genome.fa.s133.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold133
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  16  of  17  ( 1989 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318689--2318755	28	2.4	28	87	5	100	31	19	19	29	1.96
2318712--2318797	28	3.1	28	82	9	81	27	24	19	27	1.99
2318888--2318988	28	3.6	28	87	0	148	34	21	17	25	1.96
2322472--2322530	19	3.4	19	73	26	76	35	18	11	33	1.88
2322453--2322530	32	2.5	32	95	2	140	34	17	11	35	1.86
2323140--2323285	70	2.1	70	90	2	231	39	8	25	26	1.85
2323353--2323588	52	4.8	49	78	8	205	34	18	23	23	1.96
2323240--2323535	153	1.9	155	84	4	393	35	17	23	23	1.95
2323247--2323535	52	5.6	51	78	4	260	35	17	22	23	1.95
2323353--2323535	101	1.8	101	84	2	251	35	19	22	22	1.96
2323605--2324247	28	22.6	28	79	8	606	20	18	30	31	1.96
2323605--2324247	57	11.3	57	82	7	652	20	18	30	31	1.96
2323605--2324159	227	2.4	227	90	3	841	20	18	29	31	1.96
2324605--2324689	37	2.3	37	97	0	161	44	15	14	25	1.84
2325695--2325743	15	3.2	15	85	5	71	0	4	10	85	0.71
2325689--2325744	23	2.4	23	85	8	69	0	5	10	83	0.78
2325700--2325741	22	1.9	22	90	0	66	0	4	7	88	0.64
2329429--2329523	47	2.0	47	97	0	181	22	18	25	33	1.97
2347350--2347422	22	3.5	22	81	9	89	36	4	23	35	1.74
2347359--2347402	20	2.2	20	95	0	79	36	4	25	34	1.76
2347771--2347831	20	2.9	21	85	7	88	37	1	27	32	1.67
2347767--2347855	20	4.2	21	79	15	53	42	2	24	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347219--2348057	421	2.0	421	99	0	1642	33	9	19	38	1.83
2348494--2348546	19	2.7	20	82	2	63	32	16	16	33	1.92
2355764--2358717	983	3.0	983	99	0	5845	31	17	13	37	1.88
2360317--2360342	12	2.2	12	100	0	52	30	26	0	42	1.56
2362022--2362072	19	2.6	20	75	3	59	37	13	17	31	1.89
2362063--2362087	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
2362911--2362986	31	2.5	31	79	14	95	14	13	0	72	1.13
2366547--2366607	5	12.4	5	72	10	54	42	0	0	57	0.98
2366539--2366586	18	2.6	19	83	12	64	41	0	0	58	0.98
2366570--2366609	21	1.9	21	89	0	62	50	0	0	50	1.00
2367069--2367103	5	7.0	5	87	12	54	0	20	0	80	0.72
2367071--2367102	14	2.2	15	94	5	57	0	18	0	81	0.70
2367438--2367481	12	3.8	12	81	3	54	18	45	2	34	1.62
2367515--2367545	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
2367617--2367666	4	12.5	4	80	0	55	24	44	2	30	1.65
2369984--2370038	22	2.4	23	88	8	69	52	9	3	34	1.50
2369994--2370038	23	2.0	22	95	4	81	48	11	4	35	1.59
2370912--2370942	14	2.1	15	94	5	55	45	0	6	48	1.28
2370970--2371007	20	1.9	19	89	5	58	50	0	5	44	1.24
2371169--2371275	16	6.6	16	75	6	90	39	22	21	16	1.92
2371218--2371291	16	4.6	16	68	9	53	41	24	20	13	1.88
2371168--2371270	32	3.2	33	78	9	104	37	24	21	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372191--2372218	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2379730--2379765	17	2.1	17	89	0	54	50	0	2	47	1.15
2387421--2387513	36	2.8	32	84	11	116	30	25	15	29	1.95
2389844--2389883	20	2.0	20	95	0	71	30	12	25	32	1.92
2389852--2389891	20	2.0	20	90	0	62	35	15	20	30	1.93
2391267--2391315	21	2.4	21	80	10	57	22	10	4	63	1.43
2391281--2391342	21	3.0	20	85	4	70	19	20	1	58	1.48
2392900--2392968	36	1.9	35	82	8	86	30	27	7	34	1.84
2393418--2393486	32	2.2	32	84	5	86	37	14	20	27	1.91
2395004--2395030	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2395014--2395070	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
2397341--2397383	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
2397341--2397383	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
2400945--2401042	32	3.0	32	90	1	151	37	10	15	36	1.81
