genome.fa.s184.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold184
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2218657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013353--2013415	32	2.0	32	90	0	99	34	12	12	39	1.82
2013387--2013438	20	2.7	19	93	3	86	34	19	11	34	1.88
2014206--2014372	49	3.4	49	77	0	190	31	17	25	26	1.97
2014186--2014368	98	1.9	99	88	1	278	33	16	24	25	1.96
2014628--2014694	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2015152--2015177	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2015132--2015195	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2016958--2016982	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2017567--2017613	24	2.0	24	84	12	62	61	17	4	17	1.49
2020184--2020250	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2020708--2020733	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2020688--2020751	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2021223--2021344	29	4.2	28	80	8	111	20	18	27	33	1.96
2021277--2021639	30	12.2	30	82	6	416	24	16	31	27	1.96
2021277--2021604	59	5.5	60	85	4	418	23	16	31	28	1.96
2021277--2021605	89	3.7	88	88	4	448	24	16	31	28	1.96
2021569--2021672	34	3.1	34	83	5	113	32	11	33	22	1.90
2023120--2023209	15	6.5	13	78	15	76	1	1	15	82	0.79
2023120--2023209	26	3.3	27	76	17	87	1	1	15	82	0.79
2023122--2023186	33	1.9	34	87	9	98	0	1	15	83	0.73
2023120--2023207	28	3.1	28	76	15	92	1	1	14	82	0.78
2034055--2034138	42	2.0	42	100	0	168	33	16	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037050--2037176	52	2.4	52	90	0	209	28	19	17	34	1.95
2037185--2037209	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2037252--2037336	19	4.7	19	76	18	92	36	17	11	34	1.86
2037271--2037334	32	2.0	33	93	3	112	32	18	12	35	1.89
2038163--2038187	13	1.9	13	100	0	50	8	16	8	68	1.38
2048362--2048544	78	2.4	77	80	5	181	30	25	16	27	1.97
2048980--2049213	41	5.6	42	73	6	154	19	26	14	38	1.91
2049073--2049633	84	6.7	84	73	6	370	18	27	17	36	1.93
2049116--2049401	125	2.3	126	79	3	301	18	27	17	36	1.93
2049133--2049444	167	1.9	167	83	4	405	17	27	17	36	1.93
2049032--2049649	42	14.8	42	74	4	318	18	27	17	36	1.93
2050642--2051007	166	2.2	166	81	2	414	27	11	8	52	1.66
2051911--2052359	162	2.8	160	84	6	573	36	12	11	38	1.80
2070399--2070426	9	3.1	9	100	0	56	42	0	35	21	1.53
2077419--2077488	20	3.5	20	90	0	68	28	15	17	38	1.90
2091428--2091483	20	2.8	21	83	5	71	41	17	14	26	1.88
2092033--2092073	15	2.7	15	82	10	57	78	4	7	9	1.10
2093037--2093077	20	2.0	21	85	9	57	39	24	17	19	1.92
2093086--2093110	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2098865--2098998	52	2.6	52	89	0	214	30	14	17	37	1.90
2106329--2106399	21	3.5	21	79	14	87	5	14	11	69	1.36
2106331--2106408	18	4.2	18	80	15	86	6	12	11	69	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106443--2106467	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2108114--2108140	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2109603--2109719	56	2.1	56	84	7	148	29	20	9	41	1.83
2109704--2109806	28	3.6	27	81	6	107	34	15	9	39	1.80
2110487--2110550	19	3.7	18	74	23	66	32	10	17	39	1.84
2110507--2110531	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2110488--2110558	32	2.2	32	94	0	124	32	11	18	38	1.86
2110603--2110627	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2110636--2110764	52	2.5	52	93	0	231	34	17	18	29	1.94
2113034--2113139	53	2.0	53	100	0	212	30	13	15	41	1.85
2115696--2115752	20	2.8	20	89	0	87	26	17	14	42	1.87
2117943--2118013	27	2.7	26	80	4	79	28	33	16	21	1.95
2123391--2123477	34	2.6	34	98	0	165	18	0	40	41	1.50
2123444--2123499	22	2.5	22	97	0	103	19	0	41	39	1.52
2123417--2123533	56	2.1	56	98	0	225	20	0	41	38	1.53
