genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1954471--1954611	28	5.1	27	62	15	65	21	19	31	28	1.97
1968298--1968485	77	2.4	77	84	3	225	32	18	25	23	1.97
1968440--1968516	28	2.8	28	81	0	73	25	20	29	23	1.99
1968499--1968829	52	6.3	51	70	14	188	32	12	25	29	1.93
1968389--1968839	213	2.1	212	86	2	620	32	13	25	28	1.94
1970639--1970672	17	2.0	17	88	0	50	0	2	14	82	0.79
1971183--1971209	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1971249--1971320	19	4.2	18	77	22	84	37	13	11	37	1.81
1971271--1971295	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1971252--1971314	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1971604--1972042	48	9.2	47	80	4	389	20	21	17	41	1.90
1971604--1972042	96	4.6	96	83	2	515	20	21	17	41	1.90
1971604--1972042	144	3.1	143	83	4	526	20	21	17	41	1.90
1975394--1975420	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1975404--1975461	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
1975375--1975557	33	5.1	33	67	20	98	31	15	16	36	1.90
1975405--1975460	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
1984259--1984283	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1984268--1984325	19	3.1	19	81	16	75	36	13	17	32	1.89
1984361--1984419	20	3.3	20	65	30	60	35	15	11	37	1.84
1984357--1984453	33	2.9	33	93	3	160	34	14	13	38	1.85
1998553--1998591	3	13.7	3	84	10	55	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2004137--2004187	9	6.3	9	72	25	51	21	50	27	0	1.48
2004134--2004186	15	3.5	15	100	0	106	18	52	28	0	1.46
2004290--2004476	15	12.7	15	73	7	141	3	15	49	31	1.62
2004291--2004383	27	3.3	27	82	8	123	3	16	49	31	1.61
2004337--2004383	12	3.7	12	78	15	58	0	14	53	31	1.42
2004347--2004477	45	2.9	45	86	5	176	3	15	51	29	1.58
2005912--2005949	11	3.6	10	89	10	58	68	0	0	31	0.90
2005990--2006024	17	2.2	15	90	10	52	60	0	0	40	0.97
2006564--2006600	2	18.5	2	94	0	65	0	45	0	54	1.00
2008510--2008565	20	2.8	20	91	2	87	37	14	14	33	1.86
2014950--2014989	20	2.0	20	85	14	55	27	22	5	45	1.73
2016759--2016826	33	2.1	32	86	2	91	36	17	13	32	1.89
2024789--2024919	37	3.4	37	69	19	122	39	5	25	29	1.78
2024826--2025070	101	2.4	101	97	0	456	42	3	24	29	1.72
2025595--2025619	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2025709--2025733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2025689--2025756	33	2.1	32	86	2	91	33	17	16	32	1.92
2026865--2026894	15	1.9	16	93	6	53	43	0	26	30	1.55
2027446--2027603	63	2.5	63	89	3	239	31	17	17	33	1.93
2027572--2027624	20	2.7	20	88	2	81	30	13	24	32	1.93
2027659--2027696	20	2.0	20	89	5	60	36	10	13	39	1.79
2029894--2029934	21	1.9	22	85	5	57	58	2	21	17	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030966--2031012	24	2.0	24	84	12	62	14	4	17	63	1.45
2031642--2031695	23	2.3	22	81	15	63	29	9	0	61	1.27
2033810--2033835	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2038416--2038446	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2042509--2042534	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2053278--2053377	42	2.3	43	86	1	130	32	15	19	34	1.92
2056100--2056137	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
2064671--2064697	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2064765--2064790	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2064744--2064813	34	2.1	33	89	7	106	34	12	20	32	1.90
2066784--2066813	15	2.0	15	93	0	51	36	13	0	50	1.42
2070017--2070142	54	2.4	54	96	4	231	37	3	25	34	1.72
2070724--2070748	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2071670--2071762	36	2.8	34	80	9	111	30	26	13	29	1.95
2072179--2072253	20	3.8	20	87	0	105	40	18	8	33	1.80
