genome.fa.s8959.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112293_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4521124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747818--747862	23	2.0	23	90	0	72	40	13	8	37	1.76
748851--748879	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
754295--754393	49	2.0	48	94	1	171	34	23	6	36	1.79
757515--757585	36	2.0	35	94	2	124	46	15	5	32	1.69
757525--757584	21	3.1	21	64	26	60	48	15	5	31	1.66
761255--761288	16	2.1	17	88	5	52	44	20	0	35	1.52
761696--761772	35	2.2	35	90	4	120	44	18	5	32	1.72
762090--762137	23	2.1	23	84	0	60	35	10	18	35	1.85
762369--762857	199	2.4	199	96	0	888	29	16	14	38	1.89
762964--763024	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
762976--763024	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
764815--764880	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
764914--764978	21	3.1	21	93	0	103	18	29	12	40	1.87
767004--767056	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
767196--767238	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
767201--767247	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
767382--767428	20	2.3	20	89	10	78	17	19	8	55	1.67
767168--767640	181	2.6	182	90	1	718	26	17	13	42	1.87
770420--770639	59	3.8	56	78	13	196	57	7	16	19	1.62
770420--770647	89	2.6	87	79	13	227	57	7	15	18	1.61
770420--770647	30	7.7	29	77	11	207	57	7	15	18	1.61
772126--772176	3	17.3	3	88	11	79	68	1	0	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772129--772192	15	4.4	14	84	11	83	70	3	0	26	1.02
772381--772785	129	3.1	128	81	6	409	24	19	31	24	1.98
772381--772863	132	3.7	128	80	5	423	24	18	31	25	1.97
775819--775862	19	2.2	20	84	4	63	43	2	22	31	1.66
775929--776068	65	2.1	67	80	10	164	32	16	24	26	1.96
776603--776701	22	4.5	22	85	7	121	16	24	28	31	1.96
776605--776708	43	2.4	43	90	3	154	17	24	27	30	1.97
782351--782407	20	2.8	20	100	0	114	29	17	26	26	1.97
782938--783043	22	4.9	22	92	2	178	16	25	30	28	1.96
784912--785120	64	3.3	63	79	10	201	31	22	19	26	1.98
789918--790062	24	6.5	23	64	22	69	24	24	20	30	1.98
789897--790040	65	2.2	65	98	0	279	27	25	18	29	1.98
795892--795925	17	1.9	18	88	5	52	58	8	8	23	1.56
796280--796473	30	6.5	30	72	11	114	59	9	14	15	1.60
796401--796489	30	3.0	30	83	0	124	57	10	12	20	1.63
796961--796994	2	17.0	2	93	0	59	47	0	52	0	1.00
797989--798025	3	12.3	3	88	11	58	67	2	0	29	1.04
797955--798042	24	3.8	22	78	13	63	69	3	1	26	1.11
797981--798025	15	3.1	15	87	3	65	71	2	0	26	0.98
798927--798968	20	2.1	20	100	0	84	19	0	9	71	1.13
799981--800034	24	2.3	23	83	3	63	33	22	24	20	1.97
799995--800115	23	5.3	23	70	8	77	33	23	23	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801914--801970	22	2.5	22	83	13	64	75	5	1	17	1.07
801908--801953	16	2.8	16	83	6	56	76	6	2	15	1.09
801908--801972	22	3.0	20	78	17	58	73	6	3	16	1.16
801965--802079	51	2.3	50	81	13	128	56	6	13	23	1.61
802355--802385	14	2.2	14	100	0	62	54	6	19	19	1.65
803247--803277	16	1.9	16	100	0	62	0	12	48	38	1.42
803499--803675	91	1.9	92	89	1	275	27	19	22	31	1.98
803733--804101	39	9.5	39	90	1	546	34	14	17	32	1.91
803883--803981	19	5.2	19	63	18	62	32	19	20	28	1.97
805446--805769	55	5.9	55	86	4	409	36	17	9	36	1.83
806185--806262	19	3.8	20	74	12	70	28	17	12	41	1.87
806117--806296	94	1.9	95	82	4	229	27	20	13	38	1.90
806210--806262	22	2.6	20	75	18	56	30	16	13	39	1.87
812466--812733	55	4.9	55	90	0	394	36	16	10	36	1.84
