genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168357--168411	13	4.2	13	88	0	74	27	20	16	36	1.93
168379--168421	13	3.3	13	90	0	50	27	20	11	39	1.88
168709--168738	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
189431--189553	17	7.1	17	76	3	102	38	10	14	36	1.81
189545--189599	17	3.2	17	75	14	51	45	10	12	30	1.77
192107--192163	11	4.9	12	74	17	50	19	5	3	71	1.19
199158--199197	12	3.3	12	92	0	62	57	0	7	35	1.27
203431--203527	48	2.0	48	87	0	140	16	7	19	56	1.63
203912--203964	25	2.2	24	86	6	72	16	7	3	71	1.24
203917--203965	13	3.9	13	75	20	50	20	6	4	69	1.27
205236--205386	76	2.0	75	94	1	266	42	13	11	33	1.79
206253--206295	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
206287--206320	18	1.9	18	94	5	61	41	11	0	47	1.40
206436--206503	23	2.9	23	82	6	66	38	5	5	50	1.51
208359--208429	29	2.5	27	79	20	74	35	14	2	47	1.58
216257--216445	75	2.5	74	82	1	216	26	7	16	49	1.72
217294--217321	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
224301--224340	10	4.0	10	86	0	53	27	32	0	40	1.57
224358--224394	10	3.8	10	92	3	58	29	0	0	70	0.88
224396--224447	9	6.1	9	76	13	56	32	1	1	63	1.16
224395--224444	17	3.0	17	91	2	75	34	2	4	60	1.27
224404--224449	16	2.9	16	87	6	58	30	2	2	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230229--230275	20	2.3	20	100	0	94	21	4	25	48	1.68
232284--232324	21	1.9	22	95	5	75	36	14	21	26	1.93
235028--235125	30	3.3	30	78	5	110	42	14	18	24	1.87
236366--236397	3	10.3	3	93	6	55	0	0	31	68	0.90
238049--238123	31	2.4	31	84	0	96	30	8	14	46	1.73
238244--238313	25	2.8	25	82	10	72	58	1	2	37	1.22
238272--238346	25	3.0	24	83	14	91	53	1	4	41	1.28
238273--238348	23	3.1	24	87	9	93	52	1	3	42	1.28
238275--238359	23	3.3	25	78	17	77	51	1	4	42	1.30
241045--241107	27	2.6	23	82	10	72	63	19	6	11	1.48
246804--246838	2	17.5	2	87	0	52	48	2	2	45	1.32
246716--247094	185	2.0	188	92	6	646	47	10	14	27	1.77
248912--248987	14	5.4	15	72	15	72	46	0	0	53	1.00
248931--249000	19	3.4	21	71	24	60	40	0	0	60	0.97
248917--249004	40	2.4	34	74	24	90	42	0	0	57	0.98
248932--249002	21	3.6	19	73	12	63	39	0	0	60	0.97
248927--249026	41	2.5	41	81	4	114	47	1	0	52	1.07
249293--249336	23	1.9	23	85	0	61	18	15	11	54	1.70
250051--250097	21	2.2	21	81	7	60	19	27	14	38	1.91
250093--250158	20	3.3	20	97	0	123	40	21	18	19	1.91
250152--250238	20	4.3	20	94	2	140	31	27	18	22	1.97
253508--253596	19	4.7	19	90	5	128	35	26	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253639--253735	30	3.0	32	83	10	126	14	22	19	43	1.87
255256--255348	42	2.2	42	80	3	107	22	16	39	21	1.92
255913--256068	34	4.4	34	70	13	127	16	18	21	43	1.88
255935--256091	20	8.5	20	74	18	126	19	18	20	42	1.90
258355--258429	22	3.5	22	75	3	71	22	16	36	25	1.94
258355--258414	21	2.8	21	82	2	66	25	13	33	28	1.93
258623--258690	20	3.4	20	93	0	118	22	19	17	41	1.91
258678--258730	21	2.6	20	79	5	61	32	18	24	24	1.97
258894--258958	10	7.1	9	77	11	53	36	1	1	60	1.16
258884--258975	27	3.5	24	74	14	58	33	4	1	60	1.23
260376--260587	66	3.2	66	97	1	408	41	8	7	41	1.63
260376--260476	31	3.1	31	63	15	78	46	6	5	40	1.55
263612--263654	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
263579--263622	21	2.1	21	91	0	70	54	11	0	34	1.36
275855--275903	25	2.0	25	87	0	71	22	38	32	6	1.79
276215--276269	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
281720--281744	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
