genome.fa.s9463.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009463.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113726_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3931635

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293644--2293715	20	3.5	20	81	5	83	52	19	15	12	1.74
2293699--2293779	33	2.5	33	89	4	119	46	20	19	12	1.82
2293775--2293906	19	7.1	19	77	11	139	13	22	18	45	1.84
2293830--2293907	20	4.0	19	78	6	57	15	23	16	44	1.85
2295595--2295974	94	4.1	94	94	1	638	21	11	18	47	1.80
2296151--2296206	14	3.6	14	74	21	58	10	25	19	44	1.83
2296137--2296221	33	2.6	33	94	3	147	12	23	18	44	1.85
2296137--2296191	19	3.2	19	70	24	66	14	21	16	47	1.82
2296646--2296734	42	2.1	42	80	0	106	21	37	17	23	1.94
2298115--2298148	14	2.4	14	95	0	59	35	0	20	44	1.52
2298271--2298346	33	2.3	33	93	0	125	52	22	14	10	1.72
2298255--2298334	19	4.5	19	75	15	80	48	21	17	12	1.80
2298337--2298382	19	2.4	20	82	10	60	52	21	13	13	1.73
2298382--2298506	33	3.8	33	94	2	214	12	24	16	45	1.83
2298382--2298506	67	1.9	66	93	1	214	12	24	16	45	1.83
2298482--2298536	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
2301983--2302126	20	7.2	20	83	5	175	20	20	21	37	1.94
2301965--2302088	60	2.1	60	84	6	162	23	19	20	37	1.95
2301958--2302140	40	4.5	41	80	6	194	24	20	20	34	1.96
2302123--2302163	21	2.0	21	90	0	64	41	14	26	17	1.88
2306741--2306790	24	2.0	25	85	14	68	64	2	4	30	1.23
2306741--2306793	25	2.0	26	82	13	65	62	1	3	32	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323899--2323937	13	3.1	12	85	7	51	33	10	10	46	1.72
2323899--2323931	12	2.6	13	90	4	50	36	12	6	45	1.66
2337810--2337844	18	1.9	18	88	0	52	8	22	17	51	1.72
2340167--2340223	7	7.9	7	78	5	51	1	22	0	75	0.90
2340172--2340216	16	2.9	15	81	12	56	0	28	0	71	0.87
2340166--2340215	23	2.2	23	92	0	82	0	24	0	76	0.80
2340167--2340223	23	2.5	23	86	8	73	1	22	0	75	0.90
2342516--2342994	46	10.4	46	91	0	764	22	22	7	46	1.77
2343082--2343290	68	3.2	61	84	7	195	29	25	13	31	1.94
2343113--2343298	68	2.7	68	93	0	300	29	25	12	31	1.93
2343640--2343685	24	1.9	24	82	8	58	43	19	6	30	1.76
2350835--2350898	33	1.9	33	83	3	83	46	20	1	31	1.60
2351467--2351540	35	2.1	34	90	2	112	35	0	20	44	1.52
2352208--2352272	15	4.3	15	78	16	55	38	1	1	58	1.17
2357867--2357906	15	2.7	15	96	0	71	37	10	32	20	1.85
2358049--2358090	21	2.0	21	90	0	66	59	7	7	26	1.50
2361909--2361961	23	2.4	22	81	9	63	18	35	22	22	1.95
2369859--2369945	22	4.0	22	93	0	138	36	10	13	39	1.79
2370577--2370661	20	4.2	20	76	11	91	18	21	22	37	1.94
2370889--2370956	14	5.3	13	76	15	70	41	1	0	57	1.08
2370888--2370948	18	3.2	18	75	24	63	39	1	0	59	1.08
2383361--2383447	31	2.8	30	83	10	104	42	0	3	54	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384167--2384253	31	2.8	29	80	13	93	55	3	1	40	1.24
2385766--2385876	3	37.7	3	90	1	154	31	4	0	63	1.14
2389219--2389270	23	2.2	24	89	3	79	32	25	17	25	1.97
2391091--2391142	24	2.0	27	82	10	65	19	11	11	57	1.63
2391934--2391989	22	2.5	23	88	8	89	23	26	14	35	1.93
2396272--2396354	40	2.1	38	82	10	96	42	4	20	32	1.73
2397182--2397227	6	7.7	6	97	0	83	54	0	45	0	0.99
2399029--2399070	19	2.3	18	80	15	50	33	4	0	61	1.17
2400886--2400927	14	3.1	15	83	16	56	40	7	14	38	1.73
2400903--2401003	38	2.7	37	90	4	157	40	5	11	41	1.66
2401003--2401041	2	19.5	2	100	0	78	51	48	0	0	1.00
2401041--2401075	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2413559--2413647	44	2.0	44	91	0	142	17	15	6	59	1.57
2418529--2418596	12	5.1	15	77	22	80	39	4	14	41	1.66
2418534--2418596	26	2.4	26	100	0	126	38	3	15	42	1.63
2418517--2418663	38	3.8	39	78	8	149	42	3	10	44	1.55
