genome.fa.s184.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold184
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2218657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1878568--1878639	29	2.5	29	84	8	101	25	33	16	25	1.96
1878295--1878630	143	2.3	145	80	6	355	30	31	14	23	1.94
1878733--1878809	31	2.5	31	82	0	109	25	29	23	20	1.99
1878842--1878922	29	2.8	29	83	3	101	28	27	17	27	1.97
1878941--1879049	31	3.6	30	71	22	93	25	32	18	23	1.97
1879407--1879502	31	3.1	30	77	8	95	33	29	18	18	1.95
1881043--1881072	13	2.3	13	94	0	51	30	10	16	43	1.81
1881023--1881087	33	2.0	33	87	6	96	32	15	13	38	1.87
1881118--1881170	19	2.7	20	88	2	72	37	18	13	30	1.89
1881157--1881182	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1887546--1887618	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
1887563--1887639	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
1887546--1887639	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
1887678--1887703	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1891755--1891785	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1893864--1893902	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1895743--1895838	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
1896390--1896462	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
1896407--1896483	21	3.7	21	77	6	86	42	11	16	28	1.84
1896390--1896483	41	2.3	41	94	3	163	39	12	18	29	1.88
1896522--1896547	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1899419--1899471	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1899419--1899487	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
1899892--1900057	29	5.8	28	78	6	100	28	34	17	19	1.95
1899875--1908661	30	298.3	29	73	10	4629	29	30	17	22	1.97
1899927--1900220	29	9.8	29	75	7	99	28	29	20	22	1.98
1900398--1908252	59	133.0	59	72	11	1495	29	30	17	22	1.97
1899875--1908636	144	59.5	143	71	12	3264	29	30	17	22	1.97
1904473--1907379	387	7.5	387	74	10	1620	28	30	17	22	1.97
1907078--1907195	61	1.9	62	80	1	139	30	31	19	18	1.96
1905841--1907966	201	10.3	200	72	11	875	29	30	17	23	1.97
1907644--1908135	89	5.6	88	76	9	348	29	30	16	22	1.96
1908944--1909075	55	2.5	53	80	6	158	24	23	15	37	1.93
1909801--1909857	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1909781--1909880	32	3.1	32	97	1	182	34	12	18	36	1.87
1909779--1909876	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
1909952--1910080	52	2.5	52	94	0	204	34	19	16	29	1.93
1913150--1913231	29	2.8	30	84	3	112	31	36	13	18	1.89
1913152--1959709	30	1584.6	29	71	10	18737	29	29	17	22	1.97
1913315--1913385	28	2.6	27	76	10	72	32	26	15	25	1.95
1913152--1916979	173	21.8	173	73	11	894	29	30	17	23	1.97
1913158--1946006	88	372.6	88	69	13	2213	29	30	17	22	1.97
1913154--1960844	297	162.2	285	69	13	7761	29	29	17	22	1.97
1913152--1961211	59	817.0	58	71	10	22760	29	29	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1918648--1919151	119	4.2	117	73	11	362	28	29	19	22	1.98
1919065--1919152	31	2.9	29	75	8	77	28	31	23	15	1.96
1919652--1919710	31	2.0	30	84	15	79	30	27	18	23	1.98
1919392--1937817	117	156.9	114	69	13	1117	29	29	17	22	1.97
1919820--1920176	144	2.5	143	77	6	373	29	31	16	22	1.96
1920218--1920370	61	2.5	61	81	7	161	28	30	19	21	1.98
1920433--1920498	32	2.2	29	83	8	78	28	21	22	27	1.99
1922491--1922831	145	2.4	143	82	4	364	29	34	15	21	1.94
1922605--1923147	119	4.6	117	73	12	341	29	31	17	21	1.96
1925509--1925905	145	2.7	143	77	3	359	28	29	17	24	1.97
1938059--1938401	179	1.9	179	85	4	478	29	34	17	18	1.94
1937811--1938952	386	3.0	383	81	5	1076	29	31	17	21	1.96
1939835--1939974	61	2.3	61	93	0	244	27	25	23	23	2.00
1940059--1940686	144	4.3	144	74	7	405	29	30	16	23	1.96
