genome.fa.s9586.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009586.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116964_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3773412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728993--2729041	19	2.5	19	83	3	71	59	4	0	36	1.17
2729694--2730414	124	5.8	123	81	6	769	26	16	23	33	1.96
2729699--2730414	244	2.9	237	84	5	824	26	16	23	33	1.96
2730220--2730289	34	2.1	34	94	0	122	21	14	22	41	1.89
2735404--2735465	18	3.6	16	79	16	63	72	0	12	14	1.12
2735437--2735474	19	2.0	20	94	5	69	73	0	13	13	1.09
2735520--2735593	8	10.4	7	72	24	50	70	2	4	22	1.17
2735620--2735679	29	2.1	29	100	0	120	70	6	3	20	1.25
2735681--2735747	20	3.2	20	87	10	82	74	4	4	16	1.14
2735695--2735754	28	2.1	28	82	11	70	76	6	1	15	1.06
2735427--2735754	15	22.4	14	63	15	69	71	4	6	17	1.25
2735691--2735753	22	3.0	21	84	13	76	76	6	1	15	1.07
2736024--2736053	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2736079--2736121	17	2.5	17	81	7	52	74	4	2	18	1.10
2736159--2736250	12	7.3	12	79	15	64	72	2	0	25	0.95
2736199--2736249	3	17.7	3	92	8	79	70	1	0	27	0.98
2736078--2736237	81	2.0	81	80	12	184	68	2	3	25	1.16
2737325--2737378	24	2.4	22	84	6	72	55	3	3	37	1.35
2747772--2747908	66	2.1	66	97	0	256	25	30	13	29	1.94
2751706--2751749	19	2.3	19	92	0	70	20	18	15	45	1.85
2751873--2751911	6	6.5	6	100	0	78	33	51	15	0	1.44
2752405--2752436	5	6.6	5	96	3	57	0	40	21	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2752433--2752463	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
2752575--2752668	22	4.4	22	81	8	122	36	25	19	19	1.95
2752597--2752728	40	3.2	41	85	7	146	40	22	21	14	1.90
2752660--2752731	20	3.6	20	94	0	126	44	22	25	8	1.80
2760507--2760539	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
2760558--2760594	17	2.2	17	86	13	51	37	5	0	56	1.22
2763268--2763292	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2764111--2764222	50	2.2	50	84	6	138	39	15	13	32	1.86
2764564--2764622	30	2.0	30	89	0	91	16	8	30	44	1.78
2765687--2765722	18	1.9	18	88	5	54	38	0	2	58	1.13
2769898--2770247	82	4.2	81	82	5	421	34	19	10	36	1.85
2769898--2770247	167	2.1	167	91	0	574	34	19	10	36	1.85
2779557--2779603	19	2.5	19	83	10	60	29	6	2	61	1.32
2779570--2779613	20	2.3	19	81	11	54	34	4	0	61	1.16
2786017--2786122	45	2.4	45	83	10	128	28	14	20	36	1.92
2786107--2786154	19	2.5	19	100	0	96	20	29	22	27	1.99
2789128--2789693	281	2.0	284	98	1	1102	29	18	17	34	1.94
2793755--2793785	11	2.9	11	95	4	55	70	0	0	29	0.87
2799994--2800064	10	6.7	10	73	23	65	25	38	26	9	1.87
2800011--2800064	20	2.7	20	97	0	99	25	37	27	9	1.87
2800011--2800064	10	5.4	10	79	16	67	25	37	27	9	1.87
2800186--2800260	33	2.3	33	92	0	123	9	38	25	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2800198--2800324	10	11.7	10	69	12	65	9	33	31	25	1.88
2800252--2800284	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
2800271--2800324	20	2.7	20	97	0	99	9	27	37	25	1.87
2800223--2800343	54	2.2	56	86	4	174	9	30	34	25	1.87
2800271--2800324	10	5.4	10	79	16	67	9	27	37	25	1.87
2806702--2806871	48	3.6	47	85	7	213	11	17	21	50	1.76
2806690--2806871	93	1.9	95	84	7	246	10	18	20	50	1.76
2810413--2810517	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	31	1.85
2811007--2811033	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2811305--2811360	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
2814054--2814104	22	2.3	22	100	0	102	43	15	25	15	1.86
2815670--2815716	16	3.1	15	83	16	62	80	6	10	2	0.96
2815691--2815729	17	2.2	18	86	9	53	82	7	7	2	0.94
2816554--2816617	24	2.9	21	76	15	65	35	9	4	50	1.56
2817326--2818595	106	12.0	106	91	1	1996	33	25	18	22	1.96
