genome.fa.s184.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold184
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2218657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  9  of  13  ( 1455 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1438062--1438135	20	3.7	20	78	8	69	28	17	16	37	1.91
1438632--1438708	36	2.1	37	87	2	111	41	11	14	32	1.82
1440097--1440155	13	4.1	13	73	23	55	32	13	15	38	1.86
1440103--1440174	32	2.2	32	95	0	126	33	13	15	37	1.87
1440109--1440175	19	3.8	19	70	22	74	32	11	16	38	1.85
1440204--1440255	20	2.6	20	84	6	70	32	13	19	34	1.90
1446422--1446457	13	2.8	13	100	0	72	33	16	13	36	1.89
1446580--1446626	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
1449001--1449031	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1448985--1449051	33	2.0	33	85	5	91	34	13	16	35	1.88
1451506--1451613	20	5.8	19	74	18	93	27	16	13	41	1.87
1451543--1451572	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
1451523--1451592	33	2.1	33	91	0	113	27	17	14	41	1.87
1451506--1451612	53	2.0	53	83	7	137	28	15	14	42	1.86
1454062--1454134	28	2.6	27	80	10	94	23	28	19	28	1.98
1458252--1458425	70	2.5	70	83	2	226	26	17	23	32	1.96
1458369--1458967	28	20.7	28	82	7	626	23	17	30	28	1.97
1458369--1459132	85	9.0	85	82	8	853	22	17	30	28	1.97
1458365--1459132	56	13.5	57	80	10	738	23	17	30	28	1.97
1458793--1458867	37	2.0	37	87	5	107	22	13	34	29	1.92
1458740--1458921	93	2.0	93	88	2	276	23	17	32	26	1.97
1458708--1458951	121	2.0	122	86	0	346	23	17	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458923--1459013	46	2.0	46	91	0	146	20	19	31	27	1.97
1458967--1459132	28	6.0	27	88	5	233	21	18	31	28	1.97
1458864--1459069	102	2.0	102	93	0	349	20	19	33	26	1.96
1458830--1459125	158	1.9	158	87	2	443	21	18	32	27	1.97
1458849--1459097	130	1.9	130	87	1	365	20	18	32	27	1.96
1460345--1460403	20	2.8	21	89	7	77	1	5	13	79	0.97
1475297--1475353	28	2.1	28	83	9	73	38	17	22	21	1.93
1475385--1475461	28	2.8	28	84	7	95	23	16	33	25	1.96
1475311--1475618	107	2.9	108	85	2	379	29	13	27	28	1.95
1475556--1475674	51	2.3	53	85	4	152	32	10	24	31	1.90
1478023--1478048	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1478002--1478068	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1478088--1478142	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
1483674--1483743	34	2.1	34	83	5	88	45	17	7	30	1.75
1484244--1484281	20	1.9	20	88	0	58	65	0	0	34	0.93
1484237--1484286	25	2.1	22	89	10	73	66	0	0	34	0.92
1485016--1485070	17	3.3	16	78	16	51	60	1	1	36	1.18
1486844--1487124	147	1.9	146	91	0	463	34	12	17	35	1.88
1487952--1488017	20	3.2	21	82	8	82	42	7	18	31	1.78
1490292--1490332	21	2.0	22	90	9	68	39	19	21	19	1.93
1491294--1491347	20	2.7	20	94	2	90	31	16	11	40	1.84
1503009--1503033	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1502988--1503052	33	2.0	32	88	8	96	30	15	15	38	1.88
1503106--1503157	20	2.6	20	93	0	95	30	17	19	32	1.95
1509109--1509186	33	2.4	33	91	0	120	30	12	15	41	1.85
1509160--1509185	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1509294--1509343	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
1510824--1510913	44	2.0	44	100	0	180	20	8	17	53	1.70
1511183--1511209	14	1.9	14	100	0	54	29	14	11	44	1.80
1511721--1511774	19	2.8	20	85	2	74	31	14	18	35	1.91
1511835--1511885	20	2.5	20	100	0	102	29	9	19	41	1.84
1514838--1515401	157	3.6	156	80	6	561	28	23	13	35	1.92
1514838--1515431	235	2.5	235	81	6	673	27	23	13	35	1.92
1514838--1515431	79	7.6	79	79	6	510	27	23	13	35	1.92
1517557--1517583	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1521892--1521939	23	2.0	24	88	4	71	37	10	8	43	1.69
