genome.fa.s133.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold133
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2564099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874398--874435	19	2.0	19	94	0	67	36	10	34	18	1.85
876680--876713	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
877007--877065	18	3.3	18	77	13	68	59	0	3	37	1.14
877009--877116	47	2.3	45	78	12	110	55	1	1	40	1.21
877055--877105	22	2.4	21	87	9	68	56	1	0	41	1.10
877696--877796	14	6.9	15	71	21	56	57	0	0	41	1.05
877676--877772	32	2.9	33	75	20	87	55	1	1	42	1.13
877689--877742	17	3.0	20	76	17	64	55	0	0	44	0.99
877665--877786	30	4.0	30	77	17	99	58	0	0	40	1.10
877970--878016	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
878204--878242	11	3.2	12	92	7	62	41	0	0	58	0.98
879742--879790	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
879790--879826	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
881505--881551	15	3.4	14	80	11	53	51	0	0	48	1.00
883112--883172	28	2.3	26	81	13	70	49	0	0	50	1.00
883591--883621	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
886406--886478	20	3.8	20	73	14	62	32	12	12	42	1.80
893835--893874	11	3.6	12	80	12	50	87	7	5	0	0.66
894920--896031	82	13.2	83	86	5	1024	26	32	15	25	1.96
894920--895615	220	3.2	220	91	0	1106	25	32	14	28	1.95
894920--896039	55	19.9	57	83	6	690	26	32	16	24	1.96
894888--896031	28	40.6	28	85	5	1078	26	32	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896676--896730	20	2.8	19	75	8	65	32	12	14	40	1.84
903183--903208	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
904741--904779	20	1.9	21	94	5	71	43	10	15	30	1.80
904767--904793	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
904747--904809	32	1.9	32	87	3	90	38	14	11	36	1.81
918630--918693	31	2.1	30	88	2	92	85	9	1	3	0.76
918636--918693	20	2.8	20	82	12	73	86	8	1	3	0.76
920182--920395	62	3.6	62	77	11	230	23	31	14	30	1.95
920157--920324	89	1.9	89	86	0	237	21	32	14	30	1.94
920128--920395	116	2.3	116	87	2	385	23	32	14	29	1.94
920120--920345	27	8.1	27	82	7	263	22	33	14	29	1.93
920387--920474	33	2.7	33	89	0	131	27	30	21	20	1.98
920482--920730	52	4.8	52	77	6	191	22	25	17	33	1.96
920541--920730	104	1.8	104	87	0	281	23	26	17	32	1.97
920643--920819	88	2.0	90	88	3	268	22	25	19	32	1.98
920600--920870	140	1.9	141	83	2	355	23	25	18	32	1.97
920735--921030	52	5.8	49	72	7	180	23	26	17	32	1.97
920536--920922	192	2.0	195	81	4	462	24	26	18	31	1.97
920484--920971	244	2.0	246	86	3	678	23	25	17	32	1.97
920734--921026	156	1.9	153	80	3	345	24	25	17	32	1.97
920973--921167	61	3.2	61	92	1	311	23	28	11	36	1.89
921853--921887	13	2.8	13	91	8	56	28	14	14	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921916--921980	32	2.0	32	84	3	85	33	10	15	40	1.82
924843--924982	34	4.2	33	80	6	138	40	25	8	25	1.84
929394--929545	34	4.5	33	73	10	137	42	25	5	26	1.77
932389--932424	18	2.0	18	88	0	54	38	0	2	58	1.13
933544--933594	16	3.2	16	83	8	59	11	7	21	58	1.58
935621--935645	7	3.6	7	100	0	50	40	12	0	48	1.40
940295--940320	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
940966--941046	39	2.0	40	85	2	110	34	27	4	33	1.78
942396--942438	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
942881--942919	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
949076--949101	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
949172--949226	20	2.8	20	88	5	76	29	12	16	41	1.85
950237--950265	12	2.3	13	94	5	51	17	6	6	68	1.34
954959--955084	52	2.4	52	90	0	198	27	18	17	36	1.93
955991--956658	49	14.1	49	81	11	813	32	17	24	26	1.97
956000--956653	92	7.0	92	93	2	1067	31	17	24	26	1.97
