genome.fa.s9463.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009463.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113726_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3931635

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665266--2665357	30	3.1	30	95	0	157	30	15	18	35	1.92
2667763--2667814	26	1.9	26	84	7	68	34	7	1	55	1.39
2667939--2667991	3	17.3	3	81	11	63	33	0	1	64	1.05
2672085--2672119	18	2.1	17	89	10	54	77	0	8	14	0.99
2672433--2672679	104	2.5	98	80	7	257	41	16	18	23	1.90
2673566--2673620	23	2.4	23	100	0	110	25	21	9	43	1.82
2673883--2674962	139	7.8	139	86	1	1492	26	19	17	37	1.93
2673883--2674962	274	3.9	276	87	2	1481	26	19	17	37	1.93
2673883--2674962	413	2.6	413	87	2	1506	26	19	17	37	1.93
2675221--2675417	95	2.0	96	83	6	245	41	9	16	32	1.81
2675232--2675454	100	2.3	95	80	8	245	41	9	16	32	1.80
2676599--2676668	29	2.4	29	100	0	140	28	4	24	42	1.73
2677328--2677377	27	1.9	27	84	8	68	4	22	2	72	1.12
2677359--2677398	21	1.9	21	84	0	53	5	20	2	72	1.15
2677413--2677441	14	2.0	15	93	6	51	6	17	0	75	1.01
2681304--2681350	4	11.8	4	86	0	67	74	2	4	19	1.09
2681385--2681579	99	2.0	98	86	3	275	40	15	18	25	1.90
2692669--2692706	19	2.0	20	89	5	60	28	13	5	52	1.61
2700089--2700125	18	2.1	18	100	0	74	35	5	16	43	1.71
2701553--2701602	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2709637--2709663	13	2.1	13	100	0	54	7	11	0	81	0.87
2711667--2711804	44	3.1	44	90	0	204	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718204--2718240	18	2.1	17	95	5	65	70	16	5	8	1.30
2722245--2722289	22	2.0	22	91	0	72	28	20	4	46	1.69
2725961--2726036	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
2726688--2726746	25	2.4	25	100	0	118	40	23	15	20	1.90
2728381--2728438	23	2.5	24	91	5	100	25	15	5	53	1.63
2739355--2739437	39	2.2	38	88	2	121	31	20	28	19	1.97
2741078--2741271	39	5.0	39	80	2	138	30	22	27	19	1.97
2741932--2742066	65	2.1	64	81	4	155	32	18	21	27	1.97
2742728--2742771	23	2.0	22	86	4	61	43	18	6	31	1.76
2744769--2744838	23	3.1	22	68	15	63	25	21	24	28	1.99
2750601--2750655	19	2.9	19	91	0	92	27	21	29	21	1.99
2761978--2762013	17	2.1	18	89	5	56	16	30	8	44	1.77
2763640--2763686	20	2.2	20	85	11	58	19	21	21	38	1.94
2764361--2764387	14	1.9	14	100	0	54	37	33	0	29	1.58
2767185--2767224	20	2.0	20	85	0	53	2	25	0	72	0.97
2768016--2768043	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2777725--2777802	35	2.2	35	95	0	138	44	21	0	33	1.53
2777736--2777818	35	2.4	35	87	0	112	43	27	1	27	1.63
2778295--2778586	148	2.0	145	87	3	417	48	9	5	36	1.58
2778759--2778838	35	2.3	35	84	0	115	37	0	21	41	1.53
2779450--2779601	64	2.4	63	86	8	202	32	23	16	27	1.96
2784808--2784905	44	2.2	44	83	7	119	30	23	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2784828--2784909	23	3.6	22	77	8	85	28	24	20	26	1.99
2787609--2787768	65	2.5	63	83	9	180	33	23	16	25	1.96
2788645--2788683	17	2.3	17	86	8	53	58	2	0	38	1.12
2790425--2790484	26	2.4	25	77	5	66	48	6	20	25	1.73
2792571--2792654	35	2.5	34	90	3	134	32	8	19	40	1.81
2792672--2792740	36	1.9	36	96	0	129	42	14	21	21	1.89
2792681--2792770	34	2.6	35	85	3	110	43	16	20	20	1.88
2792795--2792853	30	2.0	30	83	12	77	33	11	16	37	1.86
2792855--2792904	21	2.4	21	100	0	100	38	10	26	26	1.87
2792876--2793211	102	3.3	101	82	2	368	40	13	18	28	1.88
2792991--2793511	167	3.1	167	94	0	889	40	12	17	28	1.87
2793114--2793260	65	2.3	65	86	2	197	40	12	18	27	1.87
2793171--2793362	102	1.9	102	84	4	262	43	13	17	25	1.86
2792707--2793362	269	2.5	260	78	8	721	40	13	18	28	1.88
2793281--2793429	65	2.3	65	83	4	185	38	12	19	28	1.89
2793660--2793981	106	3.0	106	84	2	414	22	18	24	34	1.96
2794558--2794670	32	3.5	32	85	3	129	38	19	13	29	1.90
