genome.fa.s8959.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112293_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4521124

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2659175--2659206	12	2.7	12	95	0	55	18	34	21	25	1.96
2662163--2662547	205	1.8	206	86	4	558	32	16	15	36	1.90
2662832--2662895	23	2.8	23	90	0	92	39	21	18	20	1.93
2669272--2669451	59	3.1	59	90	0	272	28	16	24	30	1.96
2675828--2676023	59	3.3	59	86	1	277	27	17	24	30	1.97
2676557--2676603	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2676790--2676823	14	2.4	14	85	0	50	44	14	5	35	1.70
2677258--2677306	22	2.3	22	89	3	73	26	30	14	28	1.95
2677297--2677525	118	1.9	120	88	1	345	38	17	15	28	1.90
2682121--2682263	72	2.0	72	88	0	214	27	20	21	29	1.98
2682343--2682405	30	2.1	29	83	13	76	28	30	9	31	1.89
2683033--2683087	28	2.0	28	81	0	65	27	9	20	43	1.81
2683106--2683135	12	2.5	12	100	0	60	30	0	20	50	1.49
2683085--2683209	58	2.2	58	95	0	223	26	2	25	45	1.66
2683164--2683193	12	2.5	12	94	0	51	33	0	20	46	1.51
2683408--2683450	19	2.3	19	84	8	52	27	2	13	55	1.51
2684171--2684268	30	3.3	30	82	5	110	44	21	17	16	1.86
2686163--2686275	26	4.3	26	85	6	149	30	13	12	44	1.80
2686191--2686275	13	6.5	13	78	10	84	28	11	14	45	1.79
2686950--2686992	16	2.7	16	82	7	52	18	6	16	58	1.60
2687437--2687521	28	3.0	28	71	10	91	23	5	30	40	1.78
2687566--2687592	14	1.9	14	100	0	54	7	7	14	70	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687764--2687842	26	3.0	26	92	0	140	32	24	7	35	1.83
2691657--2691685	6	4.8	6	100	0	58	0	0	34	65	0.93
2693620--2694547	397	2.4	387	85	5	1206	32	15	11	40	1.84
2712242--2712305	31	2.1	31	82	5	76	35	23	20	20	1.96
2713104--2713399	59	5.0	59	87	0	414	47	15	5	31	1.69
2713104--2713399	118	2.5	117	90	1	457	47	15	5	31	1.69
2713909--2713946	20	1.9	20	94	0	67	21	10	10	57	1.61
2717310--2717660	59	6.0	59	89	3	530	45	15	7	31	1.74
2717310--2717660	117	3.0	116	90	2	533	45	15	7	31	1.74
2719595--2719670	32	2.4	32	78	10	93	34	34	18	13	1.89
2720560--2720775	29	7.4	28	63	13	87	44	15	6	33	1.72
2720504--2720785	58	4.8	59	87	3	374	45	14	6	33	1.70
2721325--2721362	20	1.9	20	94	0	67	21	10	10	57	1.61
2723750--2723785	3	12.0	3	93	0	63	66	2	0	30	1.06
2723829--2723865	12	3.0	12	88	4	56	40	0	0	59	0.97
2731383--2731756	185	2.0	186	99	0	741	31	5	18	44	1.74
2739294--2739368	30	2.5	30	82	4	89	41	8	18	32	1.80
2744285--2744471	32	5.9	32	76	5	139	31	11	19	37	1.88
2745705--2745792	38	2.4	37	82	5	115	44	15	18	21	1.87
2746702--2747296	238	2.5	235	82	4	707	35	15	16	31	1.91
2747557--2747692	46	3.0	46	94	0	227	46	14	5	33	1.69
2747649--2747815	53	3.1	54	80	4	185	42	19	7	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749907--2749958	22	2.2	24	86	10	72	0	19	0	80	0.71
2749908--2749956	14	3.6	14	78	15	50	0	20	0	79	0.73
2749908--2749975	33	2.1	31	82	15	77	1	17	1	79	0.88
2749950--2749999	22	2.5	20	84	15	75	4	16	6	74	1.17
2749907--2749977	9	8.8	8	80	11	58	1	18	1	78	0.89
2749907--2749977	34	2.2	30	80	14	79	1	18	1	78	0.89
2749958--2750016	22	2.7	22	94	0	100	6	15	6	71	1.29
2751907--2751965	31	2.0	28	87	9	82	64	11	13	10	1.50
2752733--2752955	110	2.0	110	99	0	437	37	10	23	28	1.88
2756154--2756180	8	3.4	8	100	0	54	62	0	0	37	0.95
2756232--2756660	38	11.9	35	74	17	282	45	3	5	45	1.43
2756276--2756343	27	2.5	28	83	6	79	45	2	4	47	1.38
2756303--2756637	77	4.5	76	83	10	353	45	3	5	45	1.43
2756330--2756637	116	2.8	114	80	12	342	45	3	4	45	1.43
2756643--2756714	20	3.5	20	81	11	65	30	4	1	63	1.21
2756669--2756733	10	6.8	9	77	18	51	26	3	0	70	1.01
