genome.fa.s9586.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009586.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116964_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3773412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513773--2513807	3	11.3	3	93	6	61	34	0	0	65	0.93
2513764--2513800	16	2.3	16	90	0	56	35	2	0	62	1.10
2513866--2513944	21	3.8	20	67	21	54	17	8	3	69	1.30
2514052--2514137	9	9.2	9	71	22	54	17	8	1	73	1.14
2514060--2514113	23	2.4	21	80	19	65	16	7	1	74	1.14
2514093--2514150	14	4.4	14	75	18	52	13	10	1	74	1.15
2518073--2518130	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
2518449--2518481	15	2.2	15	89	10	50	36	6	21	36	1.78
2519155--2519244	32	2.8	32	76	14	96	33	17	16	32	1.93
2523633--2523671	16	2.5	16	87	4	53	15	12	2	69	1.30
2528237--2528338	43	2.4	43	83	0	141	31	30	14	23	1.94
2528445--2529108	254	2.6	254	84	2	840	33	21	18	26	1.96
2529499--2529529	11	2.8	11	90	0	53	41	0	0	58	0.98
2530650--2530684	3	11.3	3	87	6	52	34	2	0	62	1.10
2530682--2530722	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
2530986--2531066	12	7.1	11	73	24	62	14	8	0	76	1.01
2530982--2531057	16	5.1	15	67	20	52	15	7	0	76	1.01
2530978--2531046	23	3.1	22	75	19	72	18	7	0	73	1.05
2530990--2531074	23	3.8	22	75	18	70	15	8	0	76	1.01
2530982--2531074	14	7.1	14	72	17	51	16	7	0	76	1.00
2531046--2531081	18	2.0	18	88	0	54	13	11	0	75	1.06
2532020--2532066	20	2.3	20	85	7	60	12	19	25	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533553--2533611	28	2.1	29	87	9	86	47	0	3	49	1.18
2535722--2535755	15	2.3	15	100	0	68	26	5	11	55	1.58
2542271--2542317	22	2.1	22	92	0	76	27	17	8	46	1.76
2547284--2547446	87	1.9	87	94	0	290	42	10	13	33	1.78
2550447--2551013	183	3.1	183	94	1	976	34	16	13	35	1.88
2552226--2552262	12	3.1	12	92	0	56	27	32	5	35	1.79
2553795--2554734	200	4.7	200	97	0	1727	30	18	15	35	1.92
2554956--2555016	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
2554968--2555016	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2556807--2556872	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2556906--2556970	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
2559372--2559418	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2559158--2559630	181	2.6	182	90	0	705	27	16	13	42	1.86
2560122--2561444	182	7.3	182	88	4	1952	43	13	15	26	1.84
2560122--2563243	366	8.6	365	92	3	4787	44	13	15	27	1.83
2561267--2562134	162	5.1	162	82	11	987	44	13	14	27	1.82
2561091--2563284	345	6.2	344	88	6	2985	44	12	15	27	1.83
2561780--2563243	182	8.0	181	86	4	1988	44	12	15	27	1.83
2562678--2562724	20	2.3	20	82	10	60	59	8	14	17	1.59
2563040--2563086	21	2.2	22	81	7	53	59	8	14	17	1.59
2563671--2563739	19	3.6	19	84	2	84	44	0	17	37	1.49
2565624--2565666	14	3.1	14	80	16	54	46	0	39	13	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565705--2565743	18	2.2	18	90	0	60	53	0	38	7	1.30
2567211--2567260	19	2.6	19	87	0	64	34	2	4	60	1.27
2567634--2568528	199	4.5	199	92	1	1393	41	15	13	28	1.86
2568874--2568931	15	3.7	15	83	6	71	22	50	1	25	1.59
2571491--2571537	24	2.0	24	86	0	67	31	2	17	48	1.58
2571722--2572711	200	4.9	200	91	2	1427	41	15	14	28	1.86
2572570--2573123	202	2.8	198	75	12	538	36	15	13	33	1.87
2572669--2573047	184	2.0	187	84	5	500	35	16	14	33	1.89
2578460--2578516	23	2.4	23	76	2	60	38	15	10	35	1.82
2578595--2579104	182	2.8	180	86	5	715	44	13	14	26	1.83
2578953--2579258	163	1.9	155	87	6	443	45	12	14	27	1.81
2578593--2579440	338	2.4	341	89	5	1229	44	13	15	26	1.84
2579897--2579936	20	2.0	20	100	0	80	35	5	10	50	1.58
2580691--2580741	24	2.2	24	82	3	59	56	1	1	39	1.22
