genome.fa.s133.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold133
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  17  of  17  ( 1989 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486703--2486736	8	4.0	9	88	11	54	67	0	0	32	0.91
2486703--2486736	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
2486769--2486844	38	2.0	39	84	7	102	55	1	5	38	1.31
2487273--2487327	25	2.2	25	81	9	69	40	0	3	56	1.17
2487290--2487369	18	4.2	18	74	13	70	43	0	1	55	1.08
2487287--2487365	24	3.7	21	71	18	72	44	0	1	54	1.08
2487278--2487369	40	2.2	42	85	12	120	43	0	2	54	1.12
2487287--2487375	22	4.1	23	68	24	68	43	0	1	55	1.07
2487352--2487482	29	4.5	29	76	12	133	43	5	0	51	1.24
2487327--2487449	58	2.1	58	79	8	135	43	3	0	52	1.17
2487340--2487482	59	2.5	57	77	11	146	41	4	0	53	1.22
2488911--2488961	25	2.0	25	85	7	68	45	5	1	47	1.38
2488929--2488976	20	2.3	22	78	7	55	45	4	4	45	1.41
2489326--2489392	29	2.3	29	80	12	75	52	4	8	34	1.53
2489374--2489411	19	2.0	20	85	15	53	63	0	0	36	0.95
2489748--2489808	31	2.0	31	86	0	86	37	8	6	47	1.59
2489768--2489813	25	1.9	25	86	8	69	36	8	2	52	1.45
2489890--2489948	20	2.7	22	70	21	52	28	5	6	59	1.45
2489992--2490030	19	2.0	20	85	5	53	25	0	7	66	1.18
2498304--2498351	23	2.1	23	96	0	87	66	8	18	6	1.39
2505788--2505822	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
2510152--2510184	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512444--2512469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2512422--2512489	33	2.1	32	89	8	102	32	14	16	36	1.89
2512558--2512582	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2513202--2513227	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2513184--2513248	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
2514010--2514077	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2514031--2514055	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2514012--2514074	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2516612--2516687	27	2.8	27	89	2	107	23	31	21	23	1.98
2516563--2516953	107	3.7	105	71	12	303	27	26	14	31	1.94
2516670--2516840	52	3.3	51	76	13	161	29	25	12	32	1.93
2516823--2516896	28	2.6	28	89	0	103	24	31	18	25	1.98
2516498--2516948	212	2.1	210	85	3	591	28	26	13	32	1.93
2516853--2517055	79	2.6	79	80	3	203	24	28	16	30	1.96
2529455--2529512	1	58.0	1	75	0	53	87	6	5	0	0.65
2529465--2529504	8	4.9	8	90	6	62	87	10	2	0	0.63
2530341--2531557	55	21.4	58	87	5	1383	26	28	20	24	1.99
2531370--2531509	27	5.1	27	60	16	63	27	27	20	24	1.99
2531369--2531452	28	3.0	28	60	16	66	28	26	19	26	1.98
2532708--2532764	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2532821--2532888	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2532842--2532866	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532823--2532885	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2535454--2535624	52	3.3	51	79	10	177	28	26	12	32	1.93
2535315--2535652	184	1.8	182	86	6	495	29	26	11	32	1.92
2535612--2535680	28	2.5	27	86	9	86	24	30	17	27	1.97
2535558--2535757	107	1.9	107	81	5	242	28	26	15	30	1.95
2535639--2535856	78	2.8	78	80	7	194	25	28	15	30	1.96
2540203--2540233	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2542314--2542377	26	2.5	26	100	0	128	31	15	18	34	1.93
2542314--2542378	13	5.0	13	94	0	112	30	15	20	33	1.93
2542499--2542545	22	2.3	21	79	20	55	31	17	4	46	1.67
2548000--2548063	13	4.9	13	90	0	101	34	17	15	32	1.91
2548000--2548063	26	2.5	26	97	0	119	34	17	15	32	1.91
2548264--2548654	79	4.9	78	77	5	345	36	12	23	28	1.90
2548260--2548669	159	2.6	160	81	5	481	37	12	22	27	1.91
2548264--2548718	79	5.7	79	75	5	296	36	11	23	28	1.90
2551089--2551252	50	3.3	50	82	0	202	43	9	15	31	1.79
2551069--2551250	100	1.8	100	86	2	267	43	9	15	31	1.78
2556167--2556452	146	1.9	146	85	4	396	31	19	23	25	1.98
2557252--2557996	79	9.4	79	78	5	655	34	12	24	28	1.92
2557252--2557986	158	4.6	158	80	5	786	33	12	25	28	1.92
2557253--2557943	238	2.9	233	79	5	742	34	13	24	28	1.93
2557249--2557996	317	2.4	315	81	6	859	34	12	25	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559467--2559833	183	2.0	183	98	0	707	46	16	19	17	1.85
2560515--2560648	50	2.7	49	87	2	169	42	12	16	28	1.85
2562683--2562729	22	2.2	22	88	3	69	55	0	10	34	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17

The End!