genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2609633--2609664	16	2.0	16	93	0	55	40	12	21	25	1.88
2610840--2610889	14	3.6	14	76	15	50	46	0	0	54	1.00
2610960--2611047	16	5.5	15	75	15	63	36	2	2	59	1.23
2610960--2611033	16	4.5	16	77	11	69	37	2	1	58	1.21
2611018--2611063	20	2.4	20	82	7	60	32	0	4	63	1.14
2615414--2615515	53	2.0	51	92	7	172	41	3	3	50	1.39
2632545--2632639	7	13.4	7	76	16	65	78	0	14	6	0.93
2632545--2632636	8	11.2	8	73	18	57	79	0	14	6	0.92
2632549--2632631	22	4.2	20	71	19	66	79	0	13	7	0.92
2632572--2632631	32	1.9	31	86	3	84	80	0	11	8	0.92
2635662--2635703	9	4.7	9	82	8	50	76	0	4	19	0.96
2637063--2637097	10	3.5	10	88	11	54	62	0	0	37	0.95
2637066--2637106	16	2.6	16	88	0	55	60	0	0	39	0.96
2637055--2637095	13	3.0	13	85	7	55	63	0	2	34	1.08
2637357--2637860	83	6.0	84	82	4	520	23	19	26	31	1.98
2637363--2637878	165	3.1	165	86	2	698	23	19	26	30	1.98
2638081--2639102	106	9.6	106	93	0	1679	23	17	25	33	1.96
2639592--2639730	69	2.0	69	100	0	278	39	14	15	30	1.87
2642881--2642928	17	3.0	17	77	22	59	77	0	2	20	0.88
2642881--2642933	5	10.4	5	77	18	56	77	0	1	20	0.87
2642881--2642938	9	6.3	9	80	11	64	75	0	3	20	0.94
2642964--2642994	11	2.9	11	95	4	55	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2644295--2644338	19	2.3	19	84	0	52	63	0	0	36	0.95
2645025--2645143	63	1.9	63	83	8	154	41	8	7	42	1.63
2651399--2651432	17	2.0	17	88	0	50	29	5	29	35	1.81
2653525--2653560	19	1.9	18	88	5	54	47	2	19	30	1.64
2655069--2655148	15	5.6	14	72	21	60	83	0	13	2	0.74
2655070--2655148	30	2.6	30	81	13	99	84	0	12	2	0.71
2655070--2655135	1	66.0	1	72	0	51	86	0	10	3	0.68
2655070--2655148	23	3.3	23	81	15	90	84	0	12	2	0.71
2656545--2656634	38	2.4	38	94	0	153	32	13	24	30	1.93
2656583--2656772	82	2.3	80	83	1	236	32	16	23	27	1.96
2658389--2658718	130	2.5	130	91	1	527	26	19	20	33	1.96
2658565--2659085	217	2.4	217	87	3	717	29	19	19	31	1.96
2660469--2660500	15	2.1	16	88	11	50	28	0	3	68	1.04
2661100--2661131	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2664869--2665044	87	2.0	90	85	5	241	24	20	14	40	1.89
2665103--2665388	105	2.7	105	90	1	457	20	21	16	40	1.91
2667448--2667574	17	7.4	16	74	15	103	2	18	0	77	0.92
2667456--2667609	26	5.7	27	73	20	117	5	16	0	77	0.98
2667456--2667588	35	3.8	33	79	15	117	3	16	0	78	0.93
2667456--2667588	18	7.6	17	70	15	51	3	16	0	78	0.93
2667456--2667600	52	2.8	50	79	15	147	4	15	0	79	0.94
2679667--2679751	26	3.3	26	83	3	84	9	25	5	58	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2679689--2679753	14	5.1	14	66	21	52	7	27	6	58	1.50
2680265--2680321	3	19.0	3	82	7	71	63	1	5	29	1.27
2680662--2683543	90	32.3	90	85	2	3509	33	19	17	29	1.95
2680662--2683543	179	16.1	180	84	2	3518	33	19	17	29	1.95
2691159--2691229	26	2.8	26	82	4	83	2	32	8	56	1.44
2691624--2691685	24	2.6	24	78	0	70	11	12	30	45	1.78
2691721--2691770	3	16.7	3	82	0	64	64	0	6	30	1.18
2691721--2691770	21	2.4	21	93	0	82	64	0	6	30	1.18
2691737--2691787	24	2.1	24	82	7	59	60	1	11	25	1.41
2695603--2695659	19	3.3	19	64	31	54	15	8	29	45	1.77
2695591--2695659	33	2.1	33	100	0	138	14	8	31	44	1.75
2699353--2699440	41	2.1	41	93	0	149	25	5	18	51	1.68
2699673--2699710	13	2.8	14	84	4	51	65	2	5	26	1.27
2703784--2703903	63	1.9	63	83	6	154	41	7	7	43	1.61
2703877--2703943	34	2.0	34	82	11	84	40	5	7	46	1.57
2712697--2712738	20	2.0	21	95	4	77	45	0	14	40	1.45
2712783--2712817	12	3.0	12	87	4	54	57	0	0	42	0.99
2713901--2714363	59	7.9	58	81	6	432	28	23	11	36	1.90