282222--282264	20	2.2	19	87	4	59	32	37	0	30	1.58
285825--285852	14	2.0	14	100	0	56	21	14	28	35	1.92
287474--287678	105	2.0	105	92	1	340	28	24	24	22	2.00
291110--291279	30	5.2	30	66	21	101	39	13	19	27	1.89
290999--291324	66	4.9	66	85	3	368	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291132--291361	36	6.7	35	70	16	160	40	13	19	26	1.89
291061--291326	133	2.0	133	90	0	415	38	13	19	28	1.90
298713--298756	23	2.0	21	91	8	70	45	0	0	54	0.99
302852--302887	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
304011--304073	7	8.6	7	81	15	74	80	0	14	4	0.86
304008--304078	8	8.8	8	77	14	74	80	0	15	4	0.86
303999--304078	22	3.7	21	79	11	74	80	0	16	3	0.86
304011--304073	15	4.3	14	83	15	74	80	0	14	4	0.86
303999--304092	29	3.1	29	78	18	102	78	0	15	5	0.92
303999--304092	31	3.0	31	81	18	115	78	0	15	5	0.92
303999--304083	15	6.1	14	74	16	70	80	0	16	3	0.86
303999--304092	22	4.4	21	70	22	63	78	0	15	5	0.92
303998--304082	14	6.0	14	72	23	63	78	0	17	3	0.88
305492--305723	117	2.0	116	87	4	333	34	14	23	28	1.94
306074--306106	17	1.9	17	88	11	50	48	48	0	3	1.17
306074--306121	11	4.1	11	79	12	51	45	45	0	8	1.33
306074--306123	6	8.3	6	75	16	50	46	46	0	8	1.32
306174--306217	5	8.2	5	80	14	52	40	38	0	20	1.53
309089--309132	13	3.1	14	80	9	54	18	47	22	11	1.80
311451--311527	38	2.0	38	82	0	91	27	7	15	49	1.72
311545--311840	152	1.9	153	85	4	409	21	11	30	36	1.89
322066--322104	18	2.2	18	85	0	51	28	17	35	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322894--322928	12	2.9	12	100	0	70	40	25	25	8	1.84
323217--323264	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
328345--328386	19	2.2	19	83	8	50	35	28	14	21	1.92
328455--328694	20	12.0	20	80	9	140	32	24	15	27	1.96
328402--328702	40	7.5	40	72	9	159	32	23	15	28	1.96
329506--329539	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
329665--329718	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
331974--332009	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
332257--332295	20	2.0	20	100	0	78	15	15	25	43	1.86
332465--332514	25	2.0	25	92	0	82	28	8	20	44	1.79
332900--332936	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
332892--332944	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
333588--333637	20	2.5	19	81	9	64	56	18	10	16	1.67
334189--334237	20	2.5	20	89	0	80	16	14	22	46	1.82
334228--334277	20	2.5	20	86	0	73	26	18	20	36	1.95
334272--334337	21	3.1	21	93	0	105	37	21	21	19	1.94
336610--336681	31	2.3	31	90	0	108	29	27	9	33	1.89
336623--336684	31	2.0	31	96	0	115	25	27	12	33	1.93
340271--340308	20	1.9	20	84	10	51	55	2	2	39	1.28
340496--340529	16	2.1	16	100	0	68	41	5	5	47	1.52
340809--341200	195	2.0	195	88	3	574	35	14	13	37	1.84
341772--341811	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341966--342164	21	9.6	21	79	12	207	31	24	22	22	1.99
341966--342164	83	2.4	83	95	0	362	31	24	22	22	1.99
341986--342183	62	3.2	61	86	8	244	32	22	22	23	1.98
342179--342245	21	3.3	21	70	8	75	20	19	26	32	1.97
342181--342270	40	2.2	42	94	4	157	22	20	23	34	1.97
342197--342274	19	3.9	19	71	12	66	24	20	20	34	1.96
342889--342943	6	9.7	6	92	4	80	0	14	52	32	1.42
342940--342994	6	9.2	6	95	0	74	25	0	40	34	1.56
342909--342992	12	7.0	12	91	0	87	15	5	45	33	1.70
342928--342992	18	3.6	18	85	0	85	20	3	43	33	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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