	5.9	42	81	7	247	33	19	23	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389847--2390079	87	2.7	84	85	3	304	33	18	23	24	1.97
2389847--2390081	129	1.8	128	83	5	312	32	18	23	25	1.97
2391485--2391526	22	2.0	21	85	4	57	42	4	7	45	1.52
2394493--2394683	83	2.3	82	81	6	215	38	16	14	30	1.88
2394568--2394818	135	1.9	135	81	8	314	36	17	13	31	1.90
2394797--2394924	41	3.1	41	69	16	111	40	16	12	30	1.85
2394721--2394933	82	2.6	83	82	5	245	38	17	10	32	1.85
2395765--2396093	83	4.0	82	82	5	322	33	17	17	31	1.93
2395787--2396093	85	3.7	85	83	6	292	33	16	18	31	1.93
2398083--2398113	16	1.9	16	93	0	53	58	6	0	35	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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