genome.fa.s202.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold202
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2706578

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199118--2199155	20	1.9	20	88	0	58	55	0	5	39	1.23
2199645--2199674	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
2199784--2199816	18	1.9	17	88	11	50	30	3	0	66	1.06
2199890--2199929	21	1.9	21	85	10	55	37	0	0	62	0.95
2199876--2199935	31	2.1	30	84	12	81	36	0	1	61	1.06
2200705--2200773	8	8.1	8	71	23	52	36	0	2	60	1.11
2200706--2200741	19	1.9	18	94	5	63	30	0	2	66	1.06
2200721--2200772	25	2.1	26	86	10	74	34	0	3	61	1.14
2202538--2202595	29	2.0	29	83	6	73	50	1	1	46	1.22
2202912--2202963	14	3.4	14	73	19	50	55	3	0	40	1.18
2203059--2203107	18	2.7	18	73	20	57	57	0	0	42	0.99
2204295--2204325	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
2204581--2204609	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
2204603--2204640	13	2.9	13	92	7	60	52	0	0	47	1.00
2204589--2204640	14	3.7	14	82	14	63	51	0	0	48	1.00
2204766--2204797	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2205024--2205080	18	3.1	18	87	5	87	54	0	1	43	1.10
2207060--2207089	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2207641--2207685	20	2.2	20	84	7	56	55	0	0	44	0.99
2212909--2212965	11	4.8	11	78	21	62	68	0	0	31	0.90
2212906--2212976	5	14.4	5	72	19	60	66	0	0	33	0.92
2212900--2212976	38	2.0	40	87	10	115	64	1	0	33	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213082--2213136	21	2.7	21	77	8	60	50	0	0	49	1.00
2213127--2213171	23	2.0	22	86	4	63	60	2	0	37	1.09
2213057--2213185	55	2.4	55	80	6	138	53	0	0	45	1.05
2213498--2213533	18	2.1	18	89	5	56	36	0	0	63	0.94
2213486--2213540	16	3.4	16	80	11	58	43	0	0	56	0.99
2214006--2214096	27	3.4	27	71	14	71	62	0	0	37	0.95
2214026--2214097	19	3.7	20	75	17	71	62	0	0	37	0.95
2214060--2214128	24	3.1	22	71	17	61	55	1	0	43	1.08
2214419--2214453	15	2.4	15	90	4	54	51	2	2	42	1.31
2214661--2214693	17	1.9	17	93	0	57	54	0	0	45	0.99
2214654--2214693	19	2.1	19	90	0	62	52	0	0	47	1.00
2214654--2214693	2	21.0	2	85	10	57	52	0	0	47	1.00
2215025--2215077	16	3.2	17	70	20	58	47	1	0	50	1.12
2215003--2215055	19	2.4	23	76	20	60	50	0	0	49	1.00
2215022--2215107	32	3.0	27	75	18	75	41	1	0	56	1.06
2215068--2215118	19	2.7	19	80	19	63	31	0	0	68	0.90
2215613--2215654	11	3.8	11	78	9	50	66	0	0	33	0.92
2215614--2215691	6	12.8	6	71	16	54	62	0	0	37	0.95
2215627--2215714	33	2.8	32	80	11	101	59	0	0	40	0.98
2215880--2215949	25	2.7	25	80	10	79	51	0	1	47	1.09
2216098--2216123	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2216136--2216176	20	2.0	20	100	0	82	53	0	4	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216746--2216777	14	2.3	14	94	0	55	25	0	3	71	1.00
2217009--2217077	20	3.5	20	80	4	68	34	13	13	39	1.83
2217994--2218050	22	2.5	24	88	11	100	17	10	8	63	1.51
2218003--2218057	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
2225834--2225873	13	3.1	13	85	10	55	25	0	2	72	0.97
2228959--2229003	24	1.9	23	86	4	63	57	0	0	42	0.98
2229068--2229350	132	2.2	126	79	10	274	46	8	6	38	1.60
2233666--2233743	26	3.1	26	78	10	81	58	2	0	38	1.12
2233705--2233809	17	5.9	17	66	26	58	60	0	0	37	1.09
2233730--2233786	22	2.6	21	83	13	62	61	0	0	38	0.96
2233705--2233811	15	7.1	15	70	26	68	61	0	0	36	1.09
2234194--2234240	14	3.1	14	80	20	51	46	0	0	53	1.00
2234178--2234229	27	1.9	28	84	7	72	48	0	0	51	1.00
2234326--2234360	14	2.4	15	90	4	54	51	0	2	45	1.16
2234760--2234797	16	2.5	15	84	12	51	36	0	0	63	0.95
2234845--2234883	15	2.5	15	87	4	51	41	5	0	53	1.23