1941539--1941871	117	2.9	115	77	5	323	29	29	17	23	1.97
1941540--1941897	145	2.5	142	78	8	357	29	28	17	24	1.98
1943359--1943735	144	2.6	142	81	5	393	29	32	16	22	1.96
1913152--1962262	58	836.1	55	69	13	10454	29	29	17	22	1.97
1944711--1945014	145	2.1	145	82	4	373	27	30	17	23	1.97
1945817--1946214	218	1.8	215	84	5	541	28	28	20	23	1.99
1946224--1946377	61	2.6	60	82	5	195	29	28	24	18	1.98
1946802--1946868	25	2.7	25	97	0	125	40	32	11	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1947337--1947654	159	2.0	160	80	6	367	30	29	18	21	1.97
1947599--1947712	29	3.8	29	78	8	79	28	28	20	22	1.98
1948177--1948309	61	2.2	61	83	2	160	27	27	24	21	1.99
1950162--1950309	61	2.4	61	81	6	174	29	27	25	18	1.98
1951334--1951852	144	3.6	145	78	8	517	30	30	16	22	1.96
1957940--1958212	147	1.9	147	78	3	307	28	31	16	22	1.96
1959709--1961020	29	44.4	31	74	12	359	29	28	18	23	1.98
1960732--1960948	61	3.6	59	79	9	179	29	31	20	19	1.97
1960711--1961203	238	2.1	239	82	3	591	29	30	18	21	1.97
1961114--1961177	30	2.2	30	82	2	76	31	31	18	18	1.95
1961133--1961203	30	2.4	30	81	6	83	32	30	15	21	1.94
1961133--1961211	29	2.6	31	80	5	92	30	27	17	24	1.97
1961376--1961513	31	4.5	30	81	7	152	32	32	18	16	1.93
1961455--1962262	29	27.6	29	74	7	510	29	29	18	22	1.97
1961211--1962262	30	35.7	28	72	11	436	29	29	18	22	1.97
1961507--1962262	114	6.5	114	71	11	390	29	29	17	22	1.97
1961507--1961896	56	6.8	55	75	8	194	29	31	17	22	1.96
1961951--1962051	28	3.3	29	76	9	87	31	26	18	22	1.97
1961211--1962263	59	17.8	58	71	12	508	29	29	18	22	1.97
1962355--1962533	34	5.4	34	76	10	199	17	33	13	35	1.89
1962357--1962533	66	2.7	66	90	0	273	17	33	13	35	1.89
1962575--1962691	33	3.5	33	82	8	157	29	31	18	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962742--1963580	43	18.1	43	78	13	780	25	24	18	31	1.97
1962704--1963633	92	9.9	92	91	3	1308	25	24	17	32	1.97
1963342--1963655	52	6.3	52	74	12	309	27	23	14	34	1.94
1963402--1963580	44	3.9	44	75	11	187	27	24	16	31	1.96
1963533--1963965	227	1.9	228	84	3	577	24	24	14	36	1.93
1964599--1964623	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1964632--1964752	52	2.3	52	94	0	206	34	16	19	28	1.94
1971052--1971125	20	3.8	20	82	12	82	35	17	16	31	1.92
1974436--1974487	20	2.6	20	93	0	86	30	17	15	36	1.91
1977842--1977897	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
1977956--1977981	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1978439--1978505	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1981692--1981742	26	2.0	26	96	0	93	27	3	25	43	1.72
1982469--1982520	20	2.6	20	90	0	77	30	15	15	38	1.88
1984931--1985076	49	3.0	49	83	5	154	32	11	14	41	1.82
1987425--1987480	19	2.9	19	81	2	67	30	14	14	41	1.85
1989949--1990075	37	3.5	36	74	14	109	29	8	11	51	1.67
1989948--1990122	74	2.3	75	80	9	198	30	8	12	48	1.71
1994176--1994287	57	2.0	57	96	0	206	20	16	12	50	1.76
1996524--1996548	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1996610--1996634	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1996643--1996767	52	2.4	52	93	0	214	35	17	17	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999386--1999440	26	2.1	26	100	0	110	52	7	18	21	1.69
2001593--2001636	23	2.0	21	86	8	61	43	2	4	50	1.35
2003181--2004449	427	3.0	426	92	3	2063	39	14	13	31	1.86
2006291--2006636	167	2.1	166	82	4	403	27	11	10	50	1.72
2007027--2007064	11	3.4	11	83	16	51	73	0	23	2	0.95
2007852--2008301	163	2.7	163	86	4	602	36	13	10	40	1.78
2010192--2010275	42	2.0	42	100	0	168	33	16	16	33	1.92
2013153--2013279	52	2.4	52	92	0	218	27	18	17	37	1.93
2013288--2013312	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2013355--2013439	19	4.7	19	73	18	74	36	15	11	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13