genome.fa.s133.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold133
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076305--2076345	10	3.9	11	83	6	50	34	17	0	48	1.47
2077689--2077755	33	2.0	33	82	5	82	23	29	16	29	1.96
2082654--2082704	20	2.5	21	90	3	77	31	19	9	39	1.84
2090689--2090753	2	32.5	2	88	0	94	44	3	1	50	1.26
2090990--2091037	25	2.0	23	84	8	60	62	0	2	35	1.07
2091077--2091142	2	33.0	2	80	6	71	45	3	4	46	1.38
2094329--2094393	17	3.8	17	78	11	62	53	0	3	43	1.16
2094621--2094654	15	2.1	17	89	10	54	35	0	0	64	0.94
2095653--2095685	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2096862--2096914	16	3.3	16	75	19	56	60	0	0	39	0.97
2097314--2097367	18	2.8	19	81	10	58	70	0	0	29	0.88
2099119--2099197	24	3.4	24	71	15	67	41	0	0	58	0.98
2099106--2099209	53	2.0	51	83	7	129	43	0	0	56	0.99
2104285--2104419	29	4.7	29	67	10	80	27	8	12	51	1.67
2104484--2104615	58	2.3	58	81	2	140	26	12	12	47	1.78
2104621--2104761	58	2.4	59	80	2	140	23	9	14	51	1.72
2104773--2104905	58	2.3	57	85	5	187	21	7	23	48	1.75
2105414--2105490	27	2.8	27	76	16	86	59	5	1	33	1.28
2111799--2111831	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2112375--2112416	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
2113369--2113410	19	2.2	20	86	4	59	33	0	0	66	0.92
2113737--2113783	3	16.0	3	95	4	87	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138218--2138271	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2138352--2138406	11	5.3	10	82	12	58	74	0	25	0	0.82
2138352--2138409	10	5.7	10	84	10	57	74	0	25	0	0.82
2138363--2138409	19	2.5	20	86	13	64	74	0	25	0	0.82
2138362--2138409	20	2.4	20	80	19	64	75	0	25	0	0.81
2139930--2139959	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2140117--2140157	22	1.9	21	95	5	73	56	0	0	43	0.99
2140125--2140158	16	2.1	17	89	10	54	55	0	0	44	0.99
2140266--2140406	16	8.8	15	70	20	90	62	1	0	36	1.04
2140276--2140340	28	2.2	31	86	10	93	69	0	0	30	0.89
2140276--2140392	11	10.8	11	71	16	68	64	1	0	34	1.04
2140312--2140387	38	2.1	38	83	13	99	61	2	0	35	1.10
2140266--2140402	49	2.9	49	80	13	128	62	1	0	36	1.05
2140289--2140392	9	11.1	9	69	25	65	63	1	0	34	1.06
2140287--2140394	10	11.0	10	72	13	57	62	1	0	35	1.06
2140804--2140851	23	2.3	20	82	13	53	60	0	2	37	1.09
2141450--2141522	29	2.5	30	81	2	85	43	5	2	47	1.40
2141788--2141834	18	2.6	19	80	16	55	61	0	0	38	0.96
2142266--2142336	32	2.2	32	85	9	92	29	16	19	33	1.94
2143220--2143259	19	2.1	19	90	9	64	70	0	2	27	1.01
2143768--2143804	16	2.3	16	95	0	65	35	21	29	13	1.92
2144122--2144339	60	3.7	57	79	11	208	42	32	17	6	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144128--2144338	30	7.0	30	76	7	187	42	32	18	6	1.76
2144254--2144348	30	3.1	30	72	19	88	46	32	17	3	1.64
2153109--2153177	20	3.5	19	86	7	77	28	15	14	40	1.87
2159938--2159976	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2160097--2160142	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2160417--2160491	20	3.8	20	92	0	123	17	41	29	12	1.85
2162581--2162606	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2162563--2162627	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
2165274--2165315	19	2.1	21	86	8	61	4	28	47	19	1.69
2166418--2166443	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2166398--2166461	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2168830--2168876	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
2168997--2169034	13	2.9	13	92	0	58	31	18	15	34	1.92
2171107--2171137	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2175215--2175240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2175195--2175258	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2182687--2182748	33	1.9	32	83	9	81	19	9	1	69	1.25
