genome.fa.s267.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2306539

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  8  of  15  ( 1685 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1146211--1146633	107	4.0	105	71	13	317	27	26	14	30	1.95
1146473--1146549	28	2.7	30	86	7	99	24	32	19	23	1.97
1146148--1146596	212	2.1	212	86	4	629	28	26	13	31	1.94
1146503--1146705	79	2.6	78	83	4	239	24	29	16	30	1.96
1152840--1153337	55	8.9	55	88	3	606	26	28	20	24	1.99
1154163--1154230	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1154165--1154227	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1154184--1154208	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1154270--1154295	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1154250--1154316	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1156660--1157000	52	6.5	53	70	17	194	29	25	12	32	1.92
1156777--1156845	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
1156723--1157116	107	3.7	104	72	11	314	27	26	14	30	1.95
1156660--1157108	212	2.1	212	85	4	611	28	26	13	31	1.94
1157015--1157217	79	2.6	78	81	4	221	24	29	16	30	1.96
1163358--1163855	55	8.9	55	89	3	606	26	28	20	24	1.99
1164681--1164748	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1164683--1164745	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1164702--1164726	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1164788--1164813	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1164768--1164834	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1167175--1167516	52	6.5	53	70	19	198	30	26	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1167292--1167360	27	2.5	27	85	2	84	26	31	20	21	1.98
1167238--1167630	107	3.7	105	72	11	323	28	26	13	30	1.95
1167175--1167623	212	2.1	212	86	4	629	28	26	12	31	1.93
1169351--1169403	22	2.4	22	90	0	88	37	7	15	39	1.75
1170821--1170855	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
1172328--1172356	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
1172308--1172372	33	2.0	33	90	6	105	29	18	13	38	1.89
1172402--1172494	20	4.7	19	79	12	91	36	15	17	31	1.90
1177537--1177561	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1177619--1177643	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1177652--1177780	52	2.5	52	93	0	222	34	16	18	30	1.93
1179118--1179323	78	2.6	78	81	2	225	29	16	29	24	1.97
1179275--1179346	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
1179334--1179713	52	7.3	51	80	6	395	33	11	25	30	1.91
1179334--1179711	105	3.6	101	78	7	382	33	10	25	30	1.90
1179334--1179713	157	2.4	157	94	1	647	33	11	25	30	1.91
1180629--1180720	19	4.8	19	97	0	166	36	15	10	36	1.82
1180776--1180833	21	2.8	21	94	0	98	37	17	10	34	1.84
1181553--1182807	61	21.2	61	83	6	1451	25	20	29	25	1.99
1181552--1182807	181	7.1	181	86	5	1575	25	19	29	25	1.99
1182700--1182784	29	3.0	29	63	22	72	18	21	34	25	1.96
1183142--1183182	21	2.0	21	90	9	66	39	14	9	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1183222--1183271	19	2.6	19	87	9	66	40	18	12	30	1.86
1183241--1183430	53	3.6	53	95	0	344	34	17	17	30	1.94
1187313--1187337	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1188573--1188687	56	2.1	56	96	0	212	30	11	26	31	1.91
1188990--1189030	21	2.0	21	90	9	66	39	14	9	36	1.79
1189070--1189172	19	5.6	19	69	24	69	37	18	15	28	1.91
1189089--1189225	53	2.6	53	96	0	247	35	18	17	29	1.94
1189249--1189279	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
1189267--1189322	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
1189395--1189432	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
1189397--1189437	13	3.2	13	89	0	55	36	17	12	34	1.87
1190941--1190996	1	56.0	1	78	0	58	0	5	5	89	0.60
1190941--1190996	10	5.3	10	81	12	67	0	5	5	89	0.60
