genome.fa.s133.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold133
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  1  of  17  ( 1989 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074--2117	18	2.3	19	88	7	63	65	0	0	34	0.93
3983--4013	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
5257--5282	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5261--5719	245	1.9	245	84	1	616	41	4	9	45	1.56
6162--6241	37	2.2	37	97	2	153	18	26	8	46	1.78
9634--9677	20	2.1	21	83	4	54	36	4	2	56	1.32
9930--9990	21	2.9	21	79	15	63	54	1	0	44	1.10
10072--10111	20	2.0	20	90	0	62	27	0	7	65	1.20
10710--10753	22	2.0	22	83	12	56	61	2	0	36	1.09
10807--10850	23	2.0	23	86	4	63	25	6	2	65	1.28
11314--11351	17	2.5	15	80	19	51	50	0	0	50	1.00
11320--11355	17	2.2	16	90	5	54	52	0	0	47	1.00
11558--11600	2	22.0	2	80	4	52	48	2	2	46	1.27
15813--15859	24	2.0	24	86	0	67	38	6	29	25	1.81
17425--17468	21	2.1	21	83	8	54	40	0	6	52	1.28
17488--17546	16	3.8	15	80	12	57	32	0	1	66	1.02
17468--17528	24	2.5	25	84	10	74	39	1	0	59	1.08
17488--17537	18	3.0	16	85	11	57	34	0	0	66	0.92
17467--17548	41	2.1	39	82	13	96	36	1	1	60	1.12
17726--17782	5	11.2	5	76	10	53	73	1	0	24	0.92
17726--17782	11	5.6	10	81	10	53	73	1	0	24	0.92
17725--17784	30	2.0	30	83	6	77	73	1	0	25	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17737--17773	19	2.0	19	89	5	58	75	0	0	24	0.80
17736--17791	10	5.6	10	81	12	62	69	0	0	30	0.89
17786--17819	18	1.9	17	88	5	50	41	0	0	58	0.98
18411--18465	23	2.3	26	81	9	64	60	1	0	38	1.08
18422--18458	19	1.9	19	88	0	56	59	2	0	37	1.12
18424--18483	22	2.6	22	82	17	70	55	3	0	41	1.16
18412--18480	25	2.8	25	81	14	81	59	2	0	37	1.12
20480--20654	74	2.4	73	81	2	199	26	14	17	41	1.88
20516--20667	73	2.1	74	83	3	191	26	13	19	40	1.89
21877--21987	52	2.1	53	84	1	143	36	5	3	54	1.41
22438--22478	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
23232--23260	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23404--23442	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
24018--24042	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26386--26429	19	2.2	21	84	8	56	38	0	4	56	1.20
29141--29179	20	2.0	20	90	5	62	2	46	0	51	1.14
29173--29219	10	4.7	10	79	10	60	2	12	0	85	0.70
29175--29220	16	3.0	16	87	6	69	4	13	0	82	0.81
30127--30187	23	2.8	22	85	11	81	54	0	0	45	1.00
30863--30888	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
31253--31296	5	9.2	5	82	9	56	40	0	2	56	1.11
31250--31296	14	3.2	15	82	11	53	40	0	2	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31253--31296	19	2.3	19	88	0	61	40	0	2	56	1.11
31273--31301	14	2.1	14	100	0	58	31	0	6	62	1.22
32567--32595	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
32988--33013	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
33829--33893	21	3.1	21	77	4	60	49	0	1	49	1.10
33849--33980	48	2.8	44	73	20	108	51	0	1	46	1.15
33939--33978	20	1.9	20	85	10	53	55	2	2	40	1.27
35026--35099	18	4.1	17	76	15	60	51	0	0	48	1.00
37725--37760	17	2.1	17	94	0	63	36	16	13	33	1.89
38069--38108	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
43257--43289	6	5.5	6	96	0	57	51	36	12	0	1.39
47452--47481	15	1.9	16	93	6	53	26	20	23	30	1.98
47530--47577	25	1.9	25	86	0	69	45	2	0	52	1.12
47985--48009	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
