genome.fa.s133.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold133
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731074--731121	18	2.7	17	84	9	60	81	0	16	2	0.79
731076--731121	10	4.5	10	83	2	56	80	0	17	2	0.81
731433--731507	20	3.8	20	85	0	114	33	13	12	41	1.81
731433--731510	40	2.0	39	94	2	138	33	12	12	41	1.82
741793--741817	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
742959--742983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
742972--743089	20	5.8	20	70	12	80	32	15	19	33	1.93
743034--743088	19	2.8	19	91	2	83	36	14	18	30	1.91
743073--743098	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
743157--743208	20	2.6	20	96	0	95	40	19	9	30	1.83
743664--743705	19	2.2	19	87	8	59	42	30	0	26	1.55
745616--745655	20	2.0	21	95	5	73	30	17	12	40	1.86
755994--756491	28	18.1	28	85	3	568	24	31	14	29	1.94
755994--756488	82	6.0	82	83	3	564	24	31	14	29	1.95
755992--756491	137	3.6	135	81	6	553	24	31	14	30	1.94
756411--756871	32	15.9	27	78	12	290	29	29	17	23	1.97
755998--756828	28	29.4	28	82	8	381	27	30	15	26	1.96
756746--756821	24	3.0	24	86	7	89	32	25	15	26	1.95
756976--757145	48	3.5	48	90	0	259	20	28	15	34	1.94
758221--758260	15	2.8	14	82	17	55	77	0	22	0	0.77
763746--763776	15	2.1	15	93	0	53	29	25	0	45	1.54
765469--765524	19	2.9	19	83	2	67	37	14	16	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765649--765689	22	2.0	21	85	9	57	31	7	19	41	1.79
766331--766363	16	2.1	16	100	0	66	54	0	24	21	1.45
767058--767095	16	2.4	16	83	12	51	26	0	7	65	1.19
767135--767211	20	4.0	19	73	12	59	55	0	0	44	0.99
767167--767217	19	2.7	20	82	8	63	52	0	0	47	1.00
767180--767257	19	4.2	19	73	15	65	48	2	0	48	1.15
772019--772054	14	2.5	15	90	9	65	19	0	0	80	0.71
773869--773906	14	3.0	13	85	14	53	71	0	0	28	0.87
773891--773937	19	2.4	20	82	3	60	53	0	2	44	1.12
773920--773977	19	3.1	19	78	14	57	39	0	1	58	1.08
774298--774330	17	1.9	17	93	0	57	27	0	0	72	0.85
774633--774675	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
776627--776669	22	2.0	22	86	4	61	53	0	0	46	1.00
776639--776704	27	2.5	27	82	2	71	45	1	0	53	1.09
776656--776711	27	2.1	27	86	6	78	35	1	0	62	1.06
778817--778848	1	32.0	1	93	0	55	0	0	96	3	0.20
779061--779137	39	2.0	39	82	10	95	48	0	1	50	1.09
780183--780220	18	2.0	20	85	10	53	47	2	0	50	1.15
780610--780654	22	2.0	22	87	8	65	55	2	0	42	1.12
780671--780721	17	2.9	18	78	16	63	45	0	0	54	0.99
781221--781267	25	1.9	24	91	4	76	57	0	6	36	1.24
781256--781313	17	3.2	17	80	7	53	55	1	0	43	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781564--781618	27	2.0	28	82	10	69	47	0	0	52	1.00
781684--781719	16	2.2	16	90	9	56	36	5	2	55	1.38
782480--782541	18	3.7	18	74	24	55	53	0	0	46	1.00
782498--782590	18	4.9	19	77	15	77	56	0	0	43	0.99
782545--782578	8	4.4	8	88	7	52	61	0	0	38	0.96
782545--782592	23	2.1	23	84	0	60	60	0	0	39	0.97
782821--782888	9	6.5	10	71	20	50	45	0	0	54	0.99
782804--782899	38	2.6	36	83	8	104	44	0	0	55	0.99
782835--782899	18	3.5	19	73	12	64	47	0	0	52	1.00
783279--783318	18	2.3	17	84	16	55	67	0	0	32	0.91
786401--786435	17	2.1	17	89	5	54	45	0	0	54	0.99
786722--786767	20	2.3	20	84	0	56	60	0	2	36	1.09
786714--786776	27	2.4	27	86	2	83	58	0	1	39	1.07
786727--786780	18	3.0	18	79	12	58	57	0	1	40	1.09
787002--787032	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
794545--794578	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
