genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938--977	3	13.0	3	94	5	71	67	0	32	0	0.91
939--984	19	2.4	19	96	3	83	67	0	30	2	1.03
939--994	19	2.8	19	89	5	67	66	0	30	3	1.09
10318--10364	23	2.1	22	84	4	58	36	12	19	31	1.89
10698--10736	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
11098--11133	18	1.9	19	88	5	56	50	11	16	22	1.77
13717--14415	180	3.9	183	94	4	1240	34	15	15	34	1.90
14391--14436	20	2.3	20	85	3	58	36	13	13	36	1.83
15852--15925	3	24.7	3	78	0	76	25	33	5	35	1.79
15860--15950	42	2.2	42	87	0	128	21	32	7	37	1.82
15865--15932	9	7.6	9	73	6	57	23	33	7	35	1.83
15856--15953	6	16.3	6	76	8	56	21	32	7	38	1.81
17173--18388	197	6.1	199	95	1	2227	31	15	14	38	1.88
17173--18388	594	2.0	592	96	2	2217	31	15	14	38	1.88
18470--18514	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
20302--20362	32	1.9	32	86	0	86	24	44	1	29	1.63
22661--22702	19	2.3	18	88	11	68	21	16	9	52	1.72
22666--22711	19	2.4	19	88	3	74	19	17	8	54	1.68
22833--22877	20	2.2	20	92	7	74	17	17	11	53	1.72
26914--26951	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
34831--34879	24	2.0	24	92	0	80	14	20	30	34	1.92
38397--38423	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38474--38517	2	23.0	2	90	9	74	47	0	0	52	1.00
38621--38660	21	1.9	21	85	10	55	12	7	5	75	1.18
38621--38685	26	2.5	26	82	7	80	12	6	3	78	1.05
38624--38726	9	11.9	9	73	13	58	17	3	2	75	1.07
38696--38733	18	2.1	18	85	9	51	18	2	2	76	1.02
48735--48978	125	1.9	125	86	5	341	44	8	9	37	1.68
49108--49152	23	2.0	22	86	4	63	66	2	0	31	1.04
49119--49217	22	4.4	22	72	21	64	64	4	0	31	1.12
50076--50131	29	2.0	27	86	6	76	0	14	3	82	0.81
50061--50118	5	11.8	5	75	14	50	0	17	3	79	0.87
50060--50133	18	4.0	18	75	10	69	0	16	4	79	0.87
50066--50133	11	5.9	11	75	10	55	0	16	4	79	0.89
50060--50146	44	2.0	44	84	11	115	0	18	5	75	0.99
50545--50587	13	3.4	12	84	9	59	53	0	0	46	1.00
50555--50597	15	3.0	15	90	6	63	58	0	0	41	0.98
50717--51952	74	16.6	75	93	3	1984	34	21	20	23	1.96
50717--51952	223	5.5	226	93	3	2006	34	21	20	23	1.96
52615--52669	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
53037--53135	50	2.0	50	88	4	146	25	21	15	38	1.92
53128--53424	152	2.0	146	95	4	533	28	18	17	35	1.94
55402--55629	114	2.0	114	92	0	375	30	21	15	32	1.94
58574--58603	7	4.4	7	91	8	53	26	26	30	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58574--58603	13	2.2	14	94	5	53	26	26	30	16	1.97
58593--58647	17	3.3	17	92	5	94	12	23	45	18	1.83
58643--58692	17	2.8	18	78	9	57	22	32	24	22	1.98
65783--65812	13	2.2	14	94	5	53	26	26	30	16	1.97
65802--65859	17	3.4	17	92	0	98	15	24	41	18	1.89
65783--65812	7	4.4	7	91	8	53	26	26	30	16	1.97
65853--65923	19	3.7	19	88	1	97	26	28	25	19	1.99
65855--65923	9	7.1	10	73	12	63	27	28	23	20	1.99
72789--72834	23	2.0	23	87	8	67	67	2	0	30	1.03
72798--72887	11	8.1	11	70	20	62	64	3	0	32	1.10
72799--72899	22	4.5	22	72	21	68	64	3	0	31	1.12
72894--72947	26	2.1	26	82	6	65	55	3	9	31	1.49
73749--73799	21	2.5	21	85	14	72	0	17	3	78	0.90
73756--73823	24	3.0	24	76	22	74	0	17	4	77	0.92
73756--73830	25	3.0	23	75	12	69	0	20	5	74	1.00
73787--73821	11	3.1	11	88	8	52	0	11	2	85	0.69
73767--73819	12	4.4	12	76	9	54	0	15	3	81	0.83
73765--73819	29	2.0	27	85	7	74	0	14	3	81	0.82
73750--73806	5	11.8	5	75	17	50	0	17	3	78	0.88
74245--74305	3	20.0	3	83	9	79	60	0	0	39	0.97
