genome.fa.s202.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold202
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2706578

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1369665--1369722	28	2.1	28	93	0	98	18	17	20	43	1.89
1375047--1375088	21	2.0	22	86	13	61	45	0	0	54	0.99
1375223--1375247	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1378286--1378323	3	12.7	3	100	0	76	65	0	34	0	0.93
1383614--1383658	10	4.5	10	88	0	54	0	60	0	40	0.97
1383613--1383658	4	11.5	4	90	0	56	0	58	0	41	0.98
1383613--1383658	6	7.7	6	85	0	56	0	58	0	41	0.98
1388401--1388428	3	9.3	3	100	0	56	35	32	32	0	1.58
1389049--1389077	14	2.1	14	100	0	58	20	6	27	44	1.77
1391558--1391614	26	2.1	28	83	9	73	52	1	0	45	1.11
1391555--1391597	19	2.3	18	88	8	59	53	0	0	46	1.00
1391946--1391989	14	3.2	13	87	9	52	50	0	0	50	1.00
1391941--1391983	16	2.8	16	83	16	54	48	2	0	48	1.14
1391935--1391979	16	2.7	17	77	22	51	46	2	0	51	1.13
1391991--1392028	14	2.4	17	87	12	55	50	0	0	50	1.00
1391995--1392048	23	2.2	25	81	12	60	51	1	1	44	1.22
1392232--1392265	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
1393011--1393044	18	1.9	18	88	5	52	20	5	0	73	1.04
1393703--1393788	40	2.2	40	83	6	104	33	17	17	31	1.93
1394058--1394125	16	4.2	16	72	7	57	47	2	1	48	1.26
1394060--1394121	32	2.0	31	90	3	97	46	3	1	48	1.28
1394059--1394168	32	3.8	28	76	17	91	48	4	0	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394063--1394145	32	2.6	32	81	14	93	48	3	1	46	1.27
1394522--1394573	17	3.3	15	74	12	50	57	0	0	42	0.98
1394670--1394735	24	2.6	25	77	15	66	63	0	1	34	1.04
1394753--1394811	20	2.9	20	85	10	75	45	1	5	47	1.34
1398514--1398558	16	3.0	15	81	9	56	53	2	4	40	1.33
1398646--1398720	32	2.4	32	84	6	91	54	5	8	32	1.52
1398643--1398702	16	3.8	16	71	2	50	53	3	6	36	1.44
1404207--1404232	10	2.6	10	100	0	52	50	0	7	42	1.31
1407087--1407779	28	24.8	28	80	7	667	28	28	19	24	1.98
1408561--1408613	20	2.7	20	88	2	72	30	15	18	35	1.92
1408663--1408711	13	4.2	13	75	24	63	32	12	18	36	1.88
1408642--1408711	33	2.1	32	87	12	97	31	11	21	35	1.89
1412599--1412643	22	2.0	22	82	8	54	28	22	0	48	1.50
1414890--1414942	19	2.7	20	88	2	72	30	16	18	33	1.94
1414992--1415039	13	4.1	13	75	25	61	33	12	16	37	1.86
1419300--1419412	51	2.2	50	83	7	147	28	30	10	30	1.90
1419577--1419650	28	2.6	28	91	0	112	21	35	21	21	1.96
1419685--1419759	28	2.7	28	70	12	64	20	28	24	28	1.99
1419577--1419806	109	2.1	109	83	3	295	25	27	16	30	1.97
1419743--1419859	51	2.3	51	89	0	180	31	27	11	29	1.91
1420161--1420185	10	2.5	10	100	0	50	20	24	8	48	1.76
1426805--1426867	17	3.8	16	76	12	56	31	6	3	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1429085--1429119	17	1.9	19	88	11	56	22	22	22	31	1.98
1438258--1438302	16	2.8	17	86	10	67	53	22	4	20	1.63
1440043--1440100	20	2.9	20	71	0	53	39	13	6	39	1.72
1442597--1442622	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1442579--1442642	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
1444852--1444903	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
1448802--1448840	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1450683--1450769	39	2.3	39	80	7	97	36	5	26	31	1.80
1451409--1451434	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1451391--1451454	33	2.0	33	87	9	96	40	17	14	28	1.88
1455306--1455378	27	2.6	28	85	12	98	24	34	20	20	1.97
1455408--1455587	54	3.4	53	77	11	183	30	24	11	33	1.91
1455399--1455585	52	3.6	52	79	9	193	29	23	10	35	1.89
1455567--1455643	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
1455201--1455691	265	1.9	265	89	2	763	29	25	12	32	1.93
1457103--1457131	10	2.7	11	94	5	51	0	0	17	82	0.66