2756669--2756713	5	9.0	5	87	7	56	22	4	0	73	1.01
2756752--2756782	15	2.1	15	100	0	62	54	12	19	12	1.70
2757952--2758013	27	2.2	27	82	5	70	17	3	3	75	1.07
2758024--2758076	27	2.0	26	85	3	70	26	5	0	67	1.12
2758270--2758300	6	5.0	6	92	7	53	32	0	0	67	0.91
2761100--2761156	29	1.9	28	86	10	78	15	10	15	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763039--2764229	165	7.2	164	77	6	961	30	24	19	26	1.98
2763030--2764229	249	4.8	249	89	0	1627	30	24	19	26	1.98
2764846--2765243	74	5.5	73	80	11	382	46	3	5	44	1.42
2764859--2765274	38	11.5	33	71	17	142	46	2	5	45	1.40
2765262--2765316	25	2.2	25	87	3	76	30	3	1	63	1.22
2766554--2766651	14	6.3	14	70	22	54	21	3	3	72	1.12
2769183--2769215	12	2.8	12	90	4	50	3	36	15	45	1.61
2774741--2774767	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
2775484--2775524	15	2.7	15	96	0	73	24	31	0	43	1.54
2785221--2785265	22	2.0	22	87	8	65	46	0	0	53	1.00
2785275--2785314	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2786664--2786731	20	3.2	20	69	20	50	29	2	2	64	1.22
2786708--2786786	35	2.3	33	79	14	88	32	2	1	63	1.16
2788722--2789098	189	2.0	187	96	3	704	33	20	16	29	1.95
2789045--2789157	56	2.0	56	98	0	217	30	19	21	29	1.97
2793923--2794104	93	2.0	93	97	0	346	30	13	19	36	1.90
2794013--2794219	115	1.8	115	89	0	324	31	14	21	32	1.93
2796156--2796315	59	2.9	54	81	9	203	38	15	22	23	1.93
2796676--2796731	23	2.5	23	91	2	96	33	10	14	41	1.80
2797407--2797943	76	7.1	76	96	0	959	22	20	21	35	1.96
2798099--2798149	3	16.3	3	80	8	57	41	0	0	58	0.98
2798097--2798146	16	3.1	16	78	18	59	42	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798091--2798136	22	2.1	22	88	8	67	47	0	0	52	1.00
2798105--2798160	19	3.1	18	77	15	62	42	0	0	57	0.99
2801103--2801454	43	8.2	43	80	6	333	34	18	22	25	1.96
2801091--2801411	85	3.8	85	79	5	307	33	17	22	26	1.96
2801103--2801411	128	2.4	128	86	4	410	33	18	22	25	1.96
2804596--2804629	17	1.9	18	88	5	52	0	2	23	73	0.97
2804593--2804636	20	2.2	20	92	4	72	0	4	25	70	1.06
2805124--2805180	3	18.7	3	82	10	71	64	0	0	35	0.93
2805126--2805183	11	5.4	11	77	22	61	65	0	0	34	0.93
2805124--2805183	14	4.2	14	85	10	86	65	0	0	35	0.93
2805636--2805732	39	2.5	40	94	1	169	18	21	9	50	1.74
2805527--2805846	152	2.1	149	85	6	432	25	20	12	41	1.87
2805677--2805976	113	2.7	113	92	1	478	24	20	15	40	1.91
2805983--2806098	58	2.0	58	100	0	232	36	17	18	27	1.94
2806041--2806339	76	3.9	76	94	0	517	35	20	19	24	1.95
2807018--2807070	22	2.4	22	93	0	97	41	13	11	33	1.80
2809568--2809901	114	2.9	114	93	0	562	29	20	16	33	1.94
2816721--2816752	15	2.1	15	100	0	64	25	34	25	15	1.95
2816872--2816924	25	2.1	26	82	10	65	71	0	1	26	0.96
2817766--2817828	22	3.0	22	75	15	69	71	1	3	23	1.09
2818617--2818656	20	2.0	20	90	0	62	0	5	25	70	1.08
2819157--2819213	3	18.7	3	82	10	71	64	0	0	35	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2819159--2819216	11	5.4	11	77	22	61	65	0	0	34	0.93
2819157--2819216	14	4.2	14	85	10	86	65	0	0	35	0.93
2819284--2819415	67	2.0	67	100	0	264	47	18	9	24	1.78
2820876--2821015	75	1.9	75	81	3	174	51	15	5	27	1.64
2822259--2822579	41	7.8	41	83	4	331	36	17	18	27	1.93
2822243--2822579	123	2.7	125	81	4	385	37	17	17	27	1.92
2822243--2822621	125	3.0	124	80	5	338	36	17	18	27	1.94
2827750--2827786	19	1.9	19	89	10	58	51	2	0	45	1.15
2829293--2829614	161	2.0	161	100	0	644	25	25	18	30	1.98
2832376--2832485	24	4.6	24	91	0	175	23	15	20	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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