genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  12  of  18  ( 2083 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2044306--2044344	20	2.0	20	89	0	60	41	20	7	30	1.80
2046963--2047147	36	5.1	35	82	5	208	43	2	10	43	1.53
2046968--2047147	71	2.5	73	85	3	238	43	2	10	43	1.53
2052357--2052416	21	2.9	21	97	0	111	25	28	23	23	2.00
2053414--2053443	15	2.0	15	93	0	51	23	20	23	33	1.97
2062341--2062399	21	2.8	21	78	0	64	28	25	18	27	1.98
2062401--2062523	31	4.0	30	87	4	129	34	21	18	26	1.96
2062404--2062523	62	1.9	62	84	0	159	34	20	19	25	1.96
2062918--2062965	20	2.4	21	80	13	57	39	2	2	56	1.23
2064075--2064189	9	12.0	9	68	16	54	18	2	4	74	1.10
2064064--2064172	35	3.2	34	74	22	104	20	2	3	73	1.11
2064117--2064194	28	2.7	28	73	18	70	20	2	5	71	1.17
2064359--2064478	53	2.2	53	81	10	136	27	3	3	65	1.24
2064599--2064631	17	1.9	17	100	0	66	6	15	0	78	0.93
2064602--2064644	22	2.0	22	81	9	52	4	13	2	79	1.00
2064660--2064690	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2064763--2064847	5	16.4	5	78	16	84	20	2	1	76	0.96
2064761--2064842	41	2.0	42	88	7	123	19	2	1	76	0.96
2064982--2065011	8	3.6	8	95	4	51	36	0	0	63	0.95
2067745--2067932	99	1.9	99	91	2	306	35	19	14	30	1.92
2068745--2068911	64	2.6	64	96	0	298	35	21	14	28	1.93
2068995--2069417	124	3.4	124	87	3	604	32	26	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070047--2070077	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2082766--2082857	8	11.6	8	74	13	66	19	3	3	73	1.10
2082771--2082900	6	20.2	6	67	19	50	18	4	3	73	1.13
2082766--2082894	22	6.2	20	70	20	68	18	4	3	73	1.14
2082768--2082857	36	2.5	36	82	8	96	18	3	3	74	1.10
2082802--2082852	27	1.9	27	84	4	68	17	0	5	76	0.98
2082833--2082882	25	2.0	26	84	4	66	20	4	4	72	1.18
2083439--2083572	27	5.1	24	73	17	99	11	4	5	78	1.07
2083433--2083517	35	2.6	31	75	13	89	9	2	3	84	0.82
2083476--2083517	1	42.0	1	85	0	57	4	2	0	92	0.44
2083433--2083517	16	5.2	16	75	10	82	9	2	3	84	0.82
2084651--2084680	15	2.0	15	93	0	51	23	20	23	33	1.97
2089890--2090261	189	2.0	188	83	2	469	33	18	17	30	1.94
2090745--2091139	35	11.3	35	81	6	417	43	3	9	42	1.55
2091194--2091271	6	13.2	6	69	26	51	30	0	1	67	0.98
2091196--2091271	20	3.6	19	76	22	71	30	0	1	68	0.98
2091194--2091272	31	2.8	29	73	19	76	30	0	1	68	0.98
2091194--2091276	17	4.9	17	72	25	68	30	0	1	68	0.97
2091196--2091276	14	6.2	14	75	18	61	29	0	1	69	0.97
2096168--2096213	23	2.0	22	83	4	56	32	2	19	45	1.62
2096638--2096708	24	3.0	24	83	4	92	22	25	23	28	2.00
2101244--2101289	23	2.0	22	83	4	56	32	2	19	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101601--2101638	20	1.9	20	88	0	58	23	15	18	42	1.89
2101724--2101786	24	2.7	24	85	2	83	20	26	26	25	1.99
2105485--2105673	94	2.0	92	93	5	326	23	21	18	35	1.95
2107065--2107279	80	2.7	79	87	5	292	28	25	12	33	1.92
2107222--2107757	68	7.9	68	90	0	799	30	23	13	32	1.93
2108122--2108296	59	3.0	57	86	4	235	33	18	12	36	1.88
2108623--2108670	22	2.3	22	89	7	73	29	25	14	31	1.95
2119473--2119514	17	2.5	16	81	11	57	50	0	4	45	1.23
2120116--2120244	36	3.6	35	77	12	120	46	6	14	32	1.70
2120592--2120678	41	2.1	41	83	10	106	34	18	18	28	1.95
2120234--2120839	259	2.3	257	82	5	718	36	15	13	34	1.87
2128410--2128449	20	2.0	20	90	0	62	52	7	0	40	1.30
2131890--2132051	64	2.5	63	77	6	175	28	14	26	30	1.95
2132062--2132100	20	2.0	20	94	0	69	23	15	30	30	1.95
2133142--2133185	21	2.1	21	91	0	70	40	15	36	6	1.74
2140597--2140758	64	2.5	64	81	5	195	27	16	26	30	1.96
