genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174792--175165	30	12.6	30	83	6	401	28	32	14	23	1.95
175192--175481	98	3.0	97	83	8	340	24	25	17	33	1.96
175182--175481	49	6.1	49	77	9	283	24	25	17	34	1.96
189862--189966	1	105.0	1	70	0	57	83	12	2	0	0.80
189877--189966	14	6.7	13	81	7	108	84	12	3	0	0.74
189896--189981	6	14.2	6	78	17	81	81	17	1	0	0.76
189862--189966	27	3.9	25	80	16	104	83	12	2	0	0.80
189865--189972	41	2.6	40	87	11	139	82	13	2	0	0.83
189899--189981	13	6.8	12	76	15	66	80	18	1	0	0.77
191151--191181	15	2.1	15	93	0	53	35	16	16	32	1.91
191427--191523	34	2.8	35	85	6	135	21	36	13	28	1.91
191453--191826	59	6.3	59	82	7	406	28	32	14	23	1.94
191453--191826	30	12.6	30	84	6	410	28	32	14	23	1.94
191853--192142	98	3.0	97	84	8	349	24	25	16	33	1.96
191843--192142	49	6.1	49	78	9	301	24	25	16	33	1.96
196286--196488	79	2.6	79	82	2	241	27	23	12	36	1.90
197867--198007	50	2.8	50	87	1	192	28	18	11	41	1.85
206200--206711	28	17.7	28	79	8	429	29	29	16	24	1.97
206205--206725	57	9.0	56	79	7	461	29	29	17	24	1.97
206200--206679	142	3.3	139	80	9	489	29	29	16	24	1.97
206215--206769	28	18.8	31	80	7	245	29	29	16	24	1.97
208940--209008	28	2.5	28	87	0	93	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208995--209086	48	1.9	47	88	2	139	31	20	9	38	1.85
209891--209946	20	2.8	20	78	7	62	33	16	16	33	1.91
211681--211835	71	2.2	71	84	1	204	26	16	13	43	1.85
216386--216413	13	2.2	13	100	0	56	14	32	7	46	1.71
218327--218400	20	3.7	20	78	7	69	41	17	13	27	1.87
218453--218484	13	2.4	14	94	5	57	40	15	15	28	1.88
218442--218503	31	2.0	32	96	3	117	38	16	16	29	1.90
218471--218564	20	4.7	19	77	13	84	42	17	13	26	1.86
218325--218636	164	1.9	165	99	0	617	35	18	17	28	1.94
218605--218658	21	2.7	21	86	13	78	37	16	14	31	1.89
218785--218875	13	8.0	13	71	26	82	29	16	14	39	1.88
218766--218894	32	4.0	32	94	3	181	29	17	13	40	1.87
218766--218831	20	3.7	20	71	26	74	27	18	13	40	1.88
218828--218914	19	4.8	19	78	17	96	32	16	13	37	1.88
218785--218894	32	3.4	32	94	3	186	30	16	13	40	1.87
221234--221275	21	2.0	21	86	13	61	54	4	14	26	1.59
226293--226379	22	3.9	22	77	8	86	36	5	31	26	1.80
230843--230899	26	2.1	27	83	3	71	47	1	24	26	1.62
232208--232251	22	2.0	22	86	4	63	47	11	6	34	1.66
241203--241258	19	2.8	20	89	5	96	32	17	14	35	1.90
246696--246743	18	2.7	18	90	0	69	77	0	18	4	0.93
246704--246743	9	4.4	9	87	0	62	82	0	15	2	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247586--247835	90	2.8	88	80	5	254	22	20	12	44	1.85
249165--249312	42	3.5	42	73	10	138	23	31	12	31	1.92
249132--249313	86	2.1	86	84	2	231	24	30	13	31	1.93
249124--249263	44	3.2	45	71	11	119	24	30	15	30	1.95
249177--249734	167	3.3	168	81	6	567	20	31	13	35	1.91
249266--249732	42	11.2	42	66	9	168	19	31	13	36	1.90
249323--249731	83	4.9	82	71	9	281	19	31	13	35	1.91
249746--249846	42	2.4	42	80	6	98	20	19	11	47	1.81
249864--249916	18	2.9	18	97	0	97	22	30	5	41	1.77
249921--250079	86	1.9	85	84	4	212	22	22	13	41	1.89
250822--250871	19	2.6	19	100	0	100	32	12	20	36	1.89
253148--253198	27	2.0	26	85	11	70	23	39	17	19	1.92
253323--253356	17	2.0	17	94	0	59	35	8	23	32	1.86
254840--255049	111	1.9	109	87	1	303	34	8	6	50	1.58
255336--255373	14	2.7	15	84	12	53	28	2	0	68	1.03
255342--255395	26	2.1	26	82	6	65	31	3	1	62	1.23
257114--257662	156	3.6	155	78	8	548	23	15	20	40	1.90
259417--259987	41	14.1	41	70	11	313	51	14	17	16	1.77