74234--74311	13	6.0	13	79	11	72	57	0	0	42	0.98
74255--74311	19	3.1	19	97	2	107	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74245--74304	16	3.7	16	83	16	79	60	0	0	40	0.97
74234--74305	22	3.1	22	79	20	85	58	0	0	41	0.98
74478--74523	18	2.6	18	86	6	58	84	0	13	2	0.71
74485--74523	16	2.4	16	82	4	51	84	0	12	2	0.72
75706--76021	110	2.8	111	84	5	388	36	22	17	24	1.95
77944--78026	3	27.3	3	70	20	50	32	2	1	63	1.15
78019--78053	12	2.8	12	95	4	61	11	5	0	82	0.82
78141--78180	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
78285--78324	21	1.9	21	85	10	55	12	7	5	75	1.18
78286--78335	26	2.0	25	84	11	66	14	8	4	74	1.20
89701--89755	22	2.5	22	100	0	110	43	0	41	14	1.45
90528--90578	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
90751--90803	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
91000--91054	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
91040--91138	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
91133--91172	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
93473--93518	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
93472--93511	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
104836--104904	29	2.4	29	100	0	138	27	11	10	50	1.70
111721--111834	56	2.1	55	86	1	156	24	31	14	28	1.95
114727--114775	22	2.2	22	96	0	89	12	48	16	22	1.79
120811--120850	21	1.9	21	90	10	64	35	0	10	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122186--122249	23	2.8	23	78	7	67	23	3	7	65	1.33
125590--125682	24	4.0	23	76	4	89	29	22	26	21	1.99
125623--125675	22	2.4	22	80	3	61	35	24	24	15	1.94
126224--126272	18	2.4	21	80	12	59	20	26	18	34	1.95
129555--129626	36	2.0	36	100	0	144	38	13	22	25	1.91
132011--132065	28	2.0	28	88	0	83	21	16	16	45	1.85
134118--134168	23	2.3	23	83	9	63	72	1	11	13	1.20
134600--134709	51	2.2	51	96	1	204	54	3	10	30	1.52
135217--135316	35	2.8	36	86	6	130	31	16	15	38	1.89
135777--136501	109	6.9	104	79	8	688	22	21	24	31	1.98
137104--137226	61	2.0	63	85	9	171	34	13	22	29	1.93
137184--137254	36	1.9	36	85	2	97	39	12	21	26	1.89
137169--137548	98	3.9	99	81	13	454	38	12	19	29	1.89
137270--137351	36	2.3	35	79	8	94	41	14	18	25	1.88
137345--137523	88	2.0	87	92	4	295	40	11	18	28	1.86
137458--137558	34	3.0	34	92	2	159	38	13	20	26	1.91
137769--137804	18	2.0	18	100	0	72	11	22	22	44	1.84
138435--138485	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
139102--139139	13	2.9	14	84	11	53	0	10	7	81	0.87
139094--139160	20	3.4	19	76	15	64	1	10	5	82	0.91
139111--139164	21	2.5	22	85	14	69	0	12	7	79	0.92
139130--139170	21	2.0	22	85	9	59	0	17	4	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139096--139171	36	2.1	35	80	7	82	1	13	6	78	0.99
142495--142532	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
142654--142761	51	2.2	51	93	5	186	55	3	10	30	1.51
143268--143366	35	2.7	36	84	6	119	32	15	14	38	1.87
145814--145879	25	2.5	26	83	9	82	48	1	39	10	1.47
147860--147931	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
150937--150961	11	2.3	11	100	0	50	32	0	16	52	1.44
159888--160008	59	2.1	59	90	0	188	26	14	22	36	1.93
160087--160125	17	2.4	17	91	4	62	7	38	2	51	1.44
160606--161194	295	2.0	295	97	0	1106	23	16	24	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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