genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  5  of  15  ( 1685 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700300--700387	26	3.3	26	66	20	72	22	19	30	27	1.98
700259--700887	120	5.4	119	86	6	755	27	20	26	25	1.99
700259--700887	55	10.8	59	87	5	733	27	20	26	25	1.99
705564--705626	33	1.9	33	87	6	92	41	14	14	30	1.85
711794--711832	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
711953--711998	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
714402--714427	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
714383--714447	33	2.0	33	87	6	96	41	16	12	29	1.85
717347--717400	28	1.9	28	88	0	81	25	20	29	24	1.99
717576--717797	52	4.3	51	78	5	212	31	13	26	29	1.93
717662--717797	51	2.6	52	82	3	159	31	13	25	28	1.94
720314--720380	34	2.0	33	88	2	98	46	13	14	25	1.82
720404--720455	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
720412--720497	19	4.7	19	70	20	67	37	15	12	34	1.85
720404--720476	32	2.3	32	95	0	128	35	16	12	35	1.86
721106--721202	42	2.3	42	77	8	101	43	11	27	17	1.83
721294--722239	55	16.3	58	80	11	927	25	19	27	27	1.99
721295--722239	175	5.4	174	90	4	1309	25	19	27	27	1.99
723197--723233	13	2.7	14	84	15	51	0	5	5	89	0.60
735761--735803	20	2.0	22	86	8	63	27	11	18	41	1.85
735838--735889	20	2.7	20	85	11	72	28	13	17	40	1.87
736758--736801	20	2.0	21	87	12	63	63	13	9	13	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737939--737981	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
738422--738460	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
742309--742360	21	2.5	20	78	9	59	23	9	3	63	1.41
742943--742976	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
744491--744536	20	2.3	21	81	11	60	32	8	17	41	1.80
744541--744575	10	3.5	10	96	0	61	22	31	20	25	1.98
744598--744623	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
744578--744641	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
744578--744641	32	2.0	33	87	9	96	28	14	17	40	1.88
745770--745990	51	4.3	51	80	4	228	31	13	26	28	1.93
745660--746157	262	1.9	264	89	3	781	30	14	27	28	1.95
745770--745990	103	2.1	104	80	5	252	31	13	26	28	1.93
745973--746048	27	2.8	28	85	2	100	19	21	35	23	1.96
748587--748640	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
748676--748752	21	3.7	21	87	3	102	36	16	11	35	1.86
748932--749037	49	2.1	50	91	1	169	27	15	16	41	1.87
751064--751140	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
751197--751221	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
751178--751240	32	2.0	32	87	0	90	31	14	17	36	1.90
753669--753799	51	2.5	53	84	8	178	31	25	10	32	1.90
753666--753811	51	2.9	49	82	10	152	30	27	10	32	1.90
753817--754035	52	4.2	50	78	9	217	30	25	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755292--755617	131	2.5	129	86	2	465	29	22	11	35	1.90
755504--755665	51	3.2	51	77	1	146	29	24	12	33	1.92
758099--758232	52	2.6	50	76	5	126	29	11	11	46	1.77
761968--762102	54	2.5	54	87	2	198	38	7	26	27	1.83
762078--762126	26	2.0	24	88	8	71	22	16	34	26	1.95
783093--783125	15	2.1	16	88	5	50	45	0	0	54	0.99
784704--784934	95	2.4	94	86	2	320	38	14	20	26	1.91
787107--787157	20	2.5	20	90	6	77	39	11	15	33	1.84
794862--794892	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
796173--796200	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
798363--798406	21	2.2	20	84	12	54	45	2	0	52	1.13
799186--799251	35	1.9	35	84	3	89	34	22	10	31	1.88
799693--800001	146	2.1	146	89	0	467	35	13	17	32	1.90
799931--799955	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
