genome.fa.s9463.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009463.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113726_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3931635

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1083--1118	17	2.1	17	100	0	72	25	5	30	38	1.78
1089--1126	17	2.2	17	90	0	58	23	5	34	36	1.78
1974--2030	23	2.5	23	88	8	89	29	26	15	28	1.96
4302--4339	11	3.5	11	100	0	76	21	10	15	52	1.72
7114--7166	3	18.0	3	88	3	81	64	0	0	35	0.94
7101--7159	12	4.8	12	91	6	84	59	0	0	40	0.97
7345--7825	39	12.6	39	79	10	476	22	22	11	44	1.84
7531--7822	77	3.8	76	82	7	347	23	20	11	44	1.84
7387--7827	142	3.0	144	79	10	478	22	22	10	44	1.83
7426--7742	105	2.9	105	83	11	349	23	22	10	43	1.84
7348--7717	181	2.0	183	85	4	498	22	22	10	44	1.83
7531--7825	116	2.5	117	83	9	379	23	20	11	44	1.84
7876--8223	45	7.7	46	86	1	429	31	19	21	27	1.97
8872--8942	24	3.2	23	86	13	96	35	14	12	38	1.84
9306--9471	54	3.1	54	91	0	278	22	26	15	35	1.94
10510--10607	42	2.3	42	83	0	115	31	26	13	28	1.94
12547--12685	72	2.0	70	86	2	197	33	17	20	27	1.96
14820--14901	41	2.0	41	85	0	110	19	19	12	48	1.80
15199--15248	21	2.4	20	90	9	82	60	12	14	14	1.60
15195--15248	6	7.9	7	75	17	51	59	11	14	14	1.62
15327--15408	43	1.9	43	90	7	132	36	23	8	31	1.85
24353--24396	13	3.0	16	75	21	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26823--26869	15	3.0	17	79	17	57	63	0	0	36	0.94
29082--29131	15	3.3	15	81	10	50	68	2	2	28	1.12
30056--30111	3	19.0	3	82	10	71	62	0	0	37	0.95
30576--32377	113	16.0	113	98	0	3412	27	17	15	39	1.90
30330--32377	339	6.0	339	95	2	3427	27	17	15	39	1.90
32779--32833	22	2.5	22	84	0	74	38	10	12	38	1.79
33205--33405	54	3.8	53	80	6	196	25	21	14	38	1.92
33205--33405	104	1.9	104	83	6	260	25	21	14	38	1.92
35525--35865	114	3.0	114	94	0	574	31	20	15	32	1.94
41421--41473	13	3.8	14	85	7	63	50	9	15	24	1.73
43067--43138	28	2.6	28	77	4	74	61	0	8	30	1.26
43591--43894	134	2.2	135	76	12	296	44	7	8	39	1.63
43914--43946	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
44017--44067	16	3.3	16	81	5	52	68	1	1	27	1.11
44006--44068	25	2.5	25	80	12	67	69	1	1	26	1.06
45281--45333	3	17.0	3	84	7	70	62	0	0	37	0.96
47484--47528	21	2.1	21	100	0	90	33	28	0	37	1.58
53257--53393	67	2.0	67	92	0	229	44	10	13	30	1.79
54394--54473	42	1.9	42	86	0	115	30	20	16	33	1.94
54632--54806	38	4.6	38	83	7	187	33	12	7	46	1.70
54657--54869	36	5.8	37	79	9	206	30	13	7	48	1.71
54625--54877	76	3.4	72	75	14	167	31	13	7	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58617--58671	24	2.2	26	80	9	60	25	9	5	60	1.49
58771--58815	20	2.2	20	84	0	54	24	20	22	33	1.97
60660--60724	29	2.2	29	83	10	78	35	1	6	56	1.33
60756--60787	16	2.1	16	94	5	57	25	6	3	65	1.31
65053--65138	27	3.3	24	71	25	59	76	1	6	15	1.05
65062--65136	28	2.7	29	82	13	95	76	1	6	16	1.07
65088--65132	19	2.4	19	81	7	56	75	2	8	13	1.13
66419--66459	22	2.0	21	85	9	57	75	2	0	21	0.92
66496--66721	34	6.3	35	80	10	169	46	9	1	42	1.46
66474--66726	72	3.5	72	84	8	286	44	10	1	43	1.47
67501--67534	15	2.2	16	89	5	52	82	2	2	11	0.89
71065--71098	17	2.0	17	94	0	59	23	20	14	41	1.89
71777--71829	23	2.3	23	86	0	70	39	0	3	56	1.17
73981--74090	55	2.0	55	98	0	211	30	14	22	32	1.94
76217--76297	29	2.8	28	78	16	76	44	2	12	40	1.55
76612--76649	19	2.0	19	85	10	51	60	2	7	28	1.38
79538--79638	47	2.1	47	100	0	202	35	17	13	32	1.90
