genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  1  of  15  ( 1685 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3924--3982	27	2.2	27	81	6	66	54	5	1	38	1.33
4322--4403	19	4.6	18	77	21	84	28	15	14	41	1.87
4339--4424	19	4.8	19	78	17	94	30	15	16	38	1.89
4356--4384	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
4339--4403	32	2.0	32	100	0	130	27	15	15	41	1.87
4469--4499	13	2.4	13	94	0	53	32	16	9	41	1.80
4453--4520	32	2.1	33	86	8	95	29	11	17	41	1.85
12944--12970	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
12955--13011	19	2.9	19	79	5	69	29	14	17	38	1.89
12951--13010	20	3.0	20	75	4	68	30	13	18	38	1.89
15319--15343	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
16206--16275	35	2.0	35	94	0	122	32	12	27	27	1.93
24096--24152	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
24198--24227	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
24181--24249	33	2.1	32	86	10	95	31	14	17	36	1.90
25701--25736	18	2.1	18	89	5	56	38	11	16	33	1.84
29782--29834	20	2.7	19	82	5	70	39	11	13	35	1.80
31590--31647	13	4.0	13	76	23	62	29	17	15	37	1.90
31603--31665	19	3.6	19	76	24	84	28	19	15	36	1.92
31590--31665	32	2.4	32	100	0	152	28	18	15	36	1.92
34190--34228	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
34214--34292	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36309--36339	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
38144--38188	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
40405--40462	13	4.0	13	76	23	62	29	17	15	37	1.90
40418--40480	19	3.6	19	76	24	84	28	19	15	36	1.92
40405--40480	32	2.4	32	100	0	152	28	18	15	36	1.92
41179--41376	85	2.3	85	85	2	238	47	13	19	19	1.82
41245--41376	42	3.1	42	69	16	110	48	12	19	18	1.80
41148--41376	84	2.7	84	82	4	271	47	12	20	19	1.81
41405--41550	44	3.3	43	77	6	141	40	19	22	17	1.91
41807--41914	40	2.7	40	71	5	92	40	14	27	16	1.88
41976--42089	40	2.8	40	79	10	124	47	14	19	18	1.83
42026--42297	145	1.9	147	84	1	368	43	12	25	19	1.86
42148--42236	40	2.3	39	76	7	90	46	11	22	20	1.82
42665--43189	89	5.9	89	83	3	558	28	13	26	30	1.94
43443--43572	65	2.0	65	95	0	233	33	12	18	35	1.88
43606--43667	30	2.0	31	90	6	99	29	14	14	41	1.85
43632--43689	19	2.9	19	84	5	71	32	13	17	36	1.89
52398--52424	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
52379--52443	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
52408--52465	19	2.9	19	84	5	71	32	13	17	36	1.89
57568--57644	20	3.8	20	79	6	93	41	12	15	29	1.85
58298--58432	49	2.8	49	86	0	189	31	16	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58495--59370	57	15.2	57	82	6	886	23	18	29	28	1.98
58483--59370	28	30.8	29	82	6	909	23	18	29	28	1.97
69356--69397	20	2.1	20	86	0	57	71	7	9	11	1.31
73632--73688	20	2.8	20	84	5	71	38	15	15	29	1.89
74580--74634	28	2.0	28	85	7	76	5	12	3	78	1.06
76346--76375	15	2.0	15	93	0	51	76	10	0	13	1.01
78116--78509	149	2.6	149	81	3	452	41	18	17	23	1.90
81543--81859	158	2.0	158	91	0	517	39	11	23	25	1.88
82638--82745	52	2.1	50	86	3	144	47	13	14	24	1.81
83455--83892	28	15.5	28	82	2	412	26	18	26	28	1.98
83778--83849	30	2.4	30	85	0	90	26	19	23	30	1.98
85202--85249	13	3.6	13	80	8	53	0	2	16	81	0.79
89301--89415	20	5.7	20	72	8	81	33	12	20	33	1.89
90146--90223	31	2.6	30	83	4	102	28	17	24	29	1.98
90142--91030	28	31.4	28	81	7	931	24	16	29	29	1.97
90142--91030	85	10.5	84	82	6	863	24	16	29	29	1.97
