genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1825912--1826040	52	2.5	52	94	0	222	34	17	18	29	1.94
1839878--1839952	1	75.0	1	78	0	78	89	10	0	0	0.49
1839876--1839952	17	4.6	17	86	12	106	88	11	0	0	0.52
1839878--1839952	12	6.5	11	81	15	89	89	10	0	0	0.49
1839878--1839952	25	3.0	24	85	14	107	89	10	0	0	0.49
1841390--1841769	29	13.0	29	80	6	383	28	28	17	25	1.97
1841390--1841743	117	3.0	117	91	2	527	29	27	17	25	1.97
1841806--1841910	32	3.4	31	88	5	140	29	34	18	18	1.94
1841970--1842080	21	5.2	21	64	20	68	27	25	18	29	1.98
1841898--1842265	43	8.1	43	83	9	448	25	25	17	30	1.98
1841949--1842318	92	4.0	92	90	3	563	25	24	17	31	1.97
1841891--1842264	135	2.8	137	88	6	530	25	25	18	29	1.98
1842219--1842372	52	2.9	53	81	4	193	24	24	15	35	1.94
1842219--1842592	169	2.2	174	83	5	449	23	24	14	37	1.92
1843201--1843225	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1843287--1843311	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1843298--1843352	20	2.7	21	85	5	76	29	16	14	40	1.88
1843410--1843434	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1843109--1843454	103	3.3	101	70	13	333	33	15	15	35	1.89
1843111--1843541	209	2.1	209	99	0	853	33	16	14	35	1.90
1843496--1843520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1843529--1843657	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1849297--1849595	155	1.9	154	80	5	343	37	20	14	28	1.91
1851504--1851570	33	2.0	33	91	0	107	28	25	13	32	1.93
1852975--1853013	20	2.0	19	90	5	60	35	20	10	33	1.86
1853023--1853047	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1853035--1853087	21	2.6	21	76	8	56	37	16	16	28	1.91
1853147--1853172	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1853129--1853192	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
1862109--1862134	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1862089--1862152	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1864682--1864719	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1866779--1866809	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1868610--1868654	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1870855--1870907	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
1871703--1871741	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
1871751--1871775	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1871859--1871920	33	1.9	32	90	3	97	41	20	11	25	1.86
1874889--1874935	19	2.6	18	83	6	58	46	19	2	31	1.61
1874990--1875024	12	2.9	12	95	0	61	31	25	8	34	1.86
1876601--1876635	13	2.7	13	90	0	61	34	14	20	31	1.92
1881172--1881465	142	2.1	142	95	0	525	13	22	17	47	1.82
1883232--1883586	174	2.0	174	87	2	516	36	11	24	27	1.89
1883621--1883787	63	2.7	63	85	2	221	21	17	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1883913--1884013	28	3.5	28	84	9	96	26	17	28	26	1.98
1883902--1884047	57	2.5	57	84	3	177	26	18	27	28	1.98
1883902--1884123	29	7.6	29	76	11	166	23	17	28	30	1.97
1883598--1884117	32	17.0	30	73	10	208	23	17	30	29	1.97
1884226--1884590	29	12.2	28	71	18	204	23	16	30	29	1.96
1884277--1884336	31	1.9	31	82	3	75	25	18	26	30	1.98
1884024--1884503	219	2.2	217	85	5	644	22	16	30	30	1.95
1884252--1884445	98	2.0	98	83	7	250	23	16	30	29	1.96
1884420--1884588	28	5.9	29	77	11	134	23	15	28	31	1.96
1884420--1884588	56	3.0	55	74	11	153	23	15	28	31	1.96
1885482--1885523	17	2.5	17	84	3	59	2	14	4	78	1.01
1885808--1885881	22	3.3	22	74	11	69	8	16	10	64	1.47
1888464--1888517	20	2.7	19	81	13	65	31	12	18	37	1.89
1888547--1888597	20	2.6	19	87	9	68	41	19	13	25	1.88
1894753--1894791	13	3.0	13	84	0	60	30	17	17	33	1.94
1895234--1895276	20	2.1	20	82	4	50	16	41	30	11	1.83
1896658--1896698	20	2.0	22	90	9	68	36	2	26	34	1.70