2182705--2182748	17	2.8	16	86	6	54	13	11	2	72	1.21
2182704--2182748	16	2.7	17	83	13	58	13	13	2	71	1.25
2184151--2184195	23	2.0	24	82	8	58	40	22	8	28	1.84
2185278--2185303	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2187869--2187907	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194076--2194101	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2194193--2194246	20	2.7	20	94	0	99	24	9	18	48	1.77
2194604--2194656	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
2205318--2205390	20	3.7	19	83	3	74	35	16	17	30	1.92
2205318--2205371	19	2.8	20	88	2	74	35	16	16	31	1.92
2209493--2209517	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2209569--2209644	20	3.8	20	78	7	73	27	17	15	39	1.90
2212074--2212111	12	3.0	13	84	7	60	34	15	18	31	1.92
2218306--2218330	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2218284--2218350	33	2.1	33	88	2	100	32	13	17	35	1.89
2218422--2218446	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2221169--2221243	20	3.8	20	81	10	82	38	20	13	28	1.90
2221274--2221325	20	2.7	20	87	3	70	36	21	11	30	1.89
2223244--2223268	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2232583--2232654	19	3.7	20	81	5	76	33	19	15	31	1.93
2235545--2235570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2244198--2244223	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2244178--2244241	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
2244312--2244336	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2251610--2251659	19	2.5	20	83	3	66	34	22	16	28	1.95
2257920--2257957	13	2.9	13	88	0	58	31	13	21	34	1.91
2260446--2260470	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260425--2260487	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
2263349--2263386	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
2272557--2272582	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2272535--2272602	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
2275189--2275225	13	2.8	13	95	0	65	32	16	18	32	1.93
2281306--2281404	20	4.8	21	69	21	66	35	14	18	32	1.90
2281389--2281415	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2281368--2281435	33	2.1	32	89	8	102	35	14	14	35	1.87
2283453--2283490	13	2.9	13	88	0	58	36	13	15	34	1.87
2285283--2285332	19	2.5	20	87	6	66	40	0	14	46	1.44
2285283--2285339	19	2.8	20	84	5	62	36	0	22	40	1.55
2285918--2285956	20	1.9	21	94	5	71	43	20	15	20	1.88
2285946--2286017	20	3.7	20	96	1	128	23	15	19	41	1.89
2285946--2286037	39	2.3	40	84	1	105	27	14	19	39	1.90
2291549--2291614	20	3.3	18	80	15	69	3	12	1	83	0.83
2291542--2291624	33	2.5	33	80	7	89	4	12	1	81	0.89
2291549--2291629	41	2.0	41	85	7	112	3	14	1	80	0.92
2291549--2291628	10	8.1	9	74	17	61	3	13	1	81	0.89
2291535--2291628	8	11.1	8	72	17	57	5	12	1	80	0.92
2291556--2291627	20	3.5	20	85	9	92	2	15	1	80	0.89
2305513--2305563	20	2.5	21	83	3	59	41	3	19	35	1.70
2307560--2307842	79	3.6	79	82	4	318	28	23	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2309057--2309750	28	24.6	27	81	7	677	30	27	16	25	1.97
2309057--2309750	56	12.3	56	84	3	838	30	27	16	25	1.97
2310673--2310783	51	2.2	48	82	7	125	30	13	9	45	1.76
2312849--2312903	20	2.7	22	89	10	82	32	12	12	41	1.81
2313803--2313848	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
2314364--2314402	21	1.9	20	85	15	53	51	5	2	41	1.38
2318297--2318375	26	2.9	27	72	12	81	37	32	15	13	1.87
2318402--2318476	28	2.7	28	85	0	96	32	18	18	30	1.95
2318485--2318546	26	2.4	26	97	0	115	35	33	16	14	1.89
2318458--2318557	26	3.8	26	83	2	101	31	29	19	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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