genome.fa.s184.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold184
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2218657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741822--741863	17	2.6	16	85	7	57	73	0	0	26	0.83
741814--741870	19	2.8	21	84	12	75	70	0	1	28	0.98
747509--747606	37	2.6	37	83	3	117	23	17	24	34	1.96
750253--750315	17	3.7	17	75	8	65	36	0	1	61	1.05
750254--750318	34	1.9	34	96	0	121	38	0	1	60	1.07
750506--750827	161	2.0	161	99	0	635	30	17	13	38	1.88
752260--752298	16	2.4	16	88	12	62	15	5	0	79	0.90
753298--753401	41	2.5	41	82	3	111	31	12	26	28	1.93
759374--759439	28	2.3	28	82	7	71	69	3	1	25	1.11
761181--761216	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
769909--770094	87	2.1	87	89	3	277	31	10	6	50	1.64
770168--770210	23	1.9	22	85	4	59	65	0	2	32	1.06
771177--771208	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
776335--776390	6	9.0	6	88	7	67	37	0	12	50	1.41
776332--776389	4	14.5	4	85	0	62	39	0	10	50	1.37
777816--777863	24	2.0	25	84	12	64	47	4	0	47	1.21
779086--779129	19	2.3	19	88	0	61	29	0	0	70	0.88
779068--779175	30	3.6	29	72	22	82	35	0	0	62	1.08
780007--780054	16	2.8	17	87	12	55	43	0	0	56	0.99
780021--780054	16	2.1	16	100	0	68	41	0	0	58	0.98
789295--789716	209	2.0	209	98	0	808	36	16	8	39	1.78
790421--790469	20	2.4	21	83	10	66	38	8	26	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790433--790475	20	2.2	20	91	0	68	39	9	23	27	1.85
790888--790929	21	2.0	22	95	4	77	38	2	14	45	1.58
791511--791558	10	4.8	10	76	0	51	56	2	0	41	1.11
791740--791816	27	2.9	27	82	0	91	23	6	20	49	1.72
794735--794786	21	2.5	21	100	0	104	42	7	25	25	1.81
796419--796490	13	5.5	13	86	0	108	20	41	6	30	1.79
796422--796490	26	2.7	26	100	0	138	21	40	7	30	1.80
798633--798665	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
798743--798767	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
799733--799777	17	2.7	18	83	13	60	24	0	0	75	0.80
799734--799777	22	2.0	22	90	0	70	22	0	0	77	0.77
800957--800996	13	2.7	15	81	18	57	62	0	0	37	0.95
801142--801193	23	2.3	23	93	0	86	65	11	9	13	1.47
801690--801884	99	2.0	97	87	2	282	36	18	12	32	1.89
803248--803277	7	4.3	7	100	0	60	0	0	13	86	0.57
806912--806950	20	2.0	20	100	0	78	35	7	10	46	1.67
810423--810475	28	1.9	28	81	11	65	37	3	5	52	1.43
810916--810982	33	2.0	33	97	0	125	53	14	4	26	1.60
811425--811500	21	3.7	21	71	7	66	42	14	15	27	1.86
815354--815390	13	2.8	13	87	0	56	35	10	16	37	1.83
820543--820691	52	2.9	51	88	4	226	31	17	18	32	1.94
820680--820704	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820745--820811	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
820767--820791	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
823192--823217	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
825436--825480	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
827277--827307	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
829371--829437	20	3.7	20	72	25	76	25	14	10	49	1.76
829390--829461	13	6.0	13	76	18	84	29	15	12	43	1.83
829371--829450	33	2.4	33	97	0	151	26	15	11	47	1.78
831264--831304	20	2.0	20	95	0	73	36	4	31	26	1.78
832032--832057	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
833544--833578	3	11.7	3	87	0	52	28	31	0	40	1.57
833542--833580	9	4.3	9	81	12	53	25	30	0	43	1.55
835193--835224	13	2.5	13	94	0	55	40	9	18	31	1.83
837560--837794	78	3.0	78	82	6	271	28	26	11	32	1.92
840001--840052	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
