genome.fa.s9586.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009586.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116964_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3773412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2934--2990	29	2.0	29	89	0	87	15	35	29	19	1.93
3008--3032	12	2.1	12	100	0	50	40	8	36	16	1.77
3061--3116	29	1.9	29	92	0	94	12	35	30	21	1.90
3124--3213	33	2.7	33	86	6	112	8	37	25	27	1.86
3132--3254	10	11.3	10	69	16	75	9	35	30	24	1.88
3168--3252	20	3.9	21	83	13	100	10	30	35	23	1.89
3221--3248	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
3168--3251	24	3.8	22	85	10	100	10	29	35	23	1.89
3157--3254	43	2.3	43	85	1	133	9	33	33	23	1.86
14797--14871	30	2.5	30	93	2	123	32	12	28	28	1.92
15523--15648	10	11.2	10	70	20	63	56	16	14	12	1.68
15523--15648	24	5.5	23	79	5	96	56	16	14	12	1.68
15615--15652	20	1.9	20	94	0	67	57	10	13	18	1.63
22523--22557	17	1.9	19	88	11	56	25	34	8	31	1.86
22735--22761	14	1.9	14	100	0	54	7	37	0	55	1.28
28915--28959	14	3.5	14	71	22	53	55	20	11	13	1.68
28914--28961	24	2.0	24	100	0	96	54	20	12	12	1.70
28914--28975	24	2.6	24	89	5	81	54	20	12	11	1.68
37046--37432	193	2.0	194	96	3	719	45	16	24	13	1.83
42300--42350	21	2.4	21	93	6	86	25	3	11	58	1.50
56442--56499	20	3.0	20	77	7	75	29	29	20	20	1.98
57091--57193	44	2.3	45	83	5	120	28	16	19	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61025--61067	21	2.0	21	100	0	86	32	27	11	27	1.92
63314--63386	18	3.9	18	82	7	101	28	31	21	17	1.97
63313--63385	38	1.9	38	94	0	128	28	31	21	17	1.97
64972--65066	33	2.8	33	85	1	136	24	14	23	37	1.92
71219--71277	30	2.0	30	89	0	91	11	11	59	16	1.61
74693--74738	24	2.0	23	91	4	74	50	0	6	43	1.28
74696--74746	23	2.2	24	85	3	68	52	0	5	41	1.25
83825--83860	18	2.0	18	100	0	72	16	16	22	44	1.86
89063--89087	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
90507--90544	14	2.5	15	83	12	51	39	0	0	60	0.97
90524--90582	19	3.3	18	68	18	52	40	0	0	59	0.97
90723--90776	17	3.2	16	78	2	54	37	0	3	59	1.15
92308--92352	21	2.1	21	87	0	63	24	40	13	22	1.90
92359--92431	21	3.5	21	85	7	94	17	32	26	23	1.97
92952--93058	34	3.1	34	86	0	151	56	4	2	36	1.35
93454--95208	128	13.7	128	94	0	3041	34	20	23	21	1.97
95289--95329	8	5.2	8	85	5	57	36	31	0	31	1.58
98768--98802	3	12.0	3	93	6	63	68	0	0	31	0.90
105055--105201	60	2.5	60	80	4	154	33	17	16	32	1.92
105861--105898	20	1.9	19	94	5	67	36	10	28	23	1.88
106053--106124	35	2.0	34	84	7	90	50	4	0	45	1.21
107341--107397	30	1.9	30	100	0	114	54	7	0	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110659--110821	31	5.3	31	91	0	227	38	11	12	37	1.79
110848--110909	30	2.1	30	100	0	124	25	9	11	53	1.67
111223--111321	20	4.8	21	71	9	62	27	23	17	32	1.96
111287--111332	20	2.3	20	88	7	67	36	19	19	23	1.95
111302--111339	20	1.9	20	88	0	58	36	15	21	26	1.93
112188--112241	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
114162--114257	19	5.6	18	68	25	73	44	20	25	9	1.81
114162--114253	33	2.8	33	94	0	157	44	20	25	9	1.82
114416--114452	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
115800--115922	42	2.9	42	76	9	106	26	18	33	21	1.97
116319--116464	19	7.8	19	77	10	131	47	19	19	13	1.81
116319--116428	39	2.8	38	83	5	130	48	20	20	11	1.80
116461--116545	19	4.4	19	84	10	102	10	20	22	47	1.80
116461--116543	38	2.2	39	91	2	132	10	20	22	45	1.82
116471--116551	19	4.2	19	92	3	135	8	22	19	49	1.75
116642--117006	94	4.1	94	85	10	494	47	18	11	22	1.81
116759--116932	83	2.1	82	92	1	294	46	17	12	23	1.82
118699--118758	19	3.1	19	82	2	75	45	20	21	13	1.85
