genome.fa.s202.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold202
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2706578

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948405--1948530	61	2.0	61	87	1	180	51	10	8	29	1.66
1950076--1950236	49	3.3	48	78	11	150	34	11	19	35	1.87
1950237--1950615	58	6.6	58	78	7	313	48	13	9	28	1.74
1950236--1950605	173	2.1	175	80	6	405	48	13	10	27	1.74
1950526--1950626	29	3.5	29	69	15	91	48	11	8	30	1.71
1950237--1950627	116	3.4	115	79	6	414	48	13	9	28	1.74
1957991--1958035	17	2.6	18	82	3	56	48	0	4	46	1.22
1960154--1960209	27	2.1	27	83	12	71	41	0	1	57	1.09
1960485--1960556	5	14.2	5	75	17	60	65	0	0	34	0.93
1960485--1960560	11	7.4	11	81	12	90	64	0	0	35	0.94
1960484--1960560	21	3.8	20	75	11	77	63	0	0	36	0.95
1960484--1960560	29	2.8	28	79	16	97	63	0	0	36	0.95
1960484--1960620	57	2.3	61	78	14	133	58	2	2	37	1.23
1961319--1961361	22	2.0	22	90	9	70	34	0	0	65	0.93
1961357--1961390	17	2.1	17	88	5	52	55	0	2	41	1.15
1963465--1963613	58	2.6	58	80	6	142	47	14	8	29	1.73
1966836--1966907	31	2.4	30	81	6	83	50	4	5	40	1.45
1971008--1971066	20	2.9	20	78	12	50	61	1	1	35	1.16
1971675--1971700	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1972988--1973130	74	1.9	74	83	5	182	33	16	12	37	1.86
1974707--1974735	14	2.1	14	100	0	58	27	6	13	51	1.66
1974740--1975022	115	2.5	110	83	7	336	43	4	8	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974746--1975084	115	3.0	115	80	8	277	43	4	8	43	1.54
1975730--1975869	52	2.7	52	84	4	176	32	12	9	45	1.74
1977321--1977369	22	2.2	22	82	7	55	40	10	4	44	1.57
1978091--1978273	101	1.8	102	87	3	280	33	20	9	37	1.84
1978092--1978323	101	2.3	98	79	8	238	31	18	9	40	1.82
1979522--1979584	2	31.5	2	83	0	81	0	44	0	55	0.99
1979522--1979595	8	9.1	8	83	14	71	0	41	0	58	0.98
1980950--1981016	30	2.2	30	84	5	91	62	11	0	25	1.29
1986310--1986975	28	23.3	28	80	8	539	23	16	29	29	1.97
1986883--1987587	27	26.0	27	85	2	885	28	14	33	23	1.94
1986871--1987587	136	5.3	135	86	3	890	28	14	33	23	1.94
1994976--1995028	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
1998554--1998579	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2000533--2000573	17	2.3	18	91	4	66	53	4	0	41	1.22
2003345--2003389	22	2.0	22	83	8	56	55	4	8	31	1.51
2004677--2004714	10	3.6	10	86	13	58	0	0	15	84	0.63
2004677--2004714	12	3.3	12	92	7	62	0	0	15	84	0.63
2008052--2008096	15	3.0	15	87	6	56	46	22	20	11	1.81
2008362--2008392	12	2.6	12	89	0	53	45	6	3	45	1.45
2008400--2008850	90	5.0	90	75	9	329	39	15	15	29	1.88
2008400--2008874	176	2.7	176	80	9	509	40	15	14	29	1.87
2008413--2008932	88	5.9	88	78	6	453	39	14	15	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2012233--2012273	18	2.3	19	83	12	59	73	0	0	26	0.84
2012326--2012382	19	2.9	19	82	5	69	82	10	1	5	0.90
2012904--2012945	13	3.5	12	81	9	50	35	2	2	59	1.23
2013282--2013308	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2013968--2014019	21	2.5	22	76	17	56	36	1	0	61	1.07
2016170--2016221	26	2.0	26	85	7	70	32	19	17	30	1.95
2018186--2018219	18	1.9	17	88	5	50	58	8	0	32	1.29
2018516--2018634	55	2.1	57	92	3	197	38	5	0	56	1.21
2018799--2018851	19	2.7	19	77	8	54	56	0	0	43	0.99
2018929--2018977	15	3.1	15	79	5	53	69	0	0	30	0.89
2020284--2020318	7	4.9	7	89	6	52	17	28	31	22	1.96
2020356--2020402	3	16.0	3	95	4	87	34	0	0	65	0.93
2024702--2024753	24	2.2	24	80	6	63	53	1	0	44	1.11
2024703--2024751	16	3.1	15	77	13	53	55	2	0	42	1.11
