genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431029--2431067	8	5.1	8	81	12	55	61	10	15	12	1.56
2431029--2431067	15	2.6	15	91	0	60	61	10	15	12	1.56
2433918--2433976	31	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
2434032--2434073	20	2.2	19	86	4	57	64	0	0	35	0.94
2433931--2434174	120	2.0	120	83	7	309	45	7	7	38	1.61
2435548--2435616	3	22.7	3	85	8	95	62	0	0	37	0.96
2437646--2437707	32	1.9	32	83	0	79	24	11	20	43	1.85
2439439--2439484	24	1.9	24	100	0	92	41	15	13	30	1.85
2440026--2440091	31	2.2	30	86	2	87	31	24	7	36	1.83
2440113--2440151	20	2.0	20	84	0	51	25	15	0	58	1.37
2441816--2441853	11	3.5	11	85	7	51	23	13	5	57	1.56
2447481--2447549	31	2.3	30	83	11	88	36	23	7	33	1.82
2451547--2451585	21	1.9	20	94	5	69	82	2	15	0	0.79
2451545--2451592	7	6.7	7	81	13	62	83	2	14	0	0.74
2451672--2451809	69	2.0	69	91	0	222	37	21	15	25	1.92
2452703--2452782	32	2.5	32	87	8	117	32	10	17	40	1.83
2452708--2452794	32	2.7	32	85	3	95	33	9	19	37	1.84
2453394--2453667	106	2.6	106	91	0	422	34	22	20	22	1.96
2454908--2454970	31	2.0	31	90	0	99	39	33	3	23	1.71
2458163--2458203	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2458673--2458712	21	1.9	21	89	0	62	55	0	0	45	0.99
2458802--2458853	21	2.5	20	78	3	50	44	5	5	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461020--2461148	56	2.3	56	98	0	249	27	13	18	41	1.87
2461566--2461599	6	5.7	6	100	0	68	35	0	64	0	0.94
2467902--2467958	13	4.8	13	77	18	70	31	19	35	14	1.91
2467916--2467963	22	2.2	22	100	0	96	33	22	29	14	1.94
2468132--2468187	27	2.1	27	100	0	112	28	25	21	25	1.99
2468301--2468354	23	2.3	24	90	9	85	50	7	35	7	1.59
2468349--2468405	17	3.4	17	85	9	73	61	0	36	1	1.07
2468602--2468689	43	2.1	43	87	10	128	42	0	11	46	1.40
2470798--2470830	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
2470815--2470883	22	3.0	22	73	19	77	47	7	4	40	1.51
2471021--2471107	38	2.4	37	81	9	99	51	3	2	42	1.31
2471037--2471510	12	36.1	13	70	19	196	44	9	2	43	1.50
2471172--2471510	26	13.6	25	79	13	285	42	10	2	44	1.53
2471053--2471568	124	4.2	124	95	1	916	44	9	2	43	1.50
2471053--2471568	246	2.1	247	94	1	914	44	9	2	43	1.50
2474387--2474445	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
2475249--2475311	28	2.2	30	91	5	103	57	11	0	31	1.34
2475253--2475318	28	2.4	28	85	10	98	56	10	0	33	1.34
2475288--2475336	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
2477390--2477459	30	2.3	30	85	0	86	47	10	4	38	1.57
2477916--2477961	17	2.5	19	79	13	60	56	0	0	43	0.99
2479063--2479139	38	2.1	36	83	9	93	35	18	10	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2479775--2479809	16	2.2	16	89	0	52	34	0	8	57	1.29
2479793--2479878	14	6.1	14	72	15	52	43	0	6	50	1.29
2479823--2479875	19	2.6	20	85	8	63	47	0	3	49	1.19
2479781--2479868	14	6.4	14	75	7	63	43	0	5	51	1.25
2479894--2480016	5	23.8	5	70	20	58	35	3	4	56	1.37
2479892--2479959	22	2.9	22	76	19	66	38	2	7	51	1.45
2481357--2481394	9	4.3	9	93	3	51	39	0	0	60	0.97
2481363--2481397	3	11.7	3	93	0	61	37	0	0	62	0.95
2496496--2497014	128	4.1	128	76	8	432	31	13	14	40	1.85
2496496--2497014	256	2.0	256	80	6	590	31	13	14	40	1.85
2502059--2502107	12	4.1	12	89	0	71	53	0	32	14	1.41
2502059--2502107	24	2.0	24	96	0	89	53	0	32	14	1.41
2505481--2505541	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
2518582--2518631	18	2.8	18	81	0	64	26	6	32	36	1.81
2518582--2518644	18	3.5	18	80	0	54	25	6	31	36	1.81
2525895--2525966	6	12.0	6	98	0	108	50	5	0	44	1.25
