genome.fa.s9586.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009586.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116964_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3773412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356182--2356229	22	2.0	25	84	11	66	14	12	35	37	1.84
2358418--2358601	91	2.0	93	94	5	331	32	24	6	36	1.81
2358672--2358930	15	17.3	15	70	15	97	27	31	5	35	1.78
2358671--2358952	45	6.3	45	70	8	171	27	32	4	35	1.78
2358664--2358810	60	2.5	60	86	2	197	27	29	4	38	1.75
2358672--2358810	30	4.6	30	83	3	172	28	29	3	38	1.74
2358792--2358976	30	6.2	30	84	2	194	25	35	4	33	1.78
2360855--2361122	134	2.0	134	100	0	536	33	29	5	30	1.81
2364431--2364529	46	2.2	46	100	0	198	48	6	10	35	1.62
2365741--2366120	183	2.1	177	88	7	554	42	3	8	45	1.52
2371393--2371474	41	2.0	41	97	0	155	31	10	19	37	1.87
2372031--2372083	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
2372073--2372145	20	3.7	20	98	0	137	38	21	20	19	1.94
2372342--2372407	22	3.0	22	84	4	89	25	37	13	22	1.91
2372743--2372790	19	2.5	19	86	3	60	16	20	25	37	1.93
2372798--2372845	20	2.3	20	89	3	69	12	14	22	50	1.77
2372811--2372848	20	1.9	20	100	0	76	7	13	21	57	1.60
2372812--2372855	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
2374730--2374866	20	7.5	20	74	21	95	42	22	18	16	1.89
2374753--2374833	33	2.4	33	79	2	90	46	23	18	11	1.81
2374733--2374898	87	1.9	87	92	0	278	43	21	19	15	1.88
2374911--2374956	20	2.3	20	96	0	83	15	21	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376905--2376940	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2377127--2377237	20	5.4	20	79	14	129	18	18	25	37	1.93
2377123--2377237	40	2.8	41	87	7	153	19	17	25	38	1.93
2379659--2379705	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
2379663--2379714	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
2380542--2380648	20	5.3	20	93	0	169	23	20	27	28	1.99
2380635--2380707	20	3.7	20	90	0	110	20	20	20	38	1.94
2380541--2380707	40	4.2	40	82	4	117	23	20	23	32	1.98
2380704--2380744	21	2.0	21	95	0	73	41	17	24	17	1.89
2382358--2382409	6	8.7	6	100	0	104	17	15	32	34	1.91
2382410--2382450	6	6.8	6	97	0	73	36	0	12	51	1.40
2390296--2390347	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2390422--2390595	20	8.6	20	83	5	208	35	26	18	19	1.95
2390422--2390595	60	2.9	60	84	0	240	35	26	18	19	1.95
2390976--2391043	33	2.1	33	91	0	109	10	22	19	48	1.78
2391166--2391220	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2391166--2391236	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2391232--2391329	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2391254--2391341	14	5.7	14	70	26	63	9	25	23	42	1.83
2391237--2391349	33	3.5	33	92	2	194	9	23	21	45	1.81
2392886--2393346	231	2.0	230	99	0	913	27	14	17	40	1.89
2393254--2393533	93	3.1	93	91	7	495	22	12	18	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393576--2393703	19	7.3	19	71	22	91	45	28	17	8	1.78
2393609--2393703	34	2.9	32	89	7	145	46	28	17	7	1.75
2393699--2393831	19	7.6	19	75	16	110	11	19	24	45	1.83
2393721--2393775	14	3.8	13	76	23	56	10	21	23	43	1.84
2393704--2393794	31	2.8	33	91	5	159	10	20	21	46	1.82
2395591--2395627	14	2.6	14	95	0	65	35	0	21	43	1.53
2395734--2395835	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
2395864--2396137	19	15.4	19	80	15	336	14	20	18	46	1.83
2395826--2396106	52	5.3	52	90	5	420	15	20	17	45	1.85
2395842--2396137	33	8.5	33	73	21	146	14	20	18	46	1.84
2398416--2398440	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2398615--2398661	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2399344--2399712	20	18.5	20	86	5	451	20	18	26	34	1.96
2401265--2401795	182	2.9	181	89	1	803	45	11	14	28	1.80