2400943--2401040	19	5.8	18	66	28	63	36	10	15	37	1.81
2401083--2401107	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2401096--2401244	52	2.9	53	91	2	223	35	18	16	28	1.93
2406830--2406871	22	1.9	22	85	0	57	40	4	30	23	1.75
2406887--2406949	28	2.2	28	91	0	99	44	9	23	22	1.82
2407577--2407629	20	2.7	20	88	5	72	37	13	16	32	1.88
2417419--2417538	52	2.3	52	92	0	195	29	16	20	34	1.94
2417419--2417558	52	2.7	52	84	4	167	30	16	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417547--2417626	34	2.4	34	100	0	160	35	12	15	37	1.85
2417646--2417712	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2417668--2417692	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2426598--2427121	28	18.4	29	85	6	657	29	30	17	23	1.97
2426598--2427121	57	9.2	57	85	6	647	29	30	17	23	1.97
2427121--2427211	32	2.8	32	74	5	83	32	26	19	20	1.97
2426823--2427223	57	6.5	66	83	9	216	30	28	17	23	1.97
2428032--2428079	20	2.4	20	89	6	71	37	10	18	33	1.85
2433494--2433906	152	2.7	152	78	10	448	32	10	8	48	1.68
2434212--2434257	3	15.7	3	95	4	85	69	0	0	30	0.89
2434221--2434268	23	2.1	23	84	7	62	72	0	4	22	1.01
2435223--2435813	157	3.8	156	81	4	591	27	9	17	45	1.80
2438648--2438970	155	2.1	155	80	4	348	39	19	16	25	1.91
2441112--2441769	167	4.0	165	81	7	717	52	8	11	28	1.65
2441598--2441631	18	1.9	18	88	5	52	73	14	2	8	1.19
2441848--2441887	21	1.9	21	84	0	53	60	15	0	25	1.35
2455300--2455335	15	2.4	15	90	0	54	72	2	2	22	1.11
2455316--2455375	9	6.6	9	75	9	59	71	10	1	16	1.21
2455316--2455375	18	3.3	18	82	11	68	71	10	1	16	1.21
2455331--2455378	20	2.4	19	86	13	62	72	10	0	16	1.10
2455405--2455569	76	2.1	78	88	2	244	40	9	27	23	1.85
2455405--2455569	39	4.3	39	87	3	244	40	9	27	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458958--2459024	28	2.4	28	85	7	84	34	11	8	44	1.73
2459031--2459120	42	2.2	40	81	13	96	36	14	5	43	1.69
2459152--2459219	27	2.5	27	82	2	82	30	8	4	55	1.50
2459268--2459319	27	2.0	27	92	3	88	32	13	5	48	1.66
2460003--2460049	11	4.1	11	84	13	51	80	0	19	0	0.70
2460008--2460049	22	1.9	22	85	0	57	83	0	16	0	0.65
2460008--2460047	13	3.0	13	85	14	55	82	0	17	0	0.67
2460009--2460055	14	3.5	13	82	8	58	85	0	12	2	0.70
2460354--2460444	45	2.0	45	82	0	110	30	12	6	50	1.65
2460394--2460470	31	2.5	31	78	4	84	31	14	5	49	1.65
2461375--2461506	39	3.3	40	72	15	121	37	12	6	42	1.70
2463774--2463822	25	2.0	25	84	8	64	55	0	6	38	1.25
2464130--2464163	11	3.1	11	86	0	50	20	2	17	58	1.51
2466022--2466225	110	1.8	111	88	1	311	46	6	9	37	1.63
2467952--2467995	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
2468834--2468992	79	2.0	80	90	1	248	50	20	5	23	1.67
2477427--2477577	53	2.9	51	87	7	200	41	24	6	27	1.80
2477432--2477586	49	3.1	48	87	7	193	40	25	6	27	1.80
2477902--2477934	15	2.1	16	88	5	50	54	21	6	18	1.64
2482383--2482409	13	2.1	13	100	0	54	25	7	0	66	1.17
2482443--2482496	21	2.5	22	85	5	67	35	0	0	64	0.94
2482968--2483102	16	8.1	18	69	21	82	56	0	0	42	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482969--2483052	34	2.5	34	86	5	109	53	0	1	45	1.08
2482967--2483055	17	4.8	20	67	23	61	53	0	1	44	1.07
2482993--2483078	18	5.2	16	69	21	61	56	0	0	43	0.99
2483001--2483071	20	3.8	20	72	20	55	54	0	0	45	0.99
2483038--2483104	18	3.7	18	78	16	68	59	0	0	40	0.97
2483458--2483494	18	2.1	17	90	5	56	54	0	0	45	1.00
2483483--2483554	20	3.7	20	68	19	53	61	0	1	37	1.05
2483980--2484025	16	3.0	15	78	6	56	39	4	0	56	1.19
2483967--2484025	31	1.9	31	89	0	91	42	6	1	49	1.39
2486645--2486678	16	2.1	16	94	0	59	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17