genome.fa.s9463.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009463.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113726_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3931635

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106279--2106347	24	2.7	26	78	15	72	42	23	2	31	1.69
2106225--2106347	54	2.3	53	85	10	164	42	26	1	30	1.65
2106330--2106413	25	3.2	26	73	20	75	47	26	4	21	1.70
2106320--2106493	54	3.1	54	82	9	183	50	20	5	23	1.68
2106461--2106603	30	5.1	29	77	16	131	53	20	4	21	1.63
2106406--2106603	81	2.3	84	89	5	294	53	19	4	22	1.64
2112722--2112767	21	2.2	22	84	11	69	39	19	41	0	1.52
2112728--2112767	21	1.9	21	94	0	71	37	20	42	0	1.52
2113188--2113270	44	1.9	43	90	2	130	32	22	15	28	1.95
2113435--2113597	42	3.8	43	79	4	127	30	22	18	28	1.97
2113419--2113615	43	4.6	43	76	8	168	28	22	21	27	1.99
2114195--2114222	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2114540--2114566	13	2.1	13	100	0	54	59	7	7	25	1.51
2121553--2121591	15	2.4	17	79	12	55	61	2	0	35	1.10
2121555--2121606	22	2.3	22	87	9	70	57	1	1	38	1.21
2121553--2121602	16	3.1	16	80	13	59	60	2	2	36	1.20
2126137--2126183	17	2.6	18	86	10	60	70	8	6	14	1.32
2126173--2126240	29	2.4	28	80	11	75	58	7	14	19	1.59
2128153--2128197	24	2.0	22	86	8	63	53	0	0	46	1.00
2132131--2132197	21	3.2	21	82	0	80	28	26	10	34	1.90
2134112--2134150	20	1.9	20	89	5	60	0	5	15	79	0.90
2138409--2138469	29	2.1	30	84	3	79	59	4	13	22	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139375--2139440	32	2.1	32	97	0	123	18	19	27	34	1.95
2139379--2139457	32	2.5	32	87	0	113	22	22	22	31	1.98
2143795--2143860	16	4.5	15	69	23	52	46	3	6	43	1.43
2143837--2143885	8	6.5	8	72	13	50	38	0	10	51	1.36
2143897--2143942	13	3.3	14	77	20	51	43	6	2	47	1.41
2143874--2143999	26	4.6	26	75	14	101	44	2	4	48	1.36
2143932--2144014	26	3.2	26	85	1	103	45	0	8	45	1.33
2143953--2144121	11	14.5	11	65	23	53	44	3	8	43	1.52
2144063--2144114	24	2.2	24	86	6	70	50	5	3	40	1.45
2146161--2146191	16	1.9	16	100	0	62	32	0	12	54	1.38
2146591--2146632	21	2.0	22	90	4	68	57	2	2	38	1.25
2146815--2146846	11	2.9	11	90	0	55	68	3	0	28	1.04
2148383--2148414	3	10.3	3	93	6	55	62	0	0	37	0.95
2148881--2148972	32	2.9	32	98	0	175	46	9	5	38	1.60
2149096--2149163	33	2.1	33	97	0	127	16	27	13	42	1.85
2149266--2149340	32	2.3	33	84	6	91	36	30	20	13	1.91
2160916--2160962	18	2.5	19	86	6	60	48	6	12	31	1.66
2162532--2162607	21	3.6	21	96	0	125	28	30	18	22	1.97
2164474--2164667	49	4.0	48	89	2	280	38	15	22	24	1.92
2165559--2165587	14	2.1	14	100	0	58	41	0	34	24	1.55
2169338--2169389	22	2.4	22	86	0	68	34	5	7	51	1.54
2174866--2174898	2	16.5	2	87	12	50	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174952--2174984	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
2175006--2175169	85	1.9	85	93	0	283	31	18	20	29	1.96
2175148--2175195	13	3.7	13	97	0	87	33	16	20	29	1.95
2175141--2175195	26	2.1	26	86	0	74	36	14	20	29	1.92
2175709--2175756	19	2.5	20	86	3	62	47	6	14	31	1.69
2177316--2177369	21	2.5	23	88	8	78	33	24	16	25	1.96
2179252--2179546	49	6.0	49	86	2	396	38	15	21	24	1.92
2184116--2184162	22	2.1	22	88	0	67	34	6	8	51	1.58
2189158--2189352	95	2.0	97	96	3	360	25	15	10	48	1.76
2193121--2193170	13	3.8	13	89	0	82	36	20	10	34	1.86
2193393--2193440	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
2201872--2201931	20	3.0	21	76	9	63	13	16	30	40	1.87
2203647--2203698	21	2.5	21	71	6	52	28	13	11	46	1.78
2207810--2207841	15	2.0	17	88	11	50	56	0	0	43	0.99
2208988--2209022	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2212492--2212822	35	8.7	38	83	10	428	45	3	7	42	1.50