2589280--2589322	3	14.7	3	95	4	79	34	0	0	65	0.93
2589729--2589771	21	2.0	21	86	0	59	37	2	13	46	1.57
2590509--2590538	15	1.9	16	93	6	53	30	0	3	66	1.07
2591651--2591675	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2591673--2591716	13	3.2	13	83	6	52	20	4	0	75	0.98
2592723--2592777	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2612661--2612714	17	3.3	16	79	10	56	16	27	33	22	1.95
2612842--2612877	16	2.3	15	90	4	54	52	5	0	41	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619395--2619427	12	2.8	12	100	0	66	6	45	0	48	1.27
2634037--2634109	27	2.7	27	91	0	110	23	17	16	42	1.89
2637884--2637912	14	2.0	15	93	6	51	17	13	13	55	1.70
2641687--2641902	72	3.0	72	100	0	432	25	29	15	30	1.96
2643073--2643107	17	2.1	16	85	10	52	42	11	8	37	1.72
2643032--2643131	41	2.4	39	85	8	128	42	13	13	32	1.82
2643089--2643176	24	3.5	24	84	14	124	36	15	17	30	1.91
2649065--2649151	23	3.8	23	83	3	104	36	24	22	16	1.94
2649228--2649292	15	4.4	15	74	14	64	40	21	6	32	1.78
2649228--2649292	14	4.4	15	78	14	64	40	21	6	32	1.78
2649224--2649356	46	3.0	45	86	3	178	36	20	8	34	1.82
2649228--2649371	45	3.2	45	87	2	189	37	19	9	34	1.83
2653690--2653723	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2654167--2654235	23	3.0	23	78	0	66	28	23	24	23	1.99
2659714--2659785	30	2.4	31	85	2	92	36	27	18	18	1.94
2659744--2659838	31	3.1	31	78	3	93	35	20	16	27	1.94
2663244--2663289	23	2.0	23	86	0	65	28	23	23	23	2.00
2663940--2663982	21	2.0	21	81	0	50	18	25	27	27	1.98
2691143--2691193	25	2.0	25	100	0	102	49	15	7	27	1.72
2691641--2691693	22	2.4	22	87	6	72	13	20	11	54	1.69
2701957--2701991	12	2.9	12	95	0	61	45	17	11	25	1.81
2708499--2708725	124	1.8	124	86	3	332	45	11	11	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2726135--2726352	15	14.5	15	65	20	66	71	1	7	19	1.19
2726094--2726421	9	36.1	9	68	23	106	71	2	7	18	1.20
2726135--2726310	31	5.7	31	69	16	82	71	2	6	19	1.18
2726236--2726310	8	10.3	7	74	22	50	72	2	2	22	1.11
2726344--2726451	21	5.1	22	73	12	75	75	3	5	15	1.14
2726473--2726525	20	2.8	20	72	16	58	69	0	3	26	1.05
2726580--2727207	9	73.8	8	66	25	126	70	3	5	20	1.23
2726572--2726623	14	3.8	14	71	5	52	73	7	0	19	1.07
2726578--2727232	49	14.0	49	65	25	146	70	3	5	20	1.22
2726650--2726712	23	2.6	24	82	9	67	69	4	4	20	1.25
2726632--2726680	17	2.8	17	81	6	62	69	4	8	18	1.30
2726668--2726729	23	2.7	22	83	16	74	70	4	4	19	1.23
2726662--2727191	29	18.4	28	64	24	67	70	3	5	20	1.22
2726580--2726701	65	1.9	65	81	13	153	70	4	4	20	1.23
2726696--2726741	24	1.9	24	86	8	67	71	6	4	17	1.24
2726771--2727098	12	28.1	11	67	19	52	70	3	4	20	1.21
2726795--2726927	21	6.8	21	69	23	85	70	3	4	21	1.21
2726781--2726882	16	6.2	16	74	20	79	71	2	4	20	1.18
2726734--2727246	96	5.2	95	72	19	270	70	3	5	20	1.21
2727064--2727088	13	1.9	13	100	0	50	72	0	8	20	1.10
2726808--2727105	39	7.5	38	72	15	112	70	3	5	20	1.22
2726830--2727221	11	33.4	11	65	24	78	70	3	4	21	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727247--2727296	23	2.0	23	81	11	55	70	0	10	20	1.16
2727223--2727326	9	11.2	9	72	16	56	71	2	9	16	1.25
2727327--2727381	22	2.6	21	94	2	92	74	5	1	18	1.10
2727327--2727387	7	8.7	7	77	12	54	75	6	1	16	1.09
2727756--2727782	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2727664--2727764	33	3.0	33	75	13	84	71	2	2	22	1.14
2727796--2727861	8	8.0	8	71	26	50	72	3	0	24	0.98
2727795--2727861	16	4.2	16	76	16	77	73	2	0	23	0.97
2728222--2728272	20	2.5	20	90	6	77	19	27	33	19	1.96
2728995--2729051	2	30.5	2	76	13	50	56	3	0	40	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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