genome.fa.s202.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold202
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2706578

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756438--756463	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
756533--756563	16	2.0	15	93	6	53	45	12	22	19	1.84
757394--757445	21	2.5	21	96	0	95	34	23	3	38	1.73
758279--758303	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
759837--760004	84	2.0	83	81	5	196	24	19	3	52	1.62
762156--762186	16	2.0	15	93	6	53	19	22	12	45	1.84
762231--762268	20	2.0	19	85	10	51	31	13	13	42	1.82
762256--762281	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
767212--767256	16	2.8	16	82	3	54	80	4	0	15	0.87
767198--767266	26	2.7	26	82	10	79	78	5	2	13	1.05
776461--776505	23	2.0	23	95	0	81	26	15	31	26	1.96
779833--779886	20	2.7	20	88	2	72	37	9	18	35	1.83
779943--779999	20	2.8	20	75	2	60	31	14	10	43	1.79
784800--785239	150	2.9	148	79	5	442	33	18	20	27	1.96
785531--785898	142	2.6	143	88	4	548	43	10	10	36	1.73
786753--786803	11	4.4	12	78	7	52	0	21	1	76	0.88
788884--789040	42	3.7	41	78	9	145	47	15	17	18	1.82
788875--789121	85	2.9	85	78	4	241	44	15	19	20	1.86
789157--789415	44	5.9	44	76	6	204	39	16	24	19	1.91
789157--789415	88	3.0	86	77	5	252	39	16	24	19	1.91
789309--789685	46	8.3	46	74	8	202	41	14	24	20	1.89
789382--789586	92	2.2	92	78	5	236	43	13	23	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790320--790797	159	3.0	158	86	3	672	32	12	25	30	1.92
792471--792497	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
792482--792538	19	2.9	19	87	5	78	36	15	12	35	1.85
792478--792541	20	3.2	20	82	6	76	37	14	14	34	1.86
798117--798265	52	2.9	51	87	4	217	32	16	18	32	1.93
798254--798278	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
798340--798364	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
802362--802387	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
804778--804829	20	2.6	20	87	0	68	32	15	17	34	1.91
804985--805037	20	2.7	20	93	0	97	32	11	16	39	1.85
805760--805815	24	2.3	24	90	6	87	28	12	17	41	1.86
806237--806290	5	11.0	5	75	18	51	18	1	3	75	1.03
806249--806288	9	4.3	9	93	3	62	20	0	2	77	0.88
809007--809053	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
811809--811863	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
816127--816191	33	2.0	33	93	0	112	32	24	21	21	1.98
819302--819327	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
819366--819441	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
819387--819459	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
819366--819459	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
821110--821134	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
821683--821729	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824766--824791	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
824830--824905	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
824851--824923	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
824830--824923	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
831782--831814	14	2.3	15	94	5	59	33	0	0	66	0.92
831788--831841	21	2.4	24	72	15	60	40	0	0	59	0.98
833314--833358	15	2.9	15	90	6	63	48	0	0	51	1.00
839717--839778	31	2.0	31	90	3	99	37	19	14	29	1.91
840292--840460	84	2.0	83	85	6	227	46	11	13	28	1.79
844319--844343	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
846386--846413	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
850898--850928	10	3.1	10	100	0	62	67	9	0	22	1.19
859584--859623	13	3.1	13	96	0	71	30	12	15	42	1.83
862697--862812	52	2.2	52	86	3	162	30	17	18	33	1.94
863723--863969	52	4.9	52	81	10	298	31	19	26	21	1.97
863780--863963	95	1.9	95	89	4	282	29	20	26	22	1.99
864012--864142	28	4.7	28	85	4	167	19	16	29	35	1.93
864012--864137	56	2.2	56	90	4	191	19	16	27	36	1.93
865549--865600	5	10.4	5	95	0	95	0	0	17	82	0.66
865538--865600	15	4.1	15	91	2	90	0	0	15	84	0.63
879424--879572	52	2.9	52	86	0	208	32	15	17	34	1.91
879561--879585	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879649--879673	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
888041--888118	39	2.1	38	88	7	115	33	2	29	34	1.71
888041--888098	18	3.2	19	68	9	57	34	3	31	31	1.74
888659--888685	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
888640--888704	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
888670--888726	19	2.9	19	89	5	78	29	17	17	35	1.93
888755--888821	33	2.0	32	88	11	100	38	13	14	32	1.86
892362--892414	20	2.7	20	77	11	63	30	26	11	32	1.91
892441--892490	19	2.6	19	90	3	73	38	16	16	30	1.90
895137--895245	50	2.2	50	91	1	173	34	14	11	38	1.83
895190--895228	20	1.9	21	89	5	62	33	17	10	38	1.84
901315--901373	20	3.0	20	80	9	75	32	23	8	35	1.85
902414--902460	24	1.9	25	82	4	60	42	4	17	36	1.68
902804--902914	58	1.9	58	83	1	143	48	18	9	23	1.77
902938--903289	58	6.1	56	71	12	169	50	20	7	22	1.72
903143--903240	19	5.2	19	67	16	51	53	19	3	24	1.60
906508--906805	116	2.6	115	78	8	286	49	18	8	24	1.74
906509--906803	58	5.1	57	74	11	208	49	18	7	23	1.73
910149--910183	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
914712--914737	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
916723--916772	19	2.5	20	87	3	66	32	14	16	38	1.88
916723--916776	20	2.8	19	88	2	72	31	14	16	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916826--916850	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
916806--916870	33	2.0	33	87	6	96	32	15	20	32	1.93
920079--920141	33	1.9	32	81	18	76	33	19	11	36	1.87
920170--920206	19	1.9	19	100	0	74	35	16	16	32	1.91
920191--920217	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
922771--922834	33	1.9	33	93	0	110	43	14	14	28	1.83
929087--929113	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
929068--929132	33	2.0	32	87	3	94	38	15	16	29	1.90
931045--931071	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
931026--931090	32	2.0	32	88	8	96	26	15	16	41	1.88
931055--931112	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
931157--931187	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
931141--931207	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
931193--931291	42	2.4	42	100	0	198	36	16	14	33	1.88
939814--939866	20	2.7	20	93	0	88	24	20	15	39	1.91
940932--941049	51	2.3	51	92	1	202	32	14	26	27	1.95
941032--941161	28	4.8	27	79	15	135	27	17	30	23	1.97
940981--941368	79	4.9	80	71	13	289	30	14	27	27	1.95
941032--941157	53	2.3	55	89	5	184	27	17	30	23	1.97
941304--941424	51	2.4	51	87	8	167	30	12	26	30	1.93
941342--941472	51	2.6	51	80	9	142	35	12	25	26	1.92
945658--945683	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945638--945701	33	2.0	32	87	9	94	28	14	20	37	1.91
945817--945855	20	2.0	19	85	5	51	33	7	20	38	1.81
946551--947027	240	2.0	240	100	0	954	31	11	22	33	1.91
948562--949150	55	10.3	57	83	7	646	24	20	27	27	1.99
948623--949150	55	9.3	56	86	4	663	23	20	27	27	1.99
948551--949124	232	2.5	231	89	4	885	25	20	27	27	1.99
949023--949595	155	3.7	154	89	2	888	25	19	30	25	1.98
949314--949439	61	2.1	61	93	0	216	26	18	31	23	1.97
949482--949802	61	5.3	60	84	7	402	26	19	27	26	1.99
949482--949775	118	2.5	117	86	7	403	26	20	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16