92222--92279	11	5.3	11	75	8	55	1	5	8	84	0.83
92228--92279	22	2.4	22	81	9	61	1	5	7	84	0.84
102915--102939	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
102895--102960	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
103001--103025	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103014--103162	52	2.9	50	89	6	217	33	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105809--105863	26	2.1	26	96	0	101	50	9	18	21	1.74
111429--111735	31	9.9	30	84	8	357	24	29	15	29	1.96
111429--111729	62	4.8	63	88	4	409	24	29	16	29	1.96
111709--112424	34	21.3	34	81	10	735	20	34	13	32	1.91
111676--112424	100	7.5	98	82	9	707	20	34	13	32	1.91
111714--112405	131	5.2	131	85	7	710	19	34	13	32	1.91
112408--112641	33	7.2	33	87	5	343	26	34	18	20	1.96
112408--112648	65	3.7	64	88	7	346	27	34	18	19	1.95
112411--112648	97	2.4	98	90	4	367	27	34	18	19	1.95
112654--113451	43	16.8	49	80	11	885	24	26	18	30	1.98
112655--113451	92	8.4	94	84	10	628	24	26	18	30	1.98
112871--113436	93	6.0	92	85	6	727	23	26	19	30	1.98
112822--113451	289	2.2	286	93	1	1116	23	26	18	30	1.98
114255--114352	19	5.8	18	71	28	90	33	12	16	37	1.86
114257--114354	32	3.0	32	92	1	160	34	12	16	36	1.86
114275--114334	13	4.2	13	73	22	57	33	13	16	36	1.88
114408--114556	52	2.9	50	84	7	183	34	14	16	34	1.90
116906--116956	26	2.0	26	100	0	102	52	7	15	23	1.68
118650--118692	21	2.0	21	86	8	61	39	11	9	39	1.74
118727--118783	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
118771--118907	53	2.6	53	91	1	229	37	18	16	27	1.92
119008--119046	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122431--122522	20	4.5	21	78	8	93	34	13	19	32	1.90
122493--122579	28	3.1	28	96	0	156	40	14	16	28	1.88
133215--133258	22	2.0	23	90	4	72	88	9	2	0	0.59
133212--133260	18	2.7	19	87	9	68	85	10	4	0	0.71
134283--134366	37	2.3	37	95	0	150	25	15	15	44	1.85
134725--134870	28	5.2	28	81	7	179	31	29	17	21	1.96
134725--134874	56	2.6	57	92	3	248	30	29	16	23	1.96
134851--135039	34	5.6	33	81	3	191	20	31	12	36	1.89
134847--135039	67	2.9	66	77	7	201	20	31	12	35	1.90
135128--135936	52	16.9	50	71	14	452	25	26	17	30	1.97
135036--135500	143	3.3	143	90	2	685	25	26	17	30	1.98
135466--135627	39	3.9	39	74	15	153	25	28	20	25	1.99
135331--135674	175	2.0	175	90	2	539	25	27	19	28	1.99
135331--135674	88	3.9	88	89	1	523	25	27	19	28	1.99
135592--135824	101	2.3	100	82	4	272	25	27	15	31	1.96
136109--136425	163	1.9	163	92	1	537	39	6	21	31	1.80
142552--142601	20	2.5	20	87	6	66	36	18	14	32	1.90
142616--142660	20	2.2	20	100	0	90	42	15	13	28	1.85
146881--146910	15	1.9	16	93	6	53	66	3	3	26	1.23
150948--150986	18	2.2	18	90	0	60	7	7	12	71	1.29
150948--150986	12	3.2	12	85	0	51	7	7	12	71	1.29
152300--152483	93	2.0	93	81	4	217	30	20	6	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160801--160877	31	2.5	31	91	4	120	45	11	19	23	1.83
160868--160936	20	3.5	20	82	4	95	40	10	13	36	1.78
167260--167477	52	4.3	51	77	6	174	35	15	23	25	1.94
167337--167505	52	3.3	50	80	6	169	36	15	23	24	1.94
171048--171084	10	3.9	9	86	13	56	75	0	16	8	1.02
172661--173410	156	4.8	154	73	10	549	25	17	18	38	1.93
172661--173078	154	2.7	152	85	6	529	25	17	19	37	1.94
174489--174519	15	2.1	15	93	0	53	35	16	16	32	1.91
174759--174862	34	3.1	34	86	6	140	20	36	12	30	1.90
174792--175165	59	6.3	59	82	7	397	28	32	14	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15