genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1303128--1303193	20	3.7	20	73	26	83	34	15	12	37	1.84
1303944--1304070	67	1.9	68	85	1	175	39	12	24	23	1.89
1304126--1304315	43	4.1	44	80	12	220	30	16	26	26	1.97
1304083--1304310	48	4.7	49	82	9	281	30	17	25	26	1.97
1304074--1304299	91	2.4	94	85	8	296	31	17	25	25	1.97
1304312--1304669	30	11.8	30	76	11	245	25	16	29	28	1.96
1304370--1304461	35	2.7	35	79	5	107	38	11	28	21	1.89
1304446--1304676	88	2.7	87	83	4	281	24	17	29	28	1.97
1304671--1305077	33	12.9	32	69	18	196	32	13	34	19	1.90
1304677--1304890	27	7.2	27	68	18	122	31	14	34	20	1.92
1304438--1305015	29	19.0	29	72	15	251	28	14	33	23	1.94
1304704--1305080	65	5.9	64	79	12	382	31	13	34	20	1.91
1304643--1305080	125	3.5	124	83	8	489	31	13	34	20	1.91
1304767--1304940	63	2.8	56	83	12	177	31	13	35	20	1.91
1305082--1305348	31	8.8	30	74	12	206	28	16	28	25	1.97
1305082--1305317	93	2.6	91	81	10	277	29	16	27	25	1.97
1305084--1305317	92	2.6	91	81	9	246	29	17	27	26	1.97
1313433--1313557	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
1313433--1313578	52	2.8	51	88	4	204	29	17	17	35	1.93
1313619--1313643	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1321457--1321527	5	14.0	5	77	11	65	61	0	0	38	0.96
1321512--1321583	30	2.3	33	81	13	98	56	0	1	41	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1322077--1322110	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
1325767--1325810	21	2.1	21	100	0	88	25	27	4	43	1.74
1330690--1330748	14	4.2	14	74	18	52	62	3	1	32	1.21
1330744--1330814	29	2.5	29	88	2	117	45	5	8	40	1.58
1331923--1331977	19	2.8	20	86	2	85	30	16	14	38	1.89
1334135--1334178	21	2.0	22	82	4	54	59	13	9	18	1.60
1337830--1337855	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1337810--1337873	32	2.0	33	90	3	103	28	12	17	42	1.85
1338535--1338580	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
1340386--1340411	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1343501--1343621	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1343501--1343641	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1343630--1343654	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1343720--1343744	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1343698--1343764	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1344557--1344683	67	1.9	68	85	1	175	37	12	25	24	1.91
1344563--1344957	171	2.3	171	93	1	664	36	13	24	25	1.93
1344691--1344792	49	2.1	49	84	0	132	34	14	23	27	1.94
1344933--1345001	22	3.2	22	63	19	54	30	17	26	26	1.97
1344872--1345371	49	10.6	49	80	10	580	30	18	25	26	1.98
1344915--1345376	92	5.0	91	92	3	691	29	18	25	25	1.98
1345364--1345438	33	2.4	32	88	6	118	18	17	36	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1345371--1345434	33	1.9	34	96	3	121	17	18	35	28	1.93
1345425--1345997	34	17.2	36	77	17	427	31	12	35	20	1.90
1345445--1346123	34	20.9	33	75	15	392	31	13	34	20	1.91
1345555--1345608	27	2.0	27	92	0	90	25	14	37	22	1.93
1345515--1345635	61	2.0	60	85	7	165	32	14	33	19	1.92
1345582--1346051	98	4.8	97	89	5	621	28	13	36	20	1.91
1345815--1345866	27	1.9	27	96	0	95	17	17	40	25	1.90
1345913--1345964	27	1.9	27	96	0	95	17	17	40	25	1.90
1345977--1346091	30	3.9	30	84	10	164	25	13	37	23	1.92
1345971--1346089	58	2.1	58	95	0	211	27	13	36	22	1.92
1347062--1347089	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
1347131--1347172	16	2.6	16	84	0	57	0	7	9	83	0.81
1351283--1351327	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1354993--1355029	13	2.8	13	87	0	56	35	18	10	35	1.86
1354940--1355015	33	2.3	33	86	0	116	34	14	15	35	1.88
