genome.fa.s202.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold202
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2706578

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2385714--2385776	20	3.1	20	81	2	72	53	0	6	39	1.26
2385888--2385978	37	2.5	37	85	8	116	50	0	2	47	1.13
2385888--2385982	18	5.3	17	67	12	64	50	0	2	47	1.13
2385972--2386001	12	2.4	13	94	5	53	30	0	0	70	0.88
2385969--2386014	15	3.3	14	82	17	51	30	0	2	67	1.03
2386071--2386114	22	2.0	22	86	4	61	40	0	4	54	1.21
2386356--2386385	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
2386346--2386450	17	6.1	17	70	18	58	56	0	0	42	1.06
2386362--2386431	37	1.9	36	83	13	90	58	1	0	40	1.07
2386417--2386452	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
2386898--2386936	10	3.8	10	80	6	51	2	12	0	84	0.72
2387355--2387418	26	2.4	26	84	2	74	54	1	4	39	1.31
2387948--2387993	10	4.7	10	81	5	58	0	19	0	80	0.71
2387946--2387978	9	3.6	9	92	8	57	0	12	0	87	0.53
2387946--2388006	29	2.1	29	81	6	70	1	19	0	78	0.83
2387955--2388013	28	2.0	29	80	6	66	1	25	1	71	1.05
2388298--2388345	23	2.1	23	85	11	64	64	0	0	35	0.94
2388291--2388345	24	2.3	24	84	12	69	65	0	0	34	0.93
2388375--2388428	4	13.8	4	80	3	65	0	22	1	75	0.89
2388390--2388430	20	2.0	20	95	0	73	0	19	2	78	0.87
2399784--2399864	34	2.4	34	91	0	135	41	14	12	30	1.83
2399785--2399845	13	5.1	13	67	25	53	42	14	11	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399784--2399874	34	2.6	34	85	1	110	43	15	10	29	1.81
2399914--2399988	20	3.7	20	89	5	98	26	13	10	49	1.74
2402369--2402890	158	3.3	156	78	4	492	28	23	12	35	1.91
2402369--2402890	79	6.6	79	77	4	372	28	23	12	35	1.91
2408680--2408704	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2408749--2408819	32	2.2	32	92	0	115	36	21	12	29	1.90
2409575--2409717	58	2.5	58	95	0	250	28	17	30	23	1.97
2409674--2410001	49	7.1	49	83	8	395	30	17	27	25	1.97
2409682--2410006	43	7.1	44	83	9	377	29	17	28	24	1.97
2409732--2409799	21	3.2	21	65	19	59	30	17	26	25	1.97
2409674--2410006	92	3.6	93	85	7	457	30	16	27	25	1.97
2409682--2410001	135	2.3	137	90	3	509	29	17	27	25	1.97
2410014--2410130	33	3.6	33	81	6	157	22	18	29	29	1.97
2410172--2410548	35	11.6	35	71	17	235	36	13	28	21	1.92
2410142--2410383	126	1.9	127	89	2	380	35	13	29	21	1.91
2410172--2410526	161	2.2	162	92	0	586	37	13	27	21	1.91
2410333--2410581	127	2.0	126	88	0	372	36	14	27	22	1.92
2410172--2410612	161	2.7	158	85	5	399	36	13	27	22	1.92
2410583--2410707	64	2.0	62	84	6	162	31	13	31	24	1.93
2410586--2410722	31	4.3	32	82	11	167	32	12	32	23	1.92
2415791--2415830	21	2.0	21	85	5	55	57	10	22	10	1.61
2417023--2417337	62	5.1	62	85	3	402	24	26	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417484--2417673	97	2.0	97	97	0	362	43	16	8	31	1.79
2421169--2421362	97	2.0	97	94	0	343	42	15	8	32	1.78
2421367--2421813	62	7.4	61	74	9	349	26	23	17	31	1.97
2421367--2421813	61	7.4	60	75	7	368	26	23	17	31	1.97
2421367--2421801	122	3.6	122	79	7	456	26	23	17	31	1.97
2422241--2422280	21	1.9	21	100	0	80	47	10	20	22	1.79
2422269--2422294	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2424651--2424786	51	2.7	50	88	5	193	27	25	13	33	1.93
2424717--2425082	79	4.6	79	82	9	372	26	26	14	32	1.95
2424717--2425082	159	2.3	157	83	8	431	26	26	14	32	1.95
2426782--2426808	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2428113--2428550	79	5.5	79	80	3	418	27	23	13	35	1.92
2428113--2428550	158	2.8	157	85	5	526	27	23	13	35	1.92
2428429--2428681	128	1.9	131	82	7	320	29	22	11	36	1.89
2428580--2428920	79	4.3	77	82	5	344	26	22	14	36	1.92
