genome.fa.s202.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold202
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2706578

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077124--2077175	25	2.0	26	85	3	70	61	0	0	38	0.96
2077465--2077648	73	2.5	73	83	3	210	54	14	1	30	1.47
2077495--2077648	73	2.1	73	85	1	211	54	15	1	28	1.49
2077905--2078101	72	2.7	72	86	2	243	55	8	1	34	1.37
2079228--2079302	26	2.8	26	78	8	80	21	4	2	72	1.14
2079228--2079288	25	2.4	26	83	2	70	21	4	3	70	1.21
2079277--2079302	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2079852--2079921	27	2.5	28	79	9	81	44	25	4	25	1.72
2082141--2082165	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2082121--2082187	33	2.0	33	91	0	107	31	11	14	41	1.83
2082229--2082253	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2082262--2082390	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
2086523--2086549	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
2094194--2094273	1	80.0	1	75	0	61	86	11	1	1	0.70
2094193--2094263	37	2.0	37	86	5	101	84	12	1	1	0.76
2095861--2095952	35	2.7	36	78	8	102	19	30	11	38	1.88
2095707--2096183	58	8.0	59	75	11	352	28	29	16	25	1.97
2095927--2096183	88	3.0	87	91	3	394	31	29	18	21	1.97
2095707--2096185	30	16.1	30	78	10	366	28	29	16	25	1.97
2095927--2096184	115	2.2	115	87	2	347	31	29	18	21	1.97
2096174--2096385	52	4.2	52	75	13	199	25	24	16	34	1.95
2096189--2096278	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2097189--2097213	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2097169--2097235	33	2.0	33	91	0	107	31	11	14	41	1.83
2097277--2097301	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2097310--2097438	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
2100534--2100704	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2100687--2100762	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2103237--2103262	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2103216--2103282	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2103302--2103369	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2103324--2103348	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2103305--2103367	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2103425--2103481	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2103486--2103535	1	50.0	1	93	0	82	2	2	0	96	0.28
2103488--2103533	24	1.9	24	100	0	92	2	2	0	95	0.30
2103487--2103534	25	1.9	25	100	0	96	2	2	0	95	0.29
2103485--2103537	26	2.0	26	100	0	106	5	3	0	90	0.54
2104131--2105193	55	19.3	54	91	4	1645	20	20	30	29	1.97
2106175--2106226	1	52.0	1	76	0	50	0	1	9	88	0.59
2106158--2106223	26	2.5	26	80	9	62	0	7	9	83	0.82
2106175--2106225	9	5.6	9	83	4	66	0	1	9	88	0.60
2107541--2107595	21	2.6	21	91	2	92	20	23	12	43	1.86
2108417--2108471	21	2.6	21	91	2	92	20	23	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111266--2111290	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2111246--2111312	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2111353--2111377	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2114957--2115027	27	2.6	27	82	6	81	46	26	4	22	1.70
2116658--2116686	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2119362--2119398	17	2.1	18	85	14	51	35	0	0	64	0.94
2119346--2119475	62	2.2	56	77	16	127	44	0	0	54	1.05
2119410--2119478	15	4.1	17	74	14	54	43	1	0	55	1.08
2119797--2119852	29	1.9	30	88	3	87	50	0	1	48	1.11
2119883--2119950	32	2.1	32	88	2	100	51	1	0	47	1.09
2119891--2119942	16	3.2	16	66	0	50	46	1	0	51	1.12
2120067--2120126	26	2.3	26	82	8	68	40	1	0	58	1.08