2528586--2528924	170	2.0	169	99	0	669	35	27	20	17	1.94
2534569--2534702	68	2.0	68	95	0	241	27	9	24	38	1.87
2537174--2537295	64	1.9	64	93	0	208	32	9	9	48	1.68
2541972--2542018	22	2.1	22	100	0	94	19	27	10	42	1.84
2545762--2545796	16	2.2	16	89	0	52	28	0	0	71	0.86
2546107--2546135	12	2.3	13	94	5	51	37	0	3	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546713--2546755	18	2.4	18	96	0	77	23	4	0	72	1.04
2546874--2546932	30	1.9	31	90	10	95	11	11	0	76	1.03
2546874--2546932	31	1.9	30	90	10	93	11	11	0	76	1.03
2546883--2546959	18	4.4	17	69	20	52	15	7	0	76	1.00
2549353--2549396	20	2.2	20	95	0	79	20	27	31	20	1.97
2553478--2553698	42	5.2	41	64	21	105	31	24	23	20	1.98
2553418--2553703	86	3.3	86	90	0	428	31	24	22	21	1.98
2554601--2554634	12	2.9	12	86	4	52	8	23	2	64	1.36
2555020--2555058	18	2.2	18	90	0	60	20	7	0	71	1.10
2555371--2555416	16	2.9	16	87	9	60	21	0	0	78	0.76
2555792--2556051	30	8.9	30	76	9	200	38	7	1	52	1.37
2555790--2556051	59	4.5	59	75	12	254	39	7	1	52	1.37
2555930--2555975	24	1.9	24	86	0	65	50	2	0	47	1.13
2556068--2556134	30	2.2	31	86	2	91	44	7	2	44	1.47
2556181--2556255	30	2.5	29	85	8	96	46	1	5	46	1.33
2556757--2556791	17	2.0	18	88	5	54	42	2	0	54	1.15
2557596--2557643	17	2.7	18	93	3	80	31	8	31	29	1.87
2558196--2558233	16	2.3	17	86	4	51	55	2	2	39	1.28
2560580--2560633	20	2.7	20	94	0	90	25	16	20	37	1.93
2564843--2564876	18	1.9	18	88	5	52	52	5	14	26	1.64
2565912--2565977	17	3.7	17	74	8	60	60	3	0	36	1.12
2567583--2567636	23	2.3	23	80	0	63	53	5	3	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569147--2569207	27	2.3	27	88	2	88	21	31	14	32	1.93
2579821--2579861	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2584221--2584341	36	3.4	35	86	3	170	19	21	21	37	1.95
2584221--2584360	36	3.9	35	83	8	167	19	22	19	38	1.93
2584227--2584365	72	1.9	71	89	4	217	17	23	18	40	1.91
2587041--2587074	17	2.1	16	89	10	52	23	23	17	35	1.95
2591312--2591363	3	17.7	3	84	11	72	67	0	1	30	1.02
2592164--2592264	9	10.8	9	73	21	66	68	0	0	31	0.90
2592169--2592264	33	3.4	28	73	21	83	67	0	0	32	0.91
2592164--2592264	12	8.1	12	71	21	66	68	0	0	31	0.90
2592212--2592261	8	6.2	8	75	15	50	68	0	0	32	0.90
2592175--2592261	20	4.3	20	81	16	108	66	0	0	33	0.92
2593569--2593648	6	13.3	6	80	16	53	66	0	0	33	0.92
2593569--2593648	9	8.9	9	77	17	53	66	0	0	33	0.92
2594252--2594338	32	2.7	32	94	0	156	20	19	24	35	1.96
2594398--2594609	106	2.0	106	85	3	284	20	20	25	33	1.97
2594682--2594995	106	3.0	106	91	3	501	21	18	23	36	1.95
2594335--2594888	280	2.0	280	92	1	932	22	18	24	34	1.96
2595725--2595837	36	3.1	36	82	2	145	38	13	20	27	1.90
2595729--2595832	37	2.9	36	82	2	127	42	14	20	23	1.88
2597379--2597455	36	2.1	36	82	0	91	3	15	6	74	1.18
2600492--2600530	3	13.3	3	89	5	62	66	0	2	30	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2601323--2601384	3	20.7	3	76	18	58	69	0	0	30	0.89
2605153--2605246	15	7.0	15	68	24	66	41	1	1	56	1.13
2605163--2605235	26	2.9	27	82	13	93	45	0	1	53	1.09
2605188--2605271	40	2.2	37	85	10	107	42	1	1	54	1.15
2605160--2605292	64	2.1	64	92	2	223	42	0	0	56	1.10
2605199--2605301	21	4.9	21	68	25	65	41	1	0	55	1.17
2605971--2606029	31	1.9	31	92	0	100	44	8	5	42	1.57
2606611--2606686	34	2.3	32	82	6	89	60	0	1	38	1.05
2606603--2606681	17	4.7	16	70	14	52	63	0	0	36	0.95
2606758--2606810	14	3.8	14	74	18	56	52	1	0	45	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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