2428872--2428972	51	2.0	51	84	3	132	30	21	10	36	1.88
2429748--2429790	22	2.0	22	100	0	86	27	23	13	34	1.93
2434549--2434630	28	3.0	26	77	13	76	48	4	1	45	1.31
2440568--2440596	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2443089--2443212	51	2.4	51	87	0	194	50	1	8	40	1.42
2452300--2452554	129	2.0	131	82	7	315	35	10	25	29	1.89
2452414--2452846	79	5.6	79	78	9	412	33	11	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452535--2452677	71	2.0	71	84	0	187	32	13	26	27	1.94
2456444--2456518	20	3.8	20	75	8	82	38	10	13	37	1.79
2456504--2456528	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2457781--2457866	34	2.5	34	86	0	127	37	13	26	22	1.92
2457934--2458164	42	5.5	42	75	9	121	45	11	22	20	1.83
2457976--2458164	84	2.2	86	83	3	240	43	11	24	20	1.84
2458229--2458879	62	10.7	62	80	4	635	33	18	23	24	1.97
2458229--2458872	123	5.3	120	77	8	527	32	19	23	25	1.97
2463728--2463824	31	3.1	31	92	0	158	16	25	20	37	1.93
2464428--2465058	42	15.1	42	83	4	686	38	18	28	14	1.89
2473277--2473321	22	2.0	23	82	4	56	44	2	20	33	1.63
2479337--2479402	31	2.1	31	94	0	114	16	27	19	36	1.93
2484211--2484461	79	3.2	77	76	9	220	37	9	21	31	1.86
2486587--2486633	25	1.9	25	87	12	71	23	8	23	44	1.80
2486845--2486898	20	2.5	22	91	5	85	46	7	14	31	1.73
2492876--2493177	73	4.1	73	73	9	195	30	28	14	26	1.95
2493058--2493291	128	1.8	129	79	6	278	29	26	14	29	1.95
2493204--2493913	73	9.7	71	71	9	376	30	27	12	28	1.93
2494638--2494864	114	2.0	114	83	0	283	33	12	18	35	1.89
2497322--2497580	105	2.4	106	81	4	290	29	19	10	40	1.85
2500172--2500197	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2502169--2502208	13	3.0	13	82	17	55	75	0	17	7	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502865--2502922	28	2.1	28	81	9	66	34	6	10	48	1.64
2502996--2503220	58	3.9	57	76	8	197	27	11	13	47	1.77
2503118--2503202	29	2.9	30	68	18	70	29	9	12	48	1.73
2503021--2503246	58	3.9	56	75	9	154	27	11	12	47	1.76
2504605--2504640	18	2.0	18	100	0	72	55	0	5	38	1.23
2505680--2505757	31	2.5	32	78	4	95	56	5	2	35	1.35
2505722--2505767	10	5.0	10	75	20	55	60	2	0	36	1.09
2505722--2505772	26	2.0	26	96	0	93	62	1	0	35	1.06
2505671--2505757	16	5.4	16	77	9	88	55	4	2	37	1.33
2505758--2505820	32	2.0	31	82	14	76	63	7	1	26	1.31
2506416--2506465	25	2.0	25	96	3	93	40	6	32	22	1.78
2507851--2507887	19	2.1	19	85	10	51	59	2	0	37	1.12
2508292--2508371	36	2.2	36	88	0	115	33	15	8	42	1.77
2510032--2510056	11	2.3	11	100	0	50	60	0	8	32	1.26
2509950--2510298	155	2.3	154	79	6	357	38	16	17	28	1.91
2511783--2511834	14	3.8	13	80	7	50	1	19	0	78	0.84
2511777--2511834	23	2.5	23	84	13	75	3	17	0	79	0.87
2512183--2512592	167	2.5	167	80	4	429	50	8	10	30	1.67
2513139--2513183	20	2.2	21	88	4	65	44	11	13	31	1.78
2516837--2516862	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2516852--2516902	20	2.5	20	100	0	102	43	15	5	35	1.71
2526757--2526796	21	1.9	21	84	0	53	50	2	5	42	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2530196--2530243	17	2.8	17	87	9	62	20	6	0	72	1.05
2537434--2537485	20	2.5	21	87	3	70	26	15	23	34	1.94
2538292--2538529	128	1.8	129	87	1	352	32	35	4	26	1.77
2544066--2544114	20	2.4	20	80	10	55	44	12	14	28	1.81
2546366--2546447	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2546430--2546600	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2546583--2546658	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2549128--2549153	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2549107--2549173	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2549193--2549260	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16