1190948--1190996	11	4.5	11	87	10	64	0	4	6	89	0.57
1190941--1190996	22	2.6	21	88	2	85	0	5	5	89	0.60
1205708--1205778	28	2.5	28	84	8	83	23	15	35	25	1.94
1205767--1205989	52	4.3	51	81	6	241	31	12	26	30	1.92
1205972--1206046	27	2.7	27	87	2	96	21	21	33	24	1.97
1211414--1211562	52	2.9	51	88	4	226	30	17	18	33	1.94
1211551--1211575	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1211616--1211682	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1211638--1211662	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1212556--1212819	52	5.2	52	81	9	294	33	15	25	25	1.95
1212715--1212804	43	2.1	43	91	0	144	31	16	24	27	1.97
1212808--1213286	30	16.1	30	79	9	392	25	16	29	28	1.97
1212810--1213286	58	8.0	59	76	10	359	25	16	29	28	1.97
1212810--1213066	88	3.0	88	92	2	405	21	17	29	31	1.96
1213117--1213288	29	6.0	27	80	8	119	23	17	30	28	1.97
1214703--1214809	1	107.0	1	73	0	79	1	1	10	85	0.74
1214703--1214807	18	5.9	17	77	11	97	1	1	10	85	0.75
1214703--1214809	10	10.5	10	77	11	110	1	1	10	85	0.74
1214705--1214808	27	3.8	27	81	13	106	1	1	10	85	0.75
1214703--1214809	44	2.5	43	82	8	139	1	1	10	85	0.74
1224498--1224524	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
1228661--1228809	52	2.9	51	88	4	226	30	17	18	33	1.94
1228798--1228822	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1228863--1228929	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1228885--1228909	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1229806--1230017	52	4.2	52	76	12	208	33	16	25	24	1.96
1229913--1230002	43	2.1	43	93	0	153	31	17	24	26	1.97
1230198--1230272	35	2.2	35	83	7	100	38	8	32	21	1.82
1230267--1230426	57	2.7	58	83	3	187	24	16	28	30	1.96
1230007--1230426	30	14.0	30	77	9	304	26	15	29	28	1.96
1231864--1231987	1	124.0	1	75	0	104	1	1	9	87	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1231864--1231987	29	4.5	28	77	20	129	1	1	9	87	0.69
1231864--1231985	52	2.3	53	86	10	164	1	1	9	86	0.70
1240462--1240735	54	5.1	51	78	6	226	28	10	29	31	1.91
1240462--1240735	108	2.5	106	84	4	327	28	10	29	31	1.91
1240500--1240832	162	2.1	161	81	6	379	30	12	26	30	1.93
1240498--1240819	54	6.0	55	74	7	266	30	12	25	31	1.92
1253436--1253461	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1253418--1253482	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
1256960--1256990	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1261627--1261652	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1261609--1261673	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
1272142--1272172	16	2.0	15	93	6	53	16	0	0	83	0.64
1272284--1272323	21	2.0	21	85	5	55	50	2	5	42	1.37
1272295--1272360	33	2.0	33	85	11	91	43	0	3	53	1.16
1272696--1272736	19	2.2	20	87	12	61	43	0	4	51	1.23
1272729--1272832	9	10.7	10	66	23	53	41	0	0	57	1.05
1274487--1274539	17	3.1	16	76	15	54	49	0	1	49	1.12
1276186--1276232	24	2.0	24	87	8	69	55	0	10	34	1.35
1281156--1281195	21	1.9	21	100	0	80	70	10	15	5	1.32
1289638--1289677	21	1.9	21	94	0	71	37	12	10	40	1.77
1289526--1289826	161	1.8	164	89	3	473	36	14	13	34	1.87
1289812--1289850	20	2.0	20	94	0	69	33	20	7	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1293249--1293306	20	2.8	19	82	12	71	39	6	15	37	1.74
1293352--1293405	20	2.6	21	88	2	74	31	14	11	42	1.81
1296041--1296118	37	2.1	37	85	0	102	15	7	17	58	1.59
1297240--1297368	55	2.3	55	83	0	159	27	10	27	34	1.90
1302862--1302986	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
1302862--1303006	52	2.8	51	88	4	202	29	17	17	35	1.93
1302995--1303019	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1303060--1303192	33	4.0	33	95	0	185	39	12	12	35	1.81
1303082--1303172	13	5.9	13	69	30	56	37	14	13	35	1.85
1303058--1303126	20	3.8	19	71	26	69	47	10	11	30	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15