2819346--2819449	37	2.8	37	88	0	145	40	14	14	30	1.86
2819948--2819976	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2820003--2820028	13	2.0	13	100	0	52	23	7	0	69	1.14
2820098--2820171	21	3.4	21	82	12	60	28	2	0	68	1.03
2820109--2820154	24	1.9	24	82	8	58	30	4	0	65	1.12
2820122--2820189	10	5.8	13	70	28	55	26	1	0	72	0.94
2820118--2820188	22	3.3	22	84	11	85	25	1	0	73	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2820276--2820332	20	2.9	19	75	14	62	22	8	1	66	1.29
2822948--2823031	44	1.9	44	90	0	132	30	25	8	35	1.85
2826744--2826780	19	1.9	19	94	0	65	56	8	10	24	1.60
2831421--2831446	10	2.6	10	100	0	52	92	0	0	7	0.39
2834034--2834151	21	5.6	21	74	15	118	20	19	25	34	1.96
2834034--2834144	42	2.6	42	95	0	195	18	18	26	36	1.95
2834115--2834157	21	2.0	21	86	0	59	23	23	27	25	2.00
2834245--2834269	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
2834378--2834482	39	2.7	39	98	0	201	26	20	20	32	1.97
2835035--2835106	15	4.8	15	71	17	51	55	1	1	41	1.17
2835073--2835118	17	2.8	17	77	9	51	54	0	0	45	0.99
2837905--2837932	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2845491--2845568	22	3.5	22	80	0	84	20	20	28	30	1.98
2845569--2845605	18	2.1	18	100	0	74	24	21	27	27	1.99
2845660--2846583	463	2.0	463	94	0	1625	36	12	18	32	1.88
2851602--2851671	22	3.4	22	84	9	94	15	22	31	30	1.95
2859420--2859524	45	2.3	46	90	4	160	28	20	20	30	1.98
2866825--2866849	12	2.1	12	100	0	50	32	12	24	32	1.91
2867707--2867828	64	1.9	65	89	5	194	31	20	19	28	1.97
2870647--2870765	24	5.0	24	83	7	145	21	24	23	30	1.99
2870647--2870763	47	2.4	48	84	8	141	22	24	23	29	1.99
2871309--2871341	16	2.0	17	88	5	50	45	9	15	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873614--2873687	24	3.0	25	84	4	96	24	21	22	31	1.99
2873682--2874182	170	3.0	170	94	1	891	31	16	19	31	1.94
2876719--2876785	15	4.4	15	73	3	53	23	7	28	40	1.82
2876891--2876964	24	3.0	24	88	4	103	22	22	22	31	1.99
2876959--2877459	170	3.0	170	94	0	853	31	16	19	32	1.94
2880006--2880053	15	3.1	15	76	5	51	18	8	33	39	1.81
2880159--2880232	24	3.0	24	88	4	103	22	22	22	31	1.99
2880227--2880733	170	3.0	170	94	0	892	31	17	20	31	1.95
2883255--2883313	31	1.9	31	85	0	82	23	5	30	40	1.76
2883417--2883490	24	3.0	25	88	4	114	22	24	22	29	1.99
2883664--2883733	24	2.9	24	91	0	104	20	18	22	38	1.93
2883499--2883865	194	1.9	194	94	0	653	29	17	19	33	1.95
2883711--2884016	146	2.1	146	96	0	558	32	16	20	31	1.95
2883852--2884161	170	1.8	170	94	0	548	31	17	20	30	1.95
2895010--2895100	47	2.0	46	86	4	130	24	23	25	27	2.00
2899331--2899389	27	2.2	27	78	0	64	22	16	45	15	1.84
2900991--2901046	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
2900998--2901067	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
2901791--2901865	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
2901797--2901861	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
2902302--2902353	8	6.1	9	73	13	56	63	1	1	32	1.16
2902299--2902351	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2902305--2902354	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
2906457--2906712	124	2.1	123	86	4	356	39	21	12	26	1.88
2914152--2914195	20	2.3	19	84	4	52	43	2	9	45	1.48
2914328--2914362	16	2.2	16	100	0	70	51	22	0	25	1.48
2915562--2915657	23	4.4	22	89	7	126	22	27	1	48	1.57
2915561--2915648	43	2.0	46	88	6	137	25	28	1	45	1.61
2917253--2917300	18	2.8	17	79	17	55	39	6	27	27	1.80
2917871--2917957	38	2.3	38	92	2	140	37	36	10	14	1.81
2918560--2918628	30	2.3	30	92	2	111	24	27	14	33	1.94
2919139--2919193	18	3.1	17	79	7	65	27	0	3	69	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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