1526605--1526635	12	2.7	11	90	9	53	87	0	12	0	0.55
1526601--1526645	17	2.6	17	82	6	56	77	0	17	4	0.92
1528007--1528069	33	1.9	33	93	0	108	39	17	14	28	1.89
1527917--1528157	123	2.0	122	82	8	301	29	22	15	32	1.95
1528360--1528629	44	6.2	44	71	6	143	21	24	14	40	1.91
1528361--1528758	219	1.8	219	81	1	494	22	23	13	39	1.90
1528397--1529107	44	16.1	43	68	10	220	22	23	14	39	1.90
1528361--1528806	219	2.0	219	80	3	486	22	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1528707--1528950	133	1.8	132	86	2	355	21	24	14	39	1.91
1529343--1529529	41	4.5	42	74	9	143	19	27	13	39	1.90
1529373--1529587	41	5.2	41	69	15	165	17	27	13	40	1.87
1529318--1529591	84	3.3	83	80	10	290	18	28	12	40	1.87
1531467--1531513	24	2.0	24	83	8	60	74	0	12	12	1.07
1532854--1533200	155	2.2	155	80	4	378	23	16	21	38	1.92
1543395--1543777	51	7.4	50	72	11	245	29	26	12	31	1.93
1543558--1543778	51	4.3	51	84	1	262	29	25	12	32	1.92
1543558--1543778	102	2.1	103	85	3	293	29	25	12	32	1.92
1543761--1543835	28	2.7	28	82	0	87	24	30	18	26	1.98
1556367--1556426	1	60.0	1	76	0	57	88	6	5	0	0.63
1556367--1556426	10	6.2	10	79	14	63	88	6	5	0	0.63
1556367--1556420	19	2.8	19	86	13	83	88	7	3	0	0.61
1557396--1558166	175	4.4	175	88	4	1084	25	28	20	24	1.99
1557419--1558166	55	13.0	55	80	11	750	25	28	20	24	1.99
1557396--1558167	290	2.6	288	83	7	961	25	28	20	25	1.99
1559852--1559928	21	3.7	21	85	3	93	36	12	15	35	1.86
1559965--1560018	19	2.8	19	94	0	90	37	11	14	37	1.82
1560058--1560083	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1560038--1560104	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
1562402--1562784	51	7.3	52	72	9	244	29	26	12	32	1.92
1562768--1562844	28	2.8	28	82	7	77	23	35	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1562399--1562892	262	1.9	261	91	1	819	28	27	12	31	1.93
1562798--1563023	82	2.8	79	76	8	206	25	28	14	30	1.95
1564410--1564453	20	2.1	22	87	8	65	13	25	38	22	1.91
1564714--1564763	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
1564721--1564763	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
1569293--1569346	20	2.7	20	94	5	92	37	16	12	33	1.87
1570055--1570109	27	2.0	27	96	0	101	32	21	7	38	1.81
1576454--1576700	79	3.1	77	82	6	273	31	14	25	27	1.94
1579029--1579071	20	2.1	21	95	4	79	32	11	23	32	1.90
1579101--1579142	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
1579167--1579248	19	4.6	19	81	17	113	37	19	10	31	1.87
1579159--1579229	32	2.2	32	92	0	115	38	19	11	30	1.87
1582210--1582265	19	2.9	19	81	2	67	37	14	16	32	1.88
1584838--1585229	55	6.9	55	87	7	511	25	20	27	26	1.99
1585031--1585172	28	5.1	28	62	13	87	26	21	26	26	1.99
1596155--1596179	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
1598271--1598581	79	3.9	79	84	5	231	34	13	24	27	1.93
1598384--1598588	79	2.6	78	92	4	340	31	18	25	24	1.97
1600936--1600997	13	5.2	13	74	18	71	35	17	12	33	1.88
1600917--1600997	34	2.4	34	85	0	99	39	16	12	32	1.85
1600937--1601018	34	2.4	34	100	0	164	34	17	12	36	1.87
1600984--1601025	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1601050--1601135	19	4.7	19	72	20	76	36	17	11	34	1.86
1601052--1601112	32	1.9	32	96	0	113	39	19	9	31	1.84
1604111--1604166	19	2.9	19	81	2	67	39	12	14	33	1.83
1607037--1607061	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1607018--1607082	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
1608097--1608527	165	2.6	162	85	5	578	54	6	8	29	1.56
1608299--1608334	19	1.9	19	88	5	56	41	0	11	47	1.39
1613585--1613993	167	2.4	169	80	6	472	40	12	12	34	1.81
1615437--1615873	167	2.6	165	89	5	655	51	8	11	28	1.67
1618494--1618921	137	3.1	136	80	5	391	30	29	15	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13