genome.fa.s184.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold184
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2218657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1902--1945	16	2.8	16	85	0	61	43	36	18	2	1.63
2417--2446	16	1.9	15	93	6	51	53	3	16	26	1.59
3355--3441	16	5.4	16	83	0	102	36	34	19	9	1.84
3355--3441	32	2.7	32	87	0	129	36	34	19	9	1.84
4799--4839	20	2.0	21	86	13	59	48	7	14	29	1.71
4847--4897	20	2.5	20	100	0	102	35	13	5	45	1.68
8333--8552	97	2.3	97	85	2	298	25	22	15	36	1.93
9395--9433	20	2.0	20	89	0	60	79	5	0	15	0.90
10174--10429	132	1.9	131	94	0	449	24	13	16	46	1.83
11581--11631	27	2.0	26	85	11	70	25	27	13	33	1.94
11923--11969	24	1.9	24	83	12	60	36	12	6	44	1.68
23807--23893	7	12.7	7	79	7	72	82	5	11	0	0.82
23827--23894	16	4.3	16	75	14	61	83	1	14	0	0.71
23827--23878	9	5.7	9	78	17	54	86	1	11	0	0.65
24814--25039	122	1.9	121	84	6	305	27	26	18	27	1.98
24802--25039	60	3.9	61	84	5	286	27	26	17	28	1.98
24901--25197	158	1.9	158	87	2	436	28	28	17	25	1.98
25039--25445	61	6.7	61	80	2	415	28	26	16	28	1.97
24829--25257	219	2.0	218	87	2	619	28	27	16	28	1.97
25050--25447	122	3.3	123	83	3	466	28	25	16	29	1.97
25039--25445	183	2.2	183	83	3	507	28	26	16	28	1.97
27638--27793	79	2.0	79	92	0	258	28	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27891--27967	20	3.8	20	74	6	66	33	15	11	38	1.84
31219--31653	131	3.3	131	96	0	780	23	14	16	45	1.84
36991--37056	32	2.1	32	97	0	123	21	19	15	43	1.87
39073--39103	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
40594--40631	19	2.1	19	90	5	60	39	0	2	57	1.12
41030--41070	21	2.0	21	85	0	55	26	4	0	68	1.10
47525--47574	22	2.3	22	89	6	75	72	0	26	2	0.96
47522--47560	15	2.8	15	85	14	57	74	0	25	0	0.82
47525--47586	22	2.9	21	84	13	74	74	1	22	1	1.00
48664--48741	28	2.7	30	68	9	72	23	6	15	55	1.63
57624--57724	51	2.0	52	94	2	177	26	9	29	33	1.89
58893--58918	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
64467--64538	20	3.6	20	80	0	99	34	11	12	41	1.78
64996--65030	12	2.8	12	91	4	52	31	34	0	34	1.58
72557--72603	15	3.2	15	77	17	62	42	34	0	23	1.54
79909--80684	28	27.5	28	82	3	790	29	26	17	26	1.97
87672--87966	161	1.8	160	82	6	373	52	10	8	28	1.66
93809--93917	57	1.9	58	86	1	157	51	11	11	24	1.72
94159--94272	57	2.0	57	83	6	142	46	11	9	32	1.72
98094--98260	81	2.1	80	82	7	196	34	22	6	35	1.80
100649--100733	7	11.4	7	81	12	53	45	0	0	54	1.00
100643--100743	14	7.3	14	82	13	102	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100648--100739	26	3.5	26	86	10	125	44	0	0	55	0.99
100661--100743	7	12.3	7	86	11	120	43	0	0	56	0.99
103131--103182	14	3.6	15	74	10	54	42	1	3	51	1.31
103856--103896	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
104216--104252	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
105244--105306	2	32.0	2	83	3	83	49	4	1	44	1.33
107686--107738	17	3.0	17	83	5	61	50	9	0	39	1.35
109103--109170	35	1.9	35	88	5	102	33	19	13	33	1.90
114799--114847	21	2.2	23	85	10	75	34	0	2	63	1.06
117426--117480	3	17.7	3	81	7	65	67	0	3	29	1.08
123543--123983	221	2.0	221	89	2	670	30	15	15	38	1.89
127301--127328	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
128393--128446	22	2.4	22	79	14	58	42	0	0	57	0.98
128456--128518	16	4.2	16	73	19	55	38	0	0	61	0.96
128548--128611	20	3.2	20	71	20	53	28	4	1	65	1.21
128549--128589	21	1.9	21	85	14	57	29	7	0	63	1.21
128555--128631	17	4.6	18	70	14	56	31	7	1	59	1.34
