genome.fa.s9623.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009623.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117012_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3488723

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1373279--1373645	195	1.9	197	82	1	461	40	4	7	47	1.52
1373643--1373707	31	2.1	31	91	0	103	33	6	6	53	1.50
1381703--1381773	3	24.0	3	88	8	110	29	0	0	70	0.88
1390323--1390571	75	3.3	75	87	2	331	32	14	23	29	1.94
1398019--1398100	21	3.8	22	80	6	78	21	37	24	15	1.93
1401506--1401565	22	2.7	22	92	0	102	35	16	11	36	1.85
1402002--1402554	245	2.2	249	90	2	873	40	14	19	25	1.89
1402002--1402554	123	4.5	124	87	4	760	40	14	19	25	1.89
1402905--1402967	3	21.0	3	81	12	76	30	1	0	68	0.99
1402911--1402967	24	2.4	24	93	0	96	31	1	0	66	1.02
1404504--1404539	17	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
1404256--1404522	149	1.8	147	83	6	362	41	5	7	46	1.55
1406395--1406484	34	2.6	35	89	8	139	31	5	18	44	1.73
1407249--1407283	17	2.1	17	94	0	61	28	25	17	28	1.97
1410818--1410936	35	3.3	36	89	5	179	31	5	20	42	1.75
1412151--1412211	26	2.3	27	86	8	81	54	0	0	45	1.00
1412933--1412994	31	2.0	31	87	9	90	53	0	0	46	1.00
1411998--1413701	785	2.2	780	96	1	3119	40	12	15	32	1.84
1419626--1419673	18	2.7	18	77	9	53	43	0	2	54	1.12
1419650--1419731	37	2.4	31	75	21	83	48	3	0	47	1.19
1420344--1420419	21	3.7	21	80	3	100	40	18	25	15	1.90
1420329--1420421	41	2.3	40	94	5	170	38	18	24	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1420346--1420480	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
1420408--1420502	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
1420533--1420818	144	2.0	142	94	5	506	36	25	8	30	1.86
1420827--1420870	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
1422453--1422497	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
1423027--1423083	14	3.8	14	78	17	69	47	26	17	8	1.77
1423011--1423100	32	2.8	32	96	1	162	46	23	18	11	1.81
1422972--1423105	20	7.6	19	71	21	76	42	23	20	12	1.87
1423118--1423175	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
1423113--1423180	32	2.1	33	97	2	129	8	17	23	50	1.74
1423185--1423225	20	2.0	20	86	9	57	17	24	19	39	1.92
1425067--1425102	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
1425188--1425257	19	4.0	18	75	17	58	40	20	22	17	1.92
1425219--1425281	19	3.6	17	89	10	69	49	17	20	12	1.79
1425219--1425267	19	2.6	19	100	0	98	48	16	20	14	1.80
1425313--1425383	20	3.5	20	100	0	142	15	23	26	33	1.95
1425293--1425382	40	2.4	36	79	15	110	14	24	23	37	1.92
1426391--1426444	24	2.2	24	86	0	72	25	16	18	38	1.92
1428869--1428994	33	3.8	33	83	6	175	42	19	22	15	1.89
1428870--1429001	65	2.0	66	92	1	221	40	19	21	17	1.91
1428994--1429036	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
1429022--1429055	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1429177--1429213	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1430562--1430628	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
1430562--1430684	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
1432675--1432735	20	3.1	19	79	9	68	44	18	24	13	1.85
1432700--1432795	30	3.0	33	83	10	126	40	26	21	11	1.87
1432767--1432837	19	3.7	19	90	3	115	46	22	19	11	1.81
1432833--1432899	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
1433416--1433468	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
1433477--1433530	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
1433417--1433533	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
1433417--1433551	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
1434012--1434161	59	2.5	59	80	9	137	44	3	15	36	1.63