956675--956973	28	10.5	28	81	5	305	20	16	29	34	1.94
956701--956912	58	3.7	57	87	4	295	20	16	28	33	1.95
956701--956973	86	3.2	86	83	6	315	20	16	28	34	1.94
956701--956974	114	2.4	113	84	3	336	21	16	28	33	1.94
958394--958453	10	5.8	10	86	9	68	5	1	6	86	0.75
958394--958439	15	2.9	15	84	9	56	6	0	6	86	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958394--958453	13	4.6	13	77	10	52	5	1	6	86	0.75
966135--966192	25	2.3	26	94	5	102	15	24	22	37	1.93
972421--972445	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
977030--977158	52	2.5	52	94	0	231	27	17	18	36	1.93
977030--977178	52	2.9	51	87	6	192	28	16	18	35	1.93
977167--977191	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
977244--977295	19	2.7	19	93	0	95	40	17	11	30	1.85
981329--981365	11	3.4	11	92	0	56	0	16	0	83	0.64
982025--982095	35	2.1	35	83	2	90	22	5	16	54	1.63
982595--982619	13	1.9	13	100	0	50	28	8	16	48	1.74
984083--984126	21	2.1	21	86	0	61	34	18	4	43	1.70
984980--985006	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
984992--985047	20	2.8	20	100	0	112	33	17	16	32	1.92
985951--985981	13	2.4	13	94	0	53	41	12	9	35	1.76
986026--986081	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
986067--986093	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
986745--986794	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
986752--986794	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
992944--992992	13	4.2	13	71	28	56	38	18	12	30	1.87
993021--993073	19	2.7	21	88	8	76	41	16	15	26	1.88
994611--994950	166	2.1	165	79	8	352	27	11	9	51	1.68
995473--995534	11	5.2	11	81	9	52	75	0	20	3	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995473--995517	14	3.4	13	88	11	65	77	0	20	2	0.87
995473--995524	12	4.2	12	79	18	61	76	0	21	1	0.87
997228--997459	97	2.4	97	88	1	349	29	29	11	29	1.92
1003446--1003970	79	6.7	79	81	4	549	35	13	23	28	1.93
1003426--1003970	235	2.3	236	83	3	668	35	13	22	28	1.92
1003925--1003996	28	2.6	28	84	0	99	31	19	25	23	1.98
1003864--1004077	107	2.0	107	91	1	349	33	13	24	28	1.93
1003954--1004109	79	2.0	79	85	0	213	35	11	23	28	1.90
1003770--1004109	186	1.8	185	84	1	466	35	12	23	28	1.91
1009196--1009230	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1009651--1009684	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1009743--1009780	4	9.5	4	94	0	67	0	44	2	52	1.14
1012128--1012228	50	2.0	50	96	0	184	44	10	11	32	1.76
1013673--1013710	17	2.2	17	90	0	58	18	7	21	52	1.70
1021164--1021228	14	5.2	14	69	27	65	26	21	10	41	1.86
1021160--1021228	24	2.9	24	95	0	120	26	21	10	42	1.84
1022094--1022242	69	2.1	69	91	1	235	28	15	14	41	1.86
1022144--1022197	20	2.7	20	91	0	81	27	14	12	44	1.82
1024487--1024718	79	2.9	79	86	1	313	28	25	12	33	1.92
1024568--1024802	130	1.8	127	86	6	339	30	26	10	31	1.90
1024648--1024762	51	2.3	51	87	3	169	33	25	8	33	1.86
1024748--1024815	28	2.4	28	87	4	93	26	27	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1037093--1037150	22	2.7	21	76	10	55	82	8	8	0	0.84
1037093--1037153	12	5.0	12	78	4	50	81	8	9	0	0.86
1038115--1038266	62	2.5	61	89	2	232	25	27	19	26	1.99
1038305--1038948	62	10.6	61	83	6	765	25	25	18	30	1.98
1038305--1038948	121	5.3	121	83	4	761	25	25	18	30	1.98
1038972--1039213	55	4.2	55	78	8	193	26	27	19	26	1.99
1038992--1039215	62	3.8	61	82	5	228	25	27	19	27	1.99
1039142--1039323	94	1.9	97	82	7	235	25	25	18	30	1.98
1039240--1039346	55	1.9	55	92	0	178	28	23	21	26	1.99
1038952--1039763	271	3.0	270	91	2	1265	25	26	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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