2235066--2235113	25	1.9	25	83	8	62	43	8	0	47	1.33
2239054--2239078	9	2.8	9	100	0	50	32	20	12	36	1.89
2240346--2240457	55	2.0	56	89	5	174	41	16	15	26	1.88
2242930--2242966	2	19.0	2	91	5	58	45	0	0	54	1.00
2244338--2244387	23	2.2	22	82	10	57	40	6	0	54	1.25
2244504--2244540	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244799--2244841	11	3.9	11	79	8	52	44	0	2	53	1.13
2249200--2249225	12	2.2	12	100	0	52	42	15	26	15	1.87
2249966--2250015	14	3.3	15	75	16	50	52	0	0	48	1.00
2250737--2250789	12	4.3	12	76	11	54	39	0	0	60	0.97
2259066--2259106	17	2.5	17	92	7	68	48	0	0	51	1.00
2259248--2259282	11	3.1	11	88	8	52	60	34	2	2	1.26
2259505--2259538	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2271828--2271856	15	1.9	15	100	0	58	27	0	0	72	0.85
2284002--2284041	15	2.7	16	77	14	50	0	12	5	82	0.82
2284003--2284059	18	3.1	19	72	23	50	0	12	7	80	0.89
2285190--2285361	79	2.2	80	82	3	204	28	15	27	28	1.96
2285292--2285629	51	6.4	51	72	7	214	30	12	27	29	1.93
2285448--2285523	27	2.8	28	87	2	100	18	21	36	23	1.95
2287970--2288024	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
2288044--2288111	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2288066--2288090	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2288047--2288109	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2288147--2288204	21	2.7	22	84	7	75	32	12	15	39	1.84
2292448--2292475	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2294428--2294458	10	2.9	11	90	9	55	6	6	0	87	0.68
2295169--2295216	25	2.0	24	83	4	60	47	6	6	39	1.54
2295469--2295508	21	1.9	21	89	0	62	55	15	10	20	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305557--2305751	96	2.0	96	96	0	363	41	13	10	35	1.78
2319856--2319894	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2325359--2325420	2	31.0	2	90	0	97	45	0	54	0	0.99
2327128--2327173	16	2.9	15	81	9	56	39	0	0	60	0.97
2327571--2327654	32	2.5	33	83	14	109	48	0	1	50	1.08
2327643--2327702	19	2.9	20	81	13	68	38	0	0	61	0.96
2327637--2327684	23	2.0	24	88	4	71	45	0	0	54	0.99
2327670--2327728	19	3.2	19	83	7	59	37	0	0	62	0.95
2328395--2328420	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2329872--2329918	23	2.0	23	95	0	85	25	10	17	46	1.79
2333312--2333346	17	2.1	17	94	0	61	45	5	8	40	1.58
2344302--2344405	8	13.1	8	70	26	62	40	0	0	59	0.97
2344302--2344405	16	6.6	15	73	19	79	40	0	0	59	0.97
2344306--2344403	22	4.5	21	72	19	67	38	0	0	61	0.96
2344367--2344415	24	2.0	25	84	4	64	38	0	2	59	1.09
2344692--2344726	2	17.5	2	87	0	52	45	2	2	48	1.32
2346317--2346353	2	18.5	2	94	0	65	51	45	0	2	1.15
2348457--2348528	23	3.1	23	77	13	76	0	33	0	66	0.92
2351911--2351935	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2362659--2362692	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2364626--2364669	14	3.1	14	86	3	52	81	0	11	6	0.86
2364698--2364801	16	6.8	15	77	14	88	33	0	4	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2364710--2364810	16	6.5	16	77	11	93	35	0	3	60	1.15
2364698--2364828	47	2.8	47	82	15	132	35	0	3	61	1.14
2364731--2364832	16	6.2	16	71	17	68	36	0	1	61	1.07
2364699--2364825	61	2.0	64	83	7	163	36	0	3	59	1.16
2370840--2370934	47	2.0	47	83	0	118	42	23	7	27	1.80
2373659--2373689	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2376312--2376365	25	2.2	24	78	12	56	33	0	5	61	1.19
2383417--2383447	10	3.1	10	95	0	53	6	0	41	51	1.27
2384468--2384511	2	22.0	2	90	0	70	45	0	4	50	1.22
2385146--2385226	39	2.0	40	92	2	137	48	2	11	38	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16