1457662--1457687	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1457641--1457707	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1457727--1457796	19	4.1	18	77	22	87	37	15	11	35	1.84
1457749--1457773	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1457730--1457792	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1457830--1457906	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1460323--1460353	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1461798--1461836	3	13.0	3	100	0	78	33	33	0	33	1.58
1463411--1463463	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
1463515--1463541	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1469051--1469090	13	3.1	13	88	0	62	35	15	12	37	1.85
1470961--1471069	40	2.7	40	95	0	191	33	4	26	34	1.77
1471627--1471675	20	2.5	20	90	3	73	34	14	16	34	1.89
1471705--1471771	33	2.0	33	85	5	91	31	13	19	35	1.90
1472814--1472865	20	2.7	20	87	3	70	38	19	13	28	1.89
1476826--1476890	33	2.0	33	84	6	87	32	16	13	36	1.89
1476920--1476974	19	2.8	19	86	2	74	34	14	20	30	1.92
1476976--1477026	20	2.6	19	79	14	50	33	15	17	33	1.92
1479476--1479501	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1485619--1485683	33	2.0	33	84	6	87	35	15	10	38	1.82
1485714--1485768	19	2.8	20	77	5	67	40	10	14	34	1.81
1487296--1487346	24	2.1	23	85	7	66	7	11	1	78	1.04
1487308--1487357	24	2.0	24	88	11	75	10	8	4	78	1.09
1489347--1489400	27	2.0	27	85	7	74	51	0	0	48	1.00
1490054--1490089	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1493936--1493999	23	2.8	23	79	6	69	43	0	1	54	1.09
1494744--1494789	19	2.5	19	83	13	60	41	0	0	58	0.98
1494739--1494802	31	2.0	32	81	3	76	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1496428--1496465	12	3.2	12	79	20	53	55	5	2	36	1.37
1496560--1496610	17	3.0	17	75	11	59	27	7	1	62	1.33
1497505--1497545	20	2.0	20	90	0	64	29	14	14	41	1.86
1497689--1497739	20	2.5	20	87	6	68	33	9	13	43	1.77
1502557--1502623	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1502577--1502601	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1502666--1502690	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1502699--1502819	52	2.3	52	95	2	217	34	18	19	28	1.95
1511903--1511991	25	3.6	24	72	20	69	46	1	1	51	1.15
1511948--1511990	20	2.0	22	86	8	63	46	0	2	51	1.13
1511958--1512011	25	2.1	26	82	6	65	51	3	0	44	1.19
1518358--1518501	58	2.5	59	85	3	193	29	13	27	29	1.95
1518500--1518729	32	7.0	32	77	7	205	24	16	27	31	1.96
1518519--1518736	66	3.3	65	81	3	233	24	16	28	31	1.96
1518518--1518729	98	2.2	98	85	5	277	23	16	28	32	1.96
1518794--1519483	31	22.6	30	75	9	384	33	12	28	26	1.92
1518797--1519439	92	7.0	92	73	12	317	33	11	28	26	1.92
1519101--1519479	60	6.2	60	76	13	278	31	13	28	26	1.94
1520242--1520283	22	2.0	22	95	4	77	42	4	9	42	1.58
1520383--1520433	20	2.6	20	90	3	86	27	15	15	41	1.88
1520717--1520746	10	3.0	10	90	0	51	70	16	10	3	1.29
1526631--1526679	19	2.6	19	83	6	64	42	10	12	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1536027--1536053	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1536038--1536094	19	2.9	19	87	10	80	31	17	15	35	1.92
1536008--1536190	33	5.1	33	69	19	107	31	16	16	34	1.92
1536039--1536092	20	2.8	20	88	8	76	31	16	14	37	1.89
1536142--1536188	13	4.2	12	75	25	57	36	12	17	34	1.87
1536122--1536190	33	2.1	33	91	5	113	33	13	18	34	1.90
1543422--1543550	52	2.5	52	97	0	240	27	17	18	35	1.94
1543559--1543583	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1543595--1543755	80	2.0	80	97	0	304	32	14	13	39	1.84
1543704--1543769	32	2.0	33	91	2	107	36	15	12	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16