genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1667495--1667546	23	2.3	22	80	6	59	5	11	0	82	0.82
1667507--1667552	18	2.5	19	82	10	60	2	13	0	84	0.71
1667514--1667552	13	3.0	12	85	14	51	2	12	0	84	0.72
1671084--1671108	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
1672731--1672799	21	3.4	21	79	16	83	68	2	1	27	1.13
1672732--1672799	9	6.8	9	72	21	55	69	2	1	26	1.12
1674129--1674180	10	5.3	9	76	17	50	71	1	0	26	0.97
1674130--1674181	27	1.9	27	88	0	77	69	3	0	26	1.06
1674474--1675009	116	4.8	112	78	13	524	29	18	14	38	1.90
1674492--1675010	225	2.3	221	82	11	605	28	19	13	38	1.90
1674876--1675283	204	2.0	196	94	5	719	32	16	11	40	1.83
1675947--1676277	114	2.9	114	92	0	518	31	18	14	35	1.91
1676942--1677017	6	11.7	6	75	19	55	1	19	0	78	0.81
1676940--1677025	22	4.0	20	80	15	84	1	19	0	79	0.80
1676973--1677023	3	17.7	3	78	15	54	0	25	0	74	0.82
1676945--1677024	43	1.9	41	85	10	108	1	21	0	77	0.84
1676948--1677022	30	2.9	24	75	22	80	1	21	0	77	0.85
1676939--1677037	21	5.1	19	75	19	80	2	21	0	76	0.88
1676941--1677037	43	2.2	41	79	15	106	2	20	0	77	0.87
1688297--1688338	17	2.4	18	76	4	50	52	2	2	42	1.27
1689767--1689829	3	20.7	3	80	9	74	63	0	1	34	1.04
1692721--1692752	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1696061--1696118	28	2.2	26	87	6	80	62	0	5	32	1.18
1698402--1698469	3	23.0	3	82	8	86	66	1	0	32	1.01
1698404--1698469	22	2.8	23	84	9	80	66	1	0	31	1.01
1698403--1698477	25	3.1	24	72	16	66	68	2	0	29	1.04
1711808--1711967	38	4.2	37	89	7	234	41	6	13	38	1.70
1711808--1711988	38	4.8	38	87	4	219	41	5	13	39	1.67
1711942--1712051	55	2.1	53	81	10	127	47	1	6	44	1.39
1712084--1712115	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
1716668--1716715	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
1716719--1716812	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
1717332--1717421	31	2.8	31	83	8	101	54	4	3	37	1.37
1717332--1717430	33	3.1	33	81	11	116	55	5	3	36	1.37
1717809--1718282	123	3.8	126	95	2	868	31	20	26	21	1.98
1718349--1718389	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
1720238--1720277	11	3.6	11	83	9	55	42	0	0	57	0.98
1720287--1720340	22	2.5	23	88	11	87	44	12	3	38	1.61
1720869--1720944	31	2.5	31	89	4	109	28	22	11	36	1.90
1722332--1722375	23	2.0	21	86	8	61	75	2	0	22	0.92
1727722--1727861	36	3.9	36	94	0	235	26	16	15	42	1.87
1730210--1730464	74	3.5	70	76	11	232	56	4	4	35	1.39
1730268--1730464	71	2.8	71	77	10	190	55	5	4	35	1.41
1730977--1731006	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1732824--1732848	13	1.9	13	100	0	50	16	48	16	20	1.82
1733695--1733730	17	2.1	18	89	5	56	52	2	13	30	1.55
1735307--1735370	24	2.7	24	83	9	85	28	14	18	39	1.90
1738348--1738552	30	7.1	30	78	9	183	19	13	6	60	1.56
1738368--1738533	25	5.9	25	78	16	125	18	13	7	60	1.56
1738348--1738552	59	3.6	58	78	9	215	19	13	6	60	1.56
1738392--1738567	89	2.0	89	83	6	223	19	14	7	59	1.58
1738348--1738624	118	2.4	112	77	12	267	20	13	7	58	1.60
1740107--1740143	3	12.3	3	88	11	58	37	0	0	62	0.96
1740099--1740143	22	2.0	22	87	8	65	37	0	0	62	0.96
1740353--1740454	34	2.9	36	89	5	163	44	13	13	28	1.82
1740350--1740488	37	3.8	37	83	5	158	41	13	12	31	1.83
1741026--1741060	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
1745742--1745793	16	3.2	16	79	15	54	78	7	13	0	0.94
1746478--1746526	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
1746943--1746978	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
1747458--1747739	36	8.0	36	79	8	312	25	19	14	40	1.90