2401201--2401823	182	3.4	182	85	4	785	45	12	14	27	1.81
2402222--2402266	19	2.4	19	92	3	74	42	0	20	37	1.52
2402517--2402555	18	2.2	18	86	9	53	46	5	7	41	1.55
2403516--2403570	24	2.5	22	77	16	60	41	1	7	49	1.41
2404220--2404258	18	2.2	18	95	0	69	53	0	41	5	1.23
2405730--2405774	19	2.4	19	88	0	63	26	2	11	60	1.42
2406118--2407518	199	7.1	199	94	1	2402	41	14	15	28	1.86
2406118--2407657	397	3.9	396	92	2	2480	41	14	15	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406118--2407657	596	2.6	595	92	3	2545	41	14	15	28	1.86
2407331--2407657	178	1.8	178	91	3	543	41	14	15	27	1.86
2408505--2408552	23	2.1	23	88	0	69	39	10	8	41	1.69
2435408--2435470	23	2.7	23	92	0	99	22	30	25	22	1.99
2435388--2435470	23	3.7	23	84	4	82	22	31	25	20	1.98
2446570--2446624	28	2.0	28	100	0	110	56	10	3	29	1.51
2450515--2450552	16	2.6	14	88	12	51	57	2	7	31	1.41
2451633--2451676	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2452912--2452938	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2453687--2453754	29	2.5	28	90	7	104	11	42	25	20	1.86
2453790--2453867	32	2.4	33	95	4	142	25	48	15	10	1.76
2453982--2454025	23	1.9	23	95	0	79	25	22	27	25	2.00
2454451--2454512	28	2.1	30	94	5	110	30	0	12	56	1.37
2454474--2454575	50	2.2	44	86	12	132	43	0	6	49	1.36
2454989--2455047	16	3.4	16	72	17	55	37	0	11	50	1.39
2455007--2455051	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
2458165--2458196	10	3.2	10	90	0	55	25	9	9	56	1.61
2458198--2458440	60	4.2	60	84	11	341	39	0	11	48	1.40
2458322--2458436	48	2.3	49	88	5	171	40	0	10	49	1.37
2458408--2458455	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
2458408--2458456	25	2.0	25	95	0	89	36	0	16	46	1.47
2458529--2458614	21	4.2	20	66	18	61	43	0	12	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458522--2458678	11	13.1	12	67	21	66	43	0	11	45	1.40
2458529--2458775	60	4.3	60	83	11	356	41	0	10	47	1.39
2458660--2458771	48	2.3	49	90	3	172	41	0	8	49	1.34
2458742--2458789	13	3.7	14	76	18	50	35	0	16	47	1.47
2458849--2458976	38	3.9	35	67	24	98	42	0	11	45	1.40
2458863--2459178	60	5.3	60	91	1	512	42	0	11	46	1.42
2458529--2459275	394	1.9	400	94	3	1319	40	2	11	44	1.55
2458923--2459070	21	7.3	21	65	19	73	44	0	10	44	1.42
2459147--2459193	14	3.7	13	83	13	62	34	0	17	48	1.47
2459147--2459194	24	2.0	25	91	4	80	35	0	16	47	1.47
2460976--2461478	251	2.0	252	99	0	999	31	21	14	32	1.93
2461654--2461684	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
2461659--2461705	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
2462007--2462047	22	1.9	21	85	5	55	53	19	0	26	1.45
2462194--2462251	26	2.3	26	90	3	91	6	36	8	48	1.61
2463091--2463140	23	2.2	23	100	0	100	68	8	8	16	1.38
2464472--2464562	35	2.6	35	84	6	105	28	17	12	41	1.85
2464688--2464956	85	3.2	85	84	4	303	28	21	18	31	1.97
2465013--2465052	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
2467512--2467640	39	3.3	38	87	8	156	3	36	6	54	1.41
2467533--2467654	39	3.1	39	85	11	144	2	37	6	53	1.40
2467562--2467799	94	2.6	94	86	3	313	3	31	8	56	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480343--2480371	12	2.4	12	100	0	58	37	6	27	27	1.82
2482548--2482598	23	2.3	23	80	6	61	21	35	21	21	1.96
2488882--2488937	15	3.7	15	92	2	85	5	21	14	58	1.55
2494022--2494056	17	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
2497838--2497888	21	2.4	21	80	0	57	21	43	25	9	1.83
2497851--2497896	21	2.2	21	84	0	56	26	36	26	10	1.89
2512428--2512466	20	2.0	20	89	0	60	25	25	17	30	1.97
2512643--2512694	16	3.4	15	87	10	70	46	0	0	53	1.00
2512646--2512694	14	3.8	14	82	17	70	46	0	0	53	1.00
2513682--2513731	21	2.4	21	93	0	82	30	26	6	38	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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