genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207790--2207860	35	2.0	36	86	2	99	40	8	4	46	1.54
2207893--2207975	43	1.9	43	85	2	112	50	8	1	39	1.40
2207930--2208170	35	6.6	35	76	15	197	42	8	3	45	1.50
2209053--2209557	85	5.9	85	84	3	577	24	17	20	36	1.94
2210742--2210938	99	2.0	99	94	0	349	28	19	19	32	1.96
2214867--2214922	26	2.2	26	90	6	87	75	3	10	10	1.17
2214885--2214943	21	2.7	21	82	15	66	74	3	11	10	1.18
2214867--2214978	26	4.2	25	69	17	75	74	3	8	13	1.19
2214929--2215065	15	8.9	15	67	15	75	72	2	3	21	1.10
2214994--2215065	31	2.4	30	82	13	78	75	1	5	18	1.07
2215556--2215589	17	2.1	17	88	5	52	0	11	23	64	1.26
2216108--2216167	5	12.4	5	84	10	63	76	0	0	23	0.78
2216108--2216200	27	3.3	27	75	10	87	72	0	4	23	1.03
2216108--2216167	16	3.8	16	86	6	68	76	0	0	23	0.78
2216129--2216162	11	3.2	11	91	4	52	76	0	0	23	0.79
2216108--2216167	26	2.3	26	88	2	84	76	0	0	23	0.78
2216249--2216305	30	2.0	28	89	6	87	40	5	7	47	1.53
2216371--2216663	36	7.6	36	69	20	132	44	7	2	45	1.45
2216431--2216460	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2216444--2216638	36	5.4	34	79	10	174	43	7	3	46	1.46
2216310--2216551	85	2.8	84	75	11	208	42	7	3	46	1.49
2216470--2216650	72	2.5	72	82	7	204	43	7	2	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219026--2219074	22	2.2	22	88	0	71	51	2	0	46	1.12
2219059--2219111	25	2.2	25	90	6	83	54	3	0	41	1.18
2219035--2219140	31	3.7	29	73	15	94	50	1	0	47	1.12
2219176--2219256	19	4.3	19	72	14	62	49	2	2	45	1.28
2219151--2219231	27	3.0	26	73	20	76	46	2	3	46	1.33
2219367--2219451	24	3.5	23	71	16	66	50	0	3	45	1.18
2219550--2219583	14	2.4	14	90	0	50	32	14	14	38	1.87
2222941--2222987	22	2.1	22	100	0	94	25	21	10	42	1.85
2223734--2223813	2	40.5	2	97	2	153	50	0	0	50	1.00
2229302--2229340	14	2.8	14	96	0	69	20	30	0	48	1.50
2232399--2232441	22	2.0	22	85	0	59	16	20	41	20	1.90
2239717--2239745	14	2.1	14	100	0	58	0	24	55	20	1.44
2247505--2247546	3	14.0	3	80	9	50	35	0	2	61	1.09
2248535--2248591	29	2.0	29	82	6	71	15	5	12	66	1.41
2256337--2256449	60	1.9	60	92	3	192	23	20	15	39	1.91
2256337--2256449	20	5.7	20	90	0	163	23	20	15	39	1.91
2259679--2259719	19	2.1	20	90	4	66	0	7	9	82	0.83
2260990--2261146	35	4.5	35	84	3	181	37	18	24	19	1.94
2261332--2261379	9	5.6	8	82	4	51	37	4	0	58	1.18
2261327--2261371	3	15.7	3	81	9	58	35	4	0	60	1.17
2261444--2261487	19	2.3	19	92	0	70	38	38	11	11	1.77
2262372--2262438	28	2.3	29	82	5	73	19	5	8	65	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263928--2263993	23	2.9	23	82	8	73	36	1	1	60	1.15
2265085--2265121	15	2.5	14	91	8	56	24	0	2	72	0.97
2267903--2267991	8	11.1	8	80	0	79	33	2	28	35	1.70
2269168--2269319	56	2.6	58	82	8	164	35	7	0	56	1.32
2269328--2269398	30	2.4	30	83	4	81	40	7	1	50	1.38
2269470--2269528	20	2.9	20	74	2	64	40	1	0	57	1.09
2269540--2269659	29	4.1	29	79	13	120	54	0	6	38	1.33
2270348--2270387	11	3.6	11	80	12	55	62	0	0	37	0.95
2272213--2272252	13	3.0	13	81	3	53	67	0	0	32	0.91
2272213--2272245	16	2.1	15	94	5	57	72	0	0	27	0.85
2277403--2277450	19	2.5	20	83	12	57	52	4	12	31	1.58
2283640--2283691	18	2.9	18	82	0	77	1	17	0	80	0.80
2283628--2283702	8	9.0	8	76	15	55	4	13	0	82	0.80
2289867--2289907	21	2.0	21	86	13	59	29	21	9	39	1.86
2294392--2294423	14	2.3	14	94	0	55	62	6	15	15	1.51
2296570--2296637	3	22.7	3	100	0	136	33	0	0	66	0.92
2309515--2309567	22	2.5	22	85	11	58	39	16	16	26	1.91
2318322--2318740	54	7.8	54	86	1	543	31	20	19	27	1.97
