genome.fa.s184.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold184
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2218657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  2  of  13  ( 1455 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187804--187847	22	2.0	22	91	4	72	34	22	4	38	1.75
188210--188274	28	2.3	28	97	0	103	27	9	30	32	1.88
189658--189696	18	2.1	18	85	4	51	25	0	33	41	1.56
195885--195938	20	2.7	20	82	0	63	35	14	14	35	1.88
195966--196020	19	2.8	19	86	2	65	40	14	12	32	1.84
196496--196545	18	2.7	18	84	6	55	32	12	14	42	1.82
197555--197689	50	2.7	49	88	2	189	28	16	13	41	1.86
200043--200439	79	5.0	79	85	1	481	26	24	16	32	1.96
207502--207579	20	3.9	19	70	8	57	33	10	11	44	1.74
207502--207579	40	2.0	39	85	7	104	33	10	11	44	1.74
216282--217571	61	21.4	61	81	7	1393	26	25	18	29	1.98
217555--217925	40	9.3	41	68	16	151	21	26	14	38	1.91
217627--218031	158	2.6	147	78	12	438	20	25	13	39	1.90
217782--218002	40	5.6	39	72	15	132	21	27	13	38	1.90
217904--218036	34	3.7	35	74	14	101	21	25	14	39	1.91
217904--218027	35	3.4	35	75	17	110	17	26	13	41	1.87
218596--218753	50	3.2	50	88	1	228	28	14	14	42	1.85
218736--218793	20	2.9	21	89	7	93	34	17	10	37	1.84
221153--221351	78	2.5	79	85	4	276	27	24	16	31	1.96
221249--221458	107	2.0	107	81	7	248	29	23	15	31	1.95
221143--221537	185	2.1	185	84	3	519	27	24	15	32	1.96
221356--221610	79	3.2	79	81	7	263	27	23	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233648--233687	20	2.0	20	85	9	55	52	7	12	27	1.66
233916--233942	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
233927--233982	19	2.9	19	79	12	69	32	19	12	35	1.89
234008--234063	20	2.8	20	83	0	76	41	12	14	32	1.83
238243--238277	17	2.1	17	89	5	54	51	5	0	42	1.25
239668--239706	14	2.6	14	84	8	51	56	0	30	12	1.37
263854--263883	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
263840--263946	33	3.3	33	71	7	121	27	14	15	42	1.85
263807--263976	30	5.5	30	66	8	99	25	15	17	40	1.90
263804--263975	63	2.7	63	95	0	310	26	15	17	40	1.89
263917--263946	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
266269--266459	79	2.4	78	79	6	181	27	24	14	34	1.94
267920--268391	243	1.9	243	98	0	908	29	22	18	29	1.97
271676--271701	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
271656--271719	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
271801--271825	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
272425--272468	21	2.1	21	100	0	88	47	13	0	38	1.43
274111--274152	22	2.0	21	86	13	61	40	0	21	38	1.53
274280--274317	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
284487--284634	52	2.8	52	97	0	287	27	18	19	34	1.96
284643--284667	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
284710--284792	19	4.6	19	80	18	97	38	16	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284731--284792	33	1.9	33	93	3	108	38	17	9	33	1.83
286537--286566	13	2.3	13	100	0	60	93	6	0	0	0.35
286542--286584	15	3.0	15	86	6	54	81	4	13	0	0.84
287817--288314	42	12.2	42	71	14	246	17	24	15	42	1.87
287942--288019	35	2.2	35	84	6	104	20	25	14	39	1.90
288013--288284	43	6.6	43	76	11	198	16	23	16	44	1.86
287898--288284	201	1.9	201	89	1	596	17	24	16	42	1.88
288144--288242	35	2.7	36	89	4	137	19	23	18	39	1.92
288144--288266	36	3.4	36	82	6	142	16	24	15	43	1.86
288178--288399	80	2.8	77	76	10	209	19	22	16	41	1.90
288102--288335	114	2.1	111	80	12	253	17	23	16	42	1.88
288771--288888	42	2.9	41	80	2	155	20	27	11	40	1.87
288976--289104	61	2.1	61	81	4	143	27	28	23	20	1.99
289065--289137	37	2.0	37	86	5	103	28	28	23	19	1.98
289229--289501	68	4.1	68	72	9	195	30	24	21	23	1.99
290209--290247	20	2.0	20	90	10	62	38	15	10	35	1.81