805750--805804	20	2.8	20	91	0	83	36	12	14	36	1.84
805852--806152	92	3.2	92	83	6	386	35	13	16	33	1.89
806095--806212	56	2.1	56	100	0	236	39	12	11	36	1.79
809783--809823	20	2.0	20	90	9	66	12	7	19	60	1.54
811928--811975	23	2.0	22	84	11	60	50	2	31	16	1.57
812570--812640	20	4.0	18	71	14	67	33	14	18	33	1.90
813626--813657	15	2.1	15	100	0	64	21	18	6	53	1.67
819236--819306	20	3.6	19	75	7	70	39	15	11	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819540--819594	27	2.0	27	100	0	110	20	14	10	54	1.69
822138--822172	18	1.9	18	88	11	54	54	0	0	45	0.99
822902--823014	18	6.4	17	82	4	84	37	9	10	42	1.73
822913--823014	36	2.8	36	85	2	125	37	10	9	42	1.73
825766--825820	18	3.2	17	85	10	67	34	9	16	40	1.80
825775--825833	18	3.3	18	83	9	68	28	6	16	47	1.72
825825--825883	18	3.3	18	75	0	64	37	3	6	52	1.45
830572--830601	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
830549--830617	33	2.1	33	83	5	86	36	17	10	36	1.84
833029--833103	33	2.3	32	79	9	80	38	1	21	38	1.62
833074--833122	20	2.4	20	80	10	55	40	0	20	38	1.53
839307--839341	17	2.1	17	94	0	61	5	8	22	62	1.45
848854--848879	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
851400--851438	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
851424--851502	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
855351--855395	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
857619--857644	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
858501--858806	31	9.9	31	84	9	365	22	29	16	32	1.96
858820--859460	27	22.1	27	78	10	494	21	32	13	31	1.93
858995--859088	33	2.8	34	83	3	120	21	32	11	34	1.89
858996--859238	34	7.8	33	77	10	148	20	33	13	32	1.91
858832--859460	115	5.4	113	77	13	580	21	32	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858920--859449	149	3.6	149	84	5	632	21	32	13	32	1.92
858820--859460	88	7.4	82	75	14	461	21	32	13	31	1.93
858901--859508	149	4.1	143	79	9	588	21	32	13	32	1.92
859354--859507	61	2.5	61	87	1	211	20	31	12	34	1.91
859483--859605	29	4.2	30	81	7	137	30	33	18	17	1.95
859483--859605	57	2.1	58	88	5	178	30	33	18	17	1.95
859625--860453	49	17.9	48	72	15	561	26	26	18	29	1.98
859725--860348	87	7.0	87	87	4	834	26	26	19	28	1.99
859691--860171	136	3.5	134	76	13	487	25	26	19	28	1.99
859627--860455	184	4.5	184	85	7	942	26	26	18	29	1.98
859959--860207	39	5.9	39	70	19	178	28	25	20	26	1.99
859909--860454	91	6.0	90	82	7	635	26	26	18	28	1.98
860223--860299	39	2.0	39	86	0	109	29	25	19	24	1.98
860266--860454	52	3.7	49	78	7	164	25	27	15	30	1.96
860262--860445	101	1.8	101	82	2	235	26	27	15	29	1.96
868693--868729	3	12.3	3	88	0	56	29	29	0	40	1.57
870379--870451	32	2.2	33	83	7	87	43	19	12	24	1.85
870406--870430	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
873649--873694	23	2.0	23	95	0	83	34	10	15	39	1.82
874712--874943	112	2.1	112	83	0	302	30	22	15	31	1.95
874739--874941	112	1.8	113	89	1	318	30	23	15	31	1.95
874768--874997	112	2.1	112	80	4	250	30	23	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884917--884977	20	2.9	21	78	14	63	34	13	11	40	1.80
885001--885056	20	2.7	21	83	5	69	30	16	14	39	1.88
886557--886590	17	1.9	18	88	5	52	67	2	11	17	1.34
887437--887534	36	2.9	35	80	8	107	26	27	14	31	1.95
887942--887996	20	2.8	20	91	0	92	36	18	10	34	1.86
887982--888008	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
888219--888262	22	2.0	22	91	8	72	38	13	4	43	1.65
888931--888973	21	2.0	21	90	0	68	25	30	2	41	1.68
893067--893120	19	2.7	21	86	13	78	40	12	12	33	1.82
900155--900206	16	3.2	16	86	8	70	84	13	0	1	0.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15