2025869--2025913	20	2.4	19	85	14	58	13	2	4	80	0.97
2026374--2026423	15	3.3	15	80	0	55	10	20	22	48	1.79
2027421--2027458	8	4.6	8	87	6	58	26	0	0	73	0.83
2027421--2027460	17	2.4	16	88	8	62	30	0	0	70	0.88
2027421--2027476	25	2.2	25	84	6	69	33	1	0	64	1.04
2029145--2029191	23	2.0	24	84	12	62	57	6	2	34	1.36
2030316--2030569	112	2.3	110	83	6	309	42	5	7	44	1.56
2030360--2030569	112	1.9	113	87	6	311	44	6	6	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030865--2030987	44	2.7	46	78	12	128	35	5	6	52	1.51
2034793--2034851	19	3.2	19	80	2	75	44	18	18	18	1.88
2034839--2034978	69	2.0	70	87	1	201	38	12	12	36	1.81
2037651--2037712	29	2.2	29	88	2	90	46	3	0	50	1.17
2040619--2040658	19	2.0	20	85	4	55	52	0	0	47	1.00
2040615--2040661	24	2.0	24	91	8	78	51	0	0	48	1.00
2042965--2043035	27	2.6	27	88	0	97	46	18	8	26	1.77
2047570--2047619	22	2.2	23	85	3	66	56	2	2	40	1.22
2048677--2048737	29	2.1	29	82	11	72	44	1	0	54	1.10
2050307--2050378	22	3.1	23	86	6	101	30	5	15	48	1.67
2051065--2051146	31	2.6	31	86	1	110	56	4	1	37	1.29
2052631--2052660	2	15.0	2	92	0	51	0	50	3	46	1.18
2052944--2053003	31	1.9	32	89	3	95	46	3	0	50	1.18
2052945--2052999	16	3.5	16	72	20	53	47	3	0	49	1.19
2055124--2055268	51	2.8	51	78	4	150	34	11	24	28	1.91
2057544--2057630	20	4.8	18	72	23	67	42	11	16	29	1.83
2057544--2057615	33	2.2	33	85	9	94	41	11	16	30	1.83
2057564--2057615	13	4.5	13	71	26	53	40	11	17	30	1.85
2057617--2057757	29	5.5	29	69	27	138	39	18	17	24	1.91
2057597--2057777	49	3.7	49	97	1	337	41	17	16	25	1.89
2057646--2057778	20	5.8	20	69	27	86	42	17	15	24	1.87
2060795--2060848	21	2.6	21	85	5	65	33	5	1	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062854--2062897	21	2.1	21	91	8	72	50	18	4	27	1.66
2063369--2063426	20	3.1	18	74	20	57	5	24	0	70	1.07
2063387--2063419	16	2.1	16	94	0	57	9	18	0	72	1.10
2063553--2063618	10	6.9	10	72	16	50	28	1	4	65	1.21
2063602--2063650	16	2.9	17	85	8	64	24	0	6	69	1.11
2063553--2063657	9	11.6	9	69	21	60	27	0	5	65	1.21
2063602--2063668	17	3.9	17	80	5	64	22	1	5	70	1.18
2063553--2063666	45	2.5	44	84	9	133	26	1	6	65	1.25
2063606--2063671	35	1.9	34	84	3	87	25	1	7	65	1.28
2065040--2065082	17	2.8	16	82	13	54	72	2	6	18	1.19
2066848--2066907	31	2.1	26	85	14	75	41	1	0	56	1.09
2066913--2066951	20	2.0	20	85	10	53	48	0	0	51	1.00
2066984--2067028	19	2.3	19	84	3	63	75	0	4	20	0.97
2067417--2067474	2	29.0	2	92	0	98	50	3	0	46	1.18
2067640--2067689	24	2.2	22	79	10	55	44	4	2	50	1.32
2067641--2067692	23	2.2	24	86	3	70	44	3	1	50	1.31
2070918--2070979	20	3.0	20	69	9	54	37	0	6	56	1.25
2070917--2071110	73	2.6	74	90	3	286	34	0	11	54	1.37
2071079--2071127	24	2.1	24	85	11	66	34	0	4	61	1.15
2071249--2071409	68	2.3	68	80	8	164	33	1	13	51	1.51
2071366--2071442	33	2.3	33	100	0	154	31	0	14	54	1.40
2071323--2071519	105	1.9	103	80	9	233	30	1	12	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071432--2071615	73	2.6	72	86	7	257	31	0	11	55	1.40
2071750--2072042	73	4.2	70	72	12	246	32	1	12	53	1.49
2071879--2072073	73	2.7	74	81	6	209	32	1	12	52	1.49
2072231--2072467	73	3.4	68	81	8	262	32	0	8	57	1.35
2072239--2072302	27	2.4	26	76	10	67	39	1	3	56	1.25
2072221--2072571	143	2.5	141	78	8	352	35	0	8	55	1.35
2076066--2076115	22	2.3	22	82	6	66	56	0	0	44	0.99
2076099--2076133	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
2077043--2077108	20	3.2	20	75	12	62	59	0	0	40	0.98
2077060--2077304	74	3.4	71	80	10	275	55	6	1	36	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16