1897238--1897294	21	2.8	21	81	2	71	36	12	19	31	1.89
1897340--1897365	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1898986--1899161	69	2.5	67	73	12	167	37	8	21	32	1.84
1900819--1900901	35	2.4	36	85	6	125	8	24	16	50	1.73
1901143--1901187	22	2.1	22	87	4	65	0	26	11	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1901154--1901215	22	2.7	23	82	7	74	1	29	6	62	1.29
1901689--1901726	20	2.0	20	89	5	60	13	5	5	76	1.13
1903825--1903935	33	3.2	33	64	26	84	19	9	9	61	1.54
1903812--1903960	72	2.1	72	97	0	280	21	10	8	59	1.56
1908211--1908256	21	2.2	20	82	14	58	43	15	17	23	1.87
1909169--1909241	32	2.3	32	92	0	119	35	20	9	34	1.85
1909557--1909591	13	2.7	13	86	0	52	37	20	11	31	1.88
1909641--1909704	33	2.0	33	90	3	103	39	14	15	31	1.87
1913624--1913767	42	3.4	42	96	0	252	42	2	45	9	1.51
1913674--1913743	24	3.2	24	69	23	80	47	2	40	10	1.52
1914586--1914610	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1914566--1914632	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1914673--1914697	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1914706--1914834	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
1922716--1922741	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1926040--1926188	52	2.9	52	88	6	221	30	17	18	33	1.94
1926240--1926297	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
1927148--1927261	52	2.1	54	88	4	169	37	14	22	24	1.92
1926875--1927512	169	3.7	170	78	6	716	36	13	26	22	1.92
1926907--1927608	344	2.0	344	97	0	1323	36	13	26	22	1.92
1927041--1927556	122	4.4	122	65	27	353	37	13	25	22	1.92
1927452--1927736	43	5.7	52	78	10	215	32	15	24	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1927558--1927747	48	4.1	44	79	10	211	31	15	25	26	1.96
1927506--1927695	92	2.0	95	89	4	296	33	15	24	26	1.95
1927764--1927887	28	4.3	28	81	7	126	17	14	29	37	1.90
1927764--1927887	56	2.2	58	84	7	155	17	14	29	37	1.90
1927861--1927952	35	2.7	35	83	5	116	38	10	29	21	1.88
1929096--1929693	79	7.6	79	79	7	554	26	22	13	37	1.91
1929116--1929694	157	3.7	156	80	6	587	26	23	13	36	1.92
1929630--1929747	50	2.3	51	86	4	168	32	23	10	33	1.88
1929558--1929876	129	2.5	130	83	6	373	28	24	10	35	1.89
1929777--1929875	51	1.9	51	87	4	146	29	27	8	35	1.85
1929569--1929923	130	2.7	129	80	8	303	28	24	11	35	1.90
1937921--1938642	165	4.3	164	76	8	599	50	9	10	29	1.69
1938000--1938646	165	3.9	163	80	6	696	50	9	10	29	1.69
1938019--1938643	333	1.9	331	88	3	943	50	9	11	29	1.68
1940105--1940130	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1942509--1942555	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
1942679--1942717	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1942703--1942781	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1944796--1944826	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1946630--1946674	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1948892--1948917	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1950388--1950590	79	2.6	79	82	3	230	30	17	27	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1950542--1950613	28	2.6	27	89	8	101	25	19	33	22	1.97
1950602--1950992	51	7.4	52	72	15	250	32	12	25	29	1.92
1950493--1950983	213	2.3	209	85	4	655	32	13	25	28	1.94
1950814--1950987	51	3.4	51	92	4	260	33	10	22	32	1.89
1952793--1952826	17	2.0	17	88	0	50	0	2	14	82	0.79
1953358--1953383	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1953423--1953494	19	4.2	18	77	22	84	37	13	11	37	1.81
1953445--1953469	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1953426--1953488	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1954334--1954870	55	9.6	54	89	5	675	23	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15