2418625--2418715	25	3.5	26	81	13	116	45	1	6	47	1.36
2418625--2418715	28	3.4	27	73	23	86	45	1	6	47	1.36
2418684--2418843	36	4.5	36	82	7	166	45	6	6	41	1.54
2418704--2418761	13	4.8	12	72	10	55	43	5	6	44	1.53
2418895--2419003	18	6.2	17	84	11	123	39	0	4	55	1.20
2418915--2419003	5	16.6	5	78	21	92	41	0	2	56	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418877--2419000	23	5.6	22	75	14	87	41	1	4	52	1.30
2420298--2420347	18	2.8	18	78	0	55	16	6	0	78	0.95
2428040--2428131	21	4.4	21	76	0	94	21	18	22	36	1.95
2428041--2428138	42	2.3	42	87	0	133	23	18	24	33	1.97
2428078--2428208	21	6.0	23	78	8	96	22	17	25	34	1.96
2428425--2428490	23	2.9	23	76	0	69	39	4	19	36	1.72
2430397--2430525	43	3.0	43	81	2	152	50	23	2	24	1.61
2434022--2434078	23	2.5	23	94	2	98	28	3	21	47	1.67
2436493--2436529	13	2.8	13	95	0	65	27	35	0	37	1.57
2437118--2437172	24	2.2	24	93	3	92	23	16	7	52	1.68
2439853--2439893	10	3.4	12	80	19	50	70	0	12	17	1.16
2439855--2439887	16	2.1	16	94	0	57	72	0	9	18	1.10
2440452--2440480	15	1.9	15	100	0	58	62	0	3	34	1.12
2442159--2442209	24	2.1	25	92	3	86	17	27	21	33	1.96
2442247--2442272	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2442394--2442596	81	2.5	82	85	2	275	20	19	21	38	1.94
2442544--2442751	56	3.7	56	80	5	215	24	17	23	35	1.95
2442598--2442753	55	2.8	54	78	9	152	26	16	21	35	1.95
2442888--2443035	62	2.4	62	86	3	208	32	14	23	29	1.94
2443401--2443494	42	2.3	41	81	5	100	31	21	22	24	1.98
2443526--2444430	239	3.8	239	86	2	1196	35	16	15	32	1.90
2444191--2444608	197	2.1	197	90	2	653	34	17	15	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453490--2453518	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2457439--2457467	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2458748--2459009	131	2.0	131	86	3	366	23	16	31	28	1.96
2459009--2459371	67	5.4	67	80	7	350	39	11	19	30	1.86
2459307--2459396	36	2.5	36	81	3	92	40	11	16	32	1.84
2459648--2459699	22	2.4	22	93	0	86	26	9	23	40	1.85
2465629--2465654	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2468353--2468399	20	2.3	20	85	3	58	38	14	19	27	1.91
2474713--2474762	22	2.3	22	89	0	73	28	22	14	36	1.92
2478527--2478563	19	1.9	19	89	10	58	54	2	0	43	1.14
2479352--2479387	6	6.0	6	100	0	72	0	0	16	83	0.65
2480741--2480774	14	2.4	14	90	0	50	35	0	0	64	0.94
2499541--2499760	116	1.9	117	83	4	293	28	15	8	48	1.74
2502885--2502930	19	2.3	20	81	7	58	30	28	15	26	1.96
2502945--2503057	21	5.5	21	67	4	86	19	17	26	36	1.94
2502941--2503079	41	3.4	41	94	0	242	17	18	25	38	1.93
2502970--2503139	20	8.4	20	70	7	137	15	20	24	40	1.91
2503007--2503139	61	2.2	60	87	4	187	13	21	24	40	1.89
2503071--2503184	41	2.8	40	93	2	192	14	20	22	42	1.89
2507654--2507697	22	2.0	22	86	0	61	36	25	15	22	1.94
2508285--2508404	64	1.9	64	87	0	177	25	18	20	35	1.95
2513587--2513747	64	2.5	64	78	4	153	27	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514812--2515181	130	2.8	131	85	1	472	40	17	10	31	1.83
2517301--2517329	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
2518929--2518980	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2519023--2519075	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
2519593--2519640	19	2.5	19	77	12	53	45	27	16	10	1.80
2519636--2519814	19	10.1	19	72	19	145	11	24	20	43	1.85
2519636--2519752	52	2.2	52	95	0	207	11	23	22	43	1.84
2519691--2519789	33	3.0	33	95	1	171	11	25	23	40	1.87
2519710--2519765	14	3.6	14	74	21	58	10	25	25	39	1.87
2521934--2522106	42	4.1	42	79	3	188	23	36	17	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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