1434739--1434768	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1435445--1435540	30	3.2	30	84	8	115	28	4	12	55	1.55
1438153--1438219	30	2.2	30	100	0	134	29	26	19	23	1.98
1438391--1438559	7	24.7	7	72	3	76	22	1	31	44	1.61
1438391--1438487	28	3.5	27	79	6	97	22	0	30	46	1.52
1438849--1438881	17	1.9	17	88	11	50	57	18	12	12	1.64
1439334--1439372	19	2.1	18	90	4	60	20	7	23	48	1.75
1441082--1441169	12	7.5	12	69	8	56	23	18	28	29	1.98
1441082--1441181	35	2.9	34	83	3	128	25	20	27	28	1.99
1441095--1441179	11	7.4	11	69	10	53	24	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442160--1442196	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
1442222--1442353	40	3.3	40	77	10	137	28	25	19	27	1.99
1442222--1442353	60	2.2	60	82	2	149	28	25	19	27	1.99
1442222--1442326	20	5.2	20	85	4	140	27	26	19	26	1.99
1442512--1442576	22	3.0	22	84	8	82	21	43	13	21	1.87
1442944--1443060	20	6.2	20	70	13	77	19	17	22	40	1.92
1442944--1443082	73	1.9	73	89	2	217	22	16	20	41	1.91
1443732--1443776	20	2.2	20	100	0	90	15	22	15	46	1.83
1444966--1445032	20	3.3	20	91	0	107	35	25	22	16	1.94
1445101--1445245	19	7.7	19	78	11	95	14	17	23	44	1.85
1445168--1445216	20	2.5	20	100	0	98	14	20	26	38	1.91
1445209--1445246	20	1.9	19	94	5	67	21	10	21	47	1.80
1445347--1445402	20	2.8	20	86	0	76	28	14	21	35	1.92
1445373--1445655	140	2.0	140	97	0	539	43	14	12	29	1.82
1445708--1445748	18	2.3	18	86	0	64	17	2	29	51	1.58
1447932--1447985	24	2.2	24	96	0	99	42	20	16	20	1.89
1447932--1447999	24	2.8	24	88	0	73	39	20	16	23	1.91
1448813--1448887	21	3.6	21	73	10	73	22	16	22	38	1.92
1448798--1448908	41	2.7	41	90	0	168	24	17	24	34	1.96
1448798--1448907	20	5.4	20	70	12	80	24	17	24	33	1.96
1457537--1457583	17	2.7	17	90	3	67	72	0	25	2	0.96
1460759--1460824	2	32.5	2	90	3	105	51	0	3	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1463586--1463723	68	2.0	69	98	1	269	43	11	21	23	1.85
1469065--1469346	51	5.5	48	72	19	173	37	1	15	45	1.55
1469108--1469183	27	3.0	25	72	24	70	35	0	18	46	1.50
1469071--1469453	103	3.6	107	79	12	393	38	1	14	46	1.52
1469273--1469356	11	7.6	11	67	18	50	38	1	16	44	1.56
1469017--1469404	56	7.2	56	76	17	330	38	1	14	45	1.52
1469340--1469454	43	2.5	45	84	11	144	39	0	12	48	1.41
1469421--1469468	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
1469378--1469467	25	3.9	24	75	20	102	37	0	14	47	1.44
1471721--1471795	30	2.5	31	77	18	86	49	10	1	38	1.46
1471972--1472011	21	1.9	21	100	0	80	57	15	0	27	1.38
1472204--1472268	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
1472348--1472392	22	2.0	24	86	8	67	66	4	0	28	1.11
1472547--1472582	11	3.2	11	84	7	54	36	19	22	22	1.95
1472827--1472861	10	3.6	10	92	3	54	14	17	51	17	1.77
1472881--1472967	29	3.0	29	82	0	111	16	29	37	16	1.90
1480774--1480845	23	3.1	23	97	0	135	31	20	12	34	1.90
1480852--1480940	42	2.1	42	100	0	178	22	22	15	39	1.92
1481735--1481816	21	3.8	21	75	12	76	35	29	17	18	1.93
1481736--1481822	44	2.0	44	86	0	120	35	27	18	18	1.94
1485088--1485133	21	2.2	21	88	11	69	41	2	4	52	1.33
1485093--1485133	21	1.9	22	95	5	75	39	2	4	53	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485880--1485923	19	2.3	19	100	0	88	31	4	22	40	1.74
1486142--1486219	30	2.6	31	76	17	83	37	3	2	56	1.31
1486176--1486228	14	3.7	14	75	20	56	41	0	1	56	1.10
1491905--1492100	95	2.0	95	80	6	216	52	4	13	29	1.61
1493424--1493485	27	2.4	25	78	7	70	37	3	1	58	1.24
1497746--1497785	15	2.7	15	84	0	53	40	12	2	45	1.56
1497813--1497849	18	2.1	18	89	0	56	35	2	10	51	1.51
1498642--1498727	20	4.2	20	67	21	54	39	2	8	50	1.45
1499539--1499686	62	2.4	63	90	1	226	35	17	17	29	1.93
1500933--1501099	2	81.0	2	65	22	53	46	3	5	44	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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