1747416--1747739	72	4.6	73	76	10	239	26	19	15	38	1.91
1747478--1747802	138	2.4	137	84	2	454	27	20	12	39	1.89
1747697--1747871	67	2.6	65	84	6	217	32	21	9	36	1.85
1747462--1747768	174	1.8	168	83	8	397	27	20	13	39	1.90
1747688--1747881	65	2.9	67	83	5	223	31	21	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1748514--1749345	105	8.0	105	92	1	1298	33	26	17	22	1.96
1749893--1749994	34	2.9	36	89	5	163	44	13	13	28	1.82
1749890--1750028	37	3.8	37	83	5	158	41	13	12	31	1.83
1750442--1750472	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
1750580--1750614	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
1750710--1750750	18	2.4	18	80	8	50	26	4	0	68	1.10
1753041--1753079	19	2.1	18	95	4	69	46	25	7	20	1.77
1753519--1753551	17	1.9	17	88	11	50	12	12	18	57	1.64
1756728--1756762	15	2.3	15	95	0	61	2	5	25	65	1.28
1757837--1757879	12	3.6	12	93	6	70	20	16	16	46	1.84
1757836--1757880	6	7.5	6	81	18	58	20	15	15	48	1.80
1758400--1758465	27	2.4	27	92	0	114	31	7	10	50	1.65
1759217--1759287	15	4.9	14	77	15	74	70	5	16	7	1.29
1759208--1759319	32	3.5	31	76	15	95	71	6	16	5	1.26
1759247--1759319	17	4.4	17	73	20	57	72	5	17	4	1.20
1759245--1759319	33	2.3	32	82	15	91	73	5	17	4	1.18
1759282--1759330	23	2.2	22	85	3	62	75	6	18	0	1.00
1760359--1760427	33	2.1	34	86	8	97	37	13	23	26	1.91
1760615--1760703	36	2.6	34	85	5	108	38	16	12	32	1.86
1760602--1760703	33	3.0	33	84	4	123	40	15	11	32	1.84
1760645--1760851	97	2.1	98	81	9	244	30	14	15	39	1.88
1760887--1760943	30	1.9	30	92	0	96	28	12	14	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1760886--1760949	30	2.1	30	85	2	92	31	12	12	43	1.80
1761051--1761222	65	2.7	62	84	9	229	29	11	16	43	1.83
1761457--1761563	42	2.6	41	78	12	123	19	34	23	22	1.96
1761400--1761851	134	3.4	133	79	5	438	24	30	19	26	1.98
1761400--1761829	130	3.3	131	80	5	458	24	30	19	26	1.98
1761400--1761918	264	2.0	264	80	7	590	24	30	18	26	1.98
1762221--1762262	3	14.0	3	81	18	52	33	0	2	64	1.07
1764241--1764278	18	2.2	18	86	9	53	13	5	2	78	1.02
1765667--1765709	19	2.5	17	79	17	52	32	9	23	34	1.87
1765673--1765719	19	2.5	19	89	0	76	31	12	17	38	1.87
1769167--1769387	65	3.4	59	81	11	210	29	14	13	41	1.85
1773983--1774465	133	3.6	131	79	6	501	25	32	17	24	1.97
1774666--1774724	3	20.3	3	76	13	61	33	0	3	62	1.12
1775677--1775716	15	2.6	16	92	7	66	12	20	25	42	1.86
1776171--1776313	30	4.8	30	85	5	164	18	12	8	60	1.56
1776202--1776402	30	6.8	30	79	7	144	19	13	7	58	1.59
1776459--1776493	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1780139--1780176	20	1.9	20	94	0	67	36	13	15	34	1.87
1780195--1780247	20	2.7	20	76	2	54	35	15	11	37	1.83
1783646--1783691	18	2.6	17	86	3	65	32	4	30	32	1.77
1787969--1788008	20	2.0	20	85	0	53	47	2	2	47	1.29
1793716--1793786	25	2.8	26	78	22	80	40	2	2	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1793727--1793786	24	2.4	25	84	15	81	40	3	3	53	1.34
1793709--1793783	24	3.1	24	77	22	77	42	1	2	53	1.23
1793702--1793829	27	4.8	28	73	19	78	40	3	1	54	1.25
1797479--1797555	21	3.6	21	77	10	84	29	15	28	25	1.96
1798526--1798602	28	2.8	28	90	4	111	22	12	24	40	1.89
1798855--1798905	22	2.2	25	86	10	72	27	0	23	49	1.51
1799015--1799063	20	2.5	20	86	0	71	36	0	20	42	1.52
1801854--1801905	21	2.4	21	84	9	61	30	13	26	28	1.94
1801929--1801981	22	2.6	20	77	16	56	24	20	30	24	1.99
1806225--1806443	41	5.3	41	83	2	242	34	16	19	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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