2123473--2123562	34	2.6	34	98	0	171	20	0	40	40	1.52
2123391--2123562	90	1.9	90	100	0	344	19	0	39	41	1.51
2125094--2125130	16	2.2	17	90	4	58	64	0	2	32	1.07
2127581--2127629	17	2.9	17	78	9	55	59	0	4	36	1.17
2127581--2127633	11	4.8	11	81	4	54	60	0	3	35	1.15
2127653--2127758	15	7.2	14	68	24	67	59	0	0	40	0.97
2127642--2127734	46	2.0	45	84	10	118	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134111--2134550	79	5.5	77	77	7	328	35	12	22	29	1.91
2134145--2134545	158	2.5	157	77	4	385	35	11	22	29	1.90
2134508--2134578	28	2.5	28	86	0	97	25	14	29	30	1.94
2134422--2134653	107	2.2	107	82	9	287	33	12	25	29	1.92
2134537--2134689	79	1.9	78	83	8	195	31	12	26	29	1.93
2134537--2134689	78	1.9	79	83	8	197	31	12	26	29	1.93
2136019--2136099	40	2.0	40	95	0	144	44	18	6	30	1.74
2136035--2136099	19	3.3	19	67	23	53	46	18	6	29	1.73
2137060--2137115	20	2.8	20	94	0	94	37	8	21	32	1.84
2137642--2138211	61	9.0	65	77	9	302	28	17	25	28	1.98
2137695--2137877	71	2.7	68	85	7	264	22	18	24	34	1.96
2137830--2138217	61	6.4	60	81	5	444	29	19	25	26	1.98
2137830--2138217	120	3.2	119	83	5	467	29	19	25	26	1.98
2148304--2148348	22	2.0	22	100	0	90	33	13	22	31	1.92
2150902--2151477	79	7.3	78	81	6	531	34	12	25	28	1.92
2150931--2151476	237	2.3	235	83	6	649	34	12	24	28	1.92
2151436--2151506	28	2.5	28	83	0	79	30	18	23	26	1.97
2151358--2151554	107	1.8	107	81	6	247	32	13	24	29	1.93
2151358--2151583	107	2.1	107	80	6	244	32	13	24	28	1.94
2151465--2151617	79	1.9	79	83	0	198	35	11	23	28	1.90
2154616--2154765	57	2.6	56	78	11	153	24	14	10	50	1.75
2154719--2154763	20	2.2	20	84	7	56	22	13	11	53	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158652--2158690	21	1.9	20	89	5	60	38	7	12	41	1.72
2159350--2159673	52	6.1	52	73	9	141	36	16	23	24	1.94
2159325--2159578	113	2.2	113	86	0	337	38	14	22	23	1.91
2159473--2159770	52	5.7	52	75	4	244	35	16	23	24	1.95
2159461--2159766	156	2.0	156	80	2	355	35	15	24	24	1.94
2159920--2160208	32	9.0	32	92	0	443	23	19	25	31	1.98
2170918--2171267	174	2.0	174	100	0	700	21	22	19	36	1.95
2171747--2171787	22	1.9	22	85	5	57	65	4	14	14	1.42
2173798--2174074	100	2.8	100	95	1	493	22	30	18	28	1.97
2174048--2174257	61	3.5	60	79	10	218	26	26	19	28	1.98
2174252--2174410	45	3.6	44	77	11	123	20	27	12	40	1.88
2174976--2175014	20	1.9	21	94	5	71	28	15	12	43	1.83
2174967--2174996	13	2.3	13	100	0	60	26	13	16	43	1.85
2175030--2175123	20	4.7	20	88	5	120	27	15	13	42	1.85
2178219--2178294	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2178218--2178303	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2178209--2178327	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2184208--2184324	51	2.3	51	85	2	155	29	27	13	29	1.94
2184307--2184382	28	2.7	27	86	8	91	25	32	17	25	1.96
2185391--2185416	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2185455--2185530	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2185476--2185548	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185455--2185548	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2186170--2186241	36	2.0	36	97	0	135	40	23	2	33	1.69
2188024--2188062	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2188048--2188126	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
2190142--2190172	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2194234--2194259	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2194298--2194373	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
2194319--2194391	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2194298--2194391	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2195577--2195892	79	4.0	79	79	4	334	32	14	25	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13