816135--816407	55	4.9	55	90	3	413	34	17	12	35	1.87
824996--825032	14	2.8	14	84	12	51	48	16	0	35	1.46
825383--825461	40	2.0	39	97	2	149	25	27	18	27	1.98
825483--825551	18	3.8	18	80	3	77	24	33	23	18	1.97
828500--828568	30	2.3	31	82	9	81	24	2	4	68	1.22
828652--828715	31	2.1	31	87	0	92	42	3	1	53	1.26
828762--828882	36	3.6	35	78	15	114	53	0	4	42	1.20
828724--828883	29	5.1	31	72	17	123	53	0	4	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830605--830656	15	3.3	17	82	15	67	63	0	0	36	0.95
830605--830656	8	6.6	8	82	10	63	63	0	0	36	0.95
830605--830656	24	2.2	24	89	3	79	63	0	0	36	0.95
839516--839605	15	6.0	14	75	17	67	66	3	0	30	1.07
839516--839575	31	1.9	32	83	10	79	70	1	0	28	0.97
839548--839603	27	2.0	28	83	10	71	67	3	0	28	1.07
839517--839609	17	6.1	16	70	25	58	65	3	0	31	1.08
839594--839656	24	2.7	22	74	13	63	57	0	3	39	1.15
840915--840946	15	2.1	16	88	11	50	28	0	0	71	0.86
840908--840974	21	3.1	21	78	4	62	41	0	1	56	1.08
843573--843611	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
853323--853392	35	2.0	35	100	0	140	45	17	5	31	1.71
855581--855638	4	14.0	4	77	10	55	67	3	5	24	1.27
857850--858105	91	2.8	92	95	2	460	23	19	24	32	1.97
858084--858126	21	2.0	21	100	0	86	18	23	18	39	1.92
857901--858614	186	3.6	206	89	8	949	22	17	25	33	1.96
858105--858614	94	5.4	94	98	0	970	22	17	25	34	1.96
858105--858614	186	2.7	188	97	1	970	22	17	25	34	1.96
859378--859423	9	5.0	9	92	5	74	2	21	0	76	0.90
866576--866609	17	1.9	18	88	5	52	70	5	2	20	1.21
869805--869834	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
877884--877916	16	2.1	16	100	0	66	18	0	36	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877876--877925	16	2.7	19	76	23	61	18	4	34	44	1.68
879061--879116	3	19.0	3	89	10	89	33	0	0	66	0.92
881938--881993	16	3.5	15	76	9	58	53	25	10	10	1.67
882988--883028	21	2.0	21	100	0	82	24	29	24	21	1.99
887978--888015	20	2.0	19	85	10	51	28	15	31	23	1.96
888758--888815	21	2.7	21	83	2	71	18	13	31	36	1.90
895290--895335	21	2.2	21	84	0	56	34	13	13	39	1.83
900422--900469	23	2.1	23	84	0	60	29	16	25	29	1.97
904633--904670	15	2.5	15	86	0	58	34	28	21	15	1.94
905714--905771	20	3.0	19	75	7	55	56	0	1	41	1.09
908639--908677	21	1.9	20	89	5	60	66	23	0	10	1.22
916261--916312	16	3.3	16	74	15	54	44	19	3	32	1.69
916255--916313	31	1.9	30	89	3	91	42	18	5	33	1.72
916268--916329	16	3.9	16	77	14	58	43	17	8	30	1.78
925408--925565	45	3.5	44	80	11	169	37	8	17	36	1.81
925784--926234	58	7.8	57	83	5	462	36	9	11	42	1.73
926190--926273	43	1.9	44	85	2	116	41	5	9	42	1.62
926134--926319	101	1.8	101	81	4	232	38	6	10	44	1.65
926290--926475	39	4.8	39	82	4	216	37	4	14	44	1.65
926509--926644	39	3.6	37	71	9	107	36	10	11	41	1.76
926508--926644	73	1.9	73	83	3	177	35	10	12	41	1.77
929310--929666	2	188.0	2	66	26	140	39	1	5	52	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929397--929760	5	68.4	5	67	26	118	38	1	4	55	1.31
929485--929760	3	90.7	3	67	26	104	38	1	3	56	1.26
929323--929753	7	59.3	7	72	19	248	38	1	5	54	1.34
929323--929753	22	19.9	21	71	19	229	38	1	5	54	1.34
929498--929759	29	9.5	27	72	21	135	37	1	3	57	1.26
929490--929769	26	11.3	25	72	20	134	37	1	3	57	1.25
930816--930878	20	3.2	19	78	13	65	26	1	0	71	0.95
930828--930864	9	3.9	10	86	6	51	27	0	0	72	0.84
930828--930878	19	2.6	19	82	14	59	25	0	0	74	0.82
930829--930870	15	2.9	15	82	10	52	26	0	0	73	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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