genome.fa.s133.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold133
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1212307--1212371	33	2.0	33	85	11	89	33	13	18	33	1.90
1218650--1218688	20	1.9	20	85	15	53	35	17	0	46	1.49
1220409--1220454	22	2.1	22	88	4	67	41	2	19	36	1.64
1221031--1221057	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1221108--1221172	33	2.0	32	82	11	78	36	15	16	30	1.90
1221128--1221152	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1225371--1225407	17	2.2	17	95	0	65	18	27	10	43	1.83
1227412--1227469	21	2.8	21	86	0	71	62	0	20	17	1.33
1230900--1230950	24	2.1	24	85	0	66	27	23	9	39	1.86
1231014--1231060	20	2.3	20	73	20	53	36	12	17	34	1.87
1232304--1233735	363	4.0	363	96	1	2641	42	9	10	37	1.73
1234989--1235028	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1235736--1235806	20	3.5	20	77	22	60	64	0	0	35	0.94
1235748--1235807	20	2.8	22	72	10	61	66	0	0	33	0.92
1237134--1237181	22	2.2	22	84	0	60	43	0	0	56	0.99
1237330--1237361	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
1239162--1239188	12	2.2	12	100	0	54	33	7	14	44	1.73
1239389--1239442	27	2.0	26	82	13	65	62	9	0	27	1.25
1239911--1239959	24	2.1	23	81	11	55	55	0	42	2	1.11
1240842--1240885	17	2.6	16	82	10	52	43	2	0	54	1.12
1243635--1243677	3	14.3	3	85	0	59	65	0	4	30	1.13
1246363--1246388	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1246345--1246408	33	2.0	33	90	3	103	43	15	14	26	1.85
1250052--1250107	19	2.9	19	89	2	85	32	19	12	35	1.89
1250131--1250184	20	2.7	20	83	8	74	37	11	22	29	1.89
1254705--1254749	20	2.2	20	84	7	56	48	17	8	24	1.75
1254748--1254838	19	5.1	19	79	15	113	29	14	14	41	1.85
1254738--1254838	51	2.0	51	94	0	175	29	13	14	41	1.85
1254786--1254814	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
1254768--1254833	32	2.1	32	100	0	132	28	15	15	40	1.87
1254899--1254928	13	2.3	13	94	0	51	33	20	16	30	1.94
1263467--1263519	20	2.7	19	85	2	61	28	13	15	43	1.84
1263565--1263595	13	2.4	13	94	0	53	32	12	12	41	1.81
1280838--1280975	28	5.1	26	79	13	136	81	10	5	2	0.93
1280858--1280952	9	10.7	9	78	13	99	85	10	3	1	0.76
1280838--1280960	43	3.1	37	78	18	131	82	8	5	2	0.90
1280838--1280981	34	4.0	36	73	18	120	81	11	5	2	0.94
1280860--1280984	34	3.6	34	78	15	141	82	12	3	1	0.86
1280836--1280977	42	3.4	41	78	8	126	80	11	5	2	0.95
1280858--1280952	1	95.0	1	70	0	64	85	10	3	1	0.76
1282408--1282729	58	5.6	58	89	2	472	31	31	15	21	1.94
1282408--1282730	115	2.8	115	92	1	506	31	31	15	21	1.94
1282702--1282791	32	2.8	32	84	1	108	18	31	16	33	1.94
1282836--1283388	49	11.8	43	76	16	385	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1282935--1283010	39	1.9	39	91	0	125	28	25	23	22	1.99
1282978--1283502	49	10.6	49	80	10	464	23	26	17	32	1.97
1282785--1283450	98	7.0	93	80	10	654	24	26	18	31	1.97
1283364--1283548	52	3.4	54	80	8	207	25	27	13	34	1.93
1287992--1288026	18	1.9	18	88	0	52	57	14	0	28	1.38
1288169--1288248	36	2.2	36	82	4	90	71	2	6	20	1.20
1290163--1290233	28	2.5	28	82	13	76	67	2	5	23	1.25
1290332--1290379	18	2.7	18	80	6	53	60	12	0	27	1.32
1290376--1290451	40	1.9	40	83	5	100	64	3	1	30	1.20
1292250--1292294	14	3.4	14	73	17	51	35	4	0	60	1.17
1292395--1292439	11	4.1	11	80	8	56	71	0	0	28	0.87
1296211--1296248	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
1297423--1297461	20	2.0	19	90	5	60	28	20	15	35	1.93
1300244--1300392	48	3.1	48	76	9	135	33	18	13	34	1.89
1303687--1303812	52	2.4	52	97	0	234	26	18	19	36	1.94
1303863--1303960	30	3.2	30	63	21	76	26	18	16	38	1.91
1303854--1303992	62	2.2	62	100	0	278	29	17	15	37	1.91