2212846--2212897	14	3.7	13	82	12	59	15	3	3	76	1.07
2212854--2212897	21	2.1	21	87	4	63	13	4	4	77	1.08
2221189--2221285	44	2.2	44	89	3	153	17	16	3	62	1.45
2226211--2226262	24	2.2	24	96	0	95	46	9	5	38	1.61
2226830--2226901	28	2.6	28	86	0	90	37	26	15	20	1.92
2228208--2228509	126	2.4	124	87	1	424	32	15	26	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229225--2229309	36	2.3	37	90	6	129	34	24	16	24	1.95
2229295--2230866	214	7.3	214	90	1	2375	32	15	19	32	1.93
2229879--2229980	41	2.5	42	79	6	109	24	21	22	31	1.98
2230095--2230201	42	2.6	41	80	1	124	24	22	22	30	1.99
2229295--2230866	430	3.7	431	93	1	2502	32	15	19	32	1.93
2229295--2230861	644	2.4	641	89	2	2410	32	15	19	32	1.93
2231484--2231542	24	2.4	24	83	16	84	32	30	15	22	1.94
2238282--2238625	37	9.2	37	87	4	471	47	3	6	42	1.46
2240187--2240219	12	2.8	12	86	13	50	39	0	0	60	0.97
2243062--2243095	16	2.1	16	88	0	50	35	8	23	32	1.86
2249804--2249864	23	2.7	23	97	0	113	44	0	6	49	1.28
2257353--2257440	42	2.1	42	95	0	158	21	15	14	47	1.82
2257580--2257669	39	2.3	40	77	15	100	47	2	0	50	1.13
2257642--2257708	21	3.1	21	76	8	55	53	0	0	46	1.00
2257676--2257710	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
2257674--2257747	23	3.2	23	94	0	121	54	0	2	43	1.14
2257672--2257736	8	8.4	8	72	6	53	56	0	1	41	1.08
2257660--2257773	23	4.5	26	73	18	89	50	0	1	48	1.11
2257824--2257892	19	3.6	18	71	21	52	49	1	1	47	1.19
2257887--2257931	23	2.0	23	82	8	56	55	2	2	40	1.24
2258229--2258263	14	2.5	14	90	0	52	31	20	14	34	1.92
2258273--2258328	14	3.9	14	74	4	58	35	17	3	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258272--2258326	29	1.9	28	92	3	92	34	16	3	45	1.65
2258470--2258497	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2259092--2259128	16	2.3	16	100	0	74	27	27	24	21	1.99
2260857--2260938	25	3.2	25	68	10	67	28	12	18	41	1.86
2260854--2261039	51	3.6	51	82	5	214	31	13	17	38	1.88
2261003--2261201	102	2.0	102	79	6	215	27	7	20	44	1.78
2261056--2261236	51	3.6	50	87	1	245	26	5	21	46	1.73
2262083--2262323	45	5.3	45	92	1	392	24	21	6	48	1.73
2262083--2262323	91	2.7	91	93	0	412	24	21	6	48	1.73
2262255--2262325	22	3.2	22	63	11	54	21	21	7	50	1.71
2262351--2262556	68	3.0	68	89	0	304	30	22	15	31	1.95
2262838--2263409	59	9.8	59	91	1	902	37	19	11	31	1.88
2262834--2263409	234	2.5	235	91	2	910	37	19	11	31	1.87
2263835--2263887	22	2.5	20	80	11	61	28	30	13	28	1.94
2263875--2263922	19	2.5	19	96	0	87	18	37	18	25	1.94
2267778--2268006	45	5.1	45	86	3	309	27	21	5	45	1.74
2267808--2268007	89	2.2	89	90	2	312	27	22	5	45	1.74
2268031--2268236	68	3.0	68	89	0	304	30	23	14	31	1.94
2268518--2269318	59	13.8	59	91	2	1255	37	19	10	32	1.87
2269715--2269908	95	2.0	95	80	7	216	26	21	15	36	1.93
2274047--2274080	13	2.6	13	90	9	52	47	5	17	29	1.71
2286252--2286481	51	4.5	51	85	2	246	28	11	18	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286360--2286447	25	3.5	26	64	16	67	26	14	17	42	1.87
2286252--2286441	102	1.9	102	86	0	272	28	12	17	41	1.86
2286451--2286849	51	7.8	51	82	0	420	29	4	20	45	1.70
2286455--2286844	153	2.5	153	85	2	498	29	4	20	45	1.70
2287285--2287343	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2291966--2292024	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2292974--2293093	20	5.9	20	83	5	143	40	19	19	20	1.91
2292965--2293091	41	3.1	41	85	4	159	38	18	19	22	1.93
2292980--2293093	41	2.8	41	91	1	176	40	19	20	20	1.92
2292980--2293093	61	1.9	60	87	5	167	40	19	20	20	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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