79655--79699	16	2.8	16	93	0	81	46	17	8	26	1.78
80348--80448	47	2.1	47	98	0	193	33	12	17	35	1.88
81204--81337	44	3.0	44	90	1	205	41	11	22	23	1.87
84317--84413	31	3.1	31	98	0	185	22	9	27	40	1.85
89871--90380	157	3.3	156	82	5	584	50	4	16	28	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105973--106112	60	2.4	59	78	9	151	42	11	5	41	1.63
107922--108125	45	4.5	45	80	3	205	37	8	16	38	1.78
107917--108125	90	2.3	90	79	6	262	36	8	15	39	1.79
108259--108806	58	9.6	56	76	13	316	37	7	12	42	1.70
108470--108806	61	5.7	60	82	6	334	35	7	13	43	1.71
108430--108833	58	6.8	58	81	6	352	37	6	13	43	1.70
108811--108850	17	2.3	18	95	4	73	57	0	10	32	1.32
109101--109248	80	1.9	80	86	0	215	47	12	6	33	1.68
109458--109498	21	2.0	21	95	0	73	36	2	14	46	1.58
117591--117644	21	2.6	20	88	8	81	18	46	20	14	1.84
123377--123437	23	3.0	20	85	9	70	22	31	26	19	1.98
125396--125481	25	3.5	24	77	17	88	18	2	22	56	1.52
125400--125473	24	3.2	22	81	12	94	17	1	22	58	1.47
128255--128289	16	2.2	16	100	0	70	54	5	34	5	1.48
128415--128476	28	2.3	27	82	15	76	43	0	0	56	0.99
133766--133816	10	5.7	10	82	17	60	43	0	0	56	0.99
133770--133818	12	4.0	12	86	2	71	44	0	0	55	0.99
134267--134308	17	2.5	17	80	3	50	35	0	9	54	1.33
141384--141564	60	3.0	60	87	0	238	23	16	19	40	1.90
141384--141539	20	7.8	20	91	0	222	22	17	20	39	1.92
141613--142079	190	2.4	189	83	4	564	37	14	20	27	1.92
142089--142204	47	2.4	47	81	11	119	35	18	22	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142379--142429	10	5.7	10	80	17	51	45	0	0	54	0.99
142383--142431	12	4.0	12	86	2	71	46	0	0	53	1.00
147479--147685	102	2.0	102	97	0	387	28	24	20	27	1.99
160447--160512	30	2.2	29	80	15	73	12	24	0	63	1.28
160444--160512	31	2.3	31	85	5	88	13	24	0	62	1.31
168841--168880	11	3.6	11	82	0	53	52	5	22	20	1.65
172944--172998	19	2.7	20	78	15	67	27	14	30	27	1.95
172957--172997	22	1.9	21	90	5	64	26	14	34	24	1.94
173446--173626	55	3.3	55	85	3	256	30	19	19	29	1.97
173418--173618	110	1.8	110	90	2	323	30	21	18	29	1.97
182008--182246	55	4.3	55	85	1	300	28	20	21	29	1.98
182008--182276	110	2.5	110	85	1	335	29	20	21	28	1.98
182008--182276	55	4.9	54	84	1	213	29	20	21	28	1.98
187155--187203	20	2.5	20	89	0	80	42	10	24	22	1.84
187608--188005	54	7.4	54	84	2	476	33	13	16	36	1.87
189994--190029	17	2.2	16	90	9	56	25	13	22	38	1.91
190989--191040	20	2.6	20	96	0	95	40	23	9	26	1.85
191187--191236	23	2.2	23	89	10	77	34	4	16	46	1.65
196481--196533	27	2.0	27	100	0	106	7	7	35	49	1.60
201554--201581	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
202513--202614	48	2.1	49	87	3	143	41	22	9	26	1.85
203877--203932	27	2.0	29	82	6	71	46	10	0	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204590--204636	19	2.4	19	79	10	51	23	0	4	72	1.02
206943--206995	26	2.0	26	96	0	97	43	11	9	35	1.73
210750--210788	21	1.9	19	85	10	51	28	23	0	48	1.51
213086--213149	32	2.0	32	96	0	119	50	17	6	26	1.69
213230--213481	62	4.0	62	82	12	295	45	14	13	26	1.82
213226--213481	125	2.0	125	84	12	328	46	14	13	26	1.81
215469--215773	46	6.7	46	82	10	289	20	21	13	44	1.86
215571--215773	20	9.1	20	77	17	145	20	23	12	43	1.86
215571--215773	66	3.0	66	91	4	309	20	23	12	43	1.86
215502--215773	112	2.4	114	86	6	388	20	22	13	43	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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