1357548--1357589	20	2.1	20	95	0	75	33	9	11	45	1.73
1357593--1357639	20	2.4	20	85	3	69	31	19	14	34	1.92
1359252--1359358	56	1.9	56	84	3	144	31	20	9	38	1.84
1362307--1362744	78	5.6	78	79	7	417	35	11	24	28	1.90
1362316--1362744	155	2.8	156	83	5	512	36	11	24	28	1.90
1365087--1365129	21	2.0	21	86	0	59	48	9	13	27	1.73
1366412--1366465	19	2.8	19	82	2	72	37	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1366479--1366525	20	2.3	20	96	0	85	29	12	14	42	1.83
1369185--1369320	35	4.0	34	80	7	123	30	23	8	37	1.85
1372294--1373064	156	5.0	155	83	3	809	39	21	14	23	1.91
1373117--1373407	144	2.0	144	82	5	349	37	21	16	24	1.93
1372643--1373485	420	2.0	423	81	6	999	38	21	16	23	1.92
1375655--1376025	166	2.2	164	80	6	383	50	8	11	28	1.69
1380564--1380621	28	2.2	25	82	14	73	24	24	13	37	1.91
1380492--1380848	79	4.5	79	72	11	223	29	26	10	33	1.90
1380492--1380693	80	2.5	78	78	7	219	30	24	10	34	1.89
1383653--1384049	59	6.3	65	77	12	248	28	18	24	28	1.98
1383761--1384056	119	2.5	119	88	2	441	26	17	27	28	1.98
1383761--1384087	59	5.5	61	87	2	414	27	18	26	27	1.98
1391199--1391437	20	12.9	20	66	25	114	41	12	15	30	1.85
1391154--1391326	51	3.6	50	72	17	161	41	13	16	28	1.86
1391219--1391417	71	2.8	71	88	1	229	40	13	16	30	1.87
1391154--1391346	91	2.1	91	89	1	289	40	13	16	30	1.86
1398537--1398685	52	2.9	51	88	4	226	30	16	18	33	1.94
1398674--1398698	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1398739--1398805	33	2.0	33	85	0	89	40	13	10	35	1.79
1401558--1401608	27	1.9	26	84	4	66	50	0	0	49	1.00
1401764--1401862	18	5.1	18	69	19	65	44	3	0	52	1.16
1405187--1405258	36	2.0	36	91	0	117	36	15	9	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1407669--1407706	15	2.4	16	82	8	51	36	0	0	63	0.95
1407635--1407713	16	5.0	16	72	9	63	34	1	3	60	1.23
1409975--1410061	31	2.8	31	94	0	147	22	8	19	49	1.74
1410587--1410638	3	17.3	3	80	7	61	28	0	5	65	1.16
1411521--1411573	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
1411970--1412021	24	2.2	24	80	10	63	67	15	11	5	1.40
1412246--1412295	23	2.2	23	85	0	64	60	24	10	6	1.51
1413443--1413806	160	2.3	157	78	8	360	37	11	12	38	1.80
1416210--1416304	19	5.7	18	72	27	93	33	12	17	35	1.88
1416229--1416285	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1416210--1416312	32	3.2	32	97	0	188	33	12	17	35	1.88
1416357--1416383	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1417322--1417360	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
1425484--1425553	32	2.2	32	86	0	95	37	14	15	32	1.88
1425592--1425619	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1430862--1430971	55	2.0	55	100	0	220	27	18	14	40	1.89
1432975--1433064	31	2.9	31	91	0	153	24	28	15	31	1.96
1433069--1433184	27	4.0	27	80	16	124	23	37	12	26	1.91
1433095--1433162	34	2.0	35	91	2	111	19	35	11	33	1.88
1432976--1433183	62	3.4	62	83	5	217	23	32	13	30	1.94
1433549--1438373	49	101.8	50	74	11	2436	25	25	18	30	1.98
1433549--1438321	101	50.4	99	74	12	2554	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1433958--1434147	39	4.6	40	75	12	152	26	26	20	26	1.99
1433954--1434112	87	1.8	87	86	0	228	27	26	19	26	1.99
1433193--1436010	563	5.0	568	78	11	2601	25	26	17	30	1.98
1434121--1437709	149	25.2	150	72	15	975	25	25	18	30	1.98
1434646--1434762	39	3.0	39	91	0	189	29	28	20	22	1.98
1434685--1436001	524	2.5	524	91	1	2099	25	26	17	29	1.98
1435599--1435794	87	2.3	87	86	0	275	29	25	18	27	1.98
1435976--1436084	39	2.8	39	84	0	137	27	26	21	24	1.99
1436503--1436699	39	4.8	39	76	11	180	28	26	20	24	1.99
1436103--1437514	563	2.5	563	88	2	1973	25	25	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15