128550--128592	17	2.4	18	84	7	52	30	6	0	62	1.21
128548--128621	39	1.9	38	83	2	94	29	6	1	62	1.29
129261--129290	15	1.9	16	93	6	53	40	6	0	53	1.27
129787--129847	19	3.1	20	77	15	65	40	0	0	59	0.98
129784--129929	29	5.4	27	72	19	101	41	0	0	57	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129792--129892	17	5.4	20	68	25	69	38	0	0	61	0.96
129778--129888	44	2.4	47	82	8	131	40	0	0	59	0.97
129791--129914	32	3.5	35	78	11	119	41	0	0	58	0.98
130436--130521	26	3.3	26	67	23	65	39	0	0	60	0.97
130446--130498	21	2.4	21	84	9	61	45	0	0	54	0.99
130432--130517	13	6.6	13	71	24	58	40	0	0	59	0.97
130455--130498	21	2.0	22	86	4	63	45	0	0	54	0.99
130420--130543	35	3.5	35	76	15	114	40	0	0	59	0.97
130825--130898	32	2.3	32	82	11	89	47	1	1	50	1.18
131455--131486	13	2.3	15	89	10	50	34	0	0	65	0.93
131501--131565	19	3.4	18	72	17	51	75	1	7	15	1.10
133229--133271	21	2.2	19	87	8	59	72	0	0	27	0.85
138966--139030	21	3.0	21	74	12	58	32	0	3	64	1.09
139887--139918	17	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
142570--142643	2	38.5	2	75	17	68	44	2	4	48	1.35
147706--147834	52	2.5	52	92	0	222	28	17	17	36	1.93
147843--147867	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147920--147982	19	3.7	18	74	24	64	38	15	11	34	1.83
147908--147997	32	2.8	32	91	0	153	37	15	12	34	1.85
150628--150683	28	1.9	28	85	7	76	33	19	25	21	1.97
150813--150950	52	2.6	53	86	3	172	32	13	26	28	1.93
150936--151008	27	2.6	28	87	6	96	23	19	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150709--151120	215	1.9	214	88	2	621	31	12	26	29	1.93
153471--153496	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
153536--153603	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
153558--153582	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
153539--153601	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
153639--153717	21	3.7	22	83	8	101	32	15	15	36	1.88
157450--157510	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
157750--157787	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
165192--165269	20	3.8	20	77	12	77	37	8	17	35	1.82
166034--166213	52	3.5	52	77	11	172	35	16	23	25	1.94
166376--166516	52	2.7	52	82	1	147	36	14	23	25	1.92
166444--166576	52	2.5	53	85	2	162	39	13	20	26	1.89
166482--166593	52	2.2	52	80	3	136	41	11	17	28	1.85
166769--167841	32	33.6	31	74	11	623	19	16	32	31	1.94
166766--167846	63	16.9	64	78	8	898	19	16	32	31	1.94
166784--167823	288	3.6	282	82	6	1084	19	16	32	31	1.94
167813--167892	33	2.4	33	79	12	81	28	15	30	26	1.96
176115--176193	20	3.8	20	77	12	79	41	11	13	32	1.81
176219--176274	21	2.7	21	97	0	103	33	14	12	39	1.83
177850--177882	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
178719--178751	12	2.6	13	85	9	50	54	0	0	45	0.99
181117--181149	15	2.2	16	89	10	52	39	0	6	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181506--181557	16	3.1	17	78	15	56	55	0	0	44	0.99
181513--181559	24	2.0	23	84	12	60	53	0	0	46	1.00
181490--181552	32	1.9	33	81	15	78	53	0	0	46	1.00
184240--184277	16	2.4	16	90	0	58	23	13	2	60	1.45
185884--185915	13	2.6	13	90	9	50	31	0	0	68	0.90
185884--185922	6	6.3	6	85	14	53	30	0	2	66	1.05
185884--185924	18	2.2	20	91	8	68	31	0	2	65	1.05
187086--187110	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
187066--187130	33	2.0	32	85	11	87	33	18	12	35	1.88
187160--187214	20	2.8	20	91	2	85	38	16	14	30	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13