genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750637--750679	20	2.2	20	95	0	77	13	20	25	39	1.90
754008--754038	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
754214--754310	20	4.8	20	88	0	149	19	18	23	38	1.93
754215--754310	40	2.4	40	94	0	165	19	18	23	37	1.94
757465--757524	27	2.2	27	82	5	68	30	13	11	45	1.79
757479--757546	30	2.4	30	85	7	88	25	22	8	44	1.81
759407--759459	20	2.7	20	87	0	88	45	11	20	22	1.83
759609--759689	37	2.2	38	78	17	89	48	4	2	44	1.37
762555--762588	17	2.0	17	88	11	52	64	2	0	32	1.08
762557--762611	27	2.0	28	83	13	71	58	5	0	36	1.21
764063--764101	21	1.9	21	89	5	62	48	10	0	41	1.37
764263--764306	22	2.0	22	100	0	88	45	4	9	40	1.56
773483--773994	105	4.9	104	88	3	663	23	19	16	39	1.91
773697--773751	18	3.1	18	66	23	53	20	20	10	49	1.78
773483--773994	208	2.4	209	87	2	715	23	19	16	39	1.91
774924--775034	7	15.1	7	73	20	52	9	15	0	75	1.03
774930--775029	27	3.6	28	77	17	102	10	15	0	75	1.05
774966--775031	8	8.6	8	78	18	70	10	15	0	74	1.07
774960--775032	38	1.9	37	91	8	121	10	16	0	72	1.11
774921--775030	19	5.7	19	74	15	100	10	15	0	74	1.06
798302--798396	42	2.3	42	90	0	145	15	14	20	49	1.79
798611--798712	26	4.2	24	72	16	77	49	0	0	49	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798631--798833	26	7.8	26	68	14	100	49	0	1	48	1.14
798790--798948	58	2.8	54	73	20	121	52	1	0	44	1.16
799062--799151	47	1.9	46	82	8	110	36	12	12	38	1.80
799128--799166	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
799140--799211	15	4.9	15	75	10	76	31	18	6	43	1.76
799142--799216	30	2.6	29	85	4	105	34	17	6	41	1.76
801823--801935	3	37.3	3	70	11	79	64	0	0	34	1.00
801831--801938	16	6.2	17	70	21	73	65	0	0	33	0.99
801899--801938	10	3.8	10	81	12	53	75	2	0	22	0.93
802147--802487	139	2.5	138	83	6	424	27	19	14	38	1.91
802423--803116	122	5.7	122	89	2	984	26	18	14	40	1.89
802423--803114	245	2.8	240	89	3	996	26	18	14	40	1.89
802427--803116	367	1.9	368	87	3	1023	26	18	14	40	1.89
803155--803276	36	3.4	35	71	4	100	35	13	21	29	1.92
803138--803278	73	1.9	73	89	2	221	35	13	20	30	1.91
803138--803239	36	2.8	36	75	1	105	34	13	20	31	1.92
803283--803491	54	3.9	54	86	3	280	26	19	13	40	1.89
808052--808090	14	2.7	15	88	4	62	56	10	17	15	1.66
808483--808512	13	2.3	13	94	0	51	6	26	0	66	1.16
809847--809876	15	1.9	15	93	6	51	6	36	0	56	1.26
810659--810742	3	28.0	3	74	13	75	64	1	0	34	1.02
810659--810737	35	2.2	37	82	11	101	63	1	0	35	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814969--815021	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
815245--815306	21	2.9	21	92	2	106	27	38	12	20	1.90
815246--815311	22	3.0	22	91	2	107	25	37	12	24	1.90
815657--815776	34	3.4	34	70	15	107	18	18	25	38	1.93
815674--815816	20	7.5	20	77	9	102	17	17	24	40	1.90
815647--815817	73	2.3	73	93	1	288	16	17	23	42	1.89
815783--815826	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
817755--817799	20	2.3	19	81	7	54	42	22	17	17	1.89
817762--817820	20	3.0	20	87	0	73	40	16	18	23	1.91
817865--817953	20	4.4	20	91	0	142	19	20	23	37	1.94
818464--818570	20	5.3	20	91	0	160	23	19	26	30	1.98
818557--818609	20	2.7	20	100	0	106	20	20	20	37	1.94
818606--818665	21	3.0	20	90	4	68	41	16	21	20	1.90
818614--818667	21	2.6	21	96	0	99	40	16	22	20	1.91
820825--820853	14	2.1	14	100	0	58	27	17	6	48	1.72
836175--836239	28	2.3	28	84	5	87	26	29	21	23	1.99
836174--836239	14	4.7	14	74	7	71	25	30	21	22	1.99