260750--261109	60	6.0	59	83	4	282	44	16	17	21	1.86
260763--261109	120	2.9	119	86	4	450	44	16	17	21	1.86
260983--261096	30	3.9	28	67	18	70	42	14	18	24	1.87
261506--261657	44	3.5	44	67	12	114	47	14	16	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265251--265599	173	2.0	174	90	1	549	35	12	12	40	1.80
268170--268226	6	9.7	6	78	14	57	71	1	1	24	1.04
269265--269392	65	2.0	65	92	0	211	37	4	10	47	1.58
270801--270945	72	2.0	72	97	0	272	31	11	5	52	1.59
274965--275048	20	3.7	20	68	27	60	27	20	8	44	1.80
274936--275051	50	2.4	50	86	2	164	26	18	10	43	1.82
288589--288732	20	6.8	20	73	14	101	29	18	14	38	1.90
288588--288646	28	2.1	28	93	0	100	28	16	15	38	1.89
288616--288733	41	2.9	38	81	9	137	28	19	15	36	1.92
288617--288734	20	5.8	20	75	15	109	28	19	14	37	1.91
291437--291837	167	2.4	169	78	13	377	30	11	10	48	1.72
293524--293607	20	3.7	20	68	27	60	27	20	8	44	1.80
293495--293610	50	2.4	50	86	2	164	26	18	10	43	1.82
307146--307289	20	6.8	20	73	14	101	29	18	14	38	1.90
307145--307203	28	2.1	28	93	0	100	28	16	15	38	1.89
307173--307290	41	2.9	38	81	9	137	28	19	15	36	1.92
307174--307291	20	5.8	20	75	15	109	28	19	14	37	1.91
310773--310909	53	2.6	53	91	1	229	26	18	18	36	1.94
310897--310951	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
310988--311030	21	2.0	21	86	8	61	39	9	11	39	1.74
312724--312778	26	2.1	26	100	0	110	21	18	7	52	1.69
315414--315542	52	2.5	52	94	0	231	31	17	16	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315414--315562	52	2.9	50	83	9	192	33	16	16	33	1.91
315618--315702	19	4.7	19	76	18	92	37	16	11	34	1.85
315637--315700	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
316504--317133	289	2.2	286	93	1	1071	30	18	26	24	1.98
316853--317222	141	2.7	141	87	2	527	28	18	27	25	1.98
316854--317227	92	4.0	92	85	8	392	28	18	27	25	1.98
316504--317209	43	14.8	49	80	11	745	30	18	26	24	1.98
317215--317455	33	7.5	32	89	7	357	19	17	34	28	1.95
317215--317452	97	2.4	99	91	5	380	19	18	33	28	1.95
317215--317455	65	3.7	63	88	8	330	19	17	34	28	1.95
317493--318405	31	28.0	31	77	12	158	32	14	31	21	1.93
317464--318119	100	6.6	98	82	7	630	32	13	33	20	1.91
317459--318149	34	20.8	33	79	9	518	33	13	32	20	1.91
317524--318075	272	2.1	264	83	6	691	32	13	34	19	1.91
318094--318399	62	4.9	61	89	4	402	30	16	28	24	1.97
323838--324386	156	3.6	155	76	8	514	23	14	20	41	1.90
326141--326711	41	14.1	42	70	12	288	50	14	17	16	1.78
327458--327816	60	6.0	60	83	4	381	45	16	17	21	1.86
327506--327816	59	5.2	58	84	4	338	45	15	17	22	1.85
327471--327816	119	2.9	119	85	5	441	45	16	17	21	1.85
327553--327803	30	8.5	28	66	17	71	43	15	17	23	1.86
331959--332306	173	2.0	173	88	2	511	34	12	12	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332917--333201	156	1.8	156	80	3	349	41	18	13	25	1.88
333782--333815	13	2.7	13	90	4	52	58	29	0	11	1.33
334882--334938	5	9.7	6	78	17	50	70	1	1	26	1.07
335997--336124	65	2.0	65	90	0	202	38	4	9	47	1.57
337534--337679	72	2.0	73	95	1	267	30	10	5	52	1.59
339612--339927	168	1.9	165	80	13	362	30	9	10	50	1.68
341684--341799	50	2.4	50	88	2	173	27	18	8	44	1.79
348613--348679	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
348633--348657	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
348722--348757	13	2.8	13	100	0	72	33	16	13	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15