2722704--2722728	12	2.1	12	100	0	50	0	40	0	60	0.97
2723491--2723545	22	2.5	21	80	11	58	43	3	3	49	1.37
2729633--2729713	21	4.0	21	80	4	94	30	28	13	27	1.94
2729838--2729913	22	3.5	22	94	0	116	18	44	17	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730261--2730306	20	2.3	20	92	0	74	43	21	21	13	1.86
2731771--2731837	20	3.3	20	83	8	91	41	23	14	19	1.89
2732099--2732134	18	2.0	18	100	0	72	16	5	22	55	1.62
2734440--2734473	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2735240--2735367	20	6.5	20	71	15	88	38	11	21	28	1.88
2735240--2735376	40	3.5	39	79	15	131	38	11	20	29	1.88
2735260--2735387	40	3.2	41	76	16	133	36	11	21	29	1.89
2735240--2735417	40	4.5	39	76	12	118	36	12	21	28	1.91
2735360--2735410	19	2.6	19	87	3	66	27	15	27	29	1.96
2738482--2738635	60	2.5	59	83	7	184	34	21	3	40	1.69
2738582--2739034	227	2.0	228	99	0	890	38	14	9	37	1.79
2739053--2739176	60	2.1	60	83	6	153	45	4	18	30	1.70
2740733--2740983	49	5.1	49	84	0	333	39	22	14	23	1.90
2742179--2742420	125	1.9	126	84	4	319	40	13	15	30	1.86
2742810--2742858	23	2.1	24	88	3	73	38	2	4	55	1.31
2743784--2743822	21	2.0	21	90	10	64	58	20	17	2	1.50
2743958--2744221	133	2.0	134	91	0	431	23	14	29	32	1.93
2744187--2744234	22	2.2	22	84	0	60	33	27	22	16	1.96
2744270--2744338	30	2.3	30	97	0	129	33	18	28	18	1.95
2748900--2748938	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
2748949--2749107	64	2.5	63	85	5	196	30	23	16	29	1.97
2756459--2756502	21	2.1	21	91	0	70	6	36	15	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757490--2757528	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
2757553--2757589	19	1.9	19	94	0	65	24	29	16	29	1.96
2757539--2757698	64	2.5	64	84	4	198	28	22	18	30	1.98
2774478--2774507	13	2.3	13	94	0	51	43	6	20	30	1.77
2774498--2774656	85	1.9	86	83	1	212	28	18	22	30	1.97
2775214--2775991	136	5.7	136	90	0	1101	33	25	15	25	1.95
2775414--2775521	40	2.6	40	79	4	126	33	29	16	20	1.95
2775214--2775991	271	2.9	272	89	1	1125	33	25	15	25	1.95
2779580--2780619	136	7.6	136	89	1	1431	26	22	16	35	1.95
2783680--2783713	14	2.5	14	90	4	52	41	5	5	47	1.52
2784012--2784095	10	8.6	9	71	14	51	4	11	3	79	1.01
2784013--2784090	26	3.2	24	79	15	74	5	10	3	80	0.99
2784012--2784075	34	2.0	31	84	9	83	3	10	4	81	0.96
2785955--2786003	20	2.4	20	83	10	64	53	6	16	24	1.66
2787494--2787732	126	1.9	126	85	0	334	43	12	14	29	1.82
2788156--2788194	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2791495--2791644	31	4.8	31	90	3	230	36	19	18	26	1.94
2791847--2791909	29	2.2	29	83	8	76	36	20	7	34	1.82
2795711--2795860	31	4.8	31	92	0	246	36	20	18	25	1.95
2797071--2797137	31	2.2	31	82	10	77	32	19	8	38	1.83
2799932--2800081	31	4.8	31	90	3	230	36	19	18	26	1.94
2800282--2800344	29	2.2	29	80	8	67	38	19	7	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805383--2805692	30	10.6	30	71	13	168	40	9	1	48	1.44
2805394--2805604	30	7.1	30	77	5	187	39	9	0	49	1.42
2805697--2805852	30	5.2	30	77	6	131	53	0	8	37	1.36
2806273--2806324	23	2.3	23	80	6	63	34	13	0	51	1.41
2806304--2806353	21	2.6	19	87	12	59	40	6	0	54	1.25
2806313--2806359	21	2.2	22	96	3	87	42	8	2	46	1.46
2814775--2814817	22	1.9	23	90	4	70	55	4	2	37	1.33
2814774--2814831	23	2.5	24	80	5	73	58	5	1	34	1.30
2816447--2816689	106	2.3	106	90	1	380	24	16	24	34	1.95
2817743--2817783	7	5.6	7	86	11	55	0	12	4	82	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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