2072420--2072463	22	2.1	21	87	8	63	40	9	6	43	1.63
2073036--2073091	21	2.7	21	91	0	94	28	26	0	44	1.54
2075636--2075660	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2075646--2075701	21	2.8	20	91	2	85	35	10	19	33	1.87
2075648--2075701	20	2.6	21	91	2	83	35	11	20	33	1.88
2076636--2076695	21	2.8	20	78	16	68	20	23	3	53	1.60
2078283--2078342	30	2.0	29	83	9	75	33	21	11	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2078809--2078881	20	3.8	20	81	3	69	34	17	12	35	1.88
2078868--2078893	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2079100--2079143	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
2079308--2079808	44	11.4	44	68	15	151	23	17	12	46	1.82
2079308--2079797	176	2.8	173	77	4	489	23	17	12	46	1.81
2079308--2079832	88	6.0	88	74	7	359	23	17	12	46	1.82
2080250--2080373	59	2.1	59	83	0	149	20	16	16	45	1.85
2081056--2081140	40	2.2	39	84	2	107	15	15	16	52	1.74
2081088--2081376	40	7.3	39	74	7	190	19	15	11	52	1.73
2081121--2081268	79	1.9	78	85	4	208	19	18	8	53	1.70
2081679--2081891	104	2.0	104	81	3	250	23	23	12	40	1.88
2081937--2082077	66	2.2	65	81	3	167	20	20	13	45	1.85
2083031--2083082	20	2.5	21	87	3	70	34	15	9	40	1.80
2084059--2084526	154	3.0	152	79	6	440	23	15	19	41	1.89
2084774--2085123	155	2.3	154	82	4	400	26	15	17	40	1.90
2086094--2086155	20	3.1	20	71	13	56	35	1	6	56	1.35
2086054--2086331	141	2.0	140	87	2	405	30	3	10	55	1.49
2086207--2086437	121	1.9	120	89	3	358	31	3	11	54	1.51
2086350--2086563	72	3.0	70	82	4	266	30	2	12	54	1.52
2086140--2086536	192	2.1	188	82	8	459	30	3	11	55	1.51
2086857--2086968	50	2.2	50	88	0	170	28	15	13	42	1.84
2088198--2088607	79	5.2	79	82	4	468	27	24	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088246--2088607	160	2.3	158	85	4	478	27	24	12	34	1.92
2088566--2088634	28	2.5	28	88	4	95	24	24	18	31	1.98
2090926--2090963	4	9.5	4	94	0	67	23	2	0	73	0.95
2097069--2097098	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
2099730--2099763	16	2.1	16	100	0	68	44	5	23	26	1.76
2104086--2104110	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
2104096--2104151	19	2.9	19	75	2	58	33	19	12	33	1.89
2107319--2107387	28	2.5	28	83	6	95	30	17	26	26	1.97
2107239--2107469	107	2.1	107	86	4	331	33	15	24	26	1.95
2107349--2107794	156	2.8	156	85	2	572	34	13	23	28	1.93
2107349--2107797	235	1.9	238	82	4	559	34	13	23	28	1.93
2107349--2107833	79	6.2	78	82	6	505	34	13	23	28	1.93
2110160--2110234	20	3.8	20	77	5	80	40	9	18	32	1.83
2110501--2110729	74	3.1	74	81	5	259	32	2	11	53	1.50
2112116--2112544	152	2.8	151	83	8	512	31	9	7	51	1.63
2112819--2112855	20	1.9	20	88	5	58	64	2	0	32	1.07
2113711--2114455	158	4.7	156	82	4	760	27	10	17	44	1.81
2115975--2116029	20	2.8	20	94	0	92	29	16	12	41	1.85
2116012--2116041	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
2116074--2116139	20	3.7	20	71	26	65	27	18	13	40	1.88
2116094--2116124	13	2.4	13	94	0	53	25	19	16	38	1.92
2116074--2116143	33	2.1	33	91	0	113	27	18	12	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118667--2118740	28	2.7	27	82	14	80	24	27	18	29	1.98
2118796--2119007	79	2.7	79	77	7	225	27	25	12	33	1.92
2123226--2123512	79	3.7	78	80	9	284	31	21	9	37	1.86
2127057--2127175	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
2127081--2127166	24	3.8	24	70	17	76	10	44	2	43	1.51
2127072--2127142	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2131121--2131162	21	2.0	21	95	0	75	23	30	0	45	1.53
2139930--2140017	15	6.4	14	72	14	67	80	12	4	2	0.95
2139935--2140017	30	2.7	30	87	7	105	79	13	4	2	0.99
2139970--2140014	4	11.8	4	81	13	51	77	17	4	0	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15