2120087--2120129	14	3.2	14	77	9	54	41	0	0	58	0.98
2120277--2120324	24	2.0	24	83	0	60	43	8	0	47	1.33
2120642--2120696	29	1.9	28	92	3	92	40	0	0	60	0.97
2121020--2121081	14	4.4	14	77	6	63	59	1	1	37	1.17
2121054--2121093	17	2.4	17	87	8	55	60	0	5	35	1.19
2121020--2121085	28	2.4	27	80	16	73	59	1	1	37	1.16
2121071--2121113	11	4.0	11	81	3	52	62	0	4	32	1.15
2123996--2124051	22	2.6	22	94	2	96	66	8	7	17	1.42
2124961--2125035	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2124958--2125035	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130811--2130849	17	2.3	17	86	8	53	28	5	5	61	1.39
2131045--2131070	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2132176--2132226	17	3.1	17	74	2	50	58	0	0	41	0.98
2132770--2132803	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
2133056--2133101	13	3.7	12	82	5	56	43	2	0	54	1.12
2133068--2133131	29	2.1	31	91	8	105	45	0	1	53	1.10
2133068--2133154	27	3.0	30	79	14	103	47	0	1	51	1.08
2133071--2133153	28	3.0	27	70	20	64	48	0	1	50	1.08
2133240--2133322	11	7.8	11	72	15	59	45	2	2	49	1.28
2133274--2133322	21	2.3	21	85	0	71	46	2	2	48	1.25
2133515--2133548	17	2.0	17	94	0	59	47	14	11	26	1.79
2133768--2133800	14	2.4	14	95	5	59	0	9	0	90	0.44
2134884--2134939	28	2.0	28	100	0	112	35	17	25	21	1.95
2135960--2135993	13	2.6	14	86	13	54	44	0	0	55	0.99
2139235--2139279	23	1.9	24	86	4	65	46	0	0	53	1.00
2139933--2139973	3	13.7	3	94	0	73	63	0	2	34	1.08
2140566--2140610	22	2.0	22	91	8	74	40	0	0	60	0.97
2143736--2143776	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2144146--2144193	18	2.7	18	84	12	71	50	4	0	45	1.21
2150630--2150662	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
2150614--2150722	14	6.8	16	68	28	56	48	2	0	47	1.22
2152027--2152079	16	3.4	16	81	5	63	41	0	3	54	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152654--2152731	32	2.4	32	87	4	104	44	0	0	55	0.99
2152680--2152731	16	3.3	15	76	12	59	40	0	0	59	0.97
2152678--2152744	32	2.1	32	88	0	98	44	1	0	53	1.09
2152962--2153018	21	2.8	20	72	5	60	47	0	0	52	1.00
2153676--2153746	26	2.7	27	73	6	65	43	1	1	53	1.18
2153771--2153834	13	4.4	14	72	27	53	70	1	0	28	0.97
2153773--2153831	31	1.9	31	86	10	86	67	1	0	30	1.00
2153768--2153835	15	4.5	15	71	14	50	70	1	0	27	0.96
2154174--2154355	38	4.8	38	89	0	220	28	14	28	28	1.96
2154174--2154379	38	5.4	38	88	2	218	29	14	27	28	1.95
2160932--2160971	22	1.9	22	85	10	57	60	5	0	35	1.19
2165087--2165143	25	2.3	24	77	16	64	36	1	5	56	1.32
2172358--2172394	19	1.9	19	88	0	56	21	32	10	35	1.88
2177387--2177443	23	2.4	24	77	17	64	43	0	0	56	0.99
2178501--2178559	13	4.1	14	72	21	50	64	3	0	32	1.10
2178886--2179047	36	4.4	37	81	8	118	29	14	27	28	1.95
2178907--2179048	36	3.9	37	83	9	159	26	16	29	27	1.97
2182738--2182771	17	2.0	17	100	0	68	47	11	11	29	1.76
2182996--2183028	14	2.4	14	95	5	59	0	9	0	90	0.44
2184102--2184157	28	2.0	28	100	0	112	35	17	25	21	1.95
2185179--2185212	13	2.6	14	86	13	54	44	0	0	55	0.99
2188448--2188492	23	1.9	24	86	4	65	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189733--2189804	22	3.4	22	76	23	75	37	0	0	62	0.95
2193026--2193054	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2193430--2193477	18	2.7	18	84	12	71	50	4	0	45	1.21
2193895--2193938	21	2.2	20	84	12	54	29	0	0	70	0.88
2194228--2194308	18	4.4	18	72	17	60	37	0	0	62	0.95
2196216--2196266	16	3.2	16	80	5	59	43	0	3	52	1.19
2197268--2197298	10	3.1	10	95	0	53	48	0	0	51	1.00
2197270--2197300	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
2197930--2197974	19	2.3	19	84	7	54	35	0	0	64	0.94
2197995--2198040	15	2.9	16	75	18	60	63	2	0	34	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16