293950--294001	20	2.7	20	88	8	72	36	17	17	28	1.92
300067--300104	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
300529--300570	20	2.0	21	90	4	68	19	42	28	9	1.82
302649--302745	32	3.0	32	87	4	142	38	15	14	31	1.88
302698--302723	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
312579--312730	33	4.7	33	82	4	184	21	18	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312576--312730	65	2.4	66	82	4	199	21	18	31	28	1.97
312973--313074	52	2.0	52	84	0	132	33	16	25	24	1.96
320987--321042	19	2.9	19	83	2	76	35	12	19	32	1.89
324673--325249	288	2.0	288	99	0	1136	27	17	14	40	1.89
329203--329275	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
329221--329296	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
329203--329296	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
329335--329360	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
333422--333452	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
335466--335544	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
335531--335569	13	3.0	13	92	0	60	28	17	17	35	1.94
338038--338110	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
338056--338131	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
338038--338131	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
338170--338195	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
340085--340112	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
340159--340209	20	2.6	20	84	3	68	37	11	17	33	1.86
340230--340386	71	2.2	71	90	0	251	24	17	19	38	1.92
340260--340408	71	2.1	71	84	0	190	27	17	14	40	1.88
345418--346136	394	1.8	395	84	3	991	29	19	23	27	1.98
348974--348999	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
349684--350214	49	11.4	49	75	12	327	31	18	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
349923--350178	39	5.9	42	75	16	211	27	18	27	26	1.98
349877--350324	87	5.0	88	86	4	578	29	17	25	26	1.98
350066--350214	48	3.3	48	75	16	181	30	18	24	27	1.98
350316--350401	33	2.7	31	82	10	111	20	17	33	27	1.95
350395--350456	32	2.0	31	87	3	88	32	14	32	20	1.93
350503--351566	95	11.3	93	83	7	1071	32	14	29	22	1.94
350500--351503	127	8.0	127	87	4	1232	32	15	29	22	1.94
350532--351565	32	32.9	32	81	9	959	32	14	29	22	1.94
352497--352534	11	3.5	11	85	7	51	0	2	13	84	0.73
352497--352533	16	2.3	16	90	0	56	0	2	13	83	0.74
352788--352830	20	2.2	19	83	4	50	2	2	16	79	0.95
362842--362966	52	2.4	52	97	0	232	28	18	18	35	1.94
362842--362986	52	2.8	51	90	4	220	29	17	18	33	1.95
362975--362999	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
363898--364606	43	14.8	52	75	15	492	32	17	24	25	1.97
364005--364611	43	13.1	43	78	13	602	31	17	25	25	1.97
363952--364611	92	7.1	92	92	2	1068	32	17	25	25	1.97
364599--364803	32	6.5	32	88	5	301	17	16	37	29	1.91
364606--364803	96	2.1	96	94	0	351	17	16	36	28	1.92
364807--365384	67	8.8	67	79	9	497	32	13	33	20	1.91
364804--365421	34	18.9	34	77	10	564	32	13	33	20	1.91
364804--365419	97	6.3	97	78	11	534	32	13	33	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365195--365254	27	2.2	27	87	0	84	30	13	36	20	1.90
365823--365855	14	2.4	14	100	0	66	30	6	36	27	1.81
366365--366395	8	3.9	8	100	0	62	0	0	9	90	0.46
366362--366399	18	2.1	18	90	9	60	0	0	13	86	0.56
373522--373546	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
373589--373638	19	2.6	19	93	0	82	36	18	12	34	1.87
373626--373651	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
373708--373749	21	2.0	21	90	0	66	35	19	14	30	1.91
374976--375001	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
374958--375021	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13