118769--118834	33	2.0	33	93	0	114	12	22	19	45	1.83
118818--118889	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
119440--119533	20	4.7	20	86	2	143	20	21	20	38	1.94
119440--119533	41	2.3	41	90	1	145	20	21	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119530--119575	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
120615--120700	31	2.8	31	92	0	136	36	9	10	44	1.71
126258--126310	25	2.1	26	82	10	65	43	16	13	26	1.85
128312--128397	40	2.2	39	83	4	102	40	8	15	36	1.77
128913--128959	23	2.0	24	87	4	69	29	4	0	65	1.11
131278--131369	29	3.1	30	84	10	109	32	15	13	39	1.85
143122--143153	14	2.3	14	100	0	64	28	0	6	65	1.16
149467--149502	18	1.9	19	94	5	65	47	0	5	47	1.25
152291--152461	72	2.3	72	86	4	227	30	2	10	56	1.46
153083--153123	21	1.9	22	90	5	66	19	4	0	75	0.98
155061--155089	15	1.9	15	100	0	58	34	27	27	10	1.89
159265--159374	31	3.5	31	96	0	193	19	21	21	37	1.95
163587--163696	31	3.5	31	96	0	193	19	21	21	37	1.95
166991--167130	73	1.9	74	88	1	210	30	1	10	57	1.42
167083--167145	19	3.2	19	75	4	54	31	0	12	55	1.37
167768--167809	22	1.9	22	90	0	66	19	4	2	73	1.12
168038--168089	21	2.5	21	87	3	70	38	17	25	19	1.93
168078--168211	20	6.7	20	84	5	144	31	24	18	25	1.98
168729--168795	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
168800--168956	20	8.6	19	74	17	118	12	21	21	44	1.84
168844--168931	33	2.6	33	90	1	131	11	25	23	39	1.88
170958--171048	42	2.2	42	79	0	101	21	38	16	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172385--172420	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
172579--172729	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
172583--172709	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
172576--172708	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
175000--175024	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
175199--175252	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
178018--178084	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
178132--178221	14	5.9	14	75	19	81	11	17	22	48	1.78
178115--178237	32	3.8	33	95	2	214	12	18	21	47	1.80
178222--178276	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
178758--178802	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
180122--180159	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
180416--180464	22	2.3	21	80	10	55	24	14	40	20	1.89
180423--180466	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
180654--180747	20	4.7	20	79	7	82	23	17	25	34	1.96
180634--180748	20	5.7	19	76	9	77	23	16	24	35	1.95
180737--180829	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
180676--180810	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94
180737--180829	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
185462--185500	20	2.0	20	94	0	69	25	10	10	53	1.66
192458--192490	16	2.1	16	94	0	57	33	6	27	33	1.81
197330--197354	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203826--203872	19	2.5	18	80	16	51	55	14	2	27	1.51
204509--204561	20	2.7	20	90	0	79	11	20	24	43	1.85
204688--204716	6	5.0	6	95	4	51	31	51	17	0	1.45
205316--205368	22	2.4	22	90	0	88	37	28	15	18	1.91
210521--210589	19	3.5	19	74	16	68	39	0	0	60	0.97
210516--210610	42	2.3	43	88	3	140	41	1	0	57	1.05
210516--210594	19	4.0	20	73	15	65	37	1	0	60	1.05
215363--215403	21	2.0	21	95	0	73	29	4	17	48	1.67
215693--215717	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
220707--220731	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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