genome.fa.s202.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold202
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2706578

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
384--410	14	1.9	14	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1708--1763	19	2.8	21	83	5	71	35	17	14	32	1.90
4377--4401	12	2.1	12	100	0	50	24	8	24	44	1.80
7031--7066	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
9591--9784	94	2.1	94	95	1	345	24	13	13	48	1.78
12043--12092	24	2.1	24	88	7	75	26	10	10	54	1.65
14208--14240	14	2.4	14	90	10	50	81	0	3	15	0.80
14608--14931	162	2.0	162	98	1	632	43	8	5	42	1.58
16251--16304	19	2.8	20	91	2	92	29	18	14	37	1.91
26239--26291	19	2.7	20	88	2	81	30	16	15	37	1.90
30031--30159	58	2.2	58	79	5	136	25	11	12	50	1.74
30073--30313	58	4.2	58	80	3	207	26	11	12	48	1.76
30173--30264	29	3.2	29	67	16	73	23	7	11	56	1.61
30173--30270	30	3.3	29	68	12	74	25	7	12	55	1.62
30118--30369	58	4.3	58	78	4	168	26	10	13	49	1.75
33930--33968	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
34038--34114	21	3.6	22	96	3	140	37	10	24	27	1.88
34102--34132	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
34038--34132	42	2.3	43	85	9	133	38	9	25	26	1.86
34156--34292	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
34280--34333	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
34372--34412	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41734--41783	13	4.2	13	71	23	56	36	16	18	30	1.92
49070--49186	52	2.3	51	92	1	198	29	19	17	33	1.95
49073--49210	52	2.7	52	86	3	163	32	18	17	31	1.94
49199--49223	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49285--49309	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
52458--52527	28	2.5	28	83	4	88	30	17	30	22	1.97
52334--52483	79	1.9	79	85	0	210	36	14	22	27	1.92
52487--52638	79	1.9	79	93	0	259	34	15	23	26	1.94
55855--55880	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
55969--55993	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59186--59211	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
61294--61334	20	2.0	20	85	4	55	9	26	41	21	1.84
61611--61657	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
61779--61817	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
61978--62017	13	2.9	14	88	7	55	42	25	0	32	1.55
63897--63927	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
65722--65773	22	2.5	20	81	9	59	23	9	3	63	1.41
68000--68025	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70042--70383	166	2.0	167	80	6	379	30	9	9	49	1.68
70118--70505	166	2.3	166	79	6	394	30	10	10	48	1.71
70667--70713	14	3.2	14	77	17	51	29	6	0	63	1.19
70653--70713	29	2.1	30	81	9	72	36	6	0	57	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72185--72840	156	4.2	153	77	6	552	24	14	20	40	1.90
81395--81539	57	2.5	57	79	10	154	48	11	11	28	1.74
83123--83346	111	2.0	111	100	0	448	29	15	15	39	1.88
84909--85306	154	2.6	152	77	4	395	41	15	15	27	1.87
86504--86554	20	2.6	19	81	9	57	54	15	1	27	1.52
93006--93072	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
93530--93555	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
93510--93573	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
96133--96238	37	3.1	33	84	10	140	53	0	7	38	1.29
96155--96239	37	2.3	37	100	0	170	56	0	4	38	1.20
99892--100737	446	1.9	446	84	4	1152	37	16	16	29	1.91
101111--101249	43	3.3	43	67	22	123	35	15	19	29	1.92
101153--101207	19	2.8	20	83	2	67	41	14	18	25	1.88
101154--101286	39	3.3	39	66	22	112	36	14	20	28	1.92
101111--101286	82	2.1	82	96	0	325	36	14	19	28	1.92
102115--102159	20	2.1	22	88	8	67	37	8	6	46	1.61
106205--106249	20	2.1	22	88	8	67	46	8	8	35	1.66
106347--106408	32	1.9	32	87	6	90	32	16	11	40	1.83
106456--106493	13	2.9	13	92	0	58	39	13	10	36	1.79
108104--108133	3	10.0	3	92	0	51	36	0	33	30	1.58
110832--110861	13	2.3	13	100	0	60	30	13	16	40	1.87
110811--110876	33	2.0	34	87	3	98	33	18	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110906--110963	19	3.0	20	85	7	84	34	17	15	32	1.91
110947--110971	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
110928--110992	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
111878--111916	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
111926--111950	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111938--111990	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
111977--112003	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
111956--112023	34	2.0	33	88	2	100	39	17	14	27	1.89
118167--118205	13	3.0	13	88	0	60	33	20	12	33	1.91
119516--119558	22	2.0	22	100	0	86	27	9	39	23	1.85
120646--120684	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
120694--120718	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
120706--120758	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
120800--120851	20	2.7	20	87	3	70	38	19	13	28	1.89
123462--123486	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
126406--126447	21	2.0	21	95	0	75	7	23	30	38	1.82
127731--127785	20	2.8	20	86	2	76	34	18	12	34	1.89
127771--127797	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
130944--131671	28	25.3	28	77	9	484	29	32	17	21	1.96
130945--131648	85	8.2	85	76	10	581	29	31	17	21	1.96
130942--131671	56	12.7	56	80	7	704	29	31	17	21	1.96
131084--131673	232	2.5	231	84	7	766	30	32	17	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139046--139084	16	2.5	15	91	4	60	41	0	10	48	1.37
139277--139331	16	3.4	16	82	7	67	3	20	0	76	0.94
139290--139330	21	1.9	22	90	5	66	4	14	0	80	0.87
140806--140859	19	2.7	21	85	8	76	37	14	12	35	1.85
140905--140971	13	5.6	13	76	20	74	31	13	17	37	1.89
140892--140988	33	2.9	33	93	3	160	32	13	18	35	1.90
140923--140988	20	3.7	20	69	26	74	31	12	19	36	1.89
144362--144417	19	2.8	20	82	15	71	35	14	16	33	1.88
146038--146090	19	2.7	20	88	8	81	28	11	15	45	1.80
148631--148668	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
154501--154559	32	1.9	30	83	13	75	59	8	10	22	1.56
154842--154867	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
154821--154885	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
156135--156166	7	4.6	7	100	0	64	46	37	0	15	1.46
164242--164284	13	3.4	13	93	6	79	86	0	13	0	0.58
164244--164284	12	3.3	12	86	6	64	87	0	12	0	0.53
164242--164279	8	4.6	8	87	6	58	86	0	13	0	0.56
165602--165627	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
165586--165648	32	1.9	32	87	6	90	41	19	12	26	1.87
171806--171844	13	3.0	13	88	0	60	28	17	17	35	1.94
171955--172001	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
174332--174357	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174314--174378	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
176548--176596	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
179166--179194	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
181617--183213	538	3.0	540	97	0	3056	32	16	16	33	1.92
183217--183247	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
183197--183263	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
183335--183359	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
183316--183378	33	1.9	32	83	3	81	41	15	15	26	1.88
188734--188763	13	2.3	13	94	0	51	33	13	16	36	1.88
188713--188779	33	2.0	32	86	11	91	31	17	13	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16