1303978--1304043	13	5.1	13	92	0	114	36	15	15	33	1.88
1303978--1304042	26	2.5	26	100	0	130	35	15	15	33	1.89
1308349--1308381	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
1309761--1309858	38	2.6	38	77	6	108	26	13	15	44	1.83
1311649--1312007	79	4.6	79	79	5	340	36	12	20	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1311649--1312007	157	2.3	156	82	5	427	36	12	20	30	1.90
1311942--1312083	49	2.8	49	82	9	169	39	6	20	33	1.78
1314471--1314520	20	2.4	21	90	3	75	30	18	12	40	1.86
1316932--1316962	16	2.0	16	93	6	55	54	32	6	6	1.51
1319133--1319157	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1319113--1319179	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1319258--1319378	52	2.3	52	95	2	217	33	18	18	30	1.94
1324107--1324218	56	2.0	56	92	0	188	33	16	15	34	1.90
1325996--1326026	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1335064--1335212	52	2.9	52	84	6	203	31	16	18	33	1.93
1335201--1335225	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1335278--1335392	19	6.7	19	72	22	110	39	18	11	31	1.86
1335297--1335391	32	3.0	32	96	0	172	37	18	11	31	1.87
1335316--1335372	13	3.9	13	74	24	51	36	17	12	33	1.87
1336872--1336913	13	3.3	13	80	16	52	2	16	2	78	0.96
1339594--1339665	36	2.0	36	84	10	94	47	4	2	45	1.36
1339972--1340025	19	2.7	20	82	5	65	46	0	0	53	1.00
1340481--1340528	24	2.0	24	84	8	62	54	2	0	43	1.12
1340492--1340545	24	2.3	23	78	12	56	48	1	0	50	1.11
1342463--1342506	2	22.5	2	86	4	63	47	2	2	47	1.27
1342837--1342879	22	2.0	22	90	9	70	60	0	0	39	0.97
1344589--1344712	65	1.9	65	94	0	221	30	16	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1345614--1345692	4	19.5	4	82	1	50	25	8	27	37	1.86
1345615--1345670	8	7.0	8	85	0	67	25	8	30	35	1.86
1351603--1352050	37	12.3	37	73	7	283	33	20	14	31	1.92
1351603--1352050	111	4.1	109	75	6	363	33	20	14	31	1.92
1352032--1352091	31	1.9	31	89	0	93	36	18	13	31	1.89
1354003--1354039	16	2.3	16	85	0	56	54	2	0	43	1.14
1354249--1354273	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
1354256--1354335	32	2.5	33	84	8	103	51	0	1	47	1.08
1355743--1355786	14	2.9	14	78	18	52	54	0	0	45	0.99
1355751--1355793	17	2.5	17	88	0	59	51	2	0	46	1.13
1357303--1357520	103	2.1	103	80	6	246	33	12	25	28	1.93
1359160--1359209	20	2.5	20	86	0	64	30	14	18	38	1.89
1359283--1359307	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1359263--1359330	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
1360913--1360955	9	4.8	9	91	0	68	41	0	34	23	1.55
1360913--1360955	3	14.3	3	85	0	50	41	0	34	23	1.55
1365495--1365533	13	3.0	13	88	0	60	30	15	15	38	1.88
1365665--1365705	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
1367148--1367187	20	1.9	22	90	10	66	12	10	17	60	1.59
1367953--1368002	20	2.5	20	86	0	64	32	16	18	34	1.92
1368076--1368100	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1368056--1368123	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1373904--1373928	10	2.5	10	100	0	50	20	12	8	60	1.57
1373978--1374032	19	2.8	19	83	2	65	38	12	10	38	1.79
1374118--1374156	21	1.9	21	89	5	62	38	20	0	41	1.53
1376458--1376522	33	2.0	33	87	0	94	32	15	15	36	1.89
1376567--1376646	21	3.9	21	79	12	85	35	10	16	38	1.82
1376588--1376644	20	2.8	20	81	10	71	38	12	14	35	1.83
1382552--1382652	15	6.4	15	72	17	80	71	1	0	25	1.03
1382552--1382640	8	11.6	8	75	16	64	71	1	1	25	0.99
1382552--1382617	25	2.8	24	81	6	82	74	1	1	22	0.99
1382995--1383030	17	2.1	17	100	0	72	16	16	5	61	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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