794760--794796	15	2.5	15	91	8	58	43	0	2	54	1.14
795821--795914	29	3.3	28	75	16	86	35	0	4	60	1.16
801567--801608	18	2.3	19	80	8	52	45	2	0	52	1.13
801836--801874	17	2.4	17	91	4	62	82	0	15	2	0.79
801924--801958	9	3.8	9	88	3	52	88	0	11	0	0.51
801923--801956	15	2.3	15	94	0	59	88	0	11	0	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802820--802868	17	2.9	16	82	14	55	46	0	8	44	1.33
803348--803394	24	2.0	22	84	8	58	46	0	0	53	1.00
804211--804263	27	1.9	28	88	3	81	45	0	0	54	0.99
804366--804397	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
804777--804843	10	7.2	10	72	24	58	50	0	0	49	1.00
804779--804843	18	3.5	17	78	15	67	50	0	0	49	1.00
804778--804853	28	2.8	28	78	13	77	47	0	0	52	1.00
805224--805315	30	3.4	27	74	21	68	40	1	2	56	1.18
805434--805471	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
817495--817546	16	3.2	16	81	5	52	42	0	0	57	0.98
817508--817583	26	3.0	26	83	12	90	47	0	1	51	1.09
817546--817601	22	2.5	22	83	11	69	48	0	3	48	1.19
817631--817661	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
817817--817850	17	2.0	18	88	11	54	47	5	0	47	1.26
818351--818393	15	2.8	16	89	3	61	48	0	2	48	1.14
818650--818704	25	2.3	22	87	12	74	72	1	0	25	0.94
818657--818707	8	6.1	8	78	15	50	70	1	0	27	0.98
818752--818796	20	2.2	20	84	4	54	40	4	6	48	1.49
819603--819645	7	6.3	7	91	5	70	41	0	16	41	1.48
821522--821555	13	2.6	14	86	13	54	50	0	0	50	1.00
821877--821925	15	3.3	15	80	16	57	63	0	0	36	0.95
821877--821929	22	2.3	23	78	12	56	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823583--823607	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
823840--823878	20	2.0	19	90	5	60	46	0	0	53	1.00
825109--825177	29	2.4	29	76	9	77	44	0	1	53	1.09
826713--826791	42	1.9	41	82	12	99	50	2	2	44	1.29
826824--826869	23	2.0	24	83	12	60	50	2	6	41	1.40
826814--826978	55	3.0	55	88	2	179	46	3	5	44	1.44
827106--827177	22	3.1	23	70	11	67	50	1	1	47	1.18
827293--827342	22	2.3	22	78	0	55	34	14	2	50	1.54
827621--827681	32	1.9	32	86	6	88	39	3	4	52	1.39
831821--831888	34	2.0	34	100	0	136	14	20	17	47	1.83
840076--840119	20	2.0	22	87	12	65	56	4	6	31	1.46
840289--840316	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
840314--840397	2	42.0	2	90	0	132	50	4	0	45	1.23
848601--848670	16	4.3	17	77	13	76	57	0	0	42	0.99
848589--848683	27	3.3	27	72	18	75	56	0	0	43	0.99
848603--848666	32	2.0	33	87	6	96	56	0	0	43	0.99
850231--850281	21	2.3	22	72	27	54	39	0	0	60	0.97
850782--850830	15	3.2	15	80	5	62	48	0	2	48	1.12
850974--851008	11	3.1	11	92	8	61	28	0	0	71	0.86
850967--851007	12	3.4	12	90	10	66	29	0	2	68	1.03
851476--851550	24	2.8	26	82	13	82	40	0	0	60	0.97
851517--851559	14	3.0	15	83	6	54	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852044--852074	10	3.1	10	100	0	62	19	29	9	41	1.83
852052--852245	32	6.1	32	73	20	172	28	23	10	38	1.87
852118--852161	17	2.6	17	100	0	88	22	25	11	40	1.87
853516--853546	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
860066--860114	22	2.2	22	88	0	71	18	14	16	51	1.77
860656--860792	73	1.9	73	95	3	249	36	6	9	47	1.62
861317--861350	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
861766--861807	21	2.0	21	86	9	59	57	0	0	42	0.99
861766--861814	22	2.2	21	85	7	62	55	0	0	44	0.99
864528--864565	19	2.0	19	89	0	58	34	13	13	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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