840094--840146	20	2.6	21	76	8	56	32	16	13	37	1.88
840134--840158	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
840771--840809	19	2.0	20	90	5	62	15	38	0	46	1.46
844092--844144	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
855503--855554	24	2.2	24	100	0	104	46	23	0	30	1.53
855835--855896	30	2.1	30	90	0	97	33	16	14	35	1.89
855926--855965	21	1.9	21	84	0	53	30	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860529--860563	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
860767--860791	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
861626--861717	25	3.6	25	85	5	114	51	0	0	48	1.00
861722--861759	16	2.3	17	81	4	51	50	5	7	36	1.54
862463--862514	22	2.3	23	80	9	63	42	1	1	53	1.23
863109--863150	21	2.0	21	100	0	84	33	4	0	61	1.17
867893--867966	20	3.6	19	79	13	76	39	12	16	32	1.85
868914--868993	27	3.0	26	80	5	97	28	15	27	28	1.96
870672--871410	369	2.0	369	98	0	1442	26	15	27	30	1.96
875076--875130	20	2.8	20	91	5	85	43	10	12	32	1.78
875147--875222	20	3.7	21	75	15	68	39	10	15	34	1.82
876145--876213	35	2.0	35	97	0	129	11	14	26	47	1.78
876399--876823	31	13.8	32	73	10	163	15	23	31	29	1.96
876338--876797	62	7.5	62	75	5	277	16	23	30	29	1.96
876337--876824	93	5.3	93	79	3	466	16	23	30	29	1.96
890119--890175	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
890097--890194	19	5.8	18	71	28	90	34	12	16	36	1.86
890099--890196	32	3.0	32	95	1	169	35	12	16	35	1.86
890237--890262	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
894559--894635	20	3.9	20	84	5	95	32	14	15	37	1.88
900546--900572	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
902448--902524	22	3.6	21	89	3	109	37	1	33	27	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903049--903100	19	2.7	20	87	6	79	28	15	13	42	1.85
903049--903120	20	3.7	19	86	3	81	30	15	15	38	1.88
903154--903218	33	2.0	33	87	6	96	35	13	15	35	1.87
908422--908528	52	2.1	51	87	1	151	28	18	14	39	1.89
908471--909208	79	9.3	76	78	8	613	28	23	14	33	1.94
908470--909179	158	4.5	156	84	4	800	28	24	14	33	1.94
920255--920342	42	2.1	42	95	0	158	31	29	17	21	1.96
921670--921731	17	3.8	16	81	12	54	82	1	14	1	0.83
921669--921716	14	3.4	14	82	5	60	85	2	10	2	0.77
922685--923126	119	3.7	117	81	8	464	26	26	18	28	1.98
922685--923126	180	2.5	178	84	6	547	26	26	18	28	1.98
922685--923126	61	7.4	61	82	7	498	26	26	18	28	1.98
923237--923358	43	2.8	43	88	3	165	21	23	12	42	1.86
923251--923421	43	4.3	42	78	15	150	19	26	12	41	1.87
923290--923430	77	1.9	76	86	5	205	19	25	14	40	1.90
923140--923430	160	1.8	160	91	0	483	20	25	14	38	1.91
923455--923819	79	4.6	79	82	1	399	26	24	14	35	1.94
925889--925937	23	2.1	23	84	0	62	34	20	12	32	1.90
927332--927396	11	5.9	10	76	16	58	81	12	3	3	0.92
927335--927371	19	1.9	19	88	0	56	86	13	0	0	0.57
928609--929261	28	23.0	28	83	7	705	27	31	18	23	1.97
928609--929260	57	11.5	57	83	7	731	27	31	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928788--928883	47	2.0	48	95	2	176	28	34	17	19	1.95
928839--929266	143	3.0	143	84	5	567	27	29	17	24	1.98
929823--929897	20	3.8	20	80	0	96	34	12	10	42	1.77
929823--929900	40	2.0	39	89	2	120	34	11	11	42	1.77
937155--937220	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
942702--942785	37	2.3	37	85	0	105	27	21	21	29	1.98
943218--943242	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
943251--943379	52	2.5	52	92	0	213	35	17	17	30	1.92
949889--949925	18	2.0	18	89	5	56	86	8	2	2	0.76
949889--949935	12	3.9	12	80	8	51	85	10	2	2	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13