48775--48806	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
49334--49375	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
52898--52922	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
55863--55923	16	4.0	16	74	26	53	50	0	0	49	1.00
55862--55925	27	2.4	27	87	7	96	51	0	0	48	1.00
57444--57478	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
58864--59127	88	3.0	88	96	0	483	20	14	19	45	1.86
62479--62606	67	1.9	67	88	3	195	26	14	21	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62932--63175	52	4.7	52	88	2	310	26	12	15	45	1.81
68040--68077	18	2.2	18	86	9	53	71	5	0	23	1.07
68415--68487	27	2.6	26	83	12	92	41	0	0	58	0.98
68380--68502	47	2.7	46	76	17	121	39	0	0	59	1.09
68458--68507	19	2.7	18	84	6	64	34	0	0	66	0.92
69018--69069	22	2.4	22	81	15	63	55	1	0	42	1.10
71152--71194	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
73470--73553	28	3.1	28	68	13	68	44	1	0	54	1.07
74471--74516	19	2.4	19	82	7	58	36	0	2	60	1.09
74525--74562	20	2.0	20	89	5	60	52	0	0	47	1.00
74525--74576	20	2.6	19	79	8	59	50	0	0	50	1.00
75002--75030	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
79409--79500	27	3.4	27	92	0	148	33	25	8	32	1.86
80142--80285	73	2.0	73	88	0	216	36	25	8	29	1.85
81546--81598	21	2.5	21	78	6	54	58	1	0	39	1.09
81825--81946	56	2.2	57	80	12	137	40	0	0	59	0.98
81861--81902	23	1.9	23	85	9	61	30	0	0	69	0.89
81873--81943	16	4.1	17	73	12	56	35	0	0	64	0.94
81858--81944	36	2.4	35	78	17	88	37	0	0	62	0.96
81861--81918	21	2.9	19	73	16	55	36	0	0	63	0.94
81953--82014	30	2.1	30	85	8	83	51	1	4	41	1.33
82057--82098	17	2.3	18	88	8	59	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82191--82244	3	17.3	3	88	7	81	29	1	0	68	1.00
82243--82272	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
83324--83348	12	2.1	12	100	0	50	32	16	24	28	1.96
83856--84000	73	2.0	73	87	2	211	38	26	7	27	1.83
85273--85320	21	2.3	21	77	0	51	56	4	0	39	1.19
85584--85639	23	2.6	22	75	16	64	35	0	0	64	0.94
85606--85670	18	3.6	18	73	8	51	36	0	0	63	0.95
85535--85669	57	2.4	54	75	11	130	41	0	0	58	0.98
85783--85824	17	2.3	18	88	8	59	59	2	0	38	1.10
85917--85979	3	20.3	3	90	6	99	30	1	0	68	0.99
85978--86007	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
87006--87091	30	2.9	30	85	1	102	38	8	2	51	1.45
87037--87095	30	2.0	30	96	0	109	33	8	1	55	1.40
87493--87528	15	2.3	15	90	4	54	38	0	0	61	0.96
87491--87529	16	2.4	17	83	12	55	38	0	0	61	0.96
88222--88281	17	3.6	17	71	24	56	55	10	0	35	1.34
93947--94007	16	3.3	18	78	21	56	36	1	1	60	1.16
93947--94005	17	3.6	16	78	14	59	35	1	1	61	1.16
97146--97176	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
99522--99704	58	3.1	58	65	21	162	48	6	12	33	1.66
99499--99755	119	2.2	119	96	1	473	50	7	9	32	1.63
99960--100004	16	2.7	17	77	22	51	33	4	2	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101210--101239	13	2.4	12	94	5	51	66	0	0	33	0.92
102114--102168	27	2.0	29	82	7	69	49	0	5	45	1.25
102783--102829	21	2.2	22	85	14	64	42	0	0	57	0.98
102769--102837	22	3.0	22	72	19	61	44	0	1	53	1.09
103149--103213	21	2.9	22	79	9	69	49	0	6	44	1.27
103273--103308	14	2.6	14	90	0	54	44	0	0	55	0.99
105008--105189	32	5.4	32	67	18	95	47	0	3	49	1.18
104985--105208	104	2.2	104	94	0	394	46	0	2	50	1.19
108949--109009	26	2.5	23	76	19	70	47	0	1	50	1.10
108999--109040	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17