2140769--2140807	20	2.0	20	90	10	62	25	12	30	30	1.93
2144722--2144933	117	1.8	118	83	9	290	26	15	6	52	1.65
2145482--2145523	19	2.2	19	86	0	57	57	2	0	40	1.12
2146894--2147577	146	4.7	146	92	0	1055	21	25	20	32	1.98
2147921--2147952	3	11.3	3	87	12	50	62	0	0	37	0.95
2147921--2147952	14	2.3	14	100	0	64	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148541--2148572	3	11.3	3	87	12	50	62	0	0	37	0.95
2148541--2148572	14	2.3	14	100	0	64	62	0	0	37	0.95
2147441--2149311	620	3.0	620	98	1	3548	24	18	19	37	1.94
2149161--2149203	3	15.3	3	83	13	56	60	0	0	39	0.97
2149161--2149200	14	2.9	14	96	0	71	60	0	0	40	0.97
2149163--2149196	11	3.1	11	95	0	59	61	0	0	38	0.96
2149473--2150025	52	10.6	52	93	0	926	29	25	16	28	1.97
2150021--2150300	55	5.1	55	90	1	465	27	28	15	28	1.96
2150021--2150300	108	2.6	110	92	2	483	27	28	15	28	1.96
2152064--2152105	19	2.2	19	86	0	57	57	2	0	40	1.12
2153474--2154157	146	4.7	146	91	0	1037	21	25	20	32	1.97
2154502--2154547	3	16.3	3	86	13	71	63	0	0	36	0.95
2154502--2154547	14	3.3	14	88	11	76	63	0	0	36	0.95
2154502--2154540	11	3.5	11	96	3	69	64	0	0	35	0.94
2155512--2155696	74	2.5	74	84	7	234	23	20	28	27	1.99
2156977--2157022	14	3.3	15	82	14	53	76	4	2	17	1.06
2158464--2158522	14	3.7	15	74	22	57	44	0	3	52	1.17
2158612--2158654	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
2158779--2158825	23	2.1	23	84	7	62	51	0	0	48	1.00
2159045--2159100	23	2.3	23	84	6	67	48	0	1	50	1.11
2163175--2163221	15	3.0	16	68	6	51	36	29	10	23	1.89
2165267--2165321	25	2.2	26	77	9	60	70	0	5	23	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165607--2165659	28	1.9	27	85	11	72	58	3	3	33	1.34
2165643--2165676	15	2.5	13	90	9	50	64	2	0	32	1.08
2165633--2165678	18	2.5	19	79	13	60	60	2	0	36	1.09
2167070--2168015	105	9.0	105	88	2	1339	22	18	26	32	1.97
2179760--2179799	3	14.0	3	80	19	50	65	2	0	32	1.06
2179754--2179799	12	3.6	13	80	14	51	63	2	0	34	1.07
2179752--2179813	22	2.8	22	80	9	72	62	1	0	35	1.05
2182344--2182380	15	2.5	15	100	0	74	21	35	5	37	1.77
2184427--2184484	27	2.1	27	84	12	75	50	0	0	50	1.00
2184844--2184898	28	2.0	26	86	6	74	52	5	0	41	1.24
2186083--2186160	3	26.0	3	87	5	95	58	0	0	41	0.98
2186456--2186514	18	3.2	18	66	29	52	18	22	8	50	1.73
2186417--2186514	37	2.6	37	93	4	160	18	23	9	48	1.76
2186456--2186695	112	2.2	110	90	3	374	29	18	15	37	1.91
2186603--2186768	73	2.3	73	89	0	242	33	16	17	32	1.92
2186676--2186994	113	2.8	113	92	0	512	31	18	15	35	1.92
2186539--2186881	186	1.8	185	91	1	571	32	16	15	34	1.91
2186789--2187145	186	1.9	186	97	0	669	31	18	16	33	1.93
2186902--2187067	73	2.3	73	98	0	323	34	16	17	30	1.93
2186454--2187132	299	2.3	298	91	1	1078	30	18	15	35	1.93
2187848--2188188	114	3.0	114	92	0	538	31	18	14	35	1.91
2189361--2189409	16	2.8	17	81	12	64	48	6	8	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2197045--2197076	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
2200893--2200951	27	2.1	27	84	9	75	50	0	0	49	1.00
2202545--2202618	3	24.0	3	83	8	87	64	0	0	35	0.94
2205206--2205262	30	1.9	30	89	7	89	7	31	26	35	1.83
2206537--2206600	28	2.3	27	82	12	69	75	3	9	12	1.16
2206521--2206667	33	4.4	32	75	15	127	74	2	8	14	1.17
2206521--2206682	70	2.3	71	77	17	183	74	3	7	15	1.17
2207107--2207140	17	2.1	17	88	5	52	0	11	23	64	1.26
2207662--2207731	4	17.8	4	73	19	51	71	1	2	24	1.08
2207780--2207806	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18