2325244--2325690	54	8.3	54	89	0	653	31	20	20	27	1.97
2331374--2331432	3	19.0	3	79	6	64	59	0	0	40	0.97
2331590--2332581	76	13.0	76	97	0	1797	35	21	21	22	1.96
2333644--2333853	54	3.9	54	92	0	339	24	23	14	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335152--2335691	92	6.0	91	92	3	729	37	21	13	28	1.91
2335478--2335696	83	2.6	83	96	0	411	40	21	12	26	1.88
2342437--2342478	17	2.5	17	81	14	52	71	2	0	26	0.98
2342463--2342514	20	2.6	21	76	11	56	65	0	5	28	1.16
2344715--2344773	3	19.0	3	79	6	64	59	0	0	40	0.97
2354064--2354116	18	3.1	17	86	8	81	33	35	11	18	1.87
2354056--2354112	16	3.4	16	81	11	69	28	42	10	19	1.84
2364647--2364683	18	2.1	18	94	0	65	54	0	18	27	1.44
2371075--2371117	16	2.8	16	75	3	52	60	0	0	39	0.97
2372699--2372762	3	21.3	3	96	0	119	64	0	1	34	1.03
2372994--2373990	113	8.9	113	94	3	1602	28	19	13	38	1.90
2372994--2373990	227	4.4	226	93	3	1620	28	19	13	38	1.90
2372994--2373995	340	3.0	338	92	2	1617	28	19	13	38	1.90
2374719--2375524	83	9.7	83	96	2	1491	37	22	11	27	1.89
2376642--2376706	15	4.8	13	78	19	62	3	16	0	80	0.85
2376657--2376691	6	6.2	6	87	12	56	0	14	0	85	0.59
2376657--2376706	11	4.4	11	87	7	64	2	16	0	82	0.77
2376660--2376706	23	2.1	22	88	4	67	2	14	0	82	0.75
2385599--2385954	181	2.0	174	95	3	640	28	24	13	33	1.93
2387306--2387345	13	2.9	13	88	7	53	70	2	7	20	1.24
2388692--2388752	3	20.3	3	89	0	95	37	1	0	60	1.07
2388698--2388764	12	6.2	11	78	16	61	41	1	0	56	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391434--2391496	32	2.0	32	87	0	90	36	6	15	41	1.73
2391150--2391960	265	3.0	270	80	6	915	34	11	17	36	1.86
2391406--2391969	282	2.0	280	83	3	713	33	12	17	36	1.87
2392717--2392756	18	2.2	18	86	4	53	25	2	2	70	1.13
2398159--2398910	110	6.9	110	88	3	1103	34	24	18	23	1.96
2398159--2398912	326	2.3	326	90	2	1179	34	24	18	23	1.96
2399027--2399794	84	9.2	84	76	6	663	30	23	20	25	1.98
2399035--2399796	165	4.6	163	80	6	698	30	23	20	25	1.98
2399037--2399778	249	3.0	248	88	2	1049	30	23	20	25	1.98
2400139--2400176	4	9.5	4	83	11	51	28	0	0	71	0.87
2400143--2400211	12	6.2	11	75	17	63	30	0	0	69	0.89
2400139--2400211	28	2.7	28	80	16	82	30	0	0	69	0.88
2400260--2400328	33	2.1	33	97	0	129	43	20	10	26	1.83
2416937--2416997	31	2.0	31	83	0	77	54	11	9	24	1.66
2419998--2420056	31	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
2420112--2420153	20	2.2	19	86	4	57	64	4	0	30	1.14
2420032--2420257	120	1.9	119	84	6	307	45	8	8	36	1.67
2421645--2421714	3	22.7	3	85	5	95	61	0	0	38	0.96
2421833--2422006	76	2.3	76	94	0	312	33	21	20	24	1.97
2422131--2422340	75	2.8	76	95	2	388	34	21	19	24	1.97
2421833--2422452	334	1.9	336	95	0	1136	36	17	17	29	1.92
2423035--2423109	22	3.4	22	94	0	132	40	13	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423474--2423628	54	3.0	53	80	8	183	25	22	14	36	1.93
2425696--2425916	114	1.9	114	90	0	352	31	21	14	33	1.93
2428065--2428173	7	14.6	7	71	17	69	5	17	0	77	0.96
2428066--2428105	9	4.4	9	87	9	55	5	12	0	82	0.82
2428066--2428169	19	5.7	18	70	20	65	5	16	0	77	0.95
2428085--2428150	23	2.8	24	84	13	77	7	16	0	75	1.02
2428060--2428169	8	13.1	9	70	25	64	5	18	0	76	0.97
2428092--2428173	40	2.1	39	90	2	128	6	17	0	76	0.97
2430896--2430944	20	2.5	20	86	0	71	59	12	10	18	1.60
2430900--2430969	35	2.0	34	83	2	86	58	11	11	18	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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