836240--836268	13	2.2	13	100	0	58	13	27	17	41	1.87
840186--840242	30	1.9	29	82	10	71	33	19	7	40	1.78
841702--841788	31	2.8	31	84	8	106	43	14	4	36	1.67
843286--843346	16	3.8	16	82	0	86	57	19	11	11	1.64
844557--844623	33	2.2	29	78	19	75	29	17	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844865--844916	14	4.0	14	73	19	58	53	21	7	17	1.68
855255--855306	27	2.0	25	88	7	77	73	3	19	3	1.15
855242--855306	26	2.5	26	80	9	80	73	4	18	3	1.13
855378--855515	69	2.0	69	91	2	224	37	23	14	24	1.92
857174--857416	102	2.4	102	82	4	276	27	18	12	40	1.87
857329--857450	36	3.4	36	84	0	136	24	21	13	40	1.88
857452--857536	29	2.8	29	85	5	116	37	15	11	35	1.84
861546--861585	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
861611--861649	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
861546--861775	64	3.5	64	80	10	213	30	26	16	26	1.96
861727--861775	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
867543--867622	24	3.5	22	78	14	92	22	26	23	27	2.00
870171--870210	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
870236--870274	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
870171--870335	64	2.5	65	85	6	201	32	26	15	25	1.96
870171--870380	64	3.2	63	81	7	199	31	26	15	26	1.96
874170--874221	23	2.3	23	86	0	77	50	32	9	7	1.64
874630--874714	38	2.2	37	82	15	95	29	2	3	64	1.22
874904--874973	33	2.2	31	82	5	77	20	7	4	68	1.30
878545--878898	183	1.9	183	93	0	609	28	19	20	31	1.97
880045--880297	72	3.5	72	82	4	276	28	17	13	40	1.87
880264--880312	21	2.3	21	92	0	80	24	20	10	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880345--880494	65	2.3	65	80	5	171	29	19	11	40	1.86
880293--880614	166	1.9	167	91	1	522	29	18	12	40	1.87
880390--880776	101	3.8	101	82	3	404	30	18	12	38	1.87
880556--880643	37	2.4	38	86	3	117	25	20	14	39	1.90
880507--880772	103	2.6	101	90	1	406	31	18	12	37	1.88
880660--880741	36	2.3	36	84	0	101	25	20	14	39	1.91
880727--880785	30	2.0	30	83	12	77	37	16	11	33	1.86
881687--881728	16	2.5	17	88	3	59	26	9	23	40	1.85
882286--882326	8	5.1	8	85	8	57	12	2	2	82	0.86
882286--882336	16	3.2	15	81	10	57	9	5	1	82	0.91
888182--888215	16	2.1	16	100	0	68	55	5	0	38	1.24
893290--893317	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
894417--894536	36	3.3	37	83	4	163	33	16	10	39	1.84
894704--894834	66	2.0	64	81	11	151	26	16	11	45	1.82
894855--895099	130	1.9	129	86	4	350	24	31	18	24	1.97
895381--895443	3	21.0	3	79	12	67	36	1	0	61	1.05
895381--895440	18	3.3	18	90	0	93	36	1	0	61	1.06
895387--895444	21	2.8	21	80	12	75	36	3	0	60	1.14
896798--896827	15	1.9	16	93	6	53	26	30	6	36	1.82
896814--896856	20	2.3	19	84	11	61	25	30	6	37	1.82
904497--904552	3	19.0	3	85	3	78	62	1	3	32	1.23
904707--905000	43	6.8	42	75	11	245	24	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904707--905044	43	7.8	45	74	13	221	24	20	30	24	1.99
904878--905038	83	1.9	83	84	7	214	24	19	31	24	1.98
904749--905028	129	2.2	129	92	0	470	24	20	30	25	1.99
905057--905110	28	1.9	28	85	7	74	50	16	12	20	1.78
905461--905535	31	2.4	30	80	8	80	41	13	12	33	1.81
905628--905833	64	3.2	64	84	4	263	44	11	12	32	1.77
905723--905850	27	4.1	30	70	22	95	43	12	10	33	1.76
905795--905851	27	2.1	27	93	0	96	45	15	7	31	1.73
905950--906090	29	5.1	25	85	9	93	48	12	9	29	1.72
905965--906090	29	4.5	29	91	3	179	47	13	9	29	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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