2796226--2796314	19	4.7	19	97	0	160	26	26	29	16	1.97
2804918--2804962	12	3.6	12	85	8	63	0	17	2	80	0.82
2805668--2805736	23	3.0	22	80	4	75	28	26	23	21	1.99
2805752--2805966	103	2.1	103	97	0	403	38	25	12	24	1.90
2806510--2806552	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812607--2812670	23	2.8	22	85	4	83	26	26	26	20	1.99
2812686--2812903	103	2.1	103	98	0	418	38	25	12	23	1.90
2813381--2813418	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2813445--2813487	22	2.0	22	85	0	59	16	27	27	27	1.97
2817646--2817710	31	2.2	30	83	5	78	38	0	21	40	1.54
2822757--2822806	26	2.0	26	92	4	84	40	10	12	38	1.76
2822929--2822974	21	2.2	21	92	0	74	56	2	2	39	1.24
2824637--2824675	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
2825350--2825380	12	2.7	11	90	9	53	16	38	25	19	1.92
2828372--2828418	22	2.2	22	81	7	62	53	2	0	44	1.12
2833697--2833735	18	2.2	18	86	4	53	66	5	2	25	1.25
2835238--2835347	35	3.2	34	79	14	93	34	0	3	61	1.13
2835261--2835347	35	2.5	35	81	14	99	39	0	2	58	1.11
2835489--2835542	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
2837073--2837120	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2837126--2837196	21	3.4	21	88	7	108	18	32	28	21	1.96
2837779--2837861	28	3.0	27	71	13	71	42	8	4	44	1.56
2837711--2837808	34	2.9	34	84	1	135	53	4	3	39	1.36
2838237--2838861	128	4.9	128	97	0	1189	32	19	24	23	1.97
2838932--2838972	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
2845848--2845923	38	2.0	38	82	5	91	35	31	10	22	1.88
2846604--2846756	41	3.8	40	82	6	175	34	24	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2846603--2846756	61	2.5	60	81	7	177	34	24	18	22	1.96
2846626--2846758	20	6.6	20	81	7	144	34	24	19	21	1.96
2846565--2846765	20	9.9	20	74	13	110	36	23	18	20	1.95
2847660--2847713	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2850146--2850312	33	4.8	33	78	9	181	44	19	20	14	1.86
2850146--2850312	19	9.5	19	70	20	103	44	19	20	14	1.86
2850322--2850401	33	2.4	33	91	0	124	12	21	20	46	1.83
2850343--2850401	19	3.4	19	73	22	74	15	22	16	45	1.84
2850508--2850544	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2851891--2851957	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2851891--2852013	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
2852434--2852516	19	4.6	19	81	14	113	44	21	22	10	1.83
2852513--2852574	19	3.3	19	88	4	90	11	17	27	43	1.83
2852662--2853041	94	4.1	94	95	1	656	47	18	12	21	1.81
2853840--2853882	21	2.0	22	82	13	54	48	2	4	44	1.36
2854731--2854804	19	4.1	19	71	18	68	43	20	24	12	1.86
2854816--2854872	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
2854800--2854880	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
2854864--2854935	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
2855490--2855706	20	10.7	20	75	14	164	18	18	24	37	1.94
2855492--2855706	40	5.3	41	89	1	317	18	19	24	37	1.94
2855492--2855768	60	4.5	62	76	7	212	18	19	24	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2855715--2855767	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
2855492--2855767	40	6.8	40	78	8	238	18	18	24	38	1.93
2855817--2855870	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
2858709--2858822	41	2.7	42	81	12	103	15	9	3	71	1.27
2858723--2858822	41	2.3	43	83	11	127	16	10	3	71	1.26
2858723--2858824	42	2.4	43	80	12	122	15	10	2	70	1.27
2862824--2863347	83	6.3	82	78	6	468	31	23	19	25	1.98
2862824--2863347	84	6.3	82	78	9	453	31	23	19	25	1.98
2862824--2863347	249	2.1	247	86	3	705	31	23	19	25	1.98
